ジェイムズ・リンクス、49歳。宇宙貨物船エンダー号で運び屋家業を営む、飲んだくれで、女好きの中年男。そのジェイムズの元へ、コンテナ移送の仕事が舞い込む。この仕事を持ってきた仲介屋ライアーの弁によると、ジェイムズの腕を見込み、名指しで地球まで運んで欲しいと頼まれたという。だが、この運搬物とは関係した連中が次々に奇妙な事故で命を落としてきたという厄介な代物であった。

謎の男「ヤン」が駆るLEVの襲撃を壮絶な機動性で撃退したドロレス。だが、何も分からぬまま彼女に搭乗したジェイムズは、この事件が元で殺人犯として地球圏から追われるハメに陥ってしまう。

ドロレスの音声プログラムに刻まれた不可思議な声。それはレイチェルがジェイムズに託した「ドロレスを誰にも渡さないで」というメッセージだった。5年前に火星で死んだと思っていた妻が生きているのか……。ドロレスを問いつめるジェイムズ。しかし、それ以上の記録は彼女に残されてはいなかった。

ドロレスやレイチェルにまつわる様々な謎を解き、事態を収拾する為火星へ向かうことを決めたジェイムズ。そんな彼が厳重な警戒網が敷かれた軌道エレベーターに代わり、宇宙に上る手段として目を付けたのは、博物館に置かれた廃棄寸前の展示ロケット・フューチャーだった。　

大気圏を離脱したロケットの進路で待ち構えるワイヤードのLEVを薙ぎ払う為、危険を承知でドロレスで出撃するジェイムズ。しかし、彼らを待ち構えていたのは、LEV編隊を瞬時の内に破壊した謎の機体、第2のヤンが操るラプター型のオービタルフレームだった。奇妙な感覚に襲われ、ヤン機と戦う事を嫌がるドロレス。それはプログラムの奥底に刻まれた「指令」なのだろうか。そして熾烈な戦闘の果て、窮地に追い込まれたドロレスの中で、ついに彼女のもう一つの人格、「イシス」が目覚める。

廃棄衛星の罠で満身創痍となったドロレスは、セントラルステーションに辿り着くや、眠るように機能を停止してしまった。……そんなドロレスが隠されたドックが間近にある事を知らず、捕らえたレオンを拷問にかけ、ドロレスの居場所を吐かせようとする第2のヤン。これまで父の妄言だと思っていた様々な事件の「真実」を知り、レオンは愕然する。

ワイヤードの執拗な追撃から逃れる為、ジェイムズ達はザルガスと呼ばれるコロニーへ向かった。そこは裏社会の人間すら脅える、地球圏最悪のシンジケート「レッド・ハーベスト」の本拠地。密輸で稼いでいる連中なら、非合法なウーレンベックカタパルトを持っているはず。と判断し、それを借り火星圏まで一気に向かおうと考えた。

金塊密輸の現場を押さえようと殺到した、国連地球軍LEV部隊の猛烈な銃火に曝され続けるドロレス。だが、家族を人質に取られたジェイムズに退くことは許されない。不幸なことにそこへバーンが率いるワイヤード部隊までもが現れてしまう。

何とかウーレンベックカタパルトで火星に向かう事が出来たジェイムズ達。彼らは火星到着までの2週間を、エンダー号の個室でそれぞれ過ごしていたが、またもや彼らを弄ぶかのように絶体絶命の危機が訪れてしまう。

国連地球軍が廃棄した資源開発用の小惑星クドシュを奇跡的に見つけ出し、宇宙の藻屑にならずにすんだジェイムズ達は、そこでエンダー号の補給や修理を済ませ、更に軍の機密回線から5年前にレイチェルが消息を絶った「ダイモス事件」の極秘資料を入手する。

厳重な監視機動衛星に守られた火星にどうやって降りるのか……。ジェイムズが選んだ作戦は、火星軌道のゴミ貯めSG7宙域に不法投棄された廃品を使って、降下用のカプセルを作るという、またまた無謀なものであった。

難破事故を装って火星の海に浮かぶ「酸素製造工場」に潜り込んだジェイムズ達は、訪ねる者も少なく退屈していた駐在員達に暖かくもてなされた。久しぶりにありつけた普通の食事に大満足するジェイムズ達。 だが、彼らの行く先々にまたもやトラブルがつきまとってしまう。

