도쿄 신쥬쿠, 루이라는 한 명의 계약자가 살해되었다. 수사 선상에 떠오르는 또 다른 계약자, 암호명 BK-201. 그의 이름은 헤이. 감정이 없는 듯 냉철하게 임무를 수행하는 에이전트다. 살해된 루이, 그리고 헤이가 쫓고 있던 것은 게이트 안에 관한 어떤 정보였다. 경시청 공안부 수사원은, 루이에게 정보를 흘렸다고 생각되는 시노다 치아키라고 하는 여성을 쫓는다. 루이의 동료인 계약자들, 그리고 공안에 쫓긴 치아키를 헤이가 구한다.

앰버를 만난 후, 헤이는 상식적인 지식에 반하여 계약자들은 합리적인 것으로 생각했던 것보다 더 인간적으로 될 수 있다는 것을 알게 된다. 계약자들과 인간들 사이에서 자신의 위치를 깨닫고, 헤이는 두 사람을 위해 결정적인 선택을 해야 한다. 성문 안에 있던 옛 동료들에게 마지막 작별을 고하고, 그의 등뒤에서 그들의 지지를 받으며, 헤이의 결정은 세계를 위한 새로운 미래를 가져다 준다.

도쿄 익스플로전이 있던 밤 러시아 시베리아 평원에서 파브리첸코 박사와 쌍둥이들은 운석을 맞는다. 2년 후 어느 날 친구 타냐와 학교 생활을 즐기던 스오우 근처에서 갑자기 이변이 일어난다. 계약자들, 그리고 『 검은 사신 』이라 불리운 사나이 BK201이 시베리아에 나타난 것이다.그러나 모든 것은 앞으로 일어날 더 큰 변화의 전조에 불과했다.