Alguém passa pelos portões. E ele está mais velho, é um renovado Naruto que volta para casa depois de uma longa jornada de treinos com Jiraiya. Uzumaki Naruto está de volta!

Naruto e Sakura se unem para enfrentar Kakashi em um desafio de sobrevivência para mostrar o progresso de seu treinamento.

Naruto e Sakura combinam suas habilidades, o que obriga Kakashi a usar seu Sharingan logo de cara. Mais forte, Naruto executa com maestria seus jutsus um após o outro.

Gaara percebe rapidamente a presença de Deidara, resultando numa incrível batalha nos céus entre Deidara em seu pássaro gigante e Gaara sobre sua areia.

Naruto e Sakura vencem Kakashi no desafio de sobrevivência. Tsunade os designa para o Time Kakashi, o novo esquadrão de três em que eles trabalharão de igual para igual.

Para proteger a vila da explosão de Deidara, Gaara usa seu Chakra para criar uma gigantesca barreira de areia.

Gaara está totalmente sem forças e acaba sendo levado por Deidara. Kankuro ignora os esforços de Baki para impedi-lo e corre ao resgate do irmão.

No caminho de volta para sua vila, Temari encontra Kakashi e seu time. Ele dá conselhos a Naruto quando este tenta correr na frente.

Uma mensagem urgente na Vila Oculta da Areia relatando o sequestro do Kazekage pela Akatsuki chega à Vila Oculta da Folha. Tsunade não perde tempo ao mandar o Time Kakashi para lá.

Os ninjas da Areia lutam contra o tempo para salvar Kankuro. Mesmo a perita em venenos da Areia, Vovó Chiyo, está perplexa. A única esperança está nos reforços enviados por Tsunade.

Kankuro está em estado crítico, mas Sakura está cuidando de seu tratamento. Após um longo treinamento, ela agora é uma Ninja Médica de mão cheia e está maravilhando a todos com suas precisas e firmes mãos.

Pakkun encontra o esconderijo da Akatsuki. O Time Kakashi e Temari se preparam para resgatar Gaara, mas os superiores ordenam que Temari fique ajudando na vigilância da vila.

O Time Kakashi encontra Uchiha Itachi, que tinha lhes dado uma amarga derrota no passado. Kakashi alerta a todos que não olhem direto nos olhos de Sharingan de Itachi.

Gai se prepara para usar um Jutsu secreto proibido. Enquanto isso, Naruto cai no Genjutsu de Itachi e todo o treinamento que teve para lidar com esse momento passa em sua mente.

Vovó Chiyo e Sakura salvam Naruto do Genjutsu de Itachi. Sem tempo a perder, Kakashi inicia seu contra-ataque.

Chiyo e Kakashi percebem que os ataques foram apenas distrações e que a Akatsuki já começou o processo de extração do Uma Cauda de Gaara. Vovó Chiyo explica a Naruto e Sakura a conexão entre as Bestas de Cauda e os Jinchuuriki...

O Time de Kakashi e de Gai resolvem parar para um pequeno descanso. Vovó Chiyo vê Naruto adormecer e relembra de quando Sasori era criança. As buscas recomeçam, mas Chyio ainda não entende por que Naruto está se esforçando tanto para resgatar Gaara...

O Time de Kakashi e o de Gai finalmente encontram o esconderijo da Akatsuki. Eles têm pressa para se infiltrar, mas uma barreira de cinco selos frustra seus planos. O único jeito de quebrar a barreira é removendo os cinco selos ao mesmo tempo, mas onde estarão os outros 4?

Ao quebrar a barreira de cinco selos uma impressionante armadilha é ativada, e agora o Time Gai tem um poderoso inimigo para enfrentar: cópias perfeitas deles mesmos. Enquanto isso, no esconderijo recém-descoberto da Akatsuki, Deidara e Sasori brigam diante seus oponentes para decidir quem irá capturar o Jinchuuriki do Nove Caudas.

