Suzaku ist erleichtert, als er nicht für den Mord an Prinz Clovis verurteilt wird. Nach der Verhandlung trifft er auf Prinzessin Euphemia, der er sehr zugeneigt ist. Gemeinsam erkunden die beiden Area Eleven. Und Lelouch, der vor einiger Zeit die Kraft des Geass verliehen bekommen hat, trifft auf C.C., die sich bei ihm zu Hause einnistet.

Als Suzaku an der Ashford-Akademie akzeptiert wird, landet er in Lelouchs Klasse. Da Suzaku aber ein Eleven ist, sind nicht alle von ihrem neuen Mitschüler begeistert. Währenddessen hat Lelouch ganz andere Probleme, denn seine Zero-Maske wurde gestohlen. Eine Jagd nach dem Dieb beginnt.

Prinzessin Cornelia, die neue Generalgouverneurin von Area Eleven, will Zero aus seinem Versteck locken und sich an ihm rächen. Dieser Herausforderung kann Zero nicht widerstehen.

Eine Gruppe der Japanischen Befreiungsfront hat Geiseln genommen und sich in einem Hotel verschanzt. Das bringt gleich zwei Akteure auf den Plan: die britannische Armee und Zero.

Zeros „Schwarze Ritter“ treten immer öfter in Aktion. Bei einem Überfall auf ein britannisches Produktionslager für Drogen trifft Kallen auf eine Frau, die ihr sehr nahesteht.

In den Bergen von Narita führt Zero mit seinen Schwarzen Rittern eine große Schlacht gegen die britannische Armee. Den Schwarzen Rittern gelingt es, mit ihrem Nightmare-Giganten den Gegnern erheblich zu schaden.

Nachdem die Schwarzen Ritter große Teile der britannischen Armee außer Gefecht gesetzt haben, gehen sie in die Offensive. Ihr Ziel: die Gefangennahme von Prinzessin Cornelia.

Während sich die Freunde der Ashford-Akademie auf der Beerdigung von Shirleys Vater versammeln, gerät Lelouch in eine schwere Gewissenskrise: Denn auf das Konto der Schwarzen Ritter gehen viele Morde an unschuldigen Menschen. Wie kann Lelouch das verantworten?

Ein Mann namens Mao hat Shirley gekidnappt und fordert Lelouch zu einem Kampf heraus. Dabei stellt sich heraus, dass auch der Fremde über ein Geass verfügt und ein alter Bekannter von C.C. ist.

Mao taucht überraschend wieder auf und entführt Lelouchs Schwester Nunnally. Lelouch kann seine Schwester nur retten, wenn er gegen Mao in einem Spiel gewinnt, in dem er eigentlich chancenlos ist.

Der Schock sitzt noch tief, aber Lelouch hat schon einen Plan ausgearbeitet wie er seine Schwester beschützen kann und wie er als Zero die Welt verändern kann. Nebenbei wird Zero von Kioto gebeten, Toudou vor der Hinrichtung zu retten.

Das Geheimnis der weißen Maschine ist gelüftet… Der Pilot dieser Maschine ist kein anderer als Lelouch/Zeros bester Freund. Wie wird er mit dieser Erkenntnis umgehen? Zumal Suzaku der zukünftige Ritter von Prinzessin Euphie sein wird.

Nach dem Großangriff um Zero zu vernichten werden Suzaku, Karen, Euphie und Lelouch an einer einsamen Insel angespült. Lelouch kann es einfach nicht verstehen, warum Suzaku trotz dem Befehl der Selbstopferung immer noch für Britannien kämpfen will.

Sawasagi Atushi war der erste Minister im Kabinett des ehemaligen Japans. Mit seinem Angriff auf Kyushu will er mit Hilfe der chinesischen Föderation ein neues Japan gründen. Was wird der Orden der Schwarzen Ritter dazu beitragen?