Un Contractant en fuite se fait poursuivre par les forces de police qui sont devancées par un homme masqué à la recherche d'une certaine « marchandise ». Apparemment en lien avec le fuyard, Shinoda Chioki, poursuivie par diverses personnes, est sauvée par Li Shengshun, identité factice empruntée par Hei, l'homme masqué...

À nouveau traquée par ses anciens compagnons, Shinoda accompagnée de Hei sont contraints de fuir. Elle amène alors Hei jusqu'à la marchandise, un livre. Ayant obtenu ce qu'il attendait d'elle, Hei l'abandonne, mais finit par se faire cerner par Jean et ses deux coéquipiers. En réalité, tout cela n'était qu'une ruse...

Hei travaille dans une usine dirigée par Tahara, unique survivant de la Première Troupe de Reconnaissance de la Porte des Enfers, dont il suit les faits et gestes. Deux recruter ce même Tahara. Face au refus catégorique de hommes ont pour objectif celui-ci, ils décident alors de prendre pour cible sa fille, Mai...

Les agents qui se sont emparés de Mai ne la libéreront que si Tahara coopère. Ce dernier explique alors à Hei que croyant neutraliser les pouvoirs de sa fille il lui a implanté une graine provenant de la Porte mais n'avait pas prévu que ça la transformerait en Moratorium, une entité sans conscience ni aucun contrôle de ses pouvoirs.

Suite à une transaction avec des truands, les agents du M.I 6 retrouvent Havoc, une Contractante extrêmement redoutée, et doivent la remettent entre les mains de PANDORA. Alors qu'ils escortent Havoc jusqu'au Quartier Général, ils tombent dans une embuscade tendue par l'homme masqué, aussi appelé Faucheuse des Ténèbres...

Alors que Hei essaie de soutirer des informations à Havoc au sujet de sa sœur, celle-ci lui apprend qu'elle a perdu la mémoire. Mais elle pense qu'au contact de la Porte, ses souvenirs reviendraient. Havoc est en pleine crise de panique en approchant de la Porte, et Hei lui assure qu'elle ne tuera plus jamais, mais Jack les attaque à ce moment...

Un Contractant, capable de prendre possession du corps des autres, perpétue des homicides qu'il déguise en suicides. Kurasawa Gai, détective privé, commence à rassembler les pièces du puzzle en reliant les suicides des employés de Fiore. À la requête de la veuve de l'ancien cadre de cette entreprise, il doit retrouver un chat égaré...

La mort de la première épouse de Yuzuki est confirmée par la police. Gai poursuit son enquête en rendant à nouveau visite à la veuve, qui lui fait comprendre qu'elle connaissait Toshiko, ce qui éveille les soupçons du détective. Transportant Mao avec lui, Gai est alors surpris par l'arrivée du Contractant à l'origine de la mort des employés de Fiore.

Les membres de la mafia chinoise sont éliminés les uns après les autres par un Contractant (V1952). Misaki, enquêtant déjà sur cette affaire, s'y trouve alors directement mêlée en étant conviée à la soirée d'anniversaire d'une amie d'enfance, Alice, dont le père n'est autre que Wang Shao Tang, à la tête de la mafia. Hei est également de la partie...

Piégés dans la serre, Misaki et Hei sont traqués par Alice, totalement instable. Pendant ce temps, Wei assassine un par un les leaders de Chen Long Tang. Misaki et Hei parviennent finalement à s'enfuir et se font rejoindre par Saitô. Hei décide alors d'agir et se sépare d'eux se rendant à nouveau à la serre. S'engage alors un combat contre Wei...

Hei s'infiltre dans le centre de recherches de PANDORA, près de la Porte, dans le but de récupérer le fragment de météore. Il y rencontre une autre infiltrée du Syndicat, Meena, qui lui confie quelques informations. Alors que Hei s'intéresse à une salle contenant de nombreux télescopes, il sympathise avec Nick, passionné lui aussi par les étoiles.

Nick est affecté à l'équipe de reconnaissance envoyée pour récupérer le fragment de météore, mais il est le seul à revenir vivant. Meena confie à Hei ses soupçons à l'égard de Nick. Mais elle n'est pas la seule à le suspecter, et alors qu'il se fait pister par le chef de garde, Nick confirme à Hei qu'il est un Contractant possédant le même pouvoir que lui...

L'Observatoire National repère des perturbations et s'aperçoit qu'un Contractant parvient mystérieusement à s'emparer des observateurs. Aries Kastinen, pianiste et ancien professeur de piano de Kirsi, véritable nom de Yin, consulte Gai, afin qu'il puisse rechercher Yin. Mais Itzhak et son équipière, Bertha, parviennent à le devancer.