Um inevitável confronto entre a velha mulher e seu neto começa. Sakura está confusa sobre a estranha aparência de Sasori, mas Vovó Chiyo explica que aquele não é Sasori, e sim Hiruko...

Vovó Chiyo e Sakura conseguem fazer Sasori revelar sua verdadeira face, que está assustadoramente igual a quando ele sumiu da Vila da Areia, 20 anos antes. Mas as surpresas estão apenas começando, pois Sasori ainda não mostrou uma de suas marionetes mais poderosas...

Sasori consegue pegar Sakura com uma de suas táticas e a prende numa nuvem venenosa. Mas ela usa um Papel Explosivo para libertar-se, causando desvios perigosos para a batalha.

Chiyo e Sakura precisam se proteger a todo custo da Areia de Ferro da marionete de Sasori, que não mede esforços em seus ataques. Chiyo luta para proteger Sakura, no entanto suas marionetes Pai e Mãe são derrotadas num piscar de olhos.

Sakura consegue conter o ataque da Areia de Ferro do Terceiro Kazekage com sua força absurda. Ela aprendeu com Tsunade que a habilidade mais importante de um Ninja Médico não curar os outros, mas sim se esquivar de qualquer tipo de ataque e permanecer vivo!

Com uma dose extra do antídoto que fizera para Kankuro, Sakura consegue destruir a marionete do Terceiro Kazekage. Para a surpresa da Vovó Chiyo, Sakura explica que, por exatos três minutos, o antídoto consegue transformar o veneno em proteínas inofensivas.

Sakura e Vovó Chiyo estão muito ocupadas em uma violenta luta contra Sasori, um poderoso oponente capaz de transformar seu próprio corpo em uma marionete. Elas conseguem vencer Sasori no tempo limite, mas ele é poderoso demais para deixar que as coisas acabem em apenas 3 minutos.

Mesmo envenenada, Vovó Chiyo usa a última porção do antídoto em Sakura. Ridicularizando a situação de grande sensibilidade entre ambas, Sasori não perde tempo em suas investidas para acabar com a vida de Chiyo.

O Time Gai consegue sentir o resultado da violenta batalha de Sakura e Vovó Chiyo enquanto ainda lutam mortalmente contra suas cópias. No entanto, o Time de Gai está cansado, ao passo que suas cópias continuam iguais ao início. Como vencer uma batalha contra um oponente tão invencível?

Cansadas e com Vovó Chiyo agonizando com o veneno de Sasori, Sakura e Chiyo correm ao encontro de Naruto. O Time Gai também tem pressa em alcançar Naruto e Kakashi, mas este mostra toda a sua evolução.

Enfurecido pelo rumo das coisas, Naruto perde a cabeça e acaba sendo gradativamente coberto pelo Manto do Nove Caudas. Alertado anteriormente por Jiraiya, Kakashi precisa ser ágil para lidar com o perigoso Espírito da Raposa.

Vovó Chiyo está surpresa, ela não entende como um garoto pode se esforçar tanto para salvar alguém de outra Vila, alguém que um dia foi seu inimigo. Mas esse é o Naruto e seu poder misterioso de fazer amigos e lutar até o fim por eles. Agora é a vez dela, uma das mais poderosa ninjas da Vila Oculta da Areia, lutar até o fim por algo que ela acredita, lutar até o fim por Gaara e pela nova geração de ninjas que está nascendo.

O Retorno de Gaara e de todos os ninjas que foram ao seu resgate é triunfal, a Vila Oculta da Areia está vibrante. Mas neste momento de grande felicidade o silêncio do luto recai sobre a nova geração de ninjas seguido pelo difícil momento da despedida. É hora de Naruto e seus amigos voltarem para casa.

Todos retornam para a Vila Oculta da Folha. Kakashi, no entanto, é hospitalizado por conta dos estragos causados pelo seu Mangekyo Sharingan. Mas ainda não é hora de descanso para os integrantes do Time Kakashi pois um novo alvo os espera.

