ブリタニア帝国の属領となり、エリア11と呼ばれる日本。

ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。

だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまったのだ。悲嘆するルルーシュに、少女はある能力を授ける。

第三皇子クロヴィスのもとから、アッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこで、テロリストの一味であるカレンと対面する。 カレンはルルーシュを、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主ではないかと疑う。正体を知られてはいないかと探り合う二人。 ルルーシュはギアスの力を使って、カレンを欺くことに成功する。

その頃、クロヴィス皇子殺害の報道がなされる。犯人として捕らえられた のは、枢木スザクだった。

ナリタでの戦闘によって、起こったとある事実がルルーシュやカレンの心を苦しめる。信念を貫きブリタニアと戦っていく決意をするルルーシュは、黒の騎士団を率いてコーネリア軍へ向け出撃する。スザクの操るランスロットと一騎打ちとなるが、その最中、居るはずのないシャーリーの姿を見るルルーシュ。シャーリーは、ある人物からルルーシュと黒の騎士団の関わりを指摘され、ルルーシュを追ってきたのだった。