Genetisch verbesserte Menschen - die Augments - stehlen einen klingonischen Bird of Prey und töten die Crew. Archer soll diese mit Hilfe von Dr. Soong, der die Augments erschaffen hatte und dafür im Gefängnis sitzt, verfolgen und stoppen. Jedoch verfolgt Soong eigene Pläne und bringt dadurch die Crew der Enterprise in Gefahr.

Nachdem Zusammentreffen des kriminellen Dr. Soong und seinen Kindern, den Augments, brechen diese in einen medizinischen Außenposten ein, in welchem Dr. Soong arbeitete, um hunderte von potentiellen Augment-Embryos zu stehlen. Sie drohen, tödliche Erreger welche in der Station lagern, freizusetzen, sollten sich die Wissenschaftler, geführt von Dr. Jeremy Lucas, Soongs Plan widersetzen.

Malik, einer der Augments übernimmt die Kontrolle des klingonischen Bird of Preys. Er läßt Dr. Soong einsperren. Aber seine Gefährtin ist noch ihrem "Vater" treu und verhilft ihm zur Flucht. Die Augments nehmen aber weiter Kurs auf eine klingonische Kolonie und wollen diese mit biologischen Waffen angreifen. Dies könnte einen Krieg zwischen den Klingonen und der Erde auslösen.