木星のアンテリアで地球軍を退けた「バフラム軍」の凱旋を祝う式典が、火星のバシリアカウンティで催される。木星の次は我々が解放される番だとマーシャン達を煽動する将軍・ルドガーと、その背後で暗躍するネレイダム社のナフス・プレミンジャー。一方、防衛システムの目をすり抜け、ジェイムズ達は砂漠の果てにあるエスカトンという街に辿り着く。

火星で出会った初めての強敵、オービタルフレーム、ネイトを激闘の果てに撃墜するドロレス。しかし、その操縦席に乗っていた少女・レベッカは、バフラム兵の誇りに殉じる為躊躇することなく自機を爆破。ドロレスは咄嗟の判断でネイトのコクピットを切断しレベッカを救うが、爆発の衝撃でボディや回路に異常が起きてしまう。

ドロレスの修復が完了し、いつ止むか分からぬ火星の砂嵐の中にジェイムズとレベッカは旅立った。残虐で差別的な敵であるはずの地球人が、なぜ捕虜である自分を虐待せず、しかも近郊の街まで送り届けようとするのか。レベッカはジェイムズの規格外の行動が理解できず迷い苛立つ。

ネレイダムの開発センターに帰還したレベッカは、敵の捕虜になり、しかも温情にすがって無傷で帰還した事をナフスに咎められる。人と人が理解し、受け入れ合う事など幻影であり、幻を信じ続けた結果が現在の火星の惨状だと訴えるナフスは、義理の娘であり、崇高な使命を帯びた同志であるレベッカに「情」を捨てろと諭す。そんな時、開発センターに驚異的な速度で接近する謎の機影が現れる。

トレーラーの整備パーツが壊れ、パーツ買い出しの理由でジェイムズが立ち寄ったエイピアスフィア。そこはジェイムズが家族の在り方を知るきっかけとなった「HOW TO BE A DADDY」の執筆者、アイザック・バレットの理想に賛同し、集まった人々によって作られた街だった。

バーンによって、火星圏全体に指名手配映像が流され、またもやジェイムズ達は表通りを堂々と歩けぬ身となってしまった。疑惑を晴らす為には、一刻も早く謎の男・ヤンを捕らえるか、事件の真相を知るレイチェルを探し出すしかなかった。

ジェイムズ達はニコライが遺したデータから、ノクティス基地にレイチェルが幽閉されている事を突き止めた。レイチェル救出のため、ジェイムスは戦闘力を少しでもアップさせようと、ドロレスのプログラムに潜り込み、彼女に秘められたイシスの戦闘システムの一部を解放するのであった。

レイチェルによって明かされたドロレス誕生の謎……。やはり彼女は火星が開発した地球圏制圧の切り札だった。その任務はマス・コントロールシステムで無人のオービタルフレーム部隊を指揮し、地球の軌道エレベーターを奇襲・制圧する事であった……。

火星の穏健派達を謀殺したクーデター軍は、国連地球軍に対しても攻撃を開始。これらは全て「A(アブシンベル)」と呼ばれる作戦を成功させる為の囮だった。バフラムは、ナフスことラダム・レヴァンスが駆るイドロの姉妹機ハトールを旗機とした、数100機のオービタルフレームを、ダイモスステーションへと射出するつもりであった。

打ち上げが開始されるシャトル。それを止められないジェイムズ達。そこへワイヤードがやって来る。あくまでジェイムズ逮捕にこだわるバーンだが、この事態に部下のサメジはバーンの権限を剥奪、シャトルを止めようとする。突如、クーデター軍に異変が起きる……。

ハトールの圧倒的な力で、ドロレスからマス・コントロールシステムのプログラムを奪ったラダムは、ダイモスステーションの宇宙船を全て破壊し、地球圏に向う。意識を取り戻したジェイムズは闘志を沸き立たせるが、火星圏の人々は身勝手な事に、今度は地球が滅んだ後に人類が居住可能な星となる「火星」の覇権を巡り、なおも無意味な戦いを続けていた。

地球圏に到達し、戦艦アブシンベルでマスキャッチャーを破壊、その先にある月面基地の防衛網を突破したラダムは、無人のラプター機で編成されたオービタルフレーム部隊を囮にし、軌道エレベーターのバランスを担うアンカーステーションを狙う。

崩壊が始まった軌道エレベーターのバランスを維持する為、エンダー号でセントラルステーションに突入し、管制室に急ぐレオン、ノエル、レイチェル達。管制官達はアジャスターホイールを始動させて軌道エレベーターのバランスを保とうと試みる。