東京新宿、 ルイという一人の契約者が殺害された。 捜査線上に浮かぶもう一人の契約者、 コードネームBK- 201。 彼の名は、 ヘイ。 感情を失くしたかのように冷徹に任務をこなすエージェントだ。 殺害されたルイ、 そしてヘイの追っていたものはゲート内に関するある情報だった。 警視庁公安部捜査員は、 ルイに情報を流したと思われる篠田千晶という女性を追う。 ルイの仲間である契約者たち、 そして公安に追われた千晶をヘイが救う。

契約者同士の戦いが繰り広げられる中、ゲートの中心へと急ぐ黒たちを出迎えるアンバー。ついに南米での真実を明かすという。その頃、EPRや“組織”の正体を知った未咲は、単独行動を取り始める。

東京に辿り着いたスオウ。カメラマンだった母の写真集を手がかりに、都内のあちこちに残された足跡をたどる。ついに、ゲートの近くにある母のマンションを見つけるが…。