En 2257, le commandant Sinclair et les officiels de Babylon 5 s'apprêtent à accueillir l'ambassadeur Kosh du puissant et mystérieux Empire Vorlon. Mais à peine celui-ci est-il arrivé sur la station, qu'il est victime une tentative d'assassinat: au Medlab, le docteur Kyle ne peut rien faire étant donné que Kosh est enfermé dans une sorte de carapace protectrice et que l'Empire Vorlon refuse catégoriquement qu'elle soit ouverte. Mais Sinclair passe outre les ordres des Vorlons afin de sauver Kosh: le docteur Kyle ouvre en partie sa combinaison et Lyta Alexander, la télépathe commerciale de la station, le scanne dans le but de découvrir ce qui s'est passé. Durant le scan, elle va découvrir que l'ambassadeur a été empoisonné par le commandant Sinclair! Les Vorlons demandent alors l'extradition du commandant vers leur monde, et Sinclair, bien que clamant son innocence, n'a pas d'autres choix que de s'y résoudre. Garibaldi décide alors de mener l'enquête dans le but de découvrir le véritable coupable...

Les relations entre les Narns et les Centauris se dégradent après que le régime Narn ait pris le contrôle de Ragesh 3, une colonie Centauri...Le commandant Sinclair doit gérer la situation sur la station. Le gouvernement Centauri a envoyé un nouvel assistant à l'ambassadeur Mollari: Vir Cotto. Babylon 5 accueille également sa nouvelle télépathe commerciale: Talia Winters. Mais le nouveau lieutenant-commandant, Susan Ivanova, ne semble pas très heureuse de son arrivée...Garibaldi de son côté, enquète sur des attaques menées par un commando (les Raiders) visant différents vaisseaux de transport.

Babylon 5 accueille son nouveau docteur: Stephen Franklin. Mais l'arrivée d'un "chasseur d'âmes" crée la panique sur la station, d'autant plus que celui-ci ne se contente pas de prendre l'âme des personnes qui viennent de mourir: afin de récupérer les âmes plus vite, il tue les personnes lui-même. Et sa prochaine victime est l'ambassadeur Delenn...Mais heureusement Sinclair viendra à son secours.

L'ambassadeur Mollari tombe amoureux d'une danseuse Centauri: Adira Tyree. Il découvrira par la suite qu'elle avait été chargée de voler ses dossiers pourpres, dans le but de les revendre à l'ambassadeur G'Kar...Lorsqu'Adira finit par refuser de trahir Londo et s'enfuit, Mollari demande l'aide du Commandant Sinclair afin de la retrouver et de la sauver...Le chef de la sécurité Garibaldi cherche à découvrir qui utilise de manière illégale le Canal Or...

Le professeur Vance Hendricks arrive sur Babylon 5 avec des éléments non identifiés provenant de la planète non habitée Ikaara 7. Il vient demander l'aide du Docteur Franklin afin de découvrir la nature de ces artéfacts. Après que son assistant, Nelson Drake, ait malencontreusement activé l'un d'entre eux, il se transforme en une sorte de machine tueuse bio-organique: son rôle est de détruire tout ce qui génétiquement n'est pas pur Ikaarien...

Afin de promouvoir la paix et la compréhention entre les peuples, Babylon 5 organise un ensemble de cérémonies où chaque peuple, ou groupe, pourra présenter ses rites religieux. Alors que Sinclair retrouve Catherine Sakai, une ancienne flamme, G'Kar doit, de son côté, démasquer un assassin qui a mis sa tête à prix. Il fait également la connaissance de Na'Toth, sa nouvelle assistante.

Deux policiers du Corps Psi, Bester et Kelsey, arrivent sur Babylon 5. Ils sont à la recherche de Jason Ironheart, un télépathe en fuite. Celui-ci s'est réfugié chez Talia Winters dont il a été l'amant: il lui explique que le Corps Psi a effectué des expériences sur lui et que ses pouvoirs, qui se développent rapidement, vont atteindre un niveau phénoménal d'ici très peu de temps. Talia et le commandant Sinclair l'aideront à échapper à Bester. Pendant ce temps, Catherine Sakai décide de se rendre près de Sigma 957, malgré la mise en garde de G'Kar au sujet d'étranges phénomènes qui s'y produiraient...

La station connait une vague d'attaques anti-extraterrestres, organisée par un groupe Pro-terrien. L'une de leurs premières victimes est Shaal Mayan, une poétesse minbari qui était venue rendre visite à son amie d'enfance Delenn. Le Commandant Sinclair décide alors de mener l'enquête. Susan Ivanova a la surprise de retrouver un de ses anciens amants: Malcom Biggs. Celui-ci prétend avoir l'intention de s'installer sur la station afin de rester auprès d'elle...D'autre part, un jeune couple de Centauris (Kiron Maray et Aria Tensus) vient demander l'aide de l'ambassadeur Mollari: ils refusent de se soumettre aux mariages arrangés que leurs familles respectives ont organisés pour eux.

Le commandant Sinclair est kidnappé par deux individus étranges appartenant à une organisation secrète terrienne. Les deux hommes le connectent à une machine de réalité virtuelle dans le but de prouver que Sinclair a trahi la Terre durant la "Bataille de la Ligne" contre les Minbaris en 2247. Alors que le chef de la sécurité, Michael Garibaldi, recherche activement le commandant, celui-ci commence à se souvenir de ce qui s'est passé: il se revoit kidnappé par un croiseur minbari, puis interrogé et scanné par différentes personnes appartenant au Conseil Gris. Parmi les visages minbaris qu'il aperçoit, il en est un qui lui est à présent familier...c'est celui de Delenn !

La criminelle de guerre Jha'dur, appelée aussi la Brute, arrive sur Babylon 5 afin de vendre au plus offrant son sérum d'immortalité. Les problèmes commencent quand les officiels et les ambassadeurs apprennent sa présence: la Terre veut étudier son sérum d'immortalité alors que la Ligue des Mondes non Alignés veut qu'elle soit jugée pour ses crimes...L'ambassadeur Vorlon Kosh demande à Talia Winters de superviser des négociations avec un étrange homme appelé Abbut...

Le docteur Franklin doit s'occuper d'un jeune enfant extraterrestre, Shon, qui est mourant. Le seul moyen de le sauver consiste en une opération, mais les parents s'y refusent car d'après leurs croyances, si Shon est opéré, il perdra son âme. Pendant ce temps, le lieutenant-commandant Susan Ivanova, doit faire face aux attaques des Raiders.

Le major Lianna Kemmer, dont le père fut l'ami de Garibaldi, arrive sur Babylon 5 afin de superviser les derniers préparatifs pour la visite du président Santiago. La tension est vive entre Kemmer et Garibaldi, et le major saute sur l'occasion pour disgracier le chef de la sécurité lorsque celui-ci est accusé d'avoir posé une bombe sur la station. Garibaldi prend alors la fuite et décide de retrouver le véritable coupable par lui-même: mais un de ses vieux démons, son alcoolisme, va refaire surface...

Les dockers de la station décident de se mettre en grêve après que l'un des leurs soit mort dans un accident de travail. Quand les négociations menées par Sinclair échouent, le Sénat terrien décide d'envoyer un de leurs négociateurs, Orin Zento, afin de régler le conflit. Quand celui-ci échoue à son tour, il demande au commandement de Babylon 5 de faire cesser la grêve par tous les moyens nécessaires...Pendant ce temps, l'ambassadeur G'Kar doit organiser une cérémonie religieuse Narn nécessitant une fleur de G'Quan. Or celle-ci a été détruite dans l'accident des docks et la seule autre personne à bord qui en possède une est l'ambassadeur Mollari: G'Kar demande à Sinclair de jouer les médiateurs auprès de Londo...

Les attaques des Raiders se rapprochant toujours plus de la station, l'équipage se prépare à les affronter. Le commandant Sinclair, dont la mémoire de ce qui lui est arrivé durant la Bataille de la Ligne revient doucement, demande à Garibaldi d'apprendre tout ce qu'il peut sur le sujet. L'ambassadeur Mollari de son côté, est entré en possession de l'Oeil, un des plus anciens symboles de la noblesse centauri. Lord Kiro, un descendant du premier empereur centauri, accompagné de sa tante Lady Ladira, vient sur Babylon 5 afin de réclamer l'objet. En arrivant sur la station, Lady Ladira a une vision de la destruction de Babylon 5...

Un étrange humain appelé Morden arrive sur la station: il se rend chez les différents ambassadeurs, tout en évitant soigneusement Kosh, et leur pose à chacun la même et unique question "qu'est-ce que vous voulez ?". La réponse sera différente pour chacun mais celle de Londo signera son destin funeste...

Walker Smith, un boxeur professionel, arrive sur la station avec la ferme intention d'être le premier humain à combattre et gagner au Mutai (sport de combat alien). Un autre visiteur est arrivé en même temps sur Babylon 5: il s'agit du rabbin Yossel Koslov. Celui-ci a rejoint la station dans le but de convaincre Susan Ivanova de faire le deuil de son père, récemment décédé. Mais Susan, qui entretenait des relations difficiles avec son père, refuse...

