黒崎一護（くろさき　いちご）・15歳。ユーレイの見える高校生。特異な能力ゆえに心霊現象のトラブルに巻きこまれる毎日を送る一護は、最近自分の霊力がさらに強くなっていることを感じていた。ある日、街中で幽霊の女の子を襲って化け物が暴れているところに遭遇する一護。化け物の姿は一護以外見えていない。女の子をかばって逃がそうとする一護。襲いかかってくる化け物。その時、黒装束の少女が現れ、刀をかまえて化け物に立ち向かっていった。

『呪いのインコ』に取り憑いていたホロウ・シュリーカーと戦うルキアとチャド。力が戻っていないルキアとホロウを見ることが出来ないチャドは連携しながらなんとかホロウと互角に戦う。しかしこれまでに何人もの死神を撃退してきたシュリーカーは何重にも罠をはっていた。そのころ一護は、インコの少年の魂の凄惨な記憶にショックを受けて倒れた一護の妹・夏梨（かりん）を家に送っていてルキア達の危機に気付いていなかった。

死神を憎む最後の滅却師（クインシー）・石田雨竜（いしだ　うりゅう）が、一護に勝負を持ちかけてくる。それは、『撒き餌を使ってホロウを街におびき寄せ、どちらがより多くのホロウを倒せるか』という最悪の方法だった。拒否する一護の意向を無視して勝負を開始する石田。空座町に次々とホロウが集まってくる。ホロウは霊力の高い人間から襲う習性がある。家族の身を案じて走り出す一護。しかし、ホロウに狙われているのは夏梨たちだけではなかった。

開かれた『白道門（はくとうもん）』の前に立ちはだかる護廷十三隊の三番隊隊長・市丸ギン。隊長という存在を知らない一護は、いきなりギンに斬りかかる。驚愕する夜一を横に平然としている一護。一方ギンは、一護の名を聞くといきなり斬魄刀を解放して攻撃してきた。かろうじて斬月（ざんげつ）で防御する一護だったが、結局、門は閉ざされてしまう。途方にくれる一護達。その時、隠れていた流魂街の住民が一護達の前に姿を現す。

ついに一護と恋次の激闘が始まった。斬月を振りかざす一護に対して、いきなり蛇尾丸（ざびまる）を解放する恋次。最初は互角に渡り合う二人だったが、次第に恋次に押され始める一護。現世では力を制限されていたという恋次の霊力は前に戦った時の五倍だという。蛇尾丸の猛攻に必死に耐える一護は、その攻撃に一定のパターンがあることに気付いた。何度目かの攻撃を受けきった一護は、その隙をついて反撃に出ようとするが…。

暴走の末に十番隊隊長の日番谷に捕らえられた雛森は、五番隊の牢に入れられていた。その雛森の所に、死んだ藍染からの手紙を届けに十番隊副隊長の松本乱菊（まつもと　らんぎく）が現れる。手紙には、藍染がつきとめた尸魂界を巡る恐ろしい陰謀の全てが書かれていた。一方一護達は、十一番隊隊長・更木剣八（ざらき　けんぱち）と遭遇。その凄まじい霊圧に圧倒される一護たち。一護はガンジュと花太郎を先に逃がし、単身剣八に戦いを挑む。

マユリは石田の祖父・宗弦（そうけん）を実験材料にしてなぶり殺しにした敵だった。怒りに燃える石田は、クインシーの誇りにかけてマユリを倒そうとする。クインシー究極の最高戦闘術・『乱装天傀（らんそうてんがい）』を使い、マユリの斬魂刀によって麻痺した手足を強制的に動かして戦う石田。戦いながら祖父の事、父の事、クインシーの事を思う。そして、ある決意を秘めて宗弦から授かった手袋・散霊手套（さんれいしゅとう）を外す。

ルキアは十三番隊副隊長・志波海燕の夢を見る。十三番隊に入隊したルキアは、名門・朽木家の養子ということで他の隊員たちと打ち解けずにいた。そんな中海燕だけがルキアを普通に扱ってくれた。海燕の存在に心地よさを感じるルキア。ある日、海燕の妻の第三席の都（みやこ）に虚の偵察任務が下るが、偵察隊は虚に襲われて都を除き全滅する。一命を取り留めた都だけが陣に運び込まれる。その夜、十三番隊の隊員たちが何者かに襲われる。

貫井は獏爻刀「砕我」の弱点を利用し、一護を捕らえるための罠として使う。その策略にはまってしまい、獏爻刀・砕我の鏡の空間に閉じ込められてしまった一護。その空間は、閉じ込めた相手の記憶の中にある思い出を使って悪夢を見せる。一護の前に現れたのは、在りし日の母「真咲（まさき）」の姿だった。母との思い出からその死までを見せつけられる一護は、精神的に追い詰められていく。幻影の真咲の前になす術のない一護。その時、一護の体から巨大な霊圧があふれ出す。

朽木家に現れたのは、村正との戦いで死んでいった死神たちの斬魄刀が実体化したままの姿“刀獣”であることが分かった。持主をなくし暴走する斬魄刀たちに対して、ソウルソサエティではすぐさま討伐命令が出される。更には、混乱に乗じて現世に紛れ込んでいる刀獣もいるということで、日番谷、氷輪丸、乱菊、灰猫の４人が現世に派遣されてくる。だが、時は既に遅く。主を捜し求めている一体の刀獣が虚と合体し、人々を狙う機会を窺っていた！

苦戦する霊骸たちとの戦いに、総隊長・山本元柳斎が立ち上がった。

元柳斎は、望実の力は必要ないと断言し、霊骸の卯ノ花、浮竹、京楽と対峙。

そこへ、一護と望実も現れ、それぞれ1vs1の戦闘となる。

だが、霊圧が少なくなっている一護も、そして望実も次第に圧されていく。

そんな中、元柳斎は斬魄刀「流刃若火」を使って周囲を一掃。

猛烈な炎は、霊骸たちだけでなく、一護と望実をも巻き込んでしまう。