Após atacar Naruto, Sai desaparece, mas antes diz que eles se encontrarão novamente. Enquanto isso, Tsunade se reúne com os anciões da vila, Homura e Koharu, para uma conversa perturbadora sobre suas decisões como Hokage.

Naruto se enfurece quando conhece seu novo companheiro de equipe, Sai, e que ele estava apenas testando sua força. Sakura até tenta apaziguar os ânimos, mas há mudanças demais no Time Kakashi...

O novo Time Kakashi se encaminha para Tenchikyo. Para Naruto, Sai é apenas um substituto temporário para Sasuke. Mas Sai só mostra sua verdadeira face quando demonstra seu total desprezo por Sasuke.

Sakura vê Sai trabalhando numa pintura abstrata e pergunta o título. Ele conta que nunca deu um título a nenhuma de suas pinturas. Incomodada com isso, Sakura encontra um estranho livro de desenhos nas coisas de Sai.

Yamato conduz uma simulação para preparar o time Kakashi para o confronto da Ponte Tenchi. No entanto, Sai não pensa duas vezes em tomar uma posição individualista para completar a simulação da missão com sucesso.

Finalmente chega o dia do encontro entre Sasori e seu espião. Como planejado, Yamato se disfarça de Sasori e vai para o local combinado se encontrar com o espião, que para a surpresa de todos é um shinobi que eles conhecem bem.

Cara a cara com seu maior inimigo, Naruto subitamente libera o poder da Raposa de Nove Caudas. Mas quando Yamato vê a quarta cauda surgir, ele se lembra de como Jiraiya quase morreu ao também ver Naruto transformado.

Enquanto são apenas três caudas, Naruto ainda consegue ter consciência, mas tudo muda com o aparecimento da quarta cauda. Em meio ao caos da batalha entre Naruto e Orochimaru, Sai começa sua missão, sua verdadeira missão.

Com a quarta cauda liberada, Naruto perde completamente sua consciência e é tomado por impulsos destrutivos que desafiam até mesmo seu oponente, Orochimaru.

Mesmo tendo mudado completamente para sua forma insana de Demônio de Caudas, Naruto ainda se recusa a abandonar a ideia de levar Sasuke de volta para casa.

Tomando vantagem da situação, Sai dá continuidade à sua missão secreta e faz contato com Orochimaru, que decide dar-lhe um voto de confiança após ver o "presente" que Danzou mandou.

Naruto e Sakura ficam chocados quando descobrem que o objetivo de Danzou é trabalhar com Orochimaru para destruir a atual Vila Oculta da Folha.

O Time 7 trabalha para evitar que Kakashi se sacrifique para acabar com uma guerra mundial.

Naruto descobre quem realmente machucou Sakura durante a batalha. Enquanto isso, ela investiga o livro de desenhos de Sai.

Sai estremece quando finalmente se encontra cara a cara com Sasuke no esconderijo de Orochimaru. O "presente" que Danzou mandou ele entregar a Orochimaru é nada mais nada menos que uma lista dos agentes da Anbu sob comando direto da Hokage.

Guiados por Yamato, o Time Kakashi consegue localizar Sai no esconderijo de Orochimaru e o questiona sobre os planos de Danzou de destruir a Folha, mas no fim é Sai quem fica impressionado com a motivação por trás dos planos de Naruto em salvar Sasuke, seu primeiro amigo, aquele que o reconheceu primeiro.

Kabuto faz um ataque surpresa para resgatar Sai, que é mantido como traidor, mas as pessoas mudam e Sai toma uma importante decisão.

Mesmo sentindo os ferimentos de quando tomou a forma da Raposa, Naruto busca loucamente por Sasuke no esconderijo. Incapaz de se manter imparcial a esse forte sentimento de Naruto, Sai consegue se lembrar do que ia desenhar na página inacabada de seu livro, o desenho especial que ele tanto queria mostrar para o seu irmão.

