Maastaan karkotettu prinssi elää väärän henkilöllisyyden turvin, kunnes joutuu erikoisyksikön vangitsemaksi. Hän pakenee apunaan tyttö, joka antaa hänelle erikoisvoiman.

Lelouch ottaa yhteyttä Kalleniin, yhteen Shinjukuun ilmaantuneista terroristeista, ja auttaa tämän turvaan Britannian armeijalta.

Lelouch tutkii äitinsä kuolemaa ja saa koulussa tietää luokkatoveristaan ja tämän erikoisvoimasta. Suzaku pidätetään murhasta.

Suzaku lavastetaan syylliseksi murhaan, jolloin armeija voi karkottaa kunniabritannialaiset. Lelouch auttaa Suzakun pakenemaan ja yrittää värvätä hänet kapinalliseksi.

Vihreätukkainen tyttö muuttaa Lelouchin luo. Syytteestä vapautettu Suzaku esittelee prinsessa Euphemialle Shinjukun kaupunkia, jossa he keskeyttävät murhayrityksen.

Suzaku ja Lelouch joutuvat kohtaamaan britannialaisopiskelijoiden ennakkoluulot. Kissa aiheuttaa säikähdyksen, ja Lelouchin isä pitää puheen prinsessan hautajaisissa.

Lelouch muistelee viimeistä tapaamistaan isänsä kanssa ennen maastakarkotusta. Cornelia järjestää ansan Zeron paljastamiseksi, ja Lelouch päättää koota oman armeijansa.

Japanilainen terroristiryhmä ottaa valtaansa hotellin asukkaineen. Lelouch järjestää pelastusoperaation ja julistaa Mustat ritarit perustetuksi.

Mustat ritarit ottavat tähtäimeensä kartellin, joka valmistaa suosittua ja vaarallista huumetta. Taistelulla on Kallenille erityisen henkilökohtainen merkitys.

Lelouch ritareineen jäljittää Corneliaa ja tämän armeijaa Rintaman tukikohtaan. Siellä Kallen saa aikaiseksi maanvyörymän uudella Knightmare-mechallaan.

Kun Mustat ritarit valtaavat Naritan, Euphemia määrää Suzakun pelastamaan Cornelian. Operaation seurauksena Lelouch jää keskelle kolmen osapuolen taistelua.

Villetta kehottaa Shirleyta seuraamaan salaa Lelouchin liikkeitä. Lelouch onnistuu räjäyttämään rahtialuksen mutta joutuu itse hengenvaaraan.

Lelouch seuraa Shirleyta Naritaan, josta Villetta löytyy haavoittuneena. Shirleyn Lelouchia vastaan tekemän hyökkäyksen taustavoima paljastuu.

Villetta herää muistinsa osin menettäneenä. Kun C.C. joutuu Maon manipuloinnin uhriksi, Lelouch lähtee pelastamaan häntä – ja vannoo, ettei joudu voimiensa orjuuttamaksi.

Milly tapaa aviomieskandidaattinsa. Lelouch ja Suzaku yhdistävät voimansa Maon kidnappaaman Nunnallyn pelastamiseksi, ja C.C. ottaa Maon käsittelyynsä.

Clovisin muistolle omistettu taidemuseo avaa ovensa. Lelouch värvää uuden Mustan ritarin juuri ennen Lancelotin kanssa käytävää taistelua, joka aiheuttaa järkytyksen.

Suzakusta tulee Euphemian ritari. Lelouch aikoo kaapata Suzakun ja Lancelotin, mutta britannialaisen taistelulaivan komentajalla on toinen suunnitelma.

Kaminen saarella salatut henkilöllisyydet paljastuvat ja muinaiset rauniot kätkevät ansan. Kiinan liittovaltio auttaa karkotettuja japanilaisia järjestämään hyökkäyksen.

Britannian armeija panee vastaan hyökkääjille. Nina vahvistaa Euphemiaa tahattomasti, ja C.C. sekä Zero kiirehtivät taisteluun Suzakun avuksi.

Ohgi, Villetta, Euphemia ja Kallen salaavat henkilöllisyytensä koulujuhlissa, mutta kun Euphemia paljastuu, hän antaa kohtalokkaan julistuksen.

Keskustelu Japanin tulevaisuudesta leviää käsiin, kun Lelouch menettää voimansa hallinnan ja lähettää Euphemian reitille kohti suunnatonta joukkomurhaa.

Euphemia yrittää vastustaa Geass-voimaa kamppaillessaan hengestään. Zero julistaa suunnitelmansa uuden kansakunnan luomiseksi, ja vallankumous alkaa.

Ashfordin akatemiasta tulee päämaja Mustille ritareille, joita Suzaku vastustaa. Villettan muisti palaa, ja Lelouch kohtaa Cornelian.

Lelouch saa selville, mitä Cornelia todella tietää hänen äitinsä murhasta. Lelouch lähtee Kaminen saarelle pelastamaan Nunnallyn ja haastaa Suzakun viimeiseen taisteluun.