L'ambassadeur Delenn et Lennier annoncent à Sinclair et Garibaldi la venue d'une personne très importante sur Babylon 5: il s'agit d'Aldous Gajic, un saint homme qui a voué sa vie à la recherche du Graal, et qui vient dans le but de discuter de sa quête avec les différents ambassadeurs extraterrestres. Mais à peine est-il arrivé qu'il est victime d'un pickpocket, Thomas, surnommé "La Guigne", travaillant pour le roi du crime Deuce. Lorsque Garibaldi finit par mettre la main sur "La Guigne", celui-ci supplie qu'on ne l'expulse pas de la station. Aldous décide alors de lui donner une deuxième chance et le prend sous sa protection: ils ne tarderont pas à devenir amis...

Le colonel Ari Ben Zayne et le spécialiste militaire du Corps Psi, Harriman Gray, arrivent sur Babylon 5 afin d'évaluer la loyauté de l'équipage vis à vis de la Terre. Le colonel les informe que tous devront être scannés dans ce but. Le lieutenant-commandant Ivanova fait alors savoir au Commandant Sinclair qu'elle préfère démissionner plutôt que subir un scan. Sinclair, en étudiant la réglementation de l'Alliance Terrienne, découvre qu'un scan ne peut être demandé sur un officier tant qu'aucune charge ne pèse contre lui. Quand le Commandant utilise cet argument contre Ben Zaine, celui-ci l'accuse de travailler contre les intérêts de la Terre et le relève de ses fonctions: désormais Ben Zaine assure le commandement de la station...Lennier de son côté décide d'aider Garibaldi à mener un de ses projets à bien: la reconstruction d'un ancien modèle de moto terrienne datant du 20ème siècle...

Un croiseur minbari, transportant le corps du héros de guerre Branmer, arrive à Babylon 5. Neroon, un minbari de la caste guerrière qui a servi sous les ordres de Branmer durant la guerre Terre-Minbar, amène le corps sur la station dans le but de l'exhiber aux yeux de tous comme le symbole de la lutte des minbaris contre les humains. Quelques temps après, le corps disparait. Le commandant Sinclair et le chef de la sécurité Garibaldi partent alors à sa recherche dans le but d'éviter un incident diplomatique avec les minbaris...Talia Winters et le lieutenant-commandant Susan Ivanova doivent trouver un endroit d'accueil pour la jeune télépathe de 14 ans Alisa Beldon. Talia lui propose de rejoindre le Corps Psi, mais Susan est décidée à lui trouver une autre solution: elle lui arrange différents rendez-vous avec les ambassadeurs aliens de la station, dont G'Kar et Delenn, dans l'espoir qu'Alisa acceptera d'aller vivre dans un de leurs mondes...

Epsilon 3, la planète autour de laquelle Babylon 5 est en orbite, montre soudain des signes d'activités étranges alors qu'elle est censée être déserte. La première navette envoyée pour observer ce qui se passe est attaquée par un système sophistiqué de défense. L'équipage commence alors à penser que la planète est peut-être habitée sous la surface, à plusieurs kilomètres de profondeur. Sinclair et Ivanova décident de se rendre eux-mêmes sur Epsilon 3: vers huit kilomètres sous la surface, ils découvrent des constructions provenant visiblement d'une race très avancée. Toutes ces constructions appartiennent en fait à une gigantesque machine qui contrôle la planète: au coeur de cette machine, Sinclair et Ivanova découvrent Varn un extraterrestre. Mais celui-ci est vieux et fatigué et c'est pour cette raison que la machine n'arrive plus à contrôler l'activité d'Epsilon 3. Pendant ce temps, Garibaldi essaie de joindre sur Mars son ancienne petite amie Lise Hampton, afin de s'assurer qu'elle n'a pas été tuée dans les émeutes qui viennent de s'y dérouler. L'ambassadeur Delenn reçoit la visite de son vieil ami et mentor Draal: celui-ci est venu jusqu'à Babylon 5 pour lui dire au revoir...

Le capitaine Ellis Pierce arrive à bord de l'Hyperion, un croiseur des forces terriennes. Il annonce au Commandant Sinclair que la Terre l'a envoyé afin d'empêcher toute autre race extraterrestre de s'emparer de la technologie se trouvant sur Epsilon 3. Lorsque quelques temps après, il envoie des chasseurs à la surface de la planète, cela déclanche un système d'auto-défense dans le corps central de la machine: dans 48 heures, Epsilon 3 et Babylon 5 par la même occasion, seront réduites en cendres...Varn a été conduit au Medlab afin d'être soigné. Trois personnes l'avaient déjà vu en apparition avant même qu'il n'arrive sur la station: Sinclair, Londo et Draal. Il leur est à présent évident que Varn cherche quelqu'un pour lui succéder au coeur de la Grande Machine d'Epsilon 3...

Babylon 5 reçoit un étrange appel de détresse: d'après son signalement, il semble provenir de Babylon 4 qui avait mystérieusement disparu en 2254, dans le secteur 14. Le Commandant Sinclair organise alors une expédition afin d'évacuer le plus rapidement possible la station avant qu'elle ne risque de redisparaitre à nouveau. Une fois à bord de Babylon 4, Sinclair commence à réaliser que la station est prise dans un champ temporel: elle peut à tout moment repartir vers le passé ou le futur. Sinclair rencontre Zathras, un extraterrestre arrivé mystérieusement sur Babylon 4 et que l'équipage a arrêté. Celui-ci lui explique qu'il est là pour aider l'Unique à voler la station, afin qu'elle retourne vers le passé et serve de base dans une grande guerre contre les forces du mal...De son côté, Delenn se rend au Conseil Gris: les autres membres lui annoncent qu'ils ont enfin choisi un nouveau leader pour remplacer Dukhat et qu'elle est leur choix. Mais si Delenn accepte leur proposition, elle devra abandonner son poste sur Babylon 5...

Alors que le gouvernement Centauri demande à Mollari d'améliorer ses relations avec les autres races extraterrestres de Babylon 5, Londo a justement la visite de Lennier, l'aide de l'ambassadeur Delenn. Il décide de l'emmener faire un tour avec lui sur la station afin de compléter son "éducation": mais les choses tournent mal lorsque l'ambassadeur est accusé d'avoir triché aux cartes et que Lennier et lui se retrouvent impliqués dans une bagarre...Ivanova découvre que le docteur Franklin a ouvert une clinique illégale de soins gratuits dans les Bas-Fonds...De son côté, Franklin apprend qu'une femme, Laura Rosen, utilise une étrange machine extraterrestre pour soigner les gens: cette machine aurait la capacité de prendre l'énergie vitale d'un être et de la transférer dans le corps d'un autre...La justice demande l'aide de la télépathe Talia Winters pour régler l'affaire d'un meurtrier psychopathe...

Les ambassadeurs Mollari et G'Kar se disputent la propriété du Quadrant 37 qui se trouve à la frontière entre leurs deux empires. Mais alors que Londo va être contraint de céder le territoire au régime Narn, Morden reprend contact avec l'ambassadeur et lui propose son aide: les vaisseaux de ses associés se rendent alors au Quadrant 37 et détruisent l'avant-poste militaire narn qui s'y trouvait (et avec celui-ci, les 10 000 narns qui y résidaient). Bien que Londo soit choqué, il ne fera rien pour arrêter Morden et ses sombres associés. Quand G'Kar apprend ce qui s'est passé, il n'arrive pas à croire que les Centauris aient pu mener seuls une telle attaque: il décide alors de quitter la station afin de mener l'enquête...Alors que le Commandant Sinclair annonce officiellement son futur mariage avec Catherine Sakai, le chef de la sécurité Garibaldi découvre un complot visant à assassiner le président de l'Alliance Terrienne Luis Santiago...Delenn de son côté, s'apprête à subir une profonde transformation après avoir eu la confirmation de l'ambassadeur Kosh que "le moment était venu"...

Alors que Jeffrey Sinclair a été réassigné et est devenu le premier ambassadeur humain sur Minbar, Babylon 5 accueille son nouveau commandant: le capitaine John Sheridan. Si le gouvernement terrien voit d'un très bon oeil son arrivée aux commandes, il en est tout autrement pour les Minbaris: pour eux, Sheridan est le "tueur d'étoiles", le seul humain qui ait réussi à détruire un de leurs croiseurs durant la guerre. La première crise qu'il a à résoudre va d'ailleurs l'opposer à un croiseur minbari rebel: le Tragati. Son commandant, Kalain, n'a jamais accepté que les Minbaris aient signé la reddition face aux humains...

Elisabeth, la jeune soeur du Commandant Sheridan, arrive à bord de la station. Elle vient rendre visite à son frère afin de le persuader d'accepter la mort de sa femme Anna et de le convaincre de recommencer à vivre. Quelques temps après, l'ambassadeur G'Kar est de retour sur Babylon 5: il revient avec un avertissement: une ancienne et sombre race s'est éveillée et menace toute la galaxie. Mais personne ne semble alors prendre l'ambassadeur au sérieux...Le docteur Franklin décide d'utiliser la machine alien qui permet de transférer de l'énergie d'un individu vers un autre, afin de sauver Garibaldi qui est toujours dans le coma...L'ambassadeur Delenn sort enfin de sa chrysalide: sa nouvelle apparence va surprendre les habitants de Babylon 5...