Alors que Yin, Aries, Gai et Kiko sont en route, Itzhak parvient à les tracer. Ayant reçu l'ordre de tuer Yin, Hei part également à sa recherche. Aries tente de persuader Yin de rentrer avec lui, mais celle-ci n'y tient pas. Échappant à la vigilance de Gai et Kiko, Yin et Aries descendent du train. Hei parvient à les rattraper suivi de près par Itzhak et Bertha...

April aperçoit l'une des cibles prioritaires du M.I 6, Amber, en compagnie d'un jeune garçon, Maki. Alors que la grande tache solaire est réapparue après cinq ans, Hoshimi prononce à nouveau des paroles. Des explosions à la chaîne retentissent dans les gratte-ciels de Tokyo, et de nombreuses organisations sont soupçonnées...

Le Syndicat essaie de trouver Amber, mais Huang a pour ordre de laisser Hei à l'écart. Jack, captif, reçoit la proposition d'intégrer le groupe d'Amagiri alors qu'un commando mené par Misaki intervient pour le libérer. Hei croise la route de Maki. Le jeune garçon, hors de lui, affronte Jack tandis qu'Hei va voir Amber, en quête de réponses...

Evening Primrose, l'organisation dirigée par Amber, fait une déclaration réclamant la reconnaissance publique des Contractants. Hei, fait la rencontre de Sakurai Kenji, membre de la famille Nakazawa. Alors que le Syndicat attend une marchandise, c'est le frère aîné de Kenji, qui la réceptionne, et la remet entre les mains naïves de son plus jeune frère...

Hitotsubashi veut vendre la Doll, avec laquelle Kenji a l'intention de fuir Tokyo. Il demande l'aide de Hei, mais Hitotsubashi a vite fait de le découvrir. En rentrant chez lui, Hei retrouve Yin. Et c'est donc tous les quatre qu'ils se rendent à la gare de Shinjuku, mais sont poursuivis par les hommes d'Hitotsubashi...

Hei reçoit une mission, celle d'infiltrer une secte prêchant la bienfaisance de la Porte, et éliminer la grande prêtresse, Arma, Contractante ayant le pouvoir de prendre n'importe quelle apparence. Hei remarque le comportement anormal de Huang qui s'attache particulièrement à l'avancée de cette mission...

La mission ayant échoué une première fois, le Syndicat ordonne une nouvelle tentative d'assassinat de la grande prêtresse. Un ordre annexe est transmis à Mao et Hei, tuer Huang au cas où il ne serait pas capable de tuer Shihoko. Huang et Hei s'infiltrent alors dans la secte. Hei se retrouve à l'entrée de la cachette de la grande prêtresse...

Robert Schroeder, scientifique renommé de PANDORA se fait kidnapper par l'EPR. Pendant ce temps, Misaki tente de négocier avec le chef de la sécurité de l'Ambassade des États-Unis, craignant une attaque terroriste. Misaki revoit alors Jack, qui lui indique que l'EPR s'est probablement infiltré au sein de l'Ambassade...

Mao et Jack se retrouvent au milieu d'une réunion entre les membres de l'EPR. Amber demande alors au Professeur Schroeder de leur présenter son hypothèse. Il dévoile alors que selon lui, le Syndicat veut éradiquer tous les Contractants, plan qui a échoué il y a quelques années en Amérique du Sud, à cause d'un certain phénomène...

Hei et Amber ont participé à l'incident en Amérique du Sud, et faisaient partie de la même organisation. Pendant ce conflit, un autre Contractant était particulièrement redouté, Paí, la soeur d'Hei. Mao, quant à lui, comprend qu'Amber a besoin du pouvoir d'Hei pour reproduire le phénomène qui a eu lieu des années auparavant...

Huang se sépare de Hei, Mao et Wei. Misaki retrouve le Professeur Schroeder et Eric, qui lui révèlent tout concernant les desseins de l'EPR, ainsi que les leurs. Dans une voie de métro abandonnée menant à la Porte, Wei s'attaque à Hei. L'EPR commence à utiliser les Dolls afin de guider Hei, qui progresse à l'intérieur de la Porte...

Derrière la Porte, Hei retrouve Amber. Alors que la grande tache solaire est sur le point d'entrer dans son stade final, la guerre se poursuit. Elle lui explique toute la vérité, sa lutte contre le Syndicat, et que ce fut Pai qui découvrit leurs plans. Pai a toujours résidé en Hei, lui léguant ses pouvoirs de Contractante. Hei va devoir faire le plus grand choix de sa vie...