O Time Kakashi descobre a verdadeira missão de Sai e fica chocado com a possibilidade de ter sido traído novamente apenas para que ela fosse completada. Mas Naruto acredita no sorriso de Sai, Naruto acredita que ele não vai completar sua missão de matar Sasuke.

Naruto e Sakura finalmente encontram Sasuke. No entanto, os fortes sentimentos de vingança dele só aumentaram nesses três anos, assim como seu imenso poder, o poder do clã Uchiha.

O intenso desejo de vingança de Sasuke se mostra mais forte que a determinação de Naruto e Sakura em levá-lo para casa. Yamato se mostra disposto a pôr um ponto final nisso, mas Orochimaru intervém, encerrando o confronto. Tudo que resta agora para o Time Kakashi é um intenso desejo de ficar mais forte para poder salvar seu amigo e um novo sentimento de companheirismo que faz Sai finalmente se sentir parte de um grupo, se sentir um humano de verdade.

Após o fracasso em sua missão para levar Sasuke de volta à Vila, Naruto passa a ter o mesmo pesadelo todas as noites. No entanto, mesmo depois de acordar esse pesadelo ainda parece que o persegue.

Finalmente começa o treino de Naruto com Kakashi. O trabalho é exaustivo, será que Kakashi vai conseguir ensinar algo ao desmiolado Naruto?

Agora que já sabe que sua propriedade de Chakra é Vento, Naruto está se empenhando ao máximo em seu treinamento.

O Time Kakashi ganha uma nova missão: resolver o caso dos roubos de túmulos nas proximidades do Templo do Fogo. No entanto, fica claro que eles são muito mais que ladrões de túmulos, e Yamato suspeita que eles estejam na verdade atrás dos corpos de grandes ninjas sepultados nas proximidades do Templo do Fogo.

No Templo do Fogo, Chiriku explica ao Time Kakashi que as tumbas secretas guardam quatro dos 12 Ninjas Guardiões, grupo de grandes ninjas que um dia defenderam o Senhor Feudal do País do Fogo. Na época, Chiriku e Asuma também fizeram parte dessa organização.

As tumbas secretas foram violadas e os túmulos, levados. Naruto e os outros saem em perseguição para recuperá-los, mas acabam caindo numa armadilha.

O Time Kakashi é dividido pelo Jutsu de Terra do inimigo. Eles são forçados a revidar os ataques mortais dos inimigos, mas fora de seu território, os ninjas da Folha ficam em desvantagem.

Sora confronta Furido, o homem misterioso que violou as tumbas secretas. Impressionado com o poder incomum de Sora, Furido diz que ele deveria aproveitar melhor esse poder concedido pelos Deuses, além de sugerir que foi amigo do pai de Sora.

Yamato acredita que os ladrões de túmulos estavam na verdade atrás de Sora, então decide colocá-lo no Time Kakashi temporariamente para cobrir o lugar deixado por Sai, que se feriu ao proteger Sakura.

Por ironia do destino, Naruto e Sora acabam sob os cuidados de Asuma, que os treina com pulso firme para que eles melhorem suas habilidades de liberação de Vento.

Tsunade captura Danzou durante um encontro secreto com um ninja da Vila Oculta da Chuva. Mas esse ninjas é, na verdade, um espião da Folha. Para tornar tudo ainda mais grave, uma terceira pessoa é capturada.

Após provocar uma queda de energia geral, Furido começa a executar seu plano de ataque à Vila da Folha. Entrando em estado de alerta imediatamente, a Vila tenta sua defesa, mas os homens de Furido fazem uma barreira que prende a todos dentro da vila.

Tentando impedir o desastre, Asuma corre em direção à torre de energia da vila. Lá ele vê os caixões roubados dos Ninjas Guardiões, que foram trazidos de volta à vida para executar um terrível Jutsu.

