L'ambassadeur Mollari s'associe avec Lord Refa, un centauri haut placé qui intrigue en vue de prendre le pouvoir dès que l'Empereur Turhan sera mort. La station reçoit la visite de technomages . Lorsque Londo l'apprend, il devient obsédé par l'idée d'obtenir une entrevue auprès d'eux...Ivanova est promue au rang de commandant et est chargée par Sheridan de régler différents conflits diplomatiques sur la station: sa première mission sera de jouer les arbîtres entre deux groupes de Drazis, les verts et les violets...

Lors d'une altercation avec un minbari, Lovell, de la caste guerrière, le Commandant Sheridan tue ce dernier en état de légitime défense. Mais le capitaine se retrouve dans une mauvaise posture lorsque le seul témoin, Ashan, un autre minbari, va affirmer qu'il a tué Lovell de sang froid. Lennier décide alors de mener l'enquête afin de découvrir la vérité...Un magasin de souvenirs, l'Emporium, ouvre ses portes sur la station. Si au départ Sheridan y est plutôt favorable, l'un des articles vendus par l'Emporium va le faire changer d'avis...

G'Kar commence à organiser un mouvement de résistance depuis Babylon 5, dans l'espoir de délivrer sa planète du joug des Centauris. Dans ce but, il achète des armes à tous ceux qui acceptent de lui en vendre, et avec l'aide de Garibaldi, il les fait parvenir sur sa planète. Mais les autres Narns de Babylon 5 hésitent encore à le suivre: ils informent G'Kar qu'ils ne le feront que s'il parvient à leur communiquer des nouvelles de leurs familles sur Narn...L'ambassadeur Kosh a fait venir un inquisiteur afin de tester Delenn, en prévision de la Grande Guerre qui approche. Cette inquisiteur, Sébastian, va torturer et humilier Delenn jusqu'à ce que Sheridan vienne à son secours: ce sera alors au tour de John d'affronter ses questions et au tour de Delenn de le sauver...

Babylon 5 doit faire face à une série d'attentats à la bombe. Lors de l'une des explosions, Lennier est presque tué en sauvant la vie des Ambassadeurs Delenn et Mollari: il se retrouve au Medlab. Un peu plus tard, alors que Londo est dans un des tubes de transport de la station avec G'Kar, une autre bombe explose: ils sont tous les deux sains et saufs mais se retrouvent bloqués ensemble dans les décombres...Sheridan et Ivanova vont demander l'aide du Frère Théo et de son ordre, qui viennent d'arriver sur la station, afin de repérer le poseur de bombes...

Garibaldi reçoit des informations en provenance du Dr Kirkish de Mars: elle l'informe de la découverte par IPX (société d'expéditions inter-planétaires) de vaisseaux des Ombres sur Mars et Ganymède. Pendant ce temps, l'enquête sur le rôle du président Clark dans la mort de Santiago continue sur Terre. Mais la Garde de Nuit a de plus en plus de soupçons à l'égard de Sheridan et de son équipe: Zack est chargé d'espionner Garibaldi. G'Kar, de son côté, est toujours en prison après son agression contre l'ambassadeur Mollari: il met à profit ce temps libre pour réfléchir sur tout ce qui vient de se passer et écrire.

Un homme qui prétend être le roi Arthur, arrive sur Babylon 5. Il est hanté par le souvenir d'une terrible guerre, née d'un malentendu dont il se sent en partie coupable: il porte sur ses épaules toute la responsabilité de l'erreur commise par les siens. Il est venu sur Babylon 5 afin de terminer sa quête: rendre l'épée Excalibur à la Dame du Lac. Arthur va faire la connaissance de G'Kar: les deux hommes vont se lier d'amitié. L'équipage de la station cherche à élucider qui est vraiment cet homme en habit de chevalier, qui dit être le roi Arthur...Sheridan et Ivanova cherchent à conclure un accord avec la Ligue des Mondes non alignés afin que leurs vaisseaux participent à la protection de la station, assurée uniquement par les vaisseaux minbaris pour l'instant...

Bester se rend sur Babylon 5 afin d'avertir le Commandant Sheridan qu'un vaisseau, d'origine terrienne, contient des armes à destination des Ombres. Après avoir intercepté le vaisseau, l'équipage de Babylon 5 a la surprise de découvrir que les armes sont en fait des télépathes cryogénisés ayant tous des implants particuliers au niveau du cerveau. Sheridan et son équipe cherchent alors à comprendre pour quelle raison et dans quel but les Ombres ont besoin de ces télépathes. Mais lorsque Bester reconnait l'un d'entre eux comme étant Carolyn, le seul amour de sa vie, il promet à Sheridan de lui apporter son aide dans sa lutte contre les ténèbres si Carolyn échappe aux Ombres...G'Kar demande une nouvelle fois à faire partie de l'Armée de Lumière: mais avant d'accepter, Delenn doit lui avouer qu'elle savait depuis longtemps que les Ombres étaient les alliés des Centauris... Garibaldi, en étudiant le livre de G'Quan, fait une surprenante découverte: il existe un lien entre les Ombres et le fait que tous les télépathes Narns aient disparu il y a mille ans...

