小学６年生の進藤ヒカルは祖父の家で古い碁盤を見つける。その瞬間、碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士・藤原佐為の霊がヒカルの意識に入り込んだ。碁を打ちたいという佐為の願いに応え碁会所へ足を運んだヒカルは、同じ年頃の少年・塔矢アキラと出会う。そして、ヒカルとアキラとの対局が始まった。

ヒカルとの対局で衝撃を受けたアキラ。 今までライバルらしき存在がいなかったアキラは、それ以来その一手の事が頭を離れず、ヒカルの存在を強く意識するようになる。佐為のために囲碁教室に通いだすヒカル。そんなある日、子供の囲碁大会に顔を出したヒカルは、佐為の言葉をそのままに、対局中につい口をはさんでしまうが…。

子供の囲碁大会で、人の対局中に、佐為の言葉をつい口に出してしまったヒカル。しかし、チラッと一目見ただけで、その助言ができてしまったという事実は、ひそかに波紋を呼んでしまう。一方、ヒカルとの一局で負けて以来、ずっとそのことが頭から離れなかったアキラ。子供の囲碁大会にヒカルが出ているかもしれない、と聞きつけ、必死に大会の会場に駆けつける。ところが、アキラの真剣な気持ちが理解できるはずもないヒカルは、碁に対して不用意な暴言を吐いてしまう。

塔矢名人との対局中、ヒカルは塔矢名人の輝くような碁石の打ち方に圧倒されつつもあんな打ち方ができたらと思うようになる。そして、ヒカルが次に打った一手は自分でも信じられないほどの輝きを放つ。しかし、ヒカルはこの一手は佐為が自分のからだを乗っ取って打ったものと思ってしまい、対局から逃げ出してしまうのだった。

加賀と冬のプール飛び込みを賭けての対局中、あかりに気を取られたヒカルは佐為の指示とは違う場所に打ってしまう。気を取り直して対局を続けるがあと半目差で加賀に負けてしまう。しかし、加賀と筒井はヒカルの怒涛（どとう）の追撃に驚く。そして、加賀は筒井に囲碁大会の団体戦のメンバーが決まったと告げる。そのメンバーとは加賀、筒井、そしてヒカルだった。

囲碁大会一回戦、葉瀬中はなんとか勝ち上がり二回戦に駒を進める。二回戦、大将の加賀は勝ちをおさめるが、副将の筒井は負けてしまう。１勝１敗で勝負の行方は三将のヒカルにゆだねられた。そこで、加賀はヒカルにこの大会に優勝できないと囲碁部は認めてもらえないということを告げる。それを聞いたヒカルは自分では勝てないくやしさを耐えつつ佐為に打ってくれと頼むのだった。

春になりヒカルとあかりは葉瀬中に入学した。ヒカルは早速筒井のいる囲碁部に入部し勧誘活動を開始する。しかし、地味な囲碁部は他の部の迫害を受け成果を挙げるには難しい状況に。しかし、理科のタマ子先生から古い碁盤と碁石をもらい、また理科室の使用許可も得て何とか部活らしくなってきた。そんな中、海王中に入学したアキラが葉瀬中にやってきた。

塔矢名人は十段戦を制し四冠となった。その息子・アキラはヒカルと対局するために海王中の囲碁部に入部したが、彼の才能のために部内は不協和音を呈する事となる。アキラが入部したことで団体戦のメンバーからはずされる可能性のある青木は、アキラと対局し自ら進退を決する。そんな時、一年の奥村がアキラに対局を申し込んだ。彼には負けない秘策があるというが・・・。

ヒカルと筒井のほか部員の集まらない葉瀬中囲碁部。これでは今度の囲碁大会にメンバーが足りないので出られない。しかし、部員募集のポスターに書いた上級者向けのむずかしい詰め碁をといた生徒がいた。大会出場に光が見えたヒカルと筒井はその生徒を誘おうと盛り上がる。その生徒は３組の三谷らしい。ヒカルはさっそく三谷をひっぱりこもうとするのであった！

囲碁の対局中にズルをする三谷。ヒカルはそんな三谷を追って碁会所へ。そこでヒカルが見たのはダケさんとお金を賭けて碁を打つ三谷の姿だった。薄暗がりの中、三谷優勢で対局は進む。これならズルをすることはあるまい、ヒカルがそう安心したとたん、ダケさんの目が鋭く光った！そしてダケさんの碁石をつかむ手が怪しい影を落とすのだった！

