学园都市所有学校共襄盛举的大规模运动会“大霸星祭”。这是学园都市少数对外开放的活动，还没开幕就已经盛况非凡，一如往常被美琴缠上的上条，答应了“输了就愿意听对方的任何命令”这个条件，以大霸星祭的各校总成绩一决胜负。然而上条前去参加第一项竞赛“推杆”的时候，却看到同学们毫无干劲的模样，使得他和美琴的赌注早早就出现危机，然而在这个时候，小萌老师却在体育馆后面，被对方学校的老师瞧不起了。看到老师脆弱的身影，上条等人团结一致，夹带着杀气冲向对方的阵地。另一方面，在快乐热闹的气氛背后，罗马正教雇用的“送货人”悄悄潜入了学园都市。

能够将圣人一击毙命的灵装“刺突杭剑”被带进学园都市。上条从土御门他们那里得知这个消息之后，协助他们在大霸星祭寻找灵装。上条巧遇本次的当事人，也就是“送货人”欧莉安娜·汤森，与土御门和史提尔会合之后继续跟踪，却中了她设下的陷阱。虽然上条以右手解除危机，却使得欧莉安娜趁机逃离。土御门在史提尔的协助之下，使用魔法寻找欧莉安娜的所在处，但连这个魔法都被欧莉安娜看穿，史提尔因而中了陷阱受伤。土御门为了解除欧莉安娜的陷阱而使用另一项魔法，然而在找到陷阱位置之前，史提尔必须备受折磨，是一种极为残酷的方法。

即使好不容易解除陷阱，欧莉安娜的魔法却害得吹寄昏倒。欧莉安娜把无辜平民卷入的这种做法，令上条大为光火。在史提尔的协助之下，上条和土御门追上欧莉安娜，却在最后关头被她搭乘无人公车逃走。即使史提尔灵机一动炸掉公车，欧莉安娜依然轻易走出火场，使用能瞬间写出魔道书原典的“速记原典”应战。在战斗中，曾经受伤的土御门陷入瘫痪状态，千变万化的魔法也令上条吃尽苦头。后来上条以右手使出舍身一击逆转战局，欧莉安娜逼不得已放下“刺突杭剑”逃亡。原本以为只要上条以右手破坏“刺突杭剑”，这个事件就算是结束了，但是事实却不是这样。

“刺突杭剑”的真相是“使徒十字”，上条等人因而得知了丽多薇雅的真正目的。要是茵蒂克丝采取行动，外界的魔法师将会入侵，为了不让她发现这个事件，上条和父母、茵蒂克丝、美琴以及美琴的母亲美铃共进午餐还因为美琴和黑子误会，遭受到不讲理的攻击。另一方面，史提尔收到英国清教的回报之后，即使事态紧急，却还是被小萌老师指责不准抽烟，教训了好一阵子。如此宁静的休息时光，在土御门回报状况的时候宣告结束。在他的指示之下，三人赶往欧莉安娜的所在位置，由于欧莉安娜巧妙利用交通工具逃亡，土御门再度发动搜索术式！

土御门好不容易逼退欧莉安娜，然而继吹寄之后，姬神也被欧莉安娜打成重伤。这种不惜波及普通人的作风，使得上条倍感愤怒。不过对于欧莉安娜来说，这其实是预料之外的状况。为了避免犯下星同的错误，必须以“使徒十字”统治学园都市――欧莉安娜继续为了这个目的而采取行动。另一方面，正在追捕她的上条，察觉她的行动暗藏玄机。英国清教查出“使徒十字”的使用方式与星座相关，但是没能查出关键核心，上条只能继续寻找欧莉安娜。在这个时候，调查欧莉安娜行踪的土御门察觉到一件事。

接到英国清教的后续报告之后，上条等人得知“使徒十字”的使用条件了。好不容易查出欧莉安娜的目的地“天文台”之后，土御门使用“秘技”前往该处――第二十三学区的实验机场。欧莉安娜出现在他们的面前，以陷阱打倒土御门，并且运用“速记原典”使出千变万化的攻击，令上条和史提尔陷入苦战。天空逐渐变暗，要是入夜之后看得见星座，“使徒十字”就会发动。上条和史提尔毫无默契的攻击，终于突破了欧莉安娜的防守，好不容易逆转战局，然而伤痕累累的欧莉安娜，说出自己战斗的理由、寻求的解答，并且报出魔法名。就这样，双方以浑身解数进行最后的对决。

空中巴士的劫机惊魂落幕，上条和茵蒂克丝平安抵达爱丁堡。与神裂会合后，一行人前往伦敦白金汉宫后，在骑士派领导人骑士团长的带领，上条等人谒见了英国女王伊莉莎及三名皇女，并开始进行会议。为解决以欧陆隧道的爆炸意外为发端，英国正逐渐遭受到孤立的现况，在女王伊莉莎的命令下，骑士团长为首的骑士派负责调查法国方面及欧陆隧道爆炸意外的真相；神裂为首的清教派则着手调查已潜入伦敦、意图改变整个英国的魔法结社“新生之光”的行动。

第二皇女凯莉莎的主导下，骑士派开始在英国本土内展开行动。凯莉莎认为要颠覆英国在英国清教和学园都市为首的科学势力及以罗马正教和俄罗斯成教为首的魔法势力之间的大战中岌岌可危的处境，唯有让英国自两大势力中独立出来形成三足鼎立的局势才能够拯救英国。为了解除手中“正统卡提纳”的使用权限，凯莉莎的下一步是要铲除英国女王伊莉莎以及她的姊妹们。当遭到追杀的第三皇女被凯莉莎逼到走投无路的那一刻，一个男人突然现身，并改变了战局…。