เจ้าชายผู้ถูกเนรเทศที่ใช้ตัวตนสมมติเพื่อปิดบังตัวตนที่แท้จริงได้ถูกกลุ่มทหารองครักษ์คุมขังตัวไว้ แต่สามารถหนีรอดมาได้ด้วยความช่วยเหลือจากเด็กหญิงที่มอบพลังพิเศษให้แก่เขา

ลูลูชติดต่อคาเรน ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้ก่อการร้ายที่ปรากฏตัวในชินจูกุ และนำทางเธอไปยังที่ปลอดภัยห่างจากกองทัพบริทาเนีย

ลูลูชนึกถึงการตายของแม่ เมื่อไปโรงเรียนเขาได้ค้นพบข้อมูลบางอย่างเพิ่มเติมเกี่ยวกับเพื่อนร่วมชั้นและพลังพิเศษของเขา ส่วนสุซาคุถูกจับกุมข้อหาฆาตกรรม

สุซาคุถูกจัดฉากให้เป็นแพะรับบาปในข้อหาฆาตกรรมโดยเป็นข้ออ้างของกองทัพในการขับไล่ชาวบริทาเนียกิตติมศักดิ์ ลูลูชช่วยสุซาคุหนีออกมาและโน้มน้าวให้เขาเข้าร่วมกับกลุ่มกบฏ

หญิงผมสีเขียวย้ายเข้ามาอยู่ในบ้านของลูลูช ส่วนสุซาคุที่ตอนนี้พ้นความผิดแล้วได้พาองค์หญิงยูเฟเมียไปเยี่ยมชมย่านชินจูกุและได้ช่วยหยุดยั้งการก่อฆาตกรรมที่นั่น

สุซาคุและลูลูชเผชิญกับอคติของนักเรียนบริทาเนีย ขณะเดียวกันแมวตัวหนึ่งได้ก่อให้เกิดความวุ่นวายไปทั่ว ส่วนพ่อของลูลูชขึ้นกล่าวสุนทรพจน์ในงานพระราชพิธีศพของเจ้าชาย

ลูลูชนึกถึงการพบกับพ่อของเขาครั้งสุดท้ายก่อนถูกเนรเทศ และเมื่อคอร์เนเลียวางกับดักเพื่อเปิดเผยตัวตนของซีโร่ ลูลูชก็ตัดสินใจสร้างกองทัพของตัวเอง

เมื่อโรงแรมถูกพวกผู้ก่อการร้ายญี่ปุ่นกลุ่มหนึ่งยึดและจับผู้อยู่ในพื้นที่เป็นตัวประกัน ลูลูชจึงออกคำสั่งเพื่อนำปฏิบัติการช่วยเหลือและประกาศก่อตั้งภาคีอัศวินดำ

ภาคีอัศวินดำออกตามล่าบริษัทที่ผลิตยาเสพติดอันตรายที่กำลังเป็นที่นิยม และการต่อสู้ครั้งนี้ยังมีความสำคัญต่อคาเรนโดยเฉพาะอีกด้วย

ลูลูชและเหล่าอัศวินสะกดรอยตามคอร์เนเลียและกองทัพไปยังกองบัญชาการแนวหน้าปลดปล่อยญี่ปุ่น และคาเรนใช้ไนต์แมร์เฟรมตัวใหม่ของเธอเพื่อทำให้เกิดแผ่นดินถล่มขึ้นที่นั่น

เมื่อภาคีอัศวินบุกยึดนาริตะได้ ยูเฟเมียก็ออกคำสั่งให้สุซาคุไปช่วยคอร์เนเลีย ซึ่งทำให้เกิดการปะทะสามฝ่ายและต้อนลูลูชจนจนมุม

ซีโร่และกลุ่มผู้นำอัศวินได้เข้าพบกับผู้ที่มีบทบาทสำคัญของกลุ่มผู้ต่อต้านในญี่ปุ่น ส่วนที่โตเกียว เชอร์ลีย์ เฟนเนตแจ้งข่าวการสูญเสียครั้งสำคัญจากการสู้รบให้ซีโร่ทราบ

