เจ้าชายผู้ถูกเนรเทศที่ใช้ตัวตนสมมติเพื่อปิดบังตัวตนที่แท้จริงได้ถูกกลุ่มทหารองครักษ์คุมขังตัวไว้ แต่สามารถหนีรอดมาได้ด้วยความช่วยเหลือจากเด็กหญิงที่มอบพลังพิเศษให้แก่เขา

ลูลูชติดต่อคาเรน ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้ก่อการร้ายที่ปรากฏตัวในชินจูกุ และนำทางเธอไปยังที่ปลอดภัยห่างจากกองทัพบริทาเนีย

ลูลูชนึกถึงการตายของแม่ เมื่อไปโรงเรียนเขาได้ค้นพบข้อมูลบางอย่างเพิ่มเติมเกี่ยวกับเพื่อนร่วมชั้นและพลังพิเศษของเขา ส่วนสุซาคุถูกจับกุมข้อหาฆาตกรรม

สุซาคุถูกจัดฉากให้เป็นแพะรับบาปในข้อหาฆาตกรรมโดยเป็นข้ออ้างของกองทัพในการขับไล่ชาวบริทาเนียกิตติมศักดิ์ ลูลูชช่วยสุซาคุหนีออกมาและโน้มน้าวให้เขาเข้าร่วมกับกลุ่มกบฏ

หญิงผมสีเขียวย้ายเข้ามาอยู่ในบ้านของลูลูช ส่วนสุซาคุที่ตอนนี้พ้นความผิดแล้วได้พาองค์หญิงยูเฟเมียไปเยี่ยมชมย่านชินจูกุและได้ช่วยหยุดยั้งการก่อฆาตกรรมที่นั่น

สุซาคุและลูลูชเผชิญกับอคติของนักเรียนบริทาเนีย ขณะเดียวกันแมวตัวหนึ่งได้ก่อให้เกิดความวุ่นวายไปทั่ว ส่วนพ่อของลูลูชขึ้นกล่าวสุนทรพจน์ในงานพระราชพิธีศพของเจ้าชาย

ลูลูชนึกถึงการพบกับพ่อของเขาครั้งสุดท้ายก่อนถูกเนรเทศ และเมื่อคอร์เนเลียวางกับดักเพื่อเปิดเผยตัวตนของซีโร่ ลูลูชก็ตัดสินใจสร้างกองทัพของตัวเอง

เมื่อโรงแรมถูกพวกผู้ก่อการร้ายญี่ปุ่นกลุ่มหนึ่งยึดและจับผู้อยู่ในพื้นที่เป็นตัวประกัน ลูลูชจึงออกคำสั่งเพื่อนำปฏิบัติการช่วยเหลือและประกาศก่อตั้งภาคีอัศวินดำ

ภาคีอัศวินดำออกตามล่าบริษัทที่ผลิตยาเสพติดอันตรายที่กำลังเป็นที่นิยม และการต่อสู้ครั้งนี้ยังมีความสำคัญต่อคาเรนโดยเฉพาะอีกด้วย

ลูลูชและเหล่าอัศวินสะกดรอยตามคอร์เนเลียและกองทัพไปยังกองบัญชาการแนวหน้าปลดปล่อยญี่ปุ่น และคาเรนใช้ไนต์แมร์เฟรมตัวใหม่ของเธอเพื่อทำให้เกิดแผ่นดินถล่มขึ้นที่นั่น

เมื่อภาคีอัศวินบุกยึดนาริตะได้ ยูเฟเมียก็ออกคำสั่งให้สุซาคุไปช่วยคอร์เนเลีย ซึ่งทำให้เกิดการปะทะสามฝ่ายและต้อนลูลูชจนจนมุม

ซีโร่และกลุ่มผู้นำอัศวินได้เข้าพบกับผู้ที่มีบทบาทสำคัญของกลุ่มผู้ต่อต้านในญี่ปุ่น ส่วนที่โตเกียว เชอร์ลีย์ เฟนเนตแจ้งข่าวการสูญเสียครั้งสำคัญจากการสู้รบให้ซีโร่ทราบ

วีเล็ตต้ากระตุ้นให้เชอร์ลีย์ติดตามความเคลื่อนไหวของลูลูชอย่างลับๆ ส่วนลูลูชระเบิดเรือขนส่งแร่ได้สำเร็จตามแผน แต่เขาอาจต้องพบกับจุดจบของตัวเอง

ลูลูชตามหาเชอร์ลีย์ไปจนถึงนาริตะ โดยมีการพบร่างที่บาดเจ็บของวีเล็ตต้าที่นั่น แล้วผู้ที่ชักใยให้เชอร์ลีย์โจมตีลูลูชก็เผยโฉมหน้าออกมา

