竜ノ介の伝令神機を介し、謎の侵入者による尸魂界襲撃事件とその被害の甚大さを聞いた一護たち。その場は解散となるも、落ち着かない一護が町内を見廻っていると、かつて行動を共にした破面、ネル・トゥとペッシェ・ガティーシェが虚圏からやってきた。虚圏もまた正体不明の敵に攻撃されており、一護に助けを求める二人。虚圏へ向かおうとする一護たちの前に現れたのは、浦原喜助だった。

浦原喜助の案内のもと虚圏に到着した一護達は、敵の指揮官キルゲ・オピーと対峙し、その正体が滅却師であることを知る。同刻、尸魂界では護廷十三隊の隊長たちが、十二番隊の調査報告を受けて同じ答えに達していた。先の襲撃時に5日後の開戦を告げられた総隊長・山本元柳斎重國は、敵の再来に備えるよう全隊長に命じる。一方、「見えざる帝国」を率いるユーハバッハは闇の中で不敵な笑みを浮かべ…。

「見えざる帝国」による尸魂界殲滅戦が始まった。瀞霊廷内に幾本もの巨大な霊子の火柱が立ち上る。敵勢力・星十字騎士団の廷内への侵入を許してしまった護廷十三隊は、瞬く間に多大なる犠牲者を出す事態となる。隊長格の死神が前線に加わるが、敵に攻撃が通らず戦況は好転しない。朽木白哉をはじめとする隊長たちは、状況を打開するためにもそれぞれ卍解する決意を固めるが…。