アイスラー記念病院の脳神経外科医テンマは、瀕死の重傷を負った双子の一人、ヨハンという名の少年を手術する。しかしそれは、同時に入院した市長を優先しろという院長の意思に背くものだった…。

ヨハンの手術を無事成功させたテンマだが、市長の死により政治的窮地に追い込まれる。院長の娘、エヴァとの婚約も破棄されたテンマはヨハンの担当も外され…。

テンマを失脚させようとした幹部達は次々と怪死、テンマは逆に外科部長に出世する。テンマに疑惑の目を向けるルンゲだが、証拠が何も無かった。そして舞台は9年後へ…。

テンマに書き置きを残し姿を消したニナ。病院勤務に戻ったテンマだが、ある決意を胸に秘めていた。一方、エヴァの証言からテンマへの疑惑を一層強くしたルンゲはテンマ逮捕に向かう…。

売春婦殺人事件で、ある議員秘書に接触したルンゲ。しかし強引な捜査方法のため、その秘書を自殺に追い込んでしまう。一方エヴァは、遊びで誘った庭師に心惹かれていた。しかしクリスマスの夜、楽しそうな庭師家族を目にしたエヴァは…。

酒びたりの日々を過ごすエヴァの前に現れた男、ロベルト。彼の目的はエヴァの持つアルバムにあるヨハンの子供の頃の写真だった。その写真を渡したらテンマの居場所を教えると言うロベルトに、エヴァは1年前デュッセルドルフでヨハンを見たと告げる…。

テンマはフュッセン近くの山荘である男の傷の手当てをしていた。男は5年前に裏社会で起きたある事件のことをテンマに語る。その事件にテンマはヨハンの影を見るのだった。一方、山荘へ続く唯一の道には、エヴァとロベルトの姿が…。

1980年、行方知らずになったマルゴットを探すシューバルトは、“三匹のカエル”の看板の部屋を訪ねていた。そこでマルゴットの親友と思い出を語り合ったシューバルトは、その女性の陰に双子がいることに気付く。

12回の脱走歴を誇る脱獄王ミルヒ。留置所に収監されたテンマは、ある日ミルヒを診察し、一目でその仮病を見抜く…。一方、テンマの弁護を引き受けた弁護士ヴァーデマン。彼の複雑な過去とは…!?

テンマに接見した弁護士パウルの正体はロベルトだった。ロベルトはエヴァを殺すとテンマに告げる。脱走しようと言うミルヒの申し出を受けるテンマ。そしてテンマは一連の殺人事件に関し、全てを認める供述を始める。

テンマとミルヒを乗せた護送車は拘置所に向かう途中、ミルヒの弟分グスタフを撥ねてしまう。ミルヒの脱走計画の行方は…!? 一方ロベルトは、弁護士パウルになりすましエヴァに近づこうとするが…。

銃で撃たれ車の後部座席で瀕死状態のマルティン。マルティンはこの仕事を引き受けたことを後悔していた。二ヶ月前、赤ん坊に連れられ眼鏡の男を訪ねたマルティンは、エヴァの護衛を依頼される。それがマルティンの“いやな仕事”の始まりだった。

自らの意思でエヴァの護衛を決意するマルティン。しかし、組織から依頼されたエヴァの仕事は終わった。エヴァを殺すことのできないマルティンは、エヴァがパーティー会場で指差した金髪の若い男の後をつけるが、そこにいたのは…。

エヴァに銃を向けるマルティンだが、引き鉄を引くことができない。すでに二人の許には組織の追っ手が迫っていた。駅で落ち合う約束をし、エヴァを逃すマルティン。しかし銃で撃たれたマルティンが向かったのは、テンマのところだった。

ヨハンの居場所をつかむため、自らチャペックの元へ赴くニナ。一方、チャペックとの行動を共にしていた青年･クリストフの後を追うテンマはあるアパルトマンに辿り着く。その部屋でクリストフを待ち構えていたのは、エヴァだった。クリストフは511キンダーハイムでヨハンと知り合いだったとエヴァに語る。

チャペックと共にヨハンの元へ向かうニナ。その車の中でチャペックはヨハンとニナの出生の秘密を語る。二人はある計画に基づいて産まれて来たこと、そして計画の首謀者はフランツ･ボナパルタだと。そして車はついに目的地に。ヨハンと再会を果たしたニナは?

大雨のため陸の孤島と化したルーエンハイムでは、人々が殺し合いを始めていた。そんな中ルンゲとグリマーは、ヨハンの目的はボナパルタであることを本人に突き付ける。一方ミュンヘンでは、ヨハンと思われる人物からニナに宛て、ルーエンハイムで待つとのメールが届く。

一連の事件は全て終始を見た。事件に関わった人々はそれぞれ新たな生活を始めていた。潔白が証明されたテンマは国境なき医師団に参加する一方、双子の母の消息を突き止める。その後テンマは、一命を取り留め眠り続けるヨハンを病院に訪ね…!?