シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。

ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。大勢のブリタニア人が見守る中、自らがクロヴィス皇子殺害の犯人であると名乗り出るゼロ。謎の少女から与えられた力でスザクを解放させる。だが、スザクはそれを拒み軍事法廷へ向かうと言う。

日本解放戦線の本拠地があるという成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山へと向かう。コーネリアの攻撃に、壊滅していく日本解放戦線の部隊。多勢に無勢、勝ち目はないと脅える黒の騎士団のメンバーを鼓舞し、ルルーシュはこの戦争で奇跡を起こすと宣言。コーネリアのもとへ、日本初のナイトメア紅蓮弐式を出撃させる。

警察に撃たれたはずのマオが生きていた。ルルーシュに復讐を誓ったマオは、ナナリーを誘拐。制限時間内に救い出せるかどうかゲームをしようとルルーシュに持ちかける。危機を察したスザクは、ルルーシュとともにナナリーの救出に向かう。何とかナナリーを発見した二人だが、そこにはマオの仕掛けた巧妙なトラップが仕掛かられていた！果たして二人は彼女を救い出す事が出来るのか？

一斉蜂起したイレヴン達を率いてブリタニア政庁を目指す黒の騎士団。それを迎え撃つべく出陣するコーネリア。

その租界が突如崩落した。地盤を支える構造体自体を破壊するという恐るべき手段でブリタニア軍に大ダメージを与えたゼロは混乱に乗じて敵本陣に突入する！ さらにユーフェミアの復讐を誓うスザクも参戦！

コーネリア対ゼロ、スザク対ルルーシュ！？今、最後の血戦の幕が開く！！！

窮地の中でルルーシュはロロにある取引を申し出る。

それは……。

刻一刻と迫る処刑の時。絶対的に不利な状況。待ち構えるは宿敵ギルフォード。そしてついにゼロが姿を現した！

新総督によって宣言された「行政特区日本」の設立。イレブンにとってそれはブリタニアに対する怨念の一頁であったはず。何故それを再び？血塗られた虐殺皇女の歴史が再現されてしまうのか？

その時、ゼロがスザクに申し出た驚愕の取引とは？そして百万のキセキとは果たして？

シャーリーが死んだ。ギアスによって運命を翻弄され続けた彼女は、ギアスの為に命を落とした。ルルーシュはその仇を討つ為にギアス嚮団の壊滅を決意。ロロとジェレミアから得た情報からその中華連邦にある本拠地を突き止め突入する。対するは嚮主V．V．！ C．C．と同じく不老不死の力を持つ謎の少年との激闘が始まる！！

ロロによって窮地を脱したルルーシュ。だが、もう彼が辿るべき道は一つしか無い…。同じ頃、ブリタニア軍、黒の騎士団双方で大きなうねりが起きようとしていた。世界は新たな局面を迎えるのか？さらに神根島に降臨したブリタニア皇帝がついに動き出す！！そしてその時、ルルーシュは！？

ゼロレクイエム。すべてははルルーシュとスザクの約束の為に。さらばルルーシュ、ゼロ最後の日！？さよならスザク、さらば戦いの日々そして・・・コードギアス最終回！万感の想いを胸に全力で刮目せよ！