霧原未咲は、不思議な双子といるマダムに『三鷹文書』の存在を聞かされた。そのキーワードは「イザナミ」―――。そして未咲は、三号機関から暗号名「イザナミ」の指令を受ける。スオウは、諜報機関に隠れ家がバレてしまい、水を自由に操る契約者ミチルに襲われる。しかし、ミチルはノリオが子供の頃からずっと待ち続けていた人…。そんな時、スオウに初めての依頼がきた。それは港から輸送されるある物質を破壊せよというもの。