วีเล็ตต้ากระตุ้นให้เชอร์ลีย์ติดตามความเคลื่อนไหวของลูลูชอย่างลับๆ ส่วนลูลูชระเบิดเรือขนส่งแร่ได้สำเร็จตามแผน แต่เขาอาจต้องพบกับจุดจบของตัวเอง

ลูลูชตามหาเชอร์ลีย์ไปจนถึงนาริตะ โดยมีการพบร่างที่บาดเจ็บของวีเล็ตต้าที่นั่น แล้วผู้ที่ชักใยให้เชอร์ลีย์โจมตีลูลูชก็เผยโฉมหน้าออกมา

วีเล็ตต้าฟื้นขึ้นมาแต่สูญเสียความจำบางส่วนไป ส่วนซีทูตกเป็นเหยื่อในเกมจิตวิทยาของเหมา ลูลูชจึงต้องไปช่วยและสัญญาว่าจะไม่ยอมปล่อยให้พลังครอบงำตัวเขา

มิลลี่ไปดูตัวว่าที่สามี เมื่อเหมาจับนันนาลลี่ไป ลูลูชกับสุซาคุจึงร่วมมือกันไปช่วย และซีทูเป็นคนจัดการกับเหมา

พิพิธภัณฑ์ศิลปะเปิดตัวขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์รำลึกถึงโคลวิส ลูลูชได้สมาชิกอัศวินดำคนใหม่ทันเวลาในการสู้กับลานเซลอตและนำมาซึ่งความตกตะลึง

สุซาคุได้เป็นอัศวินประจำพระองค์ของยูเฟเมีย ส่วนลูลูชเตรียมพร้อมเพื่อจับกุมสุซาคุและลานเซลอต แต่ผู้บัญชาการของบริทาเนียมีแผนการอื่นอยู่ในใจ

ที่เกาะคามิเนะ ตัวตนที่ปิดบังไว้ได้ถูกเปิดเผยออกมา ส่วนซากเมืองโบราณมีกับดักซ่อนอยู่ ขณะเดียวกันสหพันธ์จีนได้ช่วยพวกญี่ปุ่นที่ถูกเนรเทศให้เปิดฉากโจมตี

ผู้บุกรุกเผชิญเข้ากับการต่อต้านจากกองทัพบริทาเนีย ส่วนนีน่าให้กำลังใจยูเฟเมียโดยไม่รู้ตัว ขณะเดียวกันซีทูกับซีโร่ต่างเร่งฝีเท้าเข้าสู่การสู้รบเพื่อช่วยสุซาคุ

การเจรจาเกี่ยวกับอนาคตของญี่ปุ่นเป็นอันต้องล้มเหลวเมื่อลูลูชสูญเสียการควบคุมพลังของตัวเองและส่งผลทำให้ยูเฟเมียกลายเป็นผู้ลงมือสังหารหมู่แบบไม่คาดคิด

ยูเฟเมียพยายามต่อสู้กับพลังกีอัสขณะที่ต้องหาทางเอาชีวิตรอดให้ได้ ซีโร่ประกาศแผนสร้างประเทศใหม่ และการปฏิวัติก็เริ่มต้นขึ้น

โรงเรียนแอชฟอร์ดกลายเป็นศูนย์บัญชาการของภาคีอัศวินดำโดยมีสุซาคุเป็นผู้ต่อต้านขัดขืน ความทรงจำของวีเล็ตต้าหวนกลับมาและลูลูชต้องเผชิญหน้ากับคอร์เนเลีย

ลูลูชได้รู้ว่าคอร์เนเลียรู้ข้อมูลอะไรบ้างที่แท้จริงเกี่ยวกับการฆาตกรรมแม่ของเขา ลูลูชเดินทางไปยังเกาะคามิเนะเพื่อช่วยนันนาลลี่และได้เปิดฉากปะทะกับสุซาคุเป็นครั้งสุดท้าย