現世で虚が次々と消滅しているのが観測され、尸魂界・技術開発局は騒然となる。その頃空座町では、新任の担当死神・行木竜ノ介と斑目志乃が、到着早々に虚と遭遇。突然の襲撃になす術もない二人の窮地を助けたのは、死神代行・黒崎一護と仲間たちだった。翌々日、意識を取り戻した竜ノ介と交流する一護たちの前に、仮面をつけた一人の男が現れる。一方、尸魂界でも異変が起きていて…。

一護が救援に向かっているとの知らせに死神たちは安堵するが、黒腔の中で、一護はキルゲ・オピーの能力に囚われてしまう。技術開発局との通信も途絶えたかに思われたその時、死神たちの声が聞こえてくる。怒声や悲鳴、絶望に満ちた響きの中で、一護の耳に届いた言葉は…。一方、朽木白哉は自身の卍解を奪ったエス・ノトを前に先手を引き受け、その戦いから敵の能力を見極めるよう阿散井恋次に命じるが…。

王悦に「不合格」の判定を下された一護は霊王宮を追い出され、気が付くと現世の自宅前にいた。仲間や父・一心に合わせる顔がないと逃げ出した一護は、バイト先のうなぎ屋を頼る。死神姿でそんな一護を迎えに現れた一心は、自分のことを何も知らない一護では折れた卍解を治せるはずがないと告げ、過去を語り始める。明かされる一護の両親の出会い、母・真咲の真実。その日も、雨が降っていた。

護廷十三隊・十番隊隊長の志波一心は、現世での滅却師・黒崎真咲との遭遇を総隊長には報告しなかった。もう一度真咲に会いに行こうと決める一心。一方真咲は、滅却師の身でありながら死神を助けたことで、石田竜弦の母・依澄に厳しく責められていた。竜弦は真咲を庇おうとするが、突如、真咲の体に異変が起きる。依澄の制止を振り切り、真咲を抱えて家を飛び出す竜弦。そこへ一心が現れて…。

その体に流れる、死神と滅却師の血。自身の出生の真実を知った一護は覚悟を新たにし、尸魂界に戻ることを決めて再び鳳凰殿へと向かう。一方、尸魂界では死神たちが次なる戦いに備えていた。基礎から鍛え直す者、新たな力を求める者。各々が前を向いて、今の己に成せることに励む。そして浅打と共に先へと進んだ一護だったが、王悦から、ここで「斬月」に別れを告げることになると言い放たれる。