Um grupo de super-humanos descendentes das guerras Eugênicas, tomam posse de uma ave de rapina e ataca os Klingon. Para ajudar a captura-los Archer vai buscar o Dr. Arik Soong que os fez nascer a partir de embriões geneticamente manipulados, e se encontra preso por esse crime. Soong parece querer ajudar mas na verdade está à espera que eles o venham libertar, para juntos, criarem uma nova civilização de super-humanos.

Archer descobre o plano de Soong de recuperar milhares de embriões manipulados no tempo das guerras Eugênicas, guardados numa estação de alta segurança, onde estão também armazenados vírus altamente perigosos. Ao tentar impedir que Soong e os super-humanos escapem com os embriões, Archer e alguns membros da sua tripulação ficam presos na estação onde um vírus mortal está prestes a ser libertado e destruirá tudo.

Archer escapa da estação e continua a tentar impedir os planos dos super-humanos. Entretanto o Dr. Soong descobre as verdadeiras intenções deles, que querem provocar uma guerra entre a Federação e os Klingons, enquanto constroem o seu império para aniquilar a humanidade. Com a ajuda de Soong, Archer consegue impedi-los. O Dr. Soong volta depois à prisão onde quer começar os seus estudos na criação de vida artificial.