L'ambassadeur Mollari s'associe avec Lord Refa, un centauri haut placé qui intrigue en vue de prendre le pouvoir dès que l'Empereur Turhan sera mort. La station reçoit la visite de technomages . Lorsque Londo l'apprend, il devient obsédé par l'idée d'obtenir une entrevue auprès d'eux...Ivanova est promue au rang de commandant et est chargée par Sheridan de régler différents conflits diplomatiques sur la station: sa première mission sera de jouer les arbîtres entre deux groupes de Drazis, les verts et les violets...

Le capitaine Jack Maynard, sous les ordres de qui Sheridan a servi autrefois, arrive sur Babylon 5 afin de ravitailler son vaisseau d'exploration le Cortez. Maynard est étonné par tout ce qu'il voit sur la station mais il affirmera pourtant à Sheridan que ce qu'il a observé ces derniers temps dans les limbes est bien plus étrange et inquiétant encore...Quelques temps après, alors que le vaisseau est reparti pour les limbes, il subit une explosion et se met à errer au hasard dans l'hyperespace. Le Cortez n'a alors plus qu'un seul espoir: que Babylon 5 reçoive son message de détresse et vienne à son secours...Depuis sa transformation, Delenn semble mal acceptée par les siens. Tous se demandent si elle est encore une minbari...Le docteur Franklin, qui trouve que l'équipage se nourrit mal, a préparé un plan de régime alimentaire pour Ivanova, Garibaldi et Sheridan.

Le Copernicus, un vaisseau envoyé en mission par la Terre il y a plus de cent ans, échoue sur Babylon 5. A bord, les deux humains de l'équipage sont en hibernation dans une suspension cryogénique: mais alors que la femme, Maria, est toujours vivante, son compagnon Will est mort durant le voyage. Maria devient alors la principale suspecte. Mais après être sortie de son état d'hibernation, la jeune femme affirme qu'elle n'y est pour rien. Elle est par contre hantée par d'horribles cauchemars et est persuadée qu'un monstre, un serviteur des forces du mal, était à bord du Copernicus et qu'il est donc sur la station à présent...

Taro Isogi, responsable de la société FutureCorp, rencontre Amanda Carter du Conglomérat Martien sur Babylon 5: leur but est de trouver une solution pacifique à la crise martienne. Très peu de temps après cela, Isogi est assassiné par un fanatique indépendantiste martien. Le meurtrier réalise alors qu'un témoin a vu toute la scène: il s'agit de la télépathe Talia Winters. Au moment où l'assassin va pour la tuer à son tour, Talia scanne son esprit; mais elle n'y voit qu'une seule scène sans arrêt répétée: la mort de l'homme en question. Celui-ci apparait alors complètement désorienté et terrorisé, et il s'enfuit, laissant Talia en vie. Peu de temps après, le meurtrier est identifié comme étant Abel Horn, un indépendantiste martien mort en 2258 lors de la rebellion sur Mars...

L'ambassadeur Mollari est fou de joie quand l'Empereur Turhan lui donne la permission de divorcer de deux de ses trois femmes: Mariel, Daggair et Timov. Alors que les trois sont venues le rejoindre sur Babylon 5, un seul problème se pose à lui: laquelle garder!...Talia Winters a la surprise de voir arriver son ex-mari Matthew Stoner sur la station: celui-ci prétend avoir quitté le Corps Psi après avoir perdu ses pouvoirs...L'ambassadeur Delenn a quelques problèmes avec sa nouvelle apparence: elle demande l'aide de Susan Ivanova...

Le policier du Corps Psi, Bester, arrive sur Babylon 5: il vient enquêter sur la possible existence d'un réseau clandestin de télépathes qui se cacheraient sur la station. Quand des membres de ce groupe de télépathes tentent de l'assassiner, ils échouent mais réussissent à kidnapper Talia Winters...Le docteur Franklin avoue au Commandant Sheridan qu'il connaissait l'existence du groupe rebel de télépathes et qu'il les a déjà aidés auparavant. Sheridan et Ivanova sont furieux lorsqu'ils apprennent que l'Alliance Terrienne a augmenté leurs loyers et qu'ils devront déménager s'ils ne paient pas...Delenn demande un rendez-vous à Sheridan afin qu'ils aillent dîner au restaurant...

L'Empereur Centauri Turhan se rend en visite officielle sur Babylon 5. L'ambassadeur G'Kar voit là l'occasion de venger son peuple et il se prépare à assassiner l'Empereur. Mais il n'en n'aura pas le temps: Turhan fait une attaque cardiaque et se retrouve au Medlab. L'Empereur envoie alors Franklin délivrer un message à l'ambassadeur Narn: il est désolé pour ce que les Centauris ont fait subir aux Narns et il souhaite réparer les choses .Mais alors que l'Empereur cherche à faire la paix, d'autres Centauris, aveuglés par leur ambition et leur arrogance, vont précipiter la guerre: Mollari, sous la pression de Lord Refa, demande une fois de plus l'aide des associés de Mr Morden afin de conquérir le Quadrant 14, sous contrôle narn...Garibaldi reçoit un étrange message de Sinclair, à présent ambassadeur sur Minbar: Jeffrey lui annonce que les ténèbres sont de retour mais que les Rangers sont là pour les stopper...

Babylon 5 est envahie par 25 000 soldats de l'Alliance Terrienne sous le commandement du général Richard Franklin, le père du docteur Stephen Franklin. Ces soldats doivent participer à une mission secrète sur Akdor...Lorsque Stephen et son père Richard se retrouvent face à face, la discussion ne met pas longtemps à mal tourner...

Alors que le Commandant Sheridan se trouve dans l'espace, il est attaqué et kidnappé par un vaisseau alien non identifié. Une fois à bord, les aliens effectuent sur lui certaines expérimentations et il est torturé. Il rencontre alors un Narn, Ta'Lon, qui se trouve dans la même position que lui...Delenn de son côté doit faire face au Conseil Gris qui refuse de la considérer encore comme l'une des leurs. Lorsque Delenn apprend que Sheridan a été kidnappé, elle décide de partir à son secours.

Sheridan a une longue conversation avec le général Hague: celui-ci lui révèle que l'assassinat de l'ancien président Santiago fait partie d'une gigantesque conspiration menée par le gouvernement terrien...

La tension entre les Narns et les Centauris est devenue ingérable sur la station depuis que les deux races sont en guerre. L'ambassadeur G'Kar cherche désespérément une aide militaire pour son peuple, écrasé sous les attaques centauries. Sheridan promet de trouver une solution pour l'aider...Ivanova est chargée de convaincre le nouvel ambassadeur Lumati de l'intérêt du projet Babylon, afin que son peuple rejoigne toutes les autres races extraterrestres qui y participent déjà...

L'agent spécial des forces terriennes, Derek Cranston, arrive sur Babylon 5 pour organiser la poursuite du Dr Everett Jacobs, qui est accusé d'avoir mis en danger la sécurité de la Terre. Mais Sarah, l'associée du général Hague, révèle à Sheridan que la seule faute commise par Jacobs est de posséder un cristal de données contenant la preuve que le nouveau président Clark a joué un rôle dans l'assassinat de Santiago...L'équipage va alors devoir trouver un moyen de sauver Jacobs des griffes des hommes de l'Alliance Terrienne. Sheridan se rapproche un peu plus de l'ambassadeur Vorlon Kosh au cours de cette aventure.

Lors d'une altercation avec un minbari, Lovell, de la caste guerrière, le Commandant Sheridan tue ce dernier en état de légitime défense. Mais le capitaine se retrouve dans une mauvaise posture lorsque le seul témoin, Ashan, un autre minbari, va affirmer qu'il a tué Lovell de sang froid. Lennier décide alors de mener l'enquête afin de découvrir la vérité...Un magasin de souvenirs, l'Emporium, ouvre ses portes sur la station. Si au départ Sheridan y est plutôt favorable, l'un des articles vendus par l'Emporium va le faire changer d'avis...

Babylon 5 est le sujet d'un documentaire de la chaine ISN: "36 heures à bord de Babylon 5". La journaliste, Cynthia Torqueman, a interviewé l'équipage ainsi que les différents ambassadeurs de la station...

Alors que le Commandant Sheridan est en train de revisionner des photos de l'équipage de l'Icarus, que sa femme Anna lui avait envoyées avant la destruction du vaisseau, Garibaldi reconnait un des membres de l'équipage, censé être mort en même temps qu'Anna, comme étant Mr Morden. Sheridan ordonne alors l'arrestation de ce dernier et décide de passer outre toutes les réglementations afin de l'interroger. La désapprobation de Garibaldi et les plaintes du gouvernement Centauri n'y changeront rien. Mais Delenn et l'ambassadeur Kosh vont le convaincre de stopper son interrogatoire car cela les met tous en grand danger...Pierce Macabee, du Ministère de la Paix, vient présenter certains programmmes organisés par son ministère dont, entre autres, la Garde de Nuit, dans le but de recruter certains membres de l'équipage...

Londo Mollari retrouve un vieil ami, Urza Jaddo: celui-ci lui explique qu'il a été accusé de trahison et lui demande son aide afin de protéger l'honneur de sa famille. Mais lorsque Londo apprend que Lord Refa est à l'origine de l'accusation de trahison, il comprend qu'il ne pourra pas l'aider...De son côté, le capitaine Sheridan décide d'aller inspecter le Secteur Gris de Babylon 5, connu pour les étranges phénomènes qui s'y passent: il est alors attaqué par le cadavre d'un Markab...