Sora fica sem palavras quando descobre que o plano verdadeiro de Furido não é matar a Hokage, mas destruir totalmente toda Vila da Folha.

Os poderosos ninjas de Estilo Raio revividos atravessam a vila com o intuito de completar o Limelight, um poderoso Jutsu capaz de destruir toda a vila num piscar de olhos.

Naruto e Asuma alcançam Sora, mas ele já está tomado por um Chakra poderoso e maligno.

Furido revela sua verdadeira identidade, o que horroriza Asuma. Colocando sua honra em primeiro lugar, Asuma toma uma importante decisão.

Naruto tenta desesperadamente tanto suprimir o Chakra do Nove Caudas quanto alcançar o coração e a alma de Sora. Apesar de querer ajudar, tudo que os outros podem fazer é assistir e torcer por seu amigo, que luta para salvar Sora desse poderoso Chakra.

O pessoal da Vila da Folha está trabalhando para reparar os danos causados pela última batalha. Ao ver Konohamaru tão determinado em ajudar a vila, mesmo que nas menores coisas, Iruka fica emocionado e pensa em quanto todos os seus discípulos cresceram. Enquanto isso, a Akatsuki já está agindo e o perigo parece ser iminente.

Com o retorno de Kakashi, Naruto retoma seu treino para aprender um novo jutsu. Agora o Jinchuuriki do Nove Caudas terá que aprender algo muito difícil para chegar ao próximo estágio de seu treino. Nos limites do País do Fogo, dois ninjas da Akastuki começam seu trabalho.

Por onde a Akatsuki passa há destruição. Após o terrível ataque ao Templo do Fogo, um monge sobrevivente consegue chegar à Vila Oculta da Folha e reporta a Tsunade a perigosa situação em que o país agora se encontra.

Tsunade monta esquadrões para descobrir o paradeiro e capturar a dupla da Akatsuki que invadiu o país, mas ver o quanto eles são difíceis de pegar se torna muito frustrante para a Quinta Hokage.

Naruto finalmente avança em seu treinamento, mas agora ele está sozinho, pois o poderoso jutsu que Kakashi disse que ele aprenderia é na verdade um jutsu inacabado, um jutsu que nem o Quarto Hokage, que o inventou, conseguiu completar.

Asuma e seu time finalmente encontram a perigosa dupla da Akatsuki que destruiu o Templo do Fogo: Hidan e Kakuzu. A luta começa, mas Hidan revela um poder assustadoramente superior ao dos shinobi da Folha.

Hidan pega Asuma em seu jutsu. Amaldiçoado pelo oponente, Asuma agora se vê preso numa conexão mortal ao corpo de Hidan.

Shikamaru consegue descobrir o segredo do justu de Hidan e Asuma parte para o contra-ataque, mas o oponente tem ainda muitos truques.

A luta mortal entre Asuma e Hidan chega ao fim. Onde estarão os reforços que os ninjas da Folha pediram? Como sair vivos de uma batalha em que os inimigos parecem ser imortais?

Num lugar distante, a Akatsuki revela seu verdadeiro objetivo. Enquanto isso, na Vila da Folha, Shikamaru reporta sua missão a Tsunade.

O funeral de Asuma deixa a Vila da Folha num pesado clima de tristeza. Shikamaru é o único ausente, incapaz de lidar com essa grande perda.

Kakashi se une ao Time 10 para deter a Akatsuki. Tsunade manda o Time 7 para ajudá-los, mas para isso Naruto precisa dominar seu Jutsu novo no prazo de 24 horas.

Shikamaru e Chouji começam a batalha, mas são logos detidos pelo poder de Kakuzu. Kakashi então intervém acertando um ponto vital de Kakuzu com seu Raikiri, mas Kakuzu não morre...

Shikamaru e seus companheiros tentam desesperadamente conter a ofensiva do Estilo Fogo de Kakuzu. Enquanto isso, Kakashi tenta entender como que seu oponente pode ter tantas Naturezas de Chakra.

