Hei and Yin are now on the run after betraying the Syndicate in the previous season. After leaving Japan, Hei encounters Suou Pavlichenko, a 13-year-old Eurasian girl who becomes embroiled in the war and politics of the various factions and Contractors vying for power. Meanwhile, Hell's Gate remains standing in Tokyo, after Hei's efforts to stop the Saturn Ring anti-Gate particle weapon from activating. Although Contractors are safe from the danger of having their existences erased, this does not prevent new and old Contractors from abusing their powers. As Misaki Kirihara and her team in the Public Security Bureau deal with the increasing Contractor cases, she also has to keep the Syndicate at bay, who has major positions in the Japanese police and intelligence bureaus around the world. The storyline setting primarily takes place in both Japan and Russia.

L'histoire se passe deux ans plus tard, en Russie. Suō Pavlichenko est une petite fille mi-Russe mi-Japonaise. N'ayant pas connus trop de malheurs, elle vit heureuse entourée de son frère et de ses amis. Ce qu'elle ne sait pas, c'est que le malheur la suit de très près. Quand a notre BK201, Huang et Mao ne sont plus, Hei et Yin se débrouille désormais tout seul. Les mystères seront donc enfin résolu dans cette deuxième saison ?

Zwei Jahre sind vergangen, seit Hei und Yin das Syndikat nach den Ereignissen aus der ersten Staffel verlassen haben. Auf ihrem Weg nach Russland begegnet Hei einem Mädchen namens Suou Pavlichenko, deren Familie immer mehr in den Krieg zwischen den Contractors und den verschiedensten Splittergruppen hineingezogen wird. Inzwischen hat Misaki Kirihara ihre Position beim Büro für ausländische Angelegenheiten aufgegeben und beginnt nun damit, ihre eigenen Untersuchungen anzustellen, was Hei, die Contractors und das Syndikat betrifft.

东京突然出现未知不可解析的领域“地狱门”。 同时在世界各地已确认出现的被称为“契约者”的拥有特殊能力的人们。 围绕着门的秘密和契约者未来的战斗的结果引发的未知的灾难 “TOKYO explosion”给人类带来了什么。 于是在“东京大爆炸”过去两年之后， 以冬季的俄罗斯为舞台，开始了新的故事。

Хей та Інь зараз на втіках після зради Синдикатові в попередньому сезоні. Після виїзду з Японії, Хей зустрічає Суо Павліченко — 13-річну євразійську дівчину, яка опиняється втягнутою у війну та політику різних фракцій та Контракторів, що борються за владу. Тим часом, Брама Пекла залишається стояти в Токіо, після зусиль Хея зупинити активацію протибрамової зброї «Кільце Сатурна». Хоча Контрактори захищені від небезпеки стирання їх існування, це не заважає новим і старим Контракторам зловживати своїми силами. Оскільки Кіріхара Місакі та її команда в Бюро громадської безпеки займаються все більшою кількістю Контракторів, їй також доводиться наводити страху на Синдикат, який займає важливі посади в японській поліції та розвідувальних бюро по всьому світу. Події сюжетної лінії в основному відбуваються як в Японії, так і в Росії.