Les Markabs sont victimes d'une maladie mortelle et extrêmement contagieuse: Drafa. L'épidémie progresse d'autant plus vite qu'aucun des Markabs ne pense être concerné: pour eux, Drafa est un fléau envoyé par Dieu qui ne touche que ceux qui manquent de moralité. Le docteur Franklin va tenter avec l'aide de son ami Markab, le docteur Lazarenn, de trouver un remède. Mais un autre problème va bientôt se poser: la maladie pourrait se propager aux autres races! Les Markabs sont alors mis en quarantaine. Delenn, accompagnée de Lennier, décide malgré les risques de rester avec eux afin de soulager autant que possible leurs souffrances: Sheridan ne pourra alors pas cacher son inquiétude et tentera dans un premier temps de la dissuader de faire une telle folie...

Lyta Alexander, la première télépathe commerciale de la station, revient sur Babylon 5 afin d'avertir l'équipage qu'une des personnes travaillant avec eux est en fait un espion potentiel du Corps Psi. Mais pour l'instant, elle ignore encore de qui il s'agit. Lyta leur explique que cette personne, manipulée par le Corps, possède en fait une deuxième personnalité, que le Corps a créée, et qui n'apparaitra que lorsque Lyta enverra télépathiquement un certain mot de passe: la personnalité d'origine de la personne sera alors totalement détruite et l'individu deviendra un espion entièrement dévoué au Corps Psi. Malgré quelques réticences, Sheridan accepte que Lyta scanne tout l'équipage afin de trouver l'espion...Susan Ivanova et Talia Winters se rapprochent encore un peu plus l'une de l'autre...

Les Narns qui sont sur le point de perdre la guerre, décide de tenter une dernière action désespérée: ils vont attaquer les Centauris avec tous leurs vaisseaux encore disponibles, tout en sachant que cela va laisser Narn, leur planète, sans défense pendant ce temps. Malheureusement, les Centauris vont apprendre leurs intentions: ils demandent une fois de plus l'aide des associés de Mr Morden, qui vont s'occuper des croiseurs Narns pendant que les vaisseaux centauris vont aller bombarder la planète mère de G'Kar. Les Narns n'ont alors plus d'autres choix que de se rendre et G'Kar est contraint de demander asile sur Babylon 5...Draal, qui contrôle à présent la Grande Machine d'Epsilon 3, prend contact avec John Sheridan: il a une proposition à lui faire...

G'Kar commence à organiser un mouvement de résistance depuis Babylon 5, dans l'espoir de délivrer sa planète du joug des Centauris. Dans ce but, il achète des armes à tous ceux qui acceptent de lui en vendre, et avec l'aide de Garibaldi, il les fait parvenir sur sa planète. Mais les autres Narns de Babylon 5 hésitent encore à le suivre: ils informent G'Kar qu'ils ne le feront que s'il parvient à leur communiquer des nouvelles de leurs familles sur Narn...L'ambassadeur Kosh a fait venir un inquisiteur afin de tester Delenn, en prévision de la Grande Guerre qui approche. Cette inquisiteur, Sébastian, va torturer et humilier Delenn jusqu'à ce que Sheridan vienne à son secours: ce sera alors au tour de John d'affronter ses questions et au tour de Delenn de le sauver...

Après leur victoire contre les Narns, les Centauris continuent à étendre leur Empire: ils envahissent différents territoires Drazis et Pak'ma'ras. Le Commandant Sheridan est furieux de tout ce qui se passe et apprend avec soulagement que la Terre a envoyé sur Babylon 5 Frederick Lantz, du Ministère de la Paix: Sheridan est persuadé que Lantz vient dans le but de trouver un moyen de stopper les Centauris, mais en réalité, il vient pour signer un traité de non-agression avec eux! Pendant le même temps, un croiseur narn en mauvais état arrive dans le secteur de Babylon 5 et demande sa protection: Sheridan accepte de les aider secrètement. Mais Mr Welles de la Garde de Nuit, qui accompagne Lantz, l'apprend et en informe les Centauris: ceux-ci envoient alors un de leurs vaisseaux et somment Babylon 5 de leur livrer le croiseur narn. Sheridan les avertit alors qu'il fera tout ce qui est nécéssaire pour que le croiseur narn reparte sain et sauf, y compris attaquer le vaisseau centauri...Le lieutenant Keffer va faire une terrible rencontre dans l'hyperespace et le payer de sa vie...Un peu plus tard, alors que Sheridan se rend au jardin zen, il est la cible d'un attentat dans le tube de transport (monorail): il se précipite alors dans le vide afin d'échapper à l'explosion de la bombe. Depuis le sol, l'équipage et les ambassadeurs ont vu ce qui se passait: Delenn demande à Kosh d'agir, afin de sauver John d'une mort certaine...

David Endawi vient enquêter pour le compte de l'Alliance Terrienne au sujet de l'étrange et inquiétant vaisseau alien que Keffer a réussi à filmer dans l'hyperespace avant de mourir: il va interroger les différents ambassadeurs de la station à ce sujet, afin de vérifier s'ils savent quelque chose...La colonie Drazi, Zagros 7, où se trouve un camp d'entrainement des Rangers, est assiégée depuis plusieurs jours par les Centauris: le ranger Marcus Cole réussit à rejoindre Babylon 5 afin de demander l'aide de Delenn et Sheridan. A cette occasion, Delenn révèle à John l'existence de l'Etoile Céleste, un vaisseau construit en secret sur Minbar, qui utilise la technologie organique des Vorlons: elle lui en donne les commandes...L'ambassadeur Mollari décide de rompre son alliance avec Morden et ses associés maintenant qu'il n'a plus besoin d'eux: Morden accepte à condition que les Centauris leur laissent le contrôle de Zagros 7...

Babylon 5 doit faire face à une série d'attentats à la bombe. Lors de l'une des explosions, Lennier est presque tué en sauvant la vie des Ambassadeurs Delenn et Mollari: il se retrouve au Medlab. Un peu plus tard, alors que Londo est dans un des tubes de transport de la station avec G'Kar, une autre bombe explose: ils sont tous les deux sains et saufs mais se retrouvent bloqués ensemble dans les décombres...Sheridan et Ivanova vont demander l'aide du Frère Théo et de son ordre, qui viennent d'arriver sur la station, afin de repérer le poseur de bombes...

Une sonde extraterrestre, d'origine inconnue, s'approche de Babylon 5. D'après le message que l'équipage réussit à décrypter, il s'agit d'un test envoyé par une race plus évoluée afin de savoir si d'autres peuples sont dignes de prendre contact avec elle. Si l'équipage répond correctement aux 600 questions posées, en moins de 24 heures, alors ils obtiendront de nouvelles technologies et des remèdes contre toutes les maladies. Par contre, s'ils échouent, la sonde explosera et détruira Babylon 5...Les Centauris, ne reconnaissant plus le droit à G'Kar de représenter les Narns, envoient Na'Far sur la station comme nouvel ambassadeur Narn. Ce dernier informe G'Kar que s'il ne se rend pas aux Centauris, les familles des Narns de Babylon 5 seront persécutées...Ta'Lon, le Narn dont Sheridan avait sauvé la vie lors de son enlèvement par des extraterrestres en 2259, arrive sur la station comme garde du corps du nouvel ambassadeur Na'Far: il décidera de rester sur Babylon 5 afin de payer sa dette envers Sheridan. Londo s'arrange pour que Vir soit envoyé en tant qu'ambassadeur sur Minbar.

Le Frère Edward, l'un des compagnons de Frère Théo, est terrorisé par des visions de meurtres semblant venir de son passé...Lyta Alexander, qui fut la première télépathe commerciale de la station, revient sur Babylon 5 à bord d'un vaisseau vorlon: elle va désormais travailler pour l'ambassadeur Kosh...

La Garde de Nuit envoie un de ses conseillers politiques, Julie Musante, sur Babylon 5 dans le but de contrôler un peu mieux les faits et gestes du Commandant de la station. Elle semble prête à utiliser tous les moyens pour arriver à ses fins...Susan Ivanova est chargée par Sheridan d'entrer en contact avec les Premiers Etres. Elle se rend alors sur Epsilon 3 afin d'utiliser la Grande Machine, avec l'accord de Draal, pour découvrir où les Premiers se trouvent. Elle apprendra, par la même occasion, de très intéressantes informations au sujet de la mort du président Santiago...G'Kar se pose de plus en plus de questions au sujet d'une étrange organisation dont il a entendu parler: les Rangers. Mais tous ceux à qui il en parle, disent ignorer de quoi il s'agit...G'Kar confie le livre sacré de G'Quan à Garibaldi en lui suggérant qu'il devrait apprendre le Narn et le lire...

Bester est de retour sur Babylon 5: il vient mener une enquête sur une drogue hallucinogène, "la poussière", qui augmente les pouvoirs télépathiques de ceux qui la prennent. Mais Sheridan et Delenn ne peuvent laisser Bester fouiner à sa guise sur la station à présent: ils vont devoir trouver un moyen de l'empêcher de scanner qui il veut...G'Kar, de son côté, tombe en possession de cette fameuse drogue et en ingère: il va alors aller trouver l'ambassadeur Mollari et l'obliger à lui révéler tout ce que son esprit cache: l'ancien ambassadeur Narn fera ainsi de surprenantes et sombres découvertes...Mais avant que les effets ne disparaissent totalement, G'Kar aura une révélation qui transformera à jamais sa vie...