Sozinho, Shikamaru atrai Hidan para a floresta, mas perde muito Chakra nisso e Hidan aproveita para contra-atacar, conseguindo um pouco do sangue de Shikamaru.

Naruto, Sakura, Sai e Yamato chegam bem na hora para ajudar o Time Asuma. Chegou a hora de Naruto mostrar a todos seu Jutsu novo.

Ino e Chouji ficam surpreendidos com o poder do novo Jutsu de Naruto, enquanto Kakuzu percebe que não é nada seguro entrar numa luta a curta distância contra Naruto. Enquanto isso, na floresta, Shikamaru mostra como os ensinamentos de Asuma não foram em vão.

Naruto vence Kakuzu com seu poderoso novo Jutsu. De volta à vila, Tsunade dá uma merecida folga aos Times de Shikamaru e de Yamato, mas percebe algo assustador no aspecto de Naruto.

Mal os ninjas chegam da última missão e Tsunade já recebe notícias sobre um suposto esconderijo de Orochimaru que foi descoberto. Sob o comando de Kakashi, os melhores ninjas rastreadores da vila, Hinata, Shino e Kiba, saem numa importante e perigosa missão para localizar esse esconderijo.

Naruto e Jiraiya saem numa nova jornada para treinar um ninjutsu de colaboração entre ninja e sapo invocado. Enquanto isso, o Time rastreador parece estar perto de encontrar o esconderijo de Orohimaru, mas...

No esconderijo de Orochimaru, Guren vê Sasuke derrotar mil oponentes. Enquanto isso, num lago, Kabuto conduz seus experimentos para invocar a Besta de Três Caudas. Naruto está descansando de seu pesado treinamento nas águas termais quando conhece alguém especial...

Acreditando no avanço do treinamento de Naruto, Jiraiya o deixa aos cuidados dos sapos ninjas e sai para investigar uma nova informação sobra a Akatsuki. Com seu braço curado, Naruto volta à vila para continuar seu treinamento.

No esconderijo, Rinji e Gozu esperam por Guren apreensivos com os ninjas que os estão perseguindo. Mal sabem eles que Kakashi e os outros já descobriram que eles usam morcegos para vigilância.

Naruto está muito envolvido em seu treinamento com Gamakichi e Gamatatsu, mas quando descobre que Kakashi saiu em missão para descobrir o esconderijo de Orochimaru, nem Tsunade consegue ceder aos seus argumentos.

O Time Yamato parte para ajudar o Time dos rastreadores, que foi cercado pelo inimigo.

O grande oponente do Time de Rastreamento tem o poder de cristalizar tudo ao seu redor usando o raro Estilo Cristal. Ainda sem entender claramente os objetivos de Orochimaru, Tsunade não consegue esconder sua ansiedade e irritação.

Kakashi, Shino e Kiba são presos no grande e impenetrável labirinto de cristal de Guren e Hinata é cristalizada como refém. Os reforços chegam, mas a barreira de cristal parece resistente a tudo... menos ao novo jutsu de Naruto!

Os ninjas da Folha decidem uma manobra arriscada para localizar Guren, que recuou, e se utilizam dos morcegos vigilantes do inimigo para isso. Mas Kiba e Akamaru detectam um terrível e poderoso Chakra vindo de algum lugar por perto. Agora o único capaz de investigar esse Chakra e sobreviver é o ninja mais imprevisível da Folha: Uzumaki Naruto.

Dentro da densa névoa, os ninjas da Folha encontram Naruto tendo uma ilusão. Além disso, eles também descobrem que essa névoa, assim como o imenso Chakra, são da Besta de Três Caudas. Numa decisão rápida, Tsunade dá um passo à frente da Akatsuki e manda mais um Time para dar suporte à missão.

Naruto entre na névoa em busca de Yuukimaru, mas Guren também está alerta em sua procura e, quando os dois ninjas se encontram, os sentimentos que ambos nutrem por Yuukimaru podem se colidir.

