在发生“东京大爆炸”的晚上…于俄罗斯西伯利亚平原，帕夫利琴科博士和他的双胞胎孩子苏芳与紫苑遇到了陨石坠落。两年后的一天，与挚友塔尼娅一起享受着校园生活的苏芳，开始发生了意外事件。一名被称为“黑之死神”的男人BK201出现在西伯利亚。不过，这一切都只是大巨变的前兆而已。

　　围绕帕夫利琴科博士的研究所，各种各样的谍报机关的契约者们都来袭击苏芳的家人。苏芳的父亲被杀，紫苑逃走了。而由于ME（记忆操作机），同学们的记忆都消失了。孤身一人的苏芳只好四处乱逃。然而，苏芳被尼卡鼓舞之后，打算为了救出紫苑而引诱黑出来。另一方面，尼卡也在寻找失踪的恋人塔尼娅。

　　黑在藏身处把苏芳监禁了起来，苏芳忍受着冷酷的对待。另一方面，尼卡很庆幸能找到塔尼娅，但他却不知不觉被别人利用。为了防止谍报机关人员的追赶，黑和苏芳打算逃出俄罗斯。离开前，苏芳见到了她旧时的好友塔尼娅，可是那个再会，对她来说再也不想见到了。然而，苏芳的心受沉重打击以后，意外的情况发生了。

　　苏芳和黑坐船离开俄罗斯后，来到日本。他们所在的地方是天堂战争的伤痕——札幌。在这里，苏芳遇到了异国少年，名叫德欧。少年向苏芳坦诚表白，然而却被无情地拒绝。因为苏芳的肚子很不舒服，所以她向酒吧老板求救。

　　雾原未咲被人告知“三鹰文件”的存在，关键词是“伊邪那美”。而正好未咲也收到了上头的代码指令“伊邪那美”。另一方面，苏芳的藏身处被谍报机关发现，黑被操纵着水的契约者袭击。之后，苏芳收到了黑的第一个任务委托。委托内容是破坏港口货车运输的物质。

　　黑掉进了陷阱，被契约者攻击。而在港口的苏芳一直在瞄准着物资，发现物资并不是物质，而是DOLL。此刻黑立马赶往港口，阻止苏芳开枪射击物资。

　　公安的手伸向了北海道和本州各地所有的交通联系。黑打算联系便利屋，寻求帮助。然而，苏芳和JULY经过了一番周折，遇到了契约者的袭击，而且被抓住了。

　　在仙后座的列车内，苏芳与塔尼娅相遇。由于上头的指令，苏芳从车上被带走。在半途中，黑突然出现，救出了苏芳。苏芳立马逃到了泳池边，却还是被塔尼娅追上了。

　　苏芳终于来到了东京，她拿着妈妈的照片作为线索，到处寻找在东京留下的足迹。皇天不负有心人，苏芳最终找到了母亲住过的高级公寓。

　　苏芳从母亲的口中得知以前隐藏的秘密后，深受打击，苏芳的身体也颤抖着。此刻，消失已久的黑突然出现，带走了苏芳和July。

　　苏芳来到了旅程的终点——水族馆。于是，在那里她见到了爸爸，爸爸把一切事实真相都告诉苏芳。接着，他们被三号机关的契约者们袭击，在最后关头，苏芳提起了步枪与敌人抗击。