Kyouhei se encuentra en medio de un tiroteo. Luego de salir con vida, encuentra trabajo como cocinero para un grupo de chicas. Kyouhei se sorprende al ver para quien estará trabajando

Después de ser atacados por un cyborg mientras robaban un disco, Meg es secuestrada por el cyborg. Jo y Kyouhei, llevado por la fuerza, van en su búsqueda.

Kyouhei renunció a su trabajo, pero es decide regresar a trabajar con ellas. Meg y Jo van en busca de su objetivo, un drogadicto que es buscado por la RAPT. Pero no son los únicos que van tras él.

Lian, el hermano gemelo del objetivo, junto con Meg siguen el tren donde se encuentra el objetivo. A causa de Meg, los dos son atrapados por la RAPT.

Meg se infiltra en una escuela femenina para investigar la causa de las alucinaciones que tenía una estudiante, hija de alguien relacionado con Bai Lan.

Meg es perseguida por un ser extraño que salió de un pasadizo secreto que, accidentalmente, activó Meg. Jo la salva, y también se infiltra en la escuela para seguir investigando.

Varias chicas están siendo secuestradas por un hombre cuervo gigante. Jo van en busca del cuervo, después de que este secuestró a una amiga de Kyouhei y posteriormente a Meg.

Jo secuestró a Kyouhei, portador del NI-50, para entregarlo al cuervo gigante y salvar a Meg. Kyouhei corre peligro, ya que el NI-50 lo matará si no se le extrae a tiempo.

Meg, Sei y Amy van a una fiesta de Bai Lan, en donde el abuelo de Sei busca reunir a las dos familias para eliminar a los 'radicales'. Sei es elegida como representante, por lo cual tendrá que casarse con el representante de la otra familia para completar la unión.

Amy convenció a Kyouhei para que la llevara a un mercado de tecnología. Luego de entrar a un net café, Amy intenta introducir un algoritmo para eliminar su filtro de red y acceder a la computadora principal para rastrear su señal; pero es descubierta.

Un 'vagón fantasma' colisiona contra un tren. El responsable habla anónimamente con el inspector de la policía, amenazando con continuar. Jo es contratada para proteger a Megarider, la estrella más importante de la liga Dream Danger Dynamite (DDD), donde el responsable del atentado a escogido la sede, el domo del tigre, para su siguiente ataque.

Kyouhei es lanzado por un sujeto al río por ignorarlo, pero cae encima de un extraño cadáver. Jo y Sei, después de salir de la central de policía de Hanshin en donde Jo estaba detenida, persiguen a un extraño camión; el camión se detuvo cerca de un parque de diversiones abandonado, en donde un enorme cyborg las ataca.

Meg fue secuestrada por el inspector de la policía, quien los traicionó. Uno de sus cyborg comienza a causar destrozos en un desfile. Takane, junto con todo el grupo de motociclistas, encuentran su escondite y salvan a Meg; pero el libera a todos sus demás cyborg, que comienzan a destruir la ciudad.

En el pasado, cuando Meg y Jo aún no se conocían, Meg vivía con un grupo de niños abandonados. Dos de esos niños encuentran a Jo y la llevan hasta su escondite, un autobús escolar abandonado. Después de un rato, son atacados por una extraña chica; quien buscaba a Jo para destruirla.

Jo busca al cyborg que la atacó mientras se encontraba con Leo en su taller. Después de ser atacada nuevamente por el mismo cyborg, cae a un extraño lugar donde es atacada por un misterioso hombre.

El misterioso hombre se bate a duelo el cyborg, creyendo que era un demonio. Jo al fin descubre quien piloteaba el cyborg y su conexión con ella. Al continuar la batalla, terminan perdidas en una extraña dimensión.

Un extraño hombre ataca un automóvil. El extraño hombre resulta ser Akio, un viejo amigo de Kyouhei, quien fue convertido en un cyborg. Casualmente se encontró con Kyouhei, pero fueron atacados.

Takane y Leo van a una visita guiada en los estudios donde se graba el último episodio del programa La hermosa y el apasionado. Takane causa un desastre en el estudio por intentar defender a uno de los personajes, quien en realidad estaba actuando. Takane es llevada a un hospital psiquiátrico donde pasó la noche; pero, al igual que los demás hospitalizados, empieza a caminar dormida y sube a un extraño camión.

Un grupo de motociclistas está atacando y causando varios accidentes en la autopista; pero un vehículo de la RAPT los extermina. Takane y unos amigos suyos se encontraban en la misma autopista, pero son atacados por el mismo vehículo de la RAPT.

En plena conferencia de prensa, un edificio de la RAPT es atacado. El contrato de las chicas es cancelado, por lo tanto su relación con la organización Bai Lan terminó y el grupo es disuelto.

Se impuso la ley marcial en Tokio, por lo cual se le otorga facultades extraordinarias a la policía. Jo es recuperada por sus creadores para poder terminar con su proyecto "Ángeles Genocidas" y encontrar a la prototipo perfecta.

El proyecto "Ángeles Genocidas" continua. María activa a los cyborg de defensa que están a bordo del barco, reproduciendo la batalla final para la que fue programada.

Sei intenta localizar y reunir de nuevo a las chicas para acabar de una vez con la RAPT y su cuartel general, pero Meg se opone. Jo se despide de Meg, y se dirige a la batalla. Al final, el cuartel general de la RAPT explota; y el destino tanto de Sei como de Jo es incierto, y aparentemente podrían haber perdido la vida en la explosión, quedando solamente Meg y Amy vivas.