Der 17-jährige Lelouch Lamperouge ist Schüler der Ashford-Akademie, einer Schule für Britannier in „Area 11“. Sein Leben wird auf dramatische Weise auf den Kopf gestellt, als er in den Kampf zwischen der Widerstandsbewegung und den britannischen Truppen verwickelt wird. Denn er trifft ein geheimnisvolles Mädchen, das ihm eine ganz besondere Gabe schenkt.

Als Suzaku an der Ashford-Akademie akzeptiert wird, landet er in Lelouchs Klasse. Da Suzaku aber ein Eleven ist, sind nicht alle von ihrem neuen Mitschüler begeistert. Währenddessen hat Lelouch ganz andere Probleme, denn seine Zero-Maske wurde gestohlen. Eine Jagd nach dem Dieb beginnt.

Prinzessin Cornelia, die neue Generalgouverneurin von Area Eleven, will Zero aus seinem Versteck locken und sich an ihm rächen. Dieser Herausforderung kann Zero nicht widerstehen.

Eine Gruppe der Japanischen Befreiungsfront hat Geiseln genommen und sich in einem Hotel verschanzt. Das bringt gleich zwei Akteure auf den Plan: die britannische Armee und Zero.

Zeros „Schwarze Ritter“ treten immer öfter in Aktion. Bei einem Überfall auf ein britannisches Produktionslager für Drogen trifft Kallen auf eine Frau, die ihr sehr nahesteht.

In den Bergen von Narita führt Zero mit seinen Schwarzen Rittern eine große Schlacht gegen die britannische Armee. Den Schwarzen Rittern gelingt es, mit ihrem Nightmare-Giganten den Gegnern erheblich zu schaden.

Nachdem die Schwarzen Ritter große Teile der britannischen Armee außer Gefecht gesetzt haben, gehen sie in die Offensive. Ihr Ziel: die Gefangennahme von Prinzessin Cornelia.

Die Kyoto-Gruppe, verantwortlich für die Unterstützung zahlreicher Widerstandsorganisationen, lädt die Schwarzen Ritter zu einem Treffen ein. Diese Begegnung wird für beide Seiten zu einer Überraschung.

Lelouch and Suzaku fight for the sake of their promise, the Zero Requiem. Suzaku battles Kallen, while Lelouch confronts Nunnally, his biggest and dearest enemy.