Alors que David Corwin a obtenu une promotion, Sheridan charge Ivanova de déterminer à qui Corwin serait le plus loyal s'il devait faire un choix entre l'équipage de Babylon 5 et l'Alliance Terrienne...Le docteur Franklin fait une étrange découverte: il a retrouvé une entité biologique inconnue dans le corps d'un homme mort. Il semblerait que cette entité vive en symbiose avec le corps humain qu'elle occupe. Franklin, aidé de Marcus Cole, part enquêter.

Garibaldi reçoit des informations en provenance du Dr Kirkish de Mars: elle l'informe de la découverte par IPX (société d'expéditions inter-planétaires) de vaisseaux des Ombres sur Mars et Ganymède. Pendant ce temps, l'enquête sur le rôle du président Clark dans la mort de Santiago continue sur Terre. Mais la Garde de Nuit a de plus en plus de soupçons à l'égard de Sheridan et de son équipe: Zack est chargé d'espionner Garibaldi. G'Kar, de son côté, est toujours en prison après son agression contre l'ambassadeur Mollari: il met à profit ce temps libre pour réfléchir sur tout ce qui vient de se passer et écrire.

La situation, au sein de l'Alliance Terrienne, continue de se dégrader: le président Clark a dissous le Sénat et a décrété la loi martiale. La Garde de Nuit reçoit alors l'ordre de prendre la direction de la sécurité de Babylon 5, et donc de remplacer l'équipe de Garibaldi. Mais Sheridan ne peut se résoudre à laisser tomber sa station dans la haine, le mensonge et le fascisme...Etant donné la situation chaotique qui règne sur Babylon 5, G'Kar est relâché de prison avant d'avoir effectué toute la durée de sa peine. L'ancien ambassadeur Narn demande alors à ne plus être laissé à l'écart: il veut participer à ce que Sheridan et Delenn sont en train de créer...La troisième femme de l'Empereur Turhan, Lady Morella, vient en visite sur Babylon 5 à la demande de l'ambassadeur Mollari; c'est une prophétesse et c'est pour cette raison que Londo l'a fait venir: il veut connaitre son avenir et savoir s'il lui reste une chance d'échapper à son destin...

Plusieurs colonies terriennes ont autoproclamé leur indépendance à la suite de la mise en place d'un état fasciste sur Terre. Des conflits éclatent alors un peu partout dans la galaxie, opposant les pro-indépendantistes et les pro-terriens. Babylon 5 se retrouve, elle aussi, dans la tourmente. Sheridan n'a alors que deux choix: rester fidèle à la Terre et accepter la mise en place d'un état fasciste sur la station ou bien faire sécession et déclarer l'indépendance de Babylon 5...Quelle que soit la décision qu'il prenne, cela va changer de manière irrémédiable la vie et l'avenir de plusieurs millions d'individus. Delenn se rend une dernière fois au Conseil Gris: elle veut les obliger à sortir de leur réserve et à agir enfin. Mais le Conseil ne semble pas prêt à l'écouter. Delenn va alors dissoudre le Conseil Gris et proposer à ceux qui le veulent de la suivre.

Après les récents évènements qui ont eu lieu sur la station, Sheridan et son équipe cherchent à reprendre le contrôle total de Babylon 5 et à savoir où ils en sont! Dans ce but, Delenn décide d'organiser une cérémonie minbari de Renaissance: chacun des participants doit révéler ou abandonner quelque chose qui lui est cher afin de pouvoir renaître. Des membres de la Garde de Nuit, qui se cachent encore sur la station, décident de se venger: ils prévoient d'assassiner Sheridan et Delenn...Garibaldi, en voulant changer tous les mots de passe du système informatique de la station, remet en route un mécanisme qui avait été testé sur Babylon 5: une voix de synthèse ayant une intelligence artificielle; l'équipage va vite comprendre pourquoi l'idée avait été abandonnée...Lord Refa refuse toujours de rompre son alliance avec Morden: Londo imagine alors un plan qui l'obligera coûte que coûte à céder...

Alors que Vir est de retour sur Babylon 5, il fait la connaissance de Lyndisty, une jeune femme centaurie: il a la surprise d'apprendre qu'elle et lui sont destinés l'un à l'autre depuis longtemps. Mais Vir ne semble pas très enclin à céder à cette décision, d'autant plus que les idées préconçues de Lyndisty au sujet des Narns lui font horreur...Susan Ivanova et Zack Allan font une étrange découverte: un centauri a signé différents papiers afin de transférer, de la planète Narn vers différentes destinations, plusieurs centaines de citoyens Narns: leur surprise sera encore plus grande quand ils apprendront que cela vient du bureau de Vir sur Minbar...John propose à Delenn un rendez-vous pour un dîner aux chandelles...

Un homme qui prétend être le roi Arthur, arrive sur Babylon 5. Il est hanté par le souvenir d'une terrible guerre, née d'un malentendu dont il se sent en partie coupable: il porte sur ses épaules toute la responsabilité de l'erreur commise par les siens. Il est venu sur Babylon 5 afin de terminer sa quête: rendre l'épée Excalibur à la Dame du Lac. Arthur va faire la connaissance de G'Kar: les deux hommes vont se lier d'amitié. L'équipage de la station cherche à élucider qui est vraiment cet homme en habit de chevalier, qui dit être le roi Arthur...Sheridan et Ivanova cherchent à conclure un accord avec la Ligue des Mondes non alignés afin que leurs vaisseaux participent à la protection de la station, assurée uniquement par les vaisseaux minbaris pour l'instant...

Bester se rend sur Babylon 5 afin d'avertir le Commandant Sheridan qu'un vaisseau, d'origine terrienne, contient des armes à destination des Ombres. Après avoir intercepté le vaisseau, l'équipage de Babylon 5 a la surprise de découvrir que les armes sont en fait des télépathes cryogénisés ayant tous des implants particuliers au niveau du cerveau. Sheridan et son équipe cherchent alors à comprendre pour quelle raison et dans quel but les Ombres ont besoin de ces télépathes. Mais lorsque Bester reconnait l'un d'entre eux comme étant Carolyn, le seul amour de sa vie, il promet à Sheridan de lui apporter son aide dans sa lutte contre les ténèbres si Carolyn échappe aux Ombres...G'Kar demande une nouvelle fois à faire partie de l'Armée de Lumière: mais avant d'accepter, Delenn doit lui avouer qu'elle savait depuis longtemps que les Ombres étaient les alliés des Centauris... Garibaldi, en étudiant le livre de G'Quan, fait une surprenante découverte: il existe un lien entre les Ombres et le fait que tous les télépathes Narns aient disparu il y a mille ans...

Les Ombres attaquent à présent ouvertement: Sheridan, une fois de plus, affronte verbalement l'ambassadeur Kosh afin que celui-ci demande aux Vorlons d'intervenir. Kosh lui révèle alors que si les Vorlons agissent directement contre les Ombres, il ne pourra pas le sauver le jour où il ira à Z'ha'dum...Londo refuse de coopérer de quelque manière que ce soit avec Morden: mais celui-ci va trouver un moyen de le ramener à ses côtés...Garibaldi s'oppose au docteur Franklin après avoir découvert que ce dernier se dope aux amphétamines: Stephen va finir par démissionner de son poste...

Sur Minbar, l'ambassadeur Sinclair devenu le chef des Rangers, reçoit un message vieux de 900 ans provenant de Valen. Delenn, sur Babylon 5, en a également reçu un. Alors que Sinclair se rend sur la station, l'équipage capte un surprenant message de détresse: c'est Susan Ivanova, huit jours dans le futur, qui annonce que l'ennemi vient de prendre la station...Sinclair et Delenn expliquent alors à John, Susan et Marcus qu'il s'agit d'un message provenant d'un futur possible et qu'afin de l'éviter, ils doivent tous partir avec l'Etoile Céleste pour le secteur 14, là où se trouve la faille temporelle qui a emporté Babylon 4 dans le temps en 2254. En chemin, un des aides de Draal et de la Grande Machine d'Epsilon 3, Zathras, se joint à eux: il est là pour les aider à passer la faille temporelle sans dommage et à rejoindre Babylon 4 dont ils vont avoir besoin...Mais le stabilisateur temporel de John est détérioré et il se retrouve projeté dans le temps, 17 ans dans le futur sur Centauri 1er...

John Sheridan est prisonnier, 17 ans dans le futur, sur Centauri 1er: il va faire de stupéfiantes découvertes sur son avenir, celui de Delenn et de Londo...Pendant ce temps, Jeffrey, Delenn, Susan et Marcus, accompagnés de Zathras, tentent de prendre le contrôle de Babylon 4. Leur but est de transporter la station mille ans en arrière, où elle doit servir de base aux Minbaris pour gagner la guerre contre les Ombres: cela signifie qu'un d'entre eux devra rester avec Babylon 4 afin de la ramener dans le passé...Mais la station se retrouve projetée en 2258, dans un premier temps, à l'époque où Garibaldi et Sinclair l'avaient évacuée après avoir reçu un message de détresse. Zathras et Delenn cherchent également un moyen de sauver John et de le ramener définitivement dans le présent...

