Touma recibe la noticia de que Index fue "secuestrada" por Stiyl, mientras que él va en su búsqueda se encuentra con un monja de la Iglesia católica llamada Orsola Aquinas. Una vez reunido con Index, Stiyl le pide que encuentre a la monja Orsola Aquinas, ella tiene la habilidad de descifrar "El libro de la ley" y según ella está siendo perseguida. Accidentalmente, ella siguió a Touma, pero su tiempo con ellos fue corto ya que la capturaron los amakusa (un grupo que Kanzaki era lider).

Touma decide salvar a Orsola por su cuenta lo que no esperaba era que también Stiyl e Index pensaban lo mismo así que fueron a la iglesia "orsola" para detener su asesinato. Estando allí recibieron ayuda de los amakusa y comenzó una batalla entre los de las Iglesias católica y anglicana.

Una semana después del festival deportivo. Touma gana un viaje al norte de Italia para dos personas. El e Index se encontraron con Orsola allá . En la noche Touma y Orsola cayeron en un barco de hielo que pertenecía a los católicos. Mientras que trataban de pensar una forma de escapar se encuentran con Agnise.

Agnise les cuenta que este es uno de los barcos de vigilancia de "La flota de la reina" un barco que transporta prisioneros. Sus amigas Lucia y Angeline fueron capturadas por tratar de rescatarla. Así que decidió trabajar con Kamijou para que sus amigas escapen y resultó un éxito. Fuera de allí Touma, Orsola, Lucia y Angeline se reunieron con Index en un barco de los amakusa planeando el rescate de Agnise. Luego, se infiltraron de nuevo en la flota de la reina y empezó otra batalla.

Tōma se lanza en paracaídas a un río y casi se ahoga, pero Itsuwa de la Iglesia Amakusa lo salva. Tōma explica su misión de encontrar el Documento de Constantino, un artefacto mágico con el poder de hacer que todo lo que dice el Papa parezca la verdad absoluta, lo que resulta en disturbios en todo el mundo contra la Ciudad Academia. Mientras están en un café, Tōma e Itsuwa huyen cuando los alborotadores se dan cuenta de que está conectado con Ciudad Academia. En Londres, Stiyl Magnus y Agnese Sanctis interrogan a los prisioneros Lidvia Lorenzetti y Biagio Busoni para obtener información sobre el Asiento a la Derecha de Dios.

Motoharu se une a Tōma e Itsuwa en su lucha contra Terra, quien escapa rápidamente después de que llegaran los trajes de poder no tripulados enviados por Ciudad Academia. Luego se queda atrás para detenerlos, mientras Tōma e Itsuwa persiguen a Terra hasta el Palais des Papes. Al llegar, Tōma llama a Mikoto para revisar algunas noticias en Ciudad Academia. Mikoto le informa que la ciudad envió una operación de limpieza a Avignon para lidiar con un grupo religioso peligroso, pero su llamada telefónica se interrumpe cuando Terra llega con el Documento C. Durante su pelea, Terra se da cuenta de que Tōma aún no ha alcanzado todo el poder del Imagine Breaker debido a sus recuerdos perdidos.

Itsuwa llega a Ciudad Academia y le dice a Tōma que fue asignado como su guardaespaldas para protegerlo de Acqua, quien quiere matarlo por arruinar los planes del Asiento a la Derecha de Dios. Mientras sus compañeros católicos de Amakusa observan a los dos y planean acercarlos, Mikoto pasa mientras se ocupa de la revelación de la pérdida de memoria de Tōma. Tōma lleva a Itsuwa a su dormitorio y luego encuentra a Index destruyendo accidentalmente su baño. Itsuwa decide llevar a Tōma e Index a un spa ubicado en un nivel subterráneo del Distrito 22.

Tōma está hospitalizado, mientras que Itsuwa todavía está deprimida, pero se motiva para defenderse después de que Saiji Tatemiya le dio una severa lección. Los Católicos Amakusa preparan sus armas para otra pelea contra Acqua. Reciben información de Orsola Aquinas sobre el pasado y las habilidades de Acqua, preparándolos para enfrentarlo. Los Católicos Amakusa lanzan una maldición sobre Acqua, pero es anulada por su habilidad de Madre Divina.

Tōma recupera la conciencia y se escapa del hospital para ayudar en la lucha de los católicos Amakusa contra Acqua. Se encuentra con Mikoto en su camino y tiene una conversación profunda con ella. Mientras tanto, Acqua continúa dominando a Kaori hasta que los católicos Amakusa se unen a la batalla para ayudarla.

Una explosión en el Eurotúnel daña gravemente tanto a la economía inglesa como a la francesa, provocando un aumento de las tensiones entre ambos países. La familia real británica convoca a Index para determinar la causa, con Tōma actuando como su guardián.

Tōma e Index llegan a Edimburgo y Kaori los lleva al Palacio de Buckingham para encontrarse con la Reina Elizard, la Primera Princesa Riméa, la Segunda Princesa Carissa, la Tercera Princesa Villian y el Caballero Líder.

Tōma y Floris se encuentran con Villian y son encontrados por los católicos de Amakusa. Continúa encontrando a Index y ve a Acqua, quien recientemente derrotó al Líder de los Caballeros y su carruaje.

Las brujas de Coven Compass comienzan a lanzar un ataque en el Palacio de Buckingham, mientras que los aliados de Tōma logran llegar al palacio y luchar contra Carissa, pero se encuentran en desventaja.