ダケさんから取り返した１万円で三谷を囲碁部に入部させたヒカル。だが、筒井は三谷に対し不信感をぬぐえない。大会を目前に控え、一応メンバーはそろったものの葉瀬中囲碁部はバラバラの状態。一方、海王中囲碁部にいるアキラはヒカルと対局するため、三将にさせてほしいと尹先生に訴える。しかし、尹先生が出したメンバー構成は「大将・アキラ」だった！

囲碁大会当日。ヒカルを前にアキラはその闘志をむき出しにする。そして、一回戦が開始される。葉瀬中の一回戦の相手は岩名中。三谷は中押し勝ちをおさめ、海王中の大将・岸本の偵察へ。そこで海王中囲碁部の実力を知る。三谷はこのときズル無しで囲碁と真っ向から向き合いたいと思うのだった。その想いが葉瀬中の団結へとつながってゆく！

囲碁大会二回戦、ついに海王中との対決。ヒカルとアキラの三度目の対局が開始された。佐為の一手に果敢に応じるアキラ。一方、三谷、筒井も海王中相手に全力でぶつかって行く。佐為は長考に入った。そんな中、ヒカルの中でアキラとの本当の実力の差を知りたいという思いが強くなる。佐為の「１３の四」の指示に反し、ヒカルが打った手は・・・！？

囲碁大会でのヒカルの実力に幻滅したアキラはプロを目指す。一方ヒカルは佐為の対局を奪ってしまったことの償いで、プロの対局を観戦しに行く。しかし、じっとプロの対局を観戦していることができないヒカルは、ロビーでやっていたインターネット囲碁のコーナーへ。インターネットを通じて名も知らぬ人々と囲碁が打てる事を知ったヒカルは佐為に「好きなだけ碁を打たせてやる」と言うのだった。

夏休みの間、インターネット碁で佐為に好きなだけ碁を打たせてやるヒカル。連戦・戦勝のｓａｉの登場でネット囲碁界の噂はｓａｉ一色に。そんな中、プロ試験に臨んでいる院生の和谷もｓａｉと対局し、圧倒的な強さを持つｓａｉに興味を持った一人だった。世界中の棋士がインターネットに潜む最強の棋士・ｓａｉの正体に関心を持つ中、国際アマカップが真夏の日本で開催された！

夏休みの間、インターネット碁で佐為に好きなだけ碁を打たせてやるヒカル。連戦・戦勝のｓａｉの登場でネット囲碁界の噂はｓａｉ一色に。そんな中、プロ試験に臨んでいる院生の和谷もｓａｉと対局し、圧倒的な強さを持つｓａｉに興味を持った一人だった。世界中の棋士がインターネットに潜む最強の棋士・ｓａｉの正体に関心を持つ中、国際アマカップが真夏の日本で開催された！

ｓａｉとアキラとの対局が始まった。インターネットを通じて伝わるｓａｉの強さにアキラはじりじりと押されていく。そんな中、ｓａｉの一手にハッとするアキラ。暗闇から伸びる手が一瞬進藤ヒカルに見えた！？しかし、進藤のはずはない。では誰なのか？アキラの思索は続く。そして、ｓａｉの急所を衝く一手に、アキラ投了の文字が画面に映し出されるのだった・・・。

夏休みも終わり、いつもの日常が戻っていた。筒井や三谷、あかりたちに、新入部員も加わって囲碁部はますます活気づく。そんな中、ヒカルはある思いを抱くようになる。インターネット碁ができなくなってしまった今、佐為に碁を打たせてやるには、碁盤と碁石をそろえて、自分が打ってやるしかない！そこでヒカルは、碁盤と碁石を賭けて、町内で無敵を誇るじーちゃんと対局することに。碁を始めてまもないのに明らかな強さをみせるヒカルに、じーちゃんは驚くのだった。

碁会所にヒカルを連れて来た岸本は、「君の本当の力を知りたい」と言う。ヒカルは全力でぶつかるが所詮岸本の相手ではなかった・・・。岸本は何故アキラがあれ程までにヒカルをライバル視していたか分からないといった様子。「塔矢は自分を買いかぶり、幻滅しただけだ」とヒカルは話すが、そんなヒカルに岸本は言った。「キミは塔矢を追わないのか？塔矢はもうプロ試験の合格を決めた。」と。その一言にヒカルは・・・。