Babylon 5 accueille le nouvel ambassadeur Vorlon qui va remplacer Kosh: il se nomme...Kosh! Celui-ci prend contact avec Lyta Alexander afin de savoir s'il ne subsisterait pas une partie de l'ancien ambassadeur en elle...Lyta de son côté cherche des indices sur la mort de ce dernier. Le nouveau Kosh va se révèler encore plus mystérieux et insensible que son prédécesseur. Sheridan part en mission à bord de l'Etoile Céleste afin de vérifier la théorie selon laquelle les télépathes seraient une arme contre les Ombres. Franklin, qui a démissionné de son poste de directeur du Medlab à la suite de son abus des amphétamines, erre au hazard dans les Bas-Fonds afin de se retrouver lui-même...

Le Secteur Gris de Babylon 5 est bien connu par ses résidents pour les étranges phénomènes qui s'y produisent. Mais lorsqu'un homme de la maintenance y disparait, Garibaldi décide de passer à l'action et d'enquêter...Pendant ce temps, Delenn et Lennier sont en visite sur Minbar afin de récupérer et trier les affaires de l'ambassadeur Sinclair. Rathenn, un membre du Conseil Gris, en profite pour demander à Delenn si elle accepterait de remplacer Sinclair à la tête des Rangers et de devenir Entil'zha. Mais Neroon, qui ne la porte pas dans son coeur, la menace de représailles si jamais elle accepte. Lennier va alors mettre Marcus au courant des menaces proférées par Neroon à l'encontre de Delenn...

Une délégation de représentants religieux arrivent sur Babylon 5 en provenance de la Terre: ils viennent apporter à Sheridan des nouvelles de la résistance qui s'organise contre Clark. Pendant ce temps, Sheridan et Delenn cherchent désespérement une logique dans les attaques des Ombres afin de pouvoir les anticiper et mettre toutes les chances de leur côté. Le révérend baptiste fait remarquer à John qu'il irait mieux s'il partageait ses joies et ses peines avec quelqu'un...comme Delenn par exemple! Londo est bien décidé à venger la mort d'Adira dont il rend Lord Refa responsable; et il va le lui faire payer très cher...Delenn a une surprise pour John: une flotte entière d'Etoiles Célestes !

Sheridan décide d'engager la bataille contre les Ombres: il envoie Susan et Marcus en éclaireur avec une des Etoiles Célestes. La relation entre les deux continue d'évoluer mais Susan garde ses distances malgré tout. Franklin, qui continue son cheminement dans les Bas-Fonds, se fait grièvement blesser en voulant s'interposer dans une bagarre: alors qu'il est au bord du coma, il va se rencontrer lui-même et devoir affronter sa propre conscience...Delenn demande à John de participer à un rituel minbari qui a lieu lorsque deux personnes deviennent très proches l'une de l'autre: durant trois nuits la femme doit veiller et regarder l'homme dormir; si elle aime ce qu'elle voit, alors ils restent ensemble...Mais quelqu'un revenu d'outre-tombe va interrompre le rituel...

John doit se rendre à l'évidence: sa femme Anna qu'il croyait morte à Z'ha'dum est bien en vie. Celle-ci lui explique que les Ombres ne sont pas les "méchants" que lui ont décrits les Minbaris et les Vorlons: elle lui demande de l'accompagner à Z'ha'dum, afin qu'il puisse juger par lui-même et entendre leur version de l'histoire. Londo a reçu une promotion mais cela ne semble pas l'enchanter. Un homme qui se présente comme un ami de Mr Morden, vient lui conseiller de quitter la station au plus vite, dans son propre intérêt...John a une altercation avec Delenn: il l'accuse d'avoir volontairement menti lorsqu'elle lui avait dit que sa femme était morte à Z'ha'dum. Après cette dispute, il accepte de suivre Anna sur la planète des Ombres: là-bas il retrouve Morden et un autre homme, Justin, qui se fait appelé "l'intermédiaire". Celui-ci lui explique comment l'opposition entre les Ombres et les Vorlons a commencé, voilà plusieurs milliers d'années. Mais John continue de se méfier: il y a toutes les chances pour que ce soit un piège...Au même instant, plusieurs vaisseaux des Ombres encerclent Babylon 5 mais restent immobiles autour de la station: Garibaldi prend son starfury afin d'être prêt à riposter si jamais ils attaquaient...

Cela fait sept jours que Sheridan et Garibaldi ont disparu. Les différents alliés de Babylon 5, convaincus que la guerre avec les Ombres est finie et que Sheridan est mort, refusent de continuer leurs actions au sein de l'Armée de Lumière. Delenn, qui n'accepte pas l'idée que John puisse être mort, prie nuit et jour. Quant à Susan, elle semble également ne pas se remettre de tout ce qui s'est passé...G'Kar de son côté décide de partir à la recherche de Mr Garibaldi...Londo a été appelé sur Centauri 1er par le nouvel Empereur Cartagia: il va y faire de terribles découvertes au sujet de Cartagia, des Ombres et de Morden. Il sait à présent qu'il va devoir agir s'il veut sauver son monde...

Delenn, Susan et Lyta décident d'organiser une mission de sauvetage pour John qu'elles espèrent toujours en vie: elles se rendent toutes les trois à Z'ha'dum à bord d'une Etoile Céleste...John, de son côté, erre dans les entrailles de la planète, entre la vie et la mort: il va y rencontrer un étrange extraterrestre...

Alors que G'Kar est toujours à la recherche de Mr Garibaldi, il se fait capturer par les Centauris: il est emprisonné au palais impérial de Centauri 1er. Il va devenir le jouet du fou, mais néanmoins ignoble, Empereur Cartagia. Londo va aller trouver G'Kar dans son cachot. Il lui propose un marché: s'il l'aide à se débarrasser de Cartagia, alors le peuple Narn sera libre...Le Dr Franklin essaie de convaincre Delenn de reprendre la tête de l'Armée de Lumière.

A Z'ha'dum, Lorien est toujours avec John, qui oscille entre la vie et la mort: mais laquelle des deux va-t-il choisir ?

Marcus et Susan partent en mission avec une des Etoiles Célestes afin de contacter les Premiers qui leur avaient promis leur aide. Mais en chemin, ils vont découvrir un terrible secret: des milliers de vaisseaux Vorlons se regroupent dans l'hyperespace...Lyta, qui est maltraitée et considérée comme un objet par le nouvel ambassadeur Kosh, décide de révéler aux autres ce qu'elle sait des intentions des Vorlons: ils veulent détruire tout ce qui a été en contact avec les Ombres...Grâce aux recherches organisées par Zack, Garibaldi est enfin de retour sur Babylon 5: mais il ne se souvient pas de ce qui lui est arrivé...Sur Centauri 1er, G'Kar est presque torturé à mort par Cartagia...Alors que Delenn a pris la direction de Babylon 5 et de l'Armée de Lumière, elle doit faire face à l'opposition et au découragement ambiant. Mais le retour d'une certaine personne va les convaincre que les miracles arrivent...

Les Vorlons continuent leurs attaques sur les mondes qui ont été en contact avec les Ombres. Alors que tous se posent des questions sur Garibaldi, celui-ci semble se méfier de Lorien et de Sheridan. L'équipage doit trouver un moyen de se débarrasser de l'ambassadeur Vorlon: Lyta leur vient en aide en convainquant Kosh de sortir de ses quartiers. Lorsque le Vorlon réalise qu'il est tombé dans une ambuscade, il s'en prend à Delenn mais John s'interpose: un ancien précieux allié que l'on croyait mort va leur porter secours...Sur Centauri 1er, Londo réalise que la folie de l'Empereur Cartagia va conduire son monde à la destruction car celui-ci désire garder les Ombres à ses côtés quelqu'en soit le prix. Les tortures infligées à G'Kar continuent et il va y perdre l'un de ses yeux...Delenn est inquiète au sujet de John car si Lorien lui a redonné vie, celle-ci ne sera pas aussi longue qu'elle l'aurait aimée. Mais ses soucis s'estomperont devant le présent d'engagement que John va lui offrir...

Les Vorlons et les Ombres attaquent à présent ouvertement tous ceux qui s'opposent à eux mais sans jamais s'affronter directement. Ivanova et Lorien partent à la recherche des Premiers. Sur Centauri 1er, Londo orchestre l'assassinat de l'Empereur Cartagia avec l'aide de Vir et de G'Kar. Mollari, nommé alors premier ministre, tiendra sa promesse et libèrera le peuple Narn. G'Kar de son côté va devenir pour son peuple un prophète...Sheridan et Delenn tendent un piège aux Ombres et aux Vorlons afin qu'ils se retrouvent enfin face à face près de Coriana 6...

Sur Centauri 1er, Londo apprend que le responsable de la mort d'Adira n'était pas Refa mais Morden: il décide alors de mettre un terme définitif à sa relation avec les Ombres afin de sauver son monde et de faire payer à Morden tout le mal qu'il lui a fait...Toute la flotte de l'Armée de Lumière, menée par John et Delenn, se retrouve à Coriana 6: ils sont rejoints par Susan et Lorien qui ont contacté les Premiers. Ils vont devoir s'opposer tout à la fois aux Ombres et aux Vorlons, qui pour la première fois depuis le début de cette guerre vont se retrouver face à face. Mais ceux-ci ne veulent pas s'affronter directement: ils veulent que les jeunes races choisissent qui d'entre eux a raison. Mais lorsque tour à tour ils poseront cette question à John puis à Delenn, ceux-ci refuseront de faire un choix...

