随着星见大人的喃喃自语，黑等人也进到了地狱门内部，遇到了年龄很小的琥珀，也渐渐得知自己妹妹白的真相，在得知黑的选择后，琥珀决定给黑再来一次的机会，实行时间倒流，自己却随之消逝。

　　在发生“东京大爆炸”的晚上…于俄罗斯西伯利亚平原，帕夫利琴科博士和他的双胞胎孩子苏芳与紫苑遇到了陨石坠落。两年后的一天，与挚友塔尼娅一起享受着校园生活的苏芳，开始发生了意外事件。一名被称为“黑之死神”的男人BK201出现在西伯利亚。不过，这一切都只是大巨变的前兆而已。

　　围绕帕夫利琴科博士的研究所，各种各样的谍报机关的契约者们都来袭击苏芳的家人。苏芳的父亲被杀，紫苑逃走了。而由于ME（记忆操作机），同学们的记忆都消失了。孤身一人的苏芳只好四处乱逃。然而，苏芳被尼卡鼓舞之后，打算为了救出紫苑而引诱黑出来。另一方面，尼卡也在寻找失踪的恋人塔尼娅。

　　苏芳和黑坐船离开俄罗斯后，来到日本。他们所在的地方是天堂战争的伤痕——札幌。在这里，苏芳遇到了异国少年，名叫德欧。少年向苏芳坦诚表白，然而却被无情地拒绝。因为苏芳的肚子很不舒服，所以她向酒吧老板求救。

　　苏芳终于来到了东京，她拿着妈妈的照片作为线索，到处寻找在东京留下的足迹。皇天不负有心人，苏芳最终找到了母亲住过的高级公寓。

　　伊邪那美引导着苏芳来到门的中心。旅途的终点，围绕着记忆烟消云散。无法抗拒宿命的黑和樱。然而，紫苑为苏芳赌上性命的结局是什么？