Après avoir perdu sa famille dans un accident, Kamishina Jin se retrouve seul et abandonne son rêve de partir dans l’espace. Étant l'unique rescapé, les doutes pèsent sur lui, son père étant considéré comme le responsable des nombreuses victimes.

Une fille mystérieuse a sauvé Jin des griffes d’un étrange monstre, et l’ISDA se décide à révéler la vérité sur l’accident de la navette spatiale.

Jin est bien forcé de croire à l’existence d’une espèce extraterrestre maintenant qu’il l’a sous les yeux. Mais comment Toa peut-elle en faire partie, et pourquoi l’ISDA en a après elle ?

L’ISDA tente d’étouffer l’incident ayant révélé l’existence des dragons au au grand public et mobilise ses dragonautes afin de retrouver Jin et Gio.

L’ISDA décide finalement que Toa est capitale à l’exécution du projet D et envoie l’unité Lindworm coopérer avec l’armée de Gillard sur la Lune.

Malgré les réticences de certains, l’unité Lindworm doit capturer Toa et Jin, mais ces derniers se reposant dans la station thermale lunaire, il va être difficile de ne pas impliquer les civils.

Toa et Jin se sont enfin retrouvés et se promettent de partir vivre sur Terre avec Gio. Mais le lendemain matin, elle a à nouveau disparu.

L’unité Lindworm tente de ramener Toa et Gio sur Terre, mais l’armée de Gillard ne va pas oublier un marché rompu.

L’ISDA peut enfin commencer ses recherches sur Toa et les dragons originels. De son côté, le prince de Gillard est toujours déterminé à faire sien l’un des dragons.

L’armée de Gillard a réussi à mettre la main sur Toa, et l’unité Vritra de l’ISDA s’apprête à mettre en œuvre le projet D visant à détruire Thanatos.

Un nouveau dragon fait son apparition sur Terre, et celui-ci n’est visiblement pas aussi amical que ses précédents camarades.

Les dragons terriens tentent d’empêcher le néo-originel de détruire leur planète d’origine, avec l’aide d’un puissant dragon qui était jusque-là resté dissimulé.

L’ISDA se prépare à quitter la Terre dans le but d’exécuter le projet D. Cependant, un conflit entre certains dragonautes risque de faire échouer l’opération.

Malgré les assauts de l’armée de Gillard, Jin et Akira parviennent à atteindre Mars à la recherche de Toa et ont droit à un accueil détonant.

Jin et Toa parviennent à s’échapper, mais Gio a été blessé et il leur faut trouver un endroit où se reposer avant de pouvoir quitter Mars.

Machina perd le contrôle d’elle-même et se déchaîne, ne faisant plus la différence entre amis et ennemis.

Jin, Toa et Gio se sont dissimulés dans un endroit reculés et vivent des jours paisibles pendant que les dragonautes sont poursuivis.

L’ISDA ayant retrouvé leur trace, Jin et son groupe doivent à nouveau fuir. Yonamine propose un endroit parfait, mais qui n’est pas au goût de Sieglinde.

Rejoint par deux alliés de taille, le groupe est prêt à lancer la mission de sauvetage, espérant délivrer les dragons avant les dangereuses expérimentations de l’ISDA.

Gio a rejoint le groupe sur l’île, mais il paraît changé et attaque tout le monde sans distinction, à l’exception de Toa.

Alors que les anciens dragonautes réfléchissent à la signification des paroles de Gio et des liens qui les unissent, un visage familier échoue sur la plage près d’eux.

Jin accepte de laisser Toa partir avec Gio, qui leur offre une dernière journée ensemble avant de retourner avec Thanatos.

Jin et les dragonautes tentent de communiquer avec Thanatos afin de récupérer Toa et de détourner la menace de la Terre.

Jin se rend une dernière fois auprès de Thanatos pour la convaincre que fusionner avec l’humanité n’est pas la solution.