Babylon 5 et tous les peuples qui ont participé à la guerre peuvent enfin respirer: la guerre est finie et la fête bat son plein sur la station. Mais sur Terre et Centauri 1er, de terribles vengeances sont déjà en route. Bester est de retour: il annonce à Sheridan que Clark va lui faire payer très cher sa sécession vis à vis de l'Alliance Terrienne. Il lui indique entre autres, qu'il va utiliser le Corps Psi et ISN afin de lancer une propagande contre Babylon 5. Bester promet de lui apporter son aide s'il accepte de retourner à Z'ha'dum afin de trouver un moyen de sauver Caroline (qui est toujours en cryogénisation sur B5 depuis 2260 avec un implant des Ombres dans le cerveau)...Sur Centauri 1er, un régent est choisi afin de remplacer l'Empereur. Mais si Morden n'est plus là pour l'influencer, les alliées des Ombres n'ont pas dit leur dernier mot...Londo et G'Kar sont de retour sur Babylon 5. Alors que ces derniers tentent de reprendre une vie normale, Garibaldi semble, lui, très perturbé et cherche à prendre ses distances vis à vis de son travail: il va donner sa démission...Maintenant que les Vorlons sont partis, Lyta doit elle aussi réapprendre à vivre...

Les reporters d'ISN débarquent sur Babylon 5. Ils sont là pour faire un reportage sur la vie à bord de la station depuis que celle-ci subit l'embargo de la Terre. Au départ, Sheridan s'oppose à tout cela car il sait qu'ISN est à présent une chaine de propagande au service de Clark. Mais le journaliste va réussir à le faire changer d'avis en lui expliquant qu'il pourra ainsi montrer aux terriens ce qui se passe vraiment sur Babylon 5...Garibaldi, de son côté, a trouvé un nouvel emploi: il recherche pour ses clients des objets ou des personnes disparus.

Delenn doit se rendre sur Minbar à la demande des membres de son clan: ils veulent l'interroger sur sa décision d'unir son destin à celui d'un humain (John en l'occurence). S'ils jugent que son choix n'est pas le bon, alors elle devra se plier aux règles de son clan et ne plus jamais revoir John. Elle doit pour cela subir "l'épreuve du rêve": Delenn se retrouve dans le passé, entre le moment où elle a rencontré Dukhat, le chef du Conseil Gris, et le moment où celui-ci est mort. Elle y aura une stupéfiante révélation, autant pour elle que pour l'ensemble des minbaris, et cela décidera de son avenir...Marcus et Franklin partent en mission pour Mars, où ils devront rencontrer les leaders de la Résistance indépendantiste martienne...

Ivanova doit négocier avec les fournisseurs du marché noir, car c'est la seule solution qu'a Babylon 5 pour survivre à l'embargo de la Terre. Marcus et Franklin arrivent enfin sur Mars: ils sont menés jusqu'aux leaders indépendantistes martiens, mais ceux-ci restent très soupçonneux à leur égard. Sur la station, Sheridan et Garibaldi s'opposent à présent ouvertement : John lui reproche son attitude et ce qu'il a dit aux journalistes d'ISN. Après cela, Garibaldi est contacté par un groupe pro-Clark qui cherche un moyen de nuir à Sheridan...Delenn demande à John de participer à un autre rituel minbari, en prévision de leur futur union...

Sheridan cherche un moyen de contre-balancer la propagande diffusée sur ISN. Il finira par trouver une solution: Babylon 5 va créer sa propre chaine d'information, "La Voix de la Résistance"; et c'est Susan qu'il charge de ce travail...Sur Mars, Marcus et Stephen continuent les discussions avec la Résistance martiennne et leur chef, Numéro 1, afin que ceux-ci acceptent de travailler avec Babylon 5...Un minbari de la caste religieuse, Forell, apporte d'inquiétantes nouvelles à Delenn: la caste guerrière refuse de tenir certains engagements pris auparavant, et elle refuse de continuer de protéger le peuple Norsai. Delenn décide alors d'agir: elle prend la flotte d'Etoiles Célestes et part avec Forell. Mais en chemin, les Etoiles Célestes rencontrent une flotte de vaisseaux inconnus: Forell avoue alors à Delenn qu'il a volontairement organisé cette rencontre, car il cherche des alliés pour s'opposer à la caste guerrière, qui prend de plus en plus de pouvoir sur Minbar. Ces aliens inconnus se présentent comme étant des Drakhs...

Les nouveaux amis de Garibaldi lui confie un travail: il doit protéger la femme du puissant homme d'affaire martien, William Edgars. Celle-ci vient pour affaire sur Babylon 5. Il restera stupéfait en voyant qu'il s'agit de Lise Hampton, son ex-fiancée...Ivanova se rend sur Epsilon 3: Babylon 5 a besoin de plus de puissance pour diffuser "La Voix de la Résistance". Sheridan essaie de convaincre Londo et G'Kar d'accepter qu'une patrouille d'Etoiles Célestes surveille les frontières de leurs mondes afin d'assurer la paix...

Alors que Minbar est au bord de la guerre civile, Delenn et Lennier décident d'y retourner: en route Delenn a une entrevue avec Neroon, de la caste guerrière. Elle espère ainsi trouver une solution aux désaccords qui existent entre les deux castes et éviter le pire: mais il semble que la haine et l'incompréhension, qui règnent entre les guerriers et les religieux, soient bien trop importantes...Sur Babylon 5, Sheridan doit convaincre La Ligue des Mondes non Alignés d'accepter une patrouille d'Etoiles Célestes à leurs frontières: Susan et "La Voix de la Résistance" vont lui venir en aide...

Garibaldi continue de travailler pour Edgars, tout en restant sur Babylon 5. Lyta, qui n'a plus d'argent pour payer son loyer, cherche désespérément un travail: Bester, qui est de retour, lui offre un bon salaire sous deux conditions: que Lyta réintègre le Corps Psi et qu'elle lègue son corps à Bester après sa mort...Sur Minbar, la guerre civile fait rage: les villes sont bombardées nuit et jour. Delenn annonce alors que la caste religieuse accepte de se rendre à la caste guerrière. La cérémonie se déroule au Temple de Varennie où Delenn se retrouve face à Shakiri, le chef de la caste guerrière. Elle lui demande de se soumettre à une très vieille coutume minbari, qui existait avant Valen et le Conseil Gris, et qui servait à résoudre les conflits de ce genre: Delenn et Shakiri vont devoir entrer dans le cercle "du coeur de l'étoile de feu", et celui qui y restera sera le nouveau leader du peuple minbari...Grâce au sacrifice de Neroon, Delenn sortira victorieuse de cette épreuve et elle recréera le Conseil Gris. L'Alliance Terrienne s'en prend également aux civiles à présent: Ivanova et Sheridan savent que le moment d'agir est venu...

Les attaques des forces terriennes contre les colonies civiles ayant proclamé leur indépendance continuent: Sheridan et sa flotte partent alors au secours de Proxima 3, une de ces colonies, afin de la délivrer...Au sein même des militaires de l'Alliance Terrienne, certains doutent des actions du président Clark et décident de passer du côté de Babylon 5. La Ligue des Mondes non Alignés accepte de participer à la protection de la station. Londo, de son côté, veut convaincre G'Kar de signer un traité, assurant que les Centauris et les Narns soutiendront Sheridan dans ses actions...Garibaldi quitte Babylon 5 pour aller travailler chez "Edgars Industries", sur Mars...

Garibaldi, sur Mars, est conduit chez Edgars, son nouvel employeur. Il est soumis à un scan télépathique: Edgars veut savoir s'il peut lui faire réellement confiance. Ce dernier lui explique qu'il cherche lui aussi, à sa manière, un moyen de stopper le président Clark et le Corps Psi, car ceux-ci sont devenus trop puissants à son goût, mais il veut aussi arrêter Sheridan, car selon lui, ses actions compromettent son plan...Sur Babylon 5, le Docteur Franklin tente de réveiller les télépathes cryogénisés qui avaient été modifiés par les Ombres: mais il n'arrive pas à les contrôler. C'est Lyta qui involontairement va lui venir en aide et lui donner la solution du problème. Sheridan va alors confier une nouvelle mission à Franklin: celui-ci va se rendre sur Mars avec Lyta et les télépathes cryogénisés...

Selon le pacte passé avec Edgars, Garibaldi attire Sheridan dans un piège: il l'informe que son père a été capturé par les hommes de Clark et qu'il doit se rendre immédiatement sur Mars s'il veut le sauver. John, bien que conscient des risques, part aussitôt pour la planète rouge...Franklin et Lyta débarquent sur Mars avec les télépathes cryogénisés et rejoignent la Résistance...Edgars et Garibaldi ont une longue discussion: Michael apprend ainsi que son patron a conçu un virus tuant les personnes porteuses du gène télépathe! Mais ce qu'Edgars ignore, c'est que Garibaldi est depuis plusieurs mois (depuis son enlèvement) sous l'influence d'un membre important du Corps Psi...d'où ses pertes de mémoire et son attitude étrange. Lorsque Susan apprend que Garibaldi a attiré John dans un piège, elle lance l'ordre à la première personne qui le retrouve de le descendre...L'Agamemnon, que Sheridan a commandé autrefois, rejoint la Résistance.