Chegam os reforços da Folha e uma nova missão: selar a Besta de Três Caudas antes que ele caia nas mãos erradas.

Enquanto os ninjas da Folha querem selar o Três Caudas, o grupo de Guren quer impedir isso a todo custo.

Para proteger a Barreira necessária para selar o Três Caudas, Kakashi e Naruto travam uma batalha mortal contra Guren enquanto Sai enfrenta Gozu.

Kabuto planeja quebrar a Barreira da Folha para, assim, transformar Yuukimaru no Jinchuuriki do Três Caudas.

Para proteger Guren do ataque do Três Caudas, Yuukimaru usa seu poder ao extremo. Comovida com isso, Guren se arrepende de seu passado cheio de terríveis pecados.

Para proteger Yuukimaru, Naruto e Guren lutam lado a lado contra a Besta de Três Caudas.

Os ninjas da Folha descobrem que Naruto está dentro do Três Caudas. Sem alternativas fora confiar na intuição de Yuukimaru, Kakashi e os outros partem com o menino em uma missão de resgate.

O Time de Selamento se prepara novamente para selar o Três Caudas, mas Kabuto está disposto a capturar Yuukimaru custe o que custar para, assim, completar a missão dada por Orochimaru.

Kabuto trama capturar o Três Caudas utilizando o poder de Yuukimaru, mesmo sabendo que isso causará a morte da criança. Enquanto isso, o Time de Selamento de Shizune corre perigo.

Kabuto finalmente aparece diante de Naruto, que fica enfurecido ao descobrir como Orochimaru se aproveitou dos sentimentos de Yuukimaru e de Guren.

Em vista os graves ferimentos de seus ninjas, a Folha decide recuar. A situação se agrava ainda mais quando Yuukimaru entra em coma e seu corpo fica incapaz de controlar o Três Caudas.

Orochimaru agoniza em seu esconderijo e o ritual em que ele tomará o corpo de Sasuke como recipiente está próximo, mas o jovem Uchiha tem outros planos.

Orochimaru destrói seu corpo antigo e se transforma em uma serpente branca. Enquanto ele ataca Sasuke para conseguir seu corpo, se lembra do tempo que achou a pele de uma cobra branca na frente do túmulo de seus pais.

Sasuke derrota Orochimaru e liberta Suigetsu, um rapaz preso dentro de um tanque de água. Sasuke quer o apoio de Suigetsu, mas este não parece querer colaborar sem receber nada em troca.

Sasuke e Suigetsu visitam o esconderijo sul para recrutar o próximo companheiro, Karin. Suigetsu fica surpreso com a baixa segurança do esconderijo, mas dizem que nenhum prisioneiro consegue escapar graças às habilidades de Karin.

Sasuke e seu time vão para o esconderijo norte recrutar o próximo membro, Juugo. No caminho, Karin explica que esse esconderijo é local de horripilantes experimentos em humanos.

Sasuke chega na cela de Juugo, mas Juugo não quer ser solto. Ele prefere morrer sozinho a sair do esconderijo.

Mais de dez anos atrás, um tratado entre as Cinco Grandes Nações foi abalado, dando início ao conflito conhecido como a Terceira Grande Guerra Ninja. Kakashi, Obito, Rin e Minato estão encarregados de uma missão na Ponte Kannabi...

Obito ignora a ordem de Kakashi de continuar com a missão e vai salvar Rin, que foi sequestrada pelos ninjas da Pedra. Mas os inimigos detectam Obito e o detêm.

Depois de caçar o Quatro Caudas, Itachi e Kisami são convocados pelo líder da Akatsuki, que anuncia a morte de Orochimaru e seu possível assassino...

Sob o comando de Kakashi, os ninjas da Folha saem a procura de Itachi. Usando os cães de Kakashi, eles reúnem o máximo de informações possível. Enquanto isso, os membros da Hebi também tentam o mesmo.