Cet épisode spécial se déroule après les événements de la première saison.

Un pactisant aurait été enterré sous un cerisier et Hei décide d'enquêter sur la question, mais il n'est pas le seul à s'intéresser à cette affaire.

Une Eurasienne nommée Suou observe une pluie de météorites avec son frère jumeau Shion et leur père, mais les choses tournent mal lorsqu'un météore s'écrase sur leur emplacement.

Kirihara a longtemps cherché la véritable identité de BK201, et ce qu'elle découvre de son passé est choquant, mais la destruction imminente de Tokyo est la priorité des esprits qui s'affrontent dans cette bataille finale.

Hei et Suo tentent de fuir la Russie, mais leurs efforts sont entravés par des contractants et des soldats armés. Alors que le nombre de morts augmente, Suo subit une métamorphose choquante.

Au Japon, Suo commence à perfectionner ses aptitudes au combat sous les yeux de Hei et July. Pendant ce temps, Kirihara, toujours intrigué par la disparition de BK-201, fait la connaissance des agents de la Section 3.

Après que la Section 3 a poussé Suo et Hei plus profondément sous terre, BK-201 doit refaire surface pour voler un objet connu sous le nom d'Izanami. La mission pourrait se compliquer : l'agent chargé de garder l'objet n'est autre que Kirihara.

Hei apprend la vérité sur le mystérieux Izanami. Si BK-201 veut atteindre l'objet avant qu'il ne soit détruit, il devra vaincre Genma et empêcher Suo d'appuyer sur la gâchette.

Suo et July se retrouvent dans une situation dangereuse à cause d'un prétendu allié qui les a doublés. Plus tard, lorsque le jeune couple est enlevé par un contractant particulièrement sinistre, BK-201 doit passer à l'action.

À bord d'un train qui roule à vive allure, l'équipe de Hei tombe dans une embuscade tendue par les autorités russes. Au cours de la bataille qui s'ensuit, Suo et Tanya se souviennent des moments qu'ils ont partagés dans le passé en tant qu'amis - et s'affrontent violemment dans le présent en tant que contractants.

Kiko et Kurasawa aident Suo à rechercher sa mère. Après qu'un mystérieux inconnu ait orienté le jeune contractant dans la bonne direction, les retrouvailles tant attendues aboutissent à une incroyable révélation.

Tokyo est verrouillée alors que le chaos suit Amber et les membres d'Evening Primrose. Le Faucheur noir connaît la destruction qui peut être déclenchée si Amber n'est pas arrêtée - et il est prêt à risquer la colère de sa propre équipe pour la contrecarrer.

Suo rencontre une personne qu'elle croyait morte et apprend la vérité sur les mystères de son passé. Malheureusement, la rencontre est interrompue lorsque plusieurs entrepreneurs lancent une attaque.

Les prophéties s'accomplissent et Suo doit faire face à son destin. Même si ses souvenirs s'effacent sous la lune brillante, l'espoir demeure - et une nouvelle ère commence.

Quelque temps après l'explosion de Tokyo, Hei avait combattu et vaincu des contractants du Syndicat, puis s'était enfui avec Yin à Okinawa. Les deux se sont fait passer pour des jeunes mariés en lune de miel, et Hei a essayé de trouver un moyen de quitter le pays. Ce qui commençait à l'inquiéter, c'était la façon dont Yin commençait à agir de son propre chef.

Après avoir rêvé qu'elle se faisait tirer dessus par une figure enfantine lumineuse, Yin se réveille avec Hei qui veille sur elle et lui promet de la protéger. Ils arrivent bientôt à Hong Kong, et Hei trouve un homme nommé Chen pour leur fabriquer de faux passeports afin qu'ils puissent continuer à fuir.

Reprenant le fil de la dernière fois, les hommes qui font irruption pour aider Hei s'avèrent être les anciens membres de l'Onagre d'Amber, menés par Amagiri. Après avoir expliqué à Hei que des livres datant de plus de cinquante ans prédisaient l'apparition d'une fille ayant le pouvoir de changer le monde et s'être demandé si Amber avait prévu tout cela, Amagiri demande à Hei ce qu'il pense exactement de Yin. Hei est incapable de répondre...

Claude donne à Yin une substance inconnue qui devrait la rendre instable pour accélérer son éveil. Il appelle toutes les organisations secrètes du monde pour les monter les unes contre les autres.