John Sheridan est prisonnier sur Mars. Il va subir différents interrogatoires d'hommes travaillant pour le président Clark. Ceux-ci veulent le briser et le pousser à rendre Delenn et ses autres alliés responsables de son comportement et de ses actes...

Alors que John est toujours prisonnier sur Mars, Garibaldi, qui a à présent retrouvé toute sa mémoire et sa vraie personnalité, se fait capturer par la Résistance: Numéro Un est prête à le descendre pour ce qu'il a fait à Sheridan. Michael demande alors à Lyta de le scanner afin de prouver qu'il n'était ni responsable, ni conscient de ce qui s'est passé...Franklin, Lyta et Garibaldi vont monter un plan afin de libérer John...La Ligue des Mondes non Alignés, les Centauris, les Narns et les Minbaris décident de soutenir la Résistance contre Clark avec leurs propres vaisseaux. Susan qui dirige la flotte, apprend que l'Alliance Terrienne compte se servir, contre la Résistance, de croiseurs utilisant une nouvelle technologie. Marcus et elle prennent alors les Etoiles Célestes afin de les stopper...

Susan, toujours à bord du vaisseau de Delenn, est mortellement blessée. Marcus, qui ne peut se résoudre à la laisser mourir, décide de repartir avec elle pour Babylon 5, en utilisant une des Etoiles Célestes. Il pense avoir trouvé un moyen de la sauver, et il est prêt à donner sa vie pour cela...La bataille finale pour libérer Mars et la Terre est sur le point de commencer: Sheridan, depuis l'Agamemnon, conduit la flotte. Le plan consistant à utiliser les télépathes cryogénisés est mis en place...L'ensemble des vaisseaux alliés de Sheridan vont s'opposer aux croiseurs de l'Alliance Terrienne, fidèles à Clark: après avoir libéré Mars, la flotte de la Résistance va se diriger vers la Terre. Mais elle va devoir aussi faire face à la grille de défense de la planète. Lorsque Clark réalise qu'il va perdre, il se suicide, tout en ayant pris soin auparavant de retourner la grille de défense vers la Terre elle-même. Ainsi, tout sera détruit avec lui...

Mars et la Terre sont libres. Sheridan, de son côté, s'est rendu aux autorités de l'Alliance Terrienne. Mais ceux-ci ne savent trop que faire de lui: une partie voudrait le féliciter d'avoir libérer la Terre de Clark et une autre voudrait le traîner en justice pour trahison! La nouvelle présidente de l'Alliance Terrienne, Susanna Lucenko, lui propose un compromis: l'amnistie pour lui et tous ses alliés en échange de sa démission...Franklin est arrivé trop tard sur Babylon 5: Marcus s'est sacrifié pour sauver Susan. Vir annonce à Londo que le Centaurum a choisi qui sera le prochain empereur, après la mort du régent, et qu'il s'agit de lui, Londo Mollari...Garibaldi est à la recherche de Lise sur Mars: il va aller à son secours avec l'aide des Rangers...Susan Ivanova démissionne de son poste sur Babylon 5: elle est promue Commandant d'un vaisseau d'exploration...Delenn annonce à Londo et G'Kar que le temps est venu de construire une nouvelle union entre les différents peuples de cet univers: l'Alliance Interstellaire vient de naître...

Plusieurs milliers d'années dans le futur, un étrange individu revisualise les archives concernant la création de l'Alliance Interstellaire, par John Sheridan et Delenn, et son évolution au cours des temps...

Le Capitaine Elisabeth Lochley, des Forces Terriennes, arrive sur Babylon 5. Elle va remplacer John Sheridan en tant que Commandant de la station. John, de son côté, se prépare pour la cérémonie d'investiture qui va faire de lui le premier président de l'Alliance Interstellaire (A.I)...Il ignore encore qu'il existe un complot visant à l'assassiner! Il demande à G'Kar d'écrire une déclaration de principes pour l'Alliance. Garibaldi est nommé chef des Services de Renseignement de L'A.I. Sheridan et Lochley ont la visite de Byron, un télépathe: celui-ci demande l'autorisation pour les siens (des télépathes fuyant le Corps Psi) de s'installer sur Babylon 5, jusqu'à ce qu'ils trouvent un monde où vivre...

Delenn est stupéfaite en apprenant que Lennier envisage de quitter son poste pour rejoindre les Rangers. Mais elle et John ont des soupçons quant à la raison qui le pousse à faire cela...Londo subit une violente attaque cardiaque. Alors qu'il est inconscient, il est victime de visions: son subconscient semble avoir beaucoup de choses à se faire pardonner...

G'Kar tente de trouver la meilleure Déclaration de Principes pour l'A.I, afin que tous les peuples acceptent de la ratifier...Un Ranger, gravement blessé, arrive à regagner Babylon 5 mais tombe dans le coma aussitôt après. En le scannant, Lyta découvre qu'une colonie, proche de l'espace Drazi, est attaquée: Sheridan envoie alors la flotte d'Etoiles Célestes à son secours...Garibaldi tente de convaincre Byron d'associer ses télépathes aux actions des Services de Renseignement de l'A.I. Comme Byron refuse, Lyta est chargée d'aller lui parler: le chef du groupe rebelle de télépathes va lui apprendre quelque chose de très intéressant concernant l'origine des attaques contre la fameuse colonie bordant l'espace Drazi...

Mack et Bo, deux membres de l'équipe de maintenance de la station, sont les observateurs privilégiés de différents évènements se déroulant sur Babylon 5, lors d'une attaque par une race extra-terrestre inconnue. Au fil des travaux qu'ils se voient confiés, ils vont rencontrer les différents résidents de la station...

Tannier et Rastenn, deux apprentis Rangers, accompagnent leur mentor, Turval, sur Babylon 5 dans le but de rencontrer Delenn. Turval en profite pour parler à celle-ci de Lennier et de son zèle excessif dans son entrainement...Garibaldi continue d'harceler Lochley afin de savoir de quelle côté elle était durant les récents conflits sur Terre...Un homme, nommé Trace, cherche à reprendre le contrôle de la pègre et du marché noire sur la station: il ordonne à ses hommes de tuer Zack, le chef de la sécurité...Devant les soupçons de Delenn, John est contraint de lui révéler certaines choses concernant Lochley et lui...

Bester vient une fois de plus sur Babylon 5: il veut convaincre les télépathes rebelles de Byron de rentrer dans "le droit chemin". Garibaldi n'est pas ravi du tout de le voir arriver: de tous les résidents de la station, Michael est celui qui a le plus de raisons de le détester...Londo s'est fait de nombreux ennemis par ses actions: Delenn décide de lui attribuer un garde du corps pour le moins surprenant...Lochley et Garibaldi continuent leur petit affrontement verbal...Lyta décide de rejoindre le groupe de Byron: peut-être s'est-elle enfin trouvé un nouveau but à suivre...

Le peuple Hyach est en train de s'éteindre. Le docteur Franklin découvre qu'autre fois, il existait deux races sur leur planète: les Hyachs et les Hyachs-Do. Mais les premiers ont exterminé les seconds, et depuis leur race connait un déclin constant...Lyta et Byron sont de plus en plus intimes et deviennent amants. Byron va ainsi découvrir quelle est l'origine des télépathes et dans quel but ils ont été créés...

Les deux célèbres comiques, Rebo et Zooty, sont de passage sur Babylon 5, alors que les Brakiris s'apprêtent à célébrer une de leurs fêtes les plus importantes: le Jour des Morts. A cette occasion, Lochley accepte de leur céder une partie de la station, qui sera donc considérée comme "Brakiri" pour la durée de la célébration. D'après leurs croyances, les morts reviennent rendre visite aux vivants; certains résidents de Babylon 5 vont en faire l'expérience...

Certains vaisseaux de l'Alliance Interstellaire continuent d'être mystérieusement attaqués...Parmi les télépathes rebelles de Byron, quelques uns ont décidé d'employer la force et se sont procurés des armes. Devant l'aggravation de la situation, Lochley demande à Bester de venir, afin de les capturer...

Alors que G'Kar a accompagné Londo sur Centauri 1er, en tant que garde du corps, les deux hommes découvrent stupéfaits qu'il y a encore un Narn prisonnier dans les geôles du palais centauri...Mais d'autres choses anormales se passent aussi au palais...La situation avec les télépathes rebelles ne fait qu'empirer sur Babylon 5...

Bester est toujours sur la station alors que Byron, Lyta et les télépathes rebelles continuent de se cacher. Afin de stopper l'escalade de la violence, Byron et les siens décident de sortir de leur retraite. Mais Bester ne veut pas de compromis: seule la capture des télépathes l'intéresse. Il ne reste alors que deux choix à Byron et ses amis: retourner au Corps Psi ou mourir...Garibaldi confronte Bester: il veut le faire payer pour tout ce qu'il lui a fait endurer. Mais le flic du Corps Psi avait prévu cette réaction...

Depuis sa confrontation avec Bester, Garibaldi s'est remis à boire. Il est envoyé en mission sur la planète des Drazis à la recherche d'un témoin concernant les attaques répétées des vaisseaux de l'A.I...Alors que G'Kar est de retour sur Babylon 5, il découvre que quelqu'un a trouvé son livre et l'a publié, sans l'en avertir: G'Kar est en train de devenir un prophète pour son peuple...Le docteur Franklin reçoit une proposition de travail sur Terre comme directeur de recherche en Xénobiologie...