以暗號寫成的魔道書《法之書》，以及能解讀這本書的修女，都被天草式十字淒教抓走了。由於無法聯絡上天草式前任女教皇神裂，英國清教擔心將會與擁有魔道書的羅馬正教起衝突，因此派遣史提爾前往學園都市，希望在事件鬧大之前解決。另一方面，學園都市忙於舉辦秋季各種祭典，各校致力於準備第一項活動 ―― 完全不限制使用能力的校際對抗運動會「大霸星祭」。在這個時候，上条收到茵蒂克絲被抓的消息，並且依照犯人要求，獨自前往學園都市外部的廢棄劇場，卻在途中的公車站遇見一位修女……

天草式十字淒教，再度在上条等人的面前抓走奧索拉。上条與史提爾、羅馬正教的雅妮絲，前往天草式藏身的平行甜點樂園搭救奧索拉。必須在對方使用特殊移動法「縮圖巡禮」逃走之前壓制對方並帶回奧索拉。雅妮絲的主力部隊負責聲東擊西，上条與史提爾則是負責救出奧索拉。在天草式成員手持武器襲擊的場面裡，上条再度被史提爾當成誘餌，好不容易逃離戰場並藏身的上条，遇見被膠帶捆綁的奧索拉並將她解救，然而在這個時候，史提爾傷痕纍纍倒在他們的面前……

上条等人成功營救了奧索拉，然而天草式十字淒教的代理教皇建宮表示，不可以將她交給羅馬正教，會解讀《法之書》的奧索拉會遭到滅口。上条受到羅馬正教修女們攻擊，因而相信建宮的說法，但史提爾表示這是羅馬正教內部的事情，外人不能介入。看到建宮獨自前往拯救奧索拉和同伴，上条深刻體會到自己的無力，在自我檢討之後，上条實在無法放棄，因而獨自前往「奧索拉教會」，並且在雅妮絲帶領的眾多修女面前，宣佈要救出奧索拉。在這個時候，建宮、天草式成員與茵蒂克絲全部現身，為了救出奧索拉而並肩奮戰……

羅馬正教的修女們破解茵蒂克絲的「魔滅之聲」，再度轉守為攻。人數上屈居劣勢的上条等人，好不容易逃進一間教堂，希望解讀「法之書」扭轉局勢，卻發現奧索拉的解讀方式是假的。後來上条想出某個作戰，獨自前去尋找雅妮絲。雅妮絲揮動司教之杖，表示如果想打倒自己這名司令官反敗為勝，是一種大錯特錯的想法。雅妮絲每次傷害手杖，某處就會出現衝擊波攻擊，使得上条無計可施被打倒在地。雅妮絲宣稱只有羅馬正教才是十字教的唯一教義……

運河忽然出現巨大的冰船，上条和奧索拉就這樣來到船上，並且遇到意外的人物 ―― 雅妮絲。冰船是大規模靈裝「女王艦隊」的護衛艦之一，雅妮絲正在協助尋找入侵者。她因為在「法之書」事件扛下罪責，所以與部隊修女們成為艦隊上的勞工。她向上条和奧索拉提出交易，想逃離這裡就必須聽她的話，交易內容則是救出露琪亞和安潔莉娜。在雅妮絲的懇求之下，上条好不容易解救兩人，並且得知雅妮絲將會因為某個術式的發動而喪生。

受到天草式拯救的上条等人，在他們的協助之下，前去搭救雅妮絲，露琪亞與安潔莉娜也一起進攻「女王艦隊」，與昔日的同伴們交戰。另一方面，上条、茵蒂克絲與奧索拉抵達旗艦「亞德里亞海女王」，一邊破壞內部一邊尋找雅妮絲。上条受到冰鎧甲的攻擊而與兩人失散，並且遇見羅馬正教的司祭彼亞吉歐。上条擁有「拒絕天主恩惠」的右手，使得彼亞吉歐無法掩飾厭惡的情緒，使用十字架相關的術式攻擊上条，在這個時候，茵蒂克絲與奧索拉抵達雅妮絲所在的中樞地帶。奧索拉將露琪亞她們的想法轉達給雅妮絲，彼亞吉歐卻在此時現身……

上条在為了張羅中午的午餐而和同班同學們一起溜到學校外面買便當時，遇見了天草式的五和。五和表示羅馬正教最暗部「神之右席」已經向英國清教及學園都市上層寄出了戰帖。企圖三番兩次遭受到上条阻饒的神之右席這次終於決定要直接由後方之水出馬剷除上条。如今已收編於英國清教的天草式派出了五和在上条身邊進行護衛，並且要直接寄住在上条家…

上条遭受到羅馬正教的神之右席、同時也是聖人的後方之水襲擊身受重傷而陷入昏迷。後方之水下達了一天內要交出上条右手、否則就要取他性命的通牒。五和對於沒能保護上条的自己感到懊悔不已，不過在建宮的激勵下，終於重新振作了起來。期限將近，天草式十字淒教集結全員之力迎戰後方之水。經過一番激戰後，五和在眾人的團結合作下，對後方之水使出了天草式十字淒教獨自研發的對聖人術式「聖人崩壞」，並貫穿了後方之水…！

天草式十字淒教的前任女教皇神裂火織與神之右席的後方之水展開激戰。全世界不到二十人的兩名聖人，他們猛烈戰鬥震湯了整個二十二學區。隨著戰鬥的持續進行，神裂開始逐漸被後方之水壓制。然而同時神裂也逐漸察覺到同時擁有「神之右席」及「聖人」特質的後方之水本身存在著不尋常之處，她是否能夠藉此找尋逆轉的關鍵…？另一方面，再稍早的戰鬥中身受重傷的上条離開了醫院，準備與正在戰鬥的天草十字教會合，並且在這時碰巧與美琴在路上相遇…

空中巴士的劫機驚魂落幕，上条和茵蒂克絲平安抵達愛丁堡。與神裂會合後，一行人前往倫敦白金漢宮後，在騎士派領導人騎士團長的帶領，上条等人謁見了英國女王伊莉莎及三名皇女，並開始進行會議。為解決以歐陸隧道的爆炸意外為發端，英國正逐漸遭受到孤立的現況，在女王伊莉莎的命令下，騎士團長為首的騎士派負責調查法國方面及歐陸隧道爆炸意外的真相；神裂為首的清教派則著手調查已潛入倫敦、意圖改變整個英國的魔法結社「新生之光」的行動。

騎士派的騎士團長與神之右席「後方之水」威廉．奧維爾的激戰持續著，面對騎士團長操作自身武器「模式」以及消抹敵人武器「攻擊力」的雙重術式，後方之水陷入苦戰，在激戰的最後究竟哪一方能夠勝出…。另一方面，正準備逃向必要之惡教會藏身之處的第三皇女薇莉安意外與上条碰面，並且在天草式的協助下順利脫離險境。為了瓦解第二皇女主導的政變，天草式向上条提出了一項作戰的請求…

為了阻止凱莉莎的企圖，上条等人駕車疾駛於倫敦街道，準備與位在白金漢宮的凱莉莎展開最終決戰。儘管有來自大型靈裝「女巫羅盤」的遠距離炮擊支援，以及隨後趕到的各方人馬的協力作戰，然而眾人面對手持正統卡提那的凱莉莎不但無法取得優勢，甚至遭受全次元切斷術式的壓制。在這個時候，英國女王伊莉莎帶著某項秘密靈裝出現在凱莉莎面前。動盪整個英國本土的軍事政變，如今局勢即將在這一刻產生巨大的變化…！