วีเล็ตต้าฟื้นขึ้นมาแต่สูญเสียความจำบางส่วนไป ส่วนซีทูตกเป็นเหยื่อในเกมจิตวิทยาของเหมา ลูลูชจึงต้องไปช่วยและสัญญาว่าจะไม่ยอมปล่อยให้พลังครอบงำตัวเขา

มิลลี่ไปดูตัวว่าที่สามี เมื่อเหมาจับนันนาลลี่ไป ลูลูชกับสุซาคุจึงร่วมมือกันไปช่วย และซีทูเป็นคนจัดการกับเหมา

พิพิธภัณฑ์ศิลปะเปิดตัวขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์รำลึกถึงโคลวิส ลูลูชได้สมาชิกอัศวินดำคนใหม่ทันเวลาในการสู้กับลานเซลอตและนำมาซึ่งความตกตะลึง

สุซาคุได้เป็นอัศวินประจำพระองค์ของยูเฟเมีย ส่วนลูลูชเตรียมพร้อมเพื่อจับกุมสุซาคุและลานเซลอต แต่ผู้บัญชาการของบริทาเนียมีแผนการอื่นอยู่ในใจ

ที่เกาะคามิเนะ ตัวตนที่ปิดบังไว้ได้ถูกเปิดเผยออกมา ส่วนซากเมืองโบราณมีกับดักซ่อนอยู่ ขณะเดียวกันสหพันธ์จีนได้ช่วยพวกญี่ปุ่นที่ถูกเนรเทศให้เปิดฉากโจมตี

ผู้บุกรุกเผชิญเข้ากับการต่อต้านจากกองทัพบริทาเนีย ส่วนนีน่าให้กำลังใจยูเฟเมียโดยไม่รู้ตัว ขณะเดียวกันซีทูกับซีโร่ต่างเร่งฝีเท้าเข้าสู่การสู้รบเพื่อช่วยสุซาคุ

โอกิ วีเล็ตต้า ยูเฟเมีย และคาเรนปิดบังตัวตนที่งานเทศกาลโรงเรียน แต่เมื่อตัวตนของยูเฟเมียถูกเปิดเผย เธอจึงประกาศเรื่องสำคัญ

การเจรจาเกี่ยวกับอนาคตของญี่ปุ่นเป็นอันต้องล้มเหลวเมื่อลูลูชสูญเสียการควบคุมพลังของตัวเองและส่งผลทำให้ยูเฟเมียกลายเป็นผู้ลงมือสังหารหมู่แบบไม่คาดคิด

ยูเฟเมียพยายามต่อสู้กับพลังกีอัสขณะที่ต้องหาทางเอาชีวิตรอดให้ได้ ซีโร่ประกาศแผนสร้างประเทศใหม่ และการปฏิวัติก็เริ่มต้นขึ้น

โรงเรียนแอชฟอร์ดกลายเป็นศูนย์บัญชาการของภาคีอัศวินดำโดยมีสุซาคุเป็นผู้ต่อต้านขัดขืน ความทรงจำของวีเล็ตต้าหวนกลับมาและลูลูชต้องเผชิญหน้ากับคอร์เนเลีย

ลูลูชได้รู้ว่าคอร์เนเลียรู้ข้อมูลอะไรบ้างที่แท้จริงเกี่ยวกับการฆาตกรรมแม่ของเขา ลูลูชเดินทางไปยังเกาะคามิเนะเพื่อช่วยนันนาลลี่และได้เปิดฉากปะทะกับสุซาคุเป็นครั้งสุดท้าย

ลูลูช แลมเพอรูจกลับมาใช้ชีวิตเป็นนักเรียนจอมขี้เกียจและนักพนันตามปกติ ในขณะที่เขาถูกลบความทรงจำไปจนหมดและแทนที่ด้วยความทรงจำจอมปลอม

ลูลูชได้ความทรงจำกลับคืนมาและขึ้นเป็นผู้นำภาคีอัศวินดำ ขณะเดียวกันพวกอัศวินโดนเฟรมตัวใหม่เข้าโจมตีภายหลังถล่มตึกบาเบล

ซีโร่ประกาศการถือกำเนิดของสหรัฐญี่ปุ่น แต่กิลฟอร์ดขู่จะสังหารอัศวินดำที่ถูกจับไปทั้งหมดหากไม่ยอมรับคำท้า

ลูลูชมีปัญหาสองเรื่องที่ต้องจัดการ นั่นคือ เขาต้องหนีจากโรโล่ที่จงใจตามฆ่า และต้องหาทางช่วยภาคีอัศวินดำให้ได้

ซีโร่ทำให้เหล่าอัศวินเชื่อใจเขาได้อีกครั้ง การกลับมาของสุซาคุเป็นที่สนใจของผู้คนในโรงเรียน สภานักเรียนจึงจัดงานเลี้ยงเพื่อให้เกียรติแก่เขา

ในการซุ่มโจมตีที่แปซิฟิก ภาคีอัศวินดำทอดทิ้งซีโร่เพราะเขาพยายามแทรกแซงนันนาลลี่เพื่อลักพาตัวเธอ