Sur Minbar, l'ambassadeur Sinclair devenu le chef des Rangers, reçoit un message vieux de 900 ans provenant de Valen. Delenn, sur Babylon 5, en a également reçu un. Alors que Sinclair se rend sur la station, l'équipage capte un surprenant message de détresse: c'est Susan Ivanova, huit jours dans le futur, qui annonce que l'ennemi vient de prendre la station...Sinclair et Delenn expliquent alors à John, Susan et Marcus qu'il s'agit d'un message provenant d'un futur possible et qu'afin de l'éviter, ils doivent tous partir avec l'Etoile Céleste pour le secteur 14, là où se trouve la faille temporelle qui a emporté Babylon 4 dans le temps en 2254. En chemin, un des aides de Draal et de la Grande Machine d'Epsilon 3, Zathras, se joint à eux: il est là pour les aider à passer la faille temporelle sans dommage et à rejoindre Babylon 4 dont ils vont avoir besoin...Mais le stabilisateur temporel de John est détérioré et il se retrouve projeté dans le temps, 17 ans dans le futur sur Centauri 1er...

John Sheridan est prisonnier, 17 ans dans le futur, sur Centauri 1er: il va faire de stupéfiantes découvertes sur son avenir, celui de Delenn et de Londo...Pendant ce temps, Jeffrey, Delenn, Susan et Marcus, accompagnés de Zathras, tentent de prendre le contrôle de Babylon 4. Leur but est de transporter la station mille ans en arrière, où elle doit servir de base aux Minbaris pour gagner la guerre contre les Ombres: cela signifie qu'un d'entre eux devra rester avec Babylon 4 afin de la ramener dans le passé...Mais la station se retrouve projetée en 2258, dans un premier temps, à l'époque où Garibaldi et Sinclair l'avaient évacuée après avoir reçu un message de détresse. Zathras et Delenn cherchent également un moyen de sauver John et de le ramener définitivement dans le présent...

Alors que Minbar est au bord de la guerre civile, Delenn et Lennier décident d'y retourner: en route Delenn a une entrevue avec Neroon, de la caste guerrière. Elle espère ainsi trouver une solution aux désaccords qui existent entre les deux castes et éviter le pire: mais il semble que la haine et l'incompréhension, qui règnent entre les guerriers et les religieux, soient bien trop importantes...Sur Babylon 5, Sheridan doit convaincre La Ligue des Mondes non Alignés d'accepter une patrouille d'Etoiles Célestes à leurs frontières: Susan et "La Voix de la Résistance" vont lui venir en aide...

Les attaques des forces terriennes contre les colonies civiles ayant proclamé leur indépendance continuent: Sheridan et sa flotte partent alors au secours de Proxima 3, une de ces colonies, afin de la délivrer...Au sein même des militaires de l'Alliance Terrienne, certains doutent des actions du président Clark et décident de passer du côté de Babylon 5. La Ligue des Mondes non Alignés accepte de participer à la protection de la station. Londo, de son côté, veut convaincre G'Kar de signer un traité, assurant que les Centauris et les Narns soutiendront Sheridan dans ses actions...Garibaldi quitte Babylon 5 pour aller travailler chez "Edgars Industries", sur Mars...

Selon le pacte passé avec Edgars, Garibaldi attire Sheridan dans un piège: il l'informe que son père a été capturé par les hommes de Clark et qu'il doit se rendre immédiatement sur Mars s'il veut le sauver. John, bien que conscient des risques, part aussitôt pour la planète rouge...Franklin et Lyta débarquent sur Mars avec les télépathes cryogénisés et rejoignent la Résistance...Edgars et Garibaldi ont une longue discussion: Michael apprend ainsi que son patron a conçu un virus tuant les personnes porteuses du gène télépathe! Mais ce qu'Edgars ignore, c'est que Garibaldi est depuis plusieurs mois (depuis son enlèvement) sous l'influence d'un membre important du Corps Psi...d'où ses pertes de mémoire et son attitude étrange. Lorsque Susan apprend que Garibaldi a attiré John dans un piège, elle lance l'ordre à la première personne qui le retrouve de le descendre...L'Agamemnon, que Sheridan a commandé autrefois, rejoint la Résistance.

G'Kar tente de trouver la meilleure Déclaration de Principes pour l'A.I, afin que tous les peuples acceptent de la ratifier...Un Ranger, gravement blessé, arrive à regagner Babylon 5 mais tombe dans le coma aussitôt après. En le scannant, Lyta découvre qu'une colonie, proche de l'espace Drazi, est attaquée: Sheridan envoie alors la flotte d'Etoiles Célestes à son secours...Garibaldi tente de convaincre Byron d'associer ses télépathes aux actions des Services de Renseignement de l'A.I. Comme Byron refuse, Lyta est chargée d'aller lui parler: le chef du groupe rebelle de télépathes va lui apprendre quelque chose de très intéressant concernant l'origine des attaques contre la fameuse colonie bordant l'espace Drazi...

Delenn demande secrètement à Lennier de collecter autant d'informations que possible sur le rôle des Centauris dans les attaques envers les vaisseaux de l'A.I : le jeune Ranger est envoyé sur une des Etoiles Célestes, officiellement pour son entrainement...Londo annonce à Vir qu'il compte sur lui pour le remplacer en tant qu'ambassadeur Centauri de Babylon 5, lorsque lui-même deviendra l'Empereur Mollari...Le docteur Franklin installe à G'Kar son nouvel oeil synthétique. Stephen en profite pour lui parler de son livre, le Livre de G'Kar, et lui demande la permission de venir assister aux discussions "philosophiques" qu'il anime...Garibaldi s'enfonce de plus en plus dans ses problèmes d'alcoolisme, et de ce fait, néglige ses responsabilités...