院生を目指すというヒカルに対し、囲碁部員は動揺を隠せない。院生は大会に出場できないのだ！無理矢理引っ張り込まれた三谷としては、このヒカルの身勝手さは納得できるものではなかった。と、そんな緊迫ムードの理科教室に生徒指導の先生から逃げていた加賀が現れる。ヒカルの院生試験の話しを聞き、加賀はヒカルを応援する。しかし、加賀はヒカルに対しひとつの試練を与えるのだった。それは、加賀、筒井、三谷を相手に三面打ちをすることだった。果たして、ヒカルはこの三人に勝てるのか！？

院生になるため、試験を受けるヒカル。しかし、緊張したヒカルは悪手を連発。ほとんどあきらめムードが漂う中、試験官の「負けたら不合格ってわけじゃない」のひとことにヒカルと佐為はほっとする。そして、いよいよ試験官からの合否の結果がつげられる！！

日本棋院の院生になったヒカルだったが、手合いは連敗続き。まだ２組の最下位から抜けきれない。

一方、前年１組１位の伊角は今年プロ不合格なら院生をやめなければならない。また、1組6位の和谷も中学卒業と同時にプロスタートを目指す。プロにならなければ一歩も前に進むことはできないので皆必死だ。そんなある日、ヒカルの前に、プロ試験に合格したアキラが現れる！！

トッププロの座間王座とアキラが対局する新初段シリーズが始まった。ヒカル達院生や、プロらがモニターで見つめるなか、アキラは王座相手に一歩もひかない。それどころか強気の攻めで逆に王座を追いつめていく。アキラの果敢な攻めを目の当たりにしたヒカルは、改めてアキラをめざして進む決意を固めるのだった！

森下九段の研究会に参加したヒカルの当面の目標は、若手プロと１組１６位までの院生が対局する若獅子戦。若獅子戦の出場資格を得るため、まだ２組のヒカルは早く１組へとあせるが、なかなか勝つことができない。そんなヒカルに、「スランプの原因は私と打っているからだ」と佐為は告げる。なまじ打てるようになったばかりに佐為の一手一手の切っ先に恐れを感じ、それが迷いとなってヒカルの碁に表れてしまったのだと。ヒカルは囲碁人生最初にして最大の壁を乗り越えることができるのか！？

森下九段の研究会に参加したヒカルの当面の目標は、若手プロと１組１６位までの院生が対局する若獅子戦。若獅子戦の出場資格を得るため、まだ２組のヒカルは早く１組へとあせるが、なかなか勝つことができない。そんなヒカルに、「スランプの原因は私と打っているからだ」と佐為は告げる。なまじ打てるようになったばかりに佐為の一手一手の切っ先に恐れを感じ、それが迷いとなってヒカルの碁に表れてしまったのだと。ヒカルは囲碁人生最初にして最大の壁を乗り越えることができるのか！？

院生として若獅子戦に向かいしのぎを削るヒカルたち。ある者は囲碁の勉強に取り組み、またある者は気分転換にカラオケへと足を向ける。そんな中、ヒカルはふと囲碁部のことを思い出していた。ヒカルが囲碁部を覗いてみると、あかり、夏目、津田が打っていた。やはり三谷は足を遠ざけたまま。ヒカルはあかりたちを相手に三面打ちをしようともちかけるが、あかりの口からついて出てきた言葉は意外な一言だった。

ついに若獅子戦がやってきた。若手プロ対院生の対局に皆意気盛んだ。そして何より、塔矢アキラの出場はプロ棋士にとっては意識せざるを得ない事柄だった。それぞれの想いを胸に対局が始まる。誰もがアキラに注目する今大会、会場に現れた緒方九段の視線は、なんと村上二段と対局するヒカルの盤面に注がれていた！

若獅子戦で、ヒカルは一回戦敗退。アキラと対局することはできなかったが、ヒカルはこの一局に確かな手ごたえを感じていた。一方ヒカルの実力を計りかねたアキラは、その疑問を緒方にぶつける。しかし、緒方の答えは「焦ることはない、じきに答えは出る」というものだった。そう、プロ試験は二ヵ月後に迫っているのだ！！そんな折、ヒカルは棋院で桑原本因坊とすれ違った。

かつて、学生三冠のタイトルを取った男がいた。その男－門脇が今年のプロ試験を受けるという噂がインターネット上で飛び交っていた。その門脇が棋院に現れる。腕に覚えのある門脇は勝負勘を取り戻すため、偶然通りかかったヒカルに一局打とうと持ちかける。一方、本因坊戦では、桑原対緒方の戦いが佳境を迎えつつあった！