ลูลูชเจอวิกฤต นันนาลลี่ได้รับเลือกเป็นผู้ปกครองแอเรีย 11 แต่ทว่ายังมีข่าวที่น่าตกใจยิ่งกว่าเกี่ยวกับเธอ

การตัดสินใจของซีโร่ที่จะจัดการภูมิภาคพิเศษของญี่ปุ่นทำให้ภาคีอัศวินดำเป็นกังวล ส่วนลูลูชทำตัวแปลกๆ

ภาคีอัศวินดำมาถึงที่ประเทศจีน และสหพันธ์จีนมีก็เชื้อพระวงศ์ผู้สูงศักดิ์อย่างลี่ฮวาเป็นองค์จักรพรรดินีปกครองแผ่นดินอย่างเป็นทางการ

หลังซีโร่ลักพาตัวจักรพรรดินีมาจากพิธีอภิเษกสมรสกับเจ้าชายโอดิสซุส การต่อสู้ชี้ชะตาระหว่างภาคีอัศวินดำกับซิงเค่อก็เริ่มต้นขึ้น

ดูเหมือนว่าการถูกปิดล้อมภายในสุสานจะเล่นงานลูลูชเข้าให้แล้ว และกองกำลังของทั้งจีนกับบริทาเนียกำลังเจอศึกหนัก

ลูลูชเผชิญหน้ากันกับเชอร์ลีย์ และเขาต้องเตรียมรับผลที่จะตามมาจากความเข้าใจผิดที่เกิดขึ้นเพราะนำซาโยโกะเข้ามาเกี่ยวข้อง

ความทรงจำที่กลับคืนมาทำให้เชอร์ลีย์จำทุกอย่างเกี่ยวกับลูลูชได้ เธอติดต่อสุซาคุพร้อมความตั้งใจที่จะเปิดเผยตัวตนที่แท้จริงของซีโร่

หลังการสูญเสียสุดสะเทือนใจ ลูลูชตัดสินใจจะไปถล่มภาคีกีอัส เพื่อถอนรากถอนโคนให้ราบคาบและกำจัดโรโล่ให้ได้

ลูลูชประจันหน้ากับองค์จักรพรรดิผู้เป็นพ่อของเขาในโลกคู่ขนาน เขาเกือบจะบรรลุจุดประสงค์สำคัญอยู่แล้ว หากแต่ความจริงบางอย่างทำให้เขาต้องพ่ายแพ้

สหพันธ์ของสหรัฐฯ ที่เริ่มเป็นรูปเป็นร่างจะช่วยให้ลูลูชมีหนทางและกองกำลังต่อสู้กับบริทาเนียได้อย่างไม่น้อยหน้ากัน

ลูลูชพยายามช่วยนันนาลลี่ด้วยไพ่ใบสุดท้าย คือการอ้อนวอนอย่างอ่อนน้อมและสิ้นหวังเพื่อให้สุซาคุช่วย

ลูลูชกับภาคีอัศวินดำแทบจะไม่ต้องปะทะกับสุซาคุและเหล่าอัศวินโต๊ะกลม เพราะความช่วยเหลือของเจเรไมอาห์และกิลฟอร์ด

ชไนเซลฉวยโอกาสตอนที่ลูลูชไม่อยู่เพราะสภาพร่างกายและจิตใจที่ย่ำแย่ เพื่อเดินทางไปพบบรรดาผู้นำของภาคีอัศวินดำ

ซีทูได้รู้ตัวตนที่แท้จริงของมารีอันน์ ขณะเดียวกันมีการประกาศว่าซีโร่ตายแล้ว

หลังจับตัวพ่อได้ ลูลูชกำลังจะได้รู้ความจริงเกี่ยวกับการตายของแม่ แต่จู่ๆ แม่ก็ปรากฏตัวขึ้นต่อหน้าเขา

ลูลูชได้ขึ้นเป็นจักรพรรดิและทำลายทุกอย่างที่เคยเป็นสัญลักษณ์ของบริทาเนียด้วยความยินยอมของสุซาคุ

ชไนเซลยกดาโมเคลสขึ้นไปไว้บนที่สูงเพื่อใช้หัวรบเฟรย่าข่มขู่ทั้งโลก และเขาก็พร้อมที่จะฆ่าเพื่อรักษาสันติภาพแล้ว

ลูลูชทลายดาโมเคลสในระหว่างที่ภาคีอัศวินดำเจาะทะลวงอวาลอนและช่วยตัวประกันออกมา

ลูลูชใช้กีอัสกับนันนาลลี่เพื่อหากุญแจของดาโมเคลส เมื่อมีกุญแจและเฟรย่าไว้ในครอบครอง ก็ทำให้เขามีพลังที่ใครก็ไม่อาจต้านทาน