Nukui Hanza atrapa a Ichigo en una ilusión de su pasado. El trágico pasado de la madre de Ichigo quien falleció con el fin de protegerlo, al final Ichigo se libera de esa pesadilla y pelea contra Nukui, pero Nukui por seguir sacando más reiatsu en su Bakoto, esta termina por absorberlo y explota.

Urahara y Hiyori llegan al Nido de gusanos, que es el lugar donde encierran a los Shinigami que no han cometido crímenes pero que son considerados peligrosos, allí le pide a Mayuri Kurotsuchi que se una a la organización de desarrollo tecnológico que piensa crear a cambio de salir de su encierro. Mientras tanto Aizen conoce a un niño genio que se graduó en sólo un año, Gin Ichimaru. Rápidamente avanzan 9 años, algunos Shinigami son afectados por un extraño virus.

Finalmente Urahara y Tessai han descubierto a Aizen y los capitanes y tenientes convertidos en hollow. Aizen logra a escapar con Tousen y el pequeño Gin, y Tessai usa una técnica prohibida para llevar los heridos a la 12ª división donde Urahara le enseña el Hougyoku, y le explica que. al usarlo, existe un 20% de probabilidad de curarlos, pero el intento, al parecer, falla. Más tarde, Urahara y Tessai son acusados por la Central 46 de crímenes contra los capitanes y tenientes por haber encontrado investigaciones de transformación a Hollows en sus instalaciones. En ese instante aparece un intruso que logra rescatarlos. Era Yoruichi, quien junto con Urahara, Tessai y los actuales Vizards (ahora colocados cada uno en un Gigai hecho por Urahara) se esconden en el mundo humano.