Quando se encontram, Sasuke e Deidara começam uma batalha. Depois de trocar golpes para testar a força de Sasuke, Deidara é forçado a usar um ataque especial contar Sasuke.

Determinado a destruir o Sharingan para se livrar do gosto de derrota recebido de Itachi, Deidara usa seu mais forte ataque, o C4 Kagura.

Sasuke some depois de ser pego pela bomba suicida de Deidara. Sentindo seu desaparecimento, Juugo, Karin e Suigetsu vão para onde Sasuke estava e...

Para fazer com que Sasuke possa se focar na batalha com Itachi, Karin inventa um plano para manter os ninjas da Folha ocupados.

Durante o governo do Segundo Hokage, os jovens Jiraiya, Orochimaru e Tsunade são colocados no esquadrão de Sarutobi como Genin. Fascinado pelas inovações de Sarutobi, Jiraiya tenta dominar as técnicas de invocação.

A jornada do Jiraiya em busca de seu discípulo é atrasada devido à Terceira Grande Guerra Ninja. Ele então se junta a Tsunade e Orochimaru em uma batalha no País da Chuva.

Jiraiya se infiltra com sucesso no País da Chuva, se escondendo no sapo Gamagoro. Ele está em busca de informações, mas não encontra indícios de guerra civil.

Prevendo uma possível batalha, Jiraiya se previne e libera o sapo com a chave para o Selo de Oito Trigramas de Naruto.

Jiraiya batalha para derrotar seu antigo discípulo, Pain, que agora está tomado por seus malignos ideais e é membro da Akatsuki.

Jiraiya completa sua transformação em Modo Sábio para enfrentar os três Pains.

Sem um braço, Jiraiya está em apuros contra os Seis Pains. Mas tudo piora quando ele descobre que um deles, o Tendou, é na verdade seu antigo discípulo Yahiko.

Sasuke chega em um dos esconderijos da Akatsuki seguindo os passos de Itachi. Sasuke está prestes a entrar sozinho, mas seu irmão aparece...

Enquanto Itachi espera Sasuke no esconderijo dos Uchiha, ele se lembra do incidente que levou sua saída da Folha. Quando Sasuke chega, a esperada batalha começa.

Seguindo a feroz batalha de Genjutsu com Sharingan, Itachi explica o segredo do mais poderoso Jutsu Ocular, o Mangekyou Sharingan, assim como a história dos Uchiha...

Sasuke perde seu olho esquerdo para Itachi, mas no fim era um Genjutsu criado pelo Mangekyo Sharingan. Sasuke, então, se liberta do à força do Reino das Chamas Infernais de Itachi.

No ápice da batalha, Itachi e Sasuke ficam sem Chakra. Mas Sasuke revela que tudo até aquele momento era só uma prévia do que está por vir.

Naruto e seus companheiros são pegos por Tobi, que usa um estranho Jutsus muito além de Genjutsu.

No esconderijo da Akatsuki, Sasuke encontra Madara. Anunciando ter sido cúmplice de Itachi na noite do massacre dos Uchiha, Madara conta a Sasuke a verdade desconhecida sobre Itachi.

Madara deixa Sasuke totalmente atônito quando revela a verdadeira história do Clã Uchiha.

As Chamas Infernais de Itachi ainda ardem no campo de batalha quando Naruto e seus companheiros chegam e busca de Sasuke.

Sasuke nomeia seu novo grupo de Taka e se une à Akatsuki em busca das Bestas de Caudas que ainda precisam ser capturadas. E, no País do Raio, eles partem em busca do Jinchuuriki do Oito Caudas, o ninja Killer Bee.

Os ninjas da Folha falham ao capturar Itachi e ainda perdem o rastro de Sasuke, mas em seu caminho de volta para a Vila da Folha eles recebem uma missão urgente de Tsunade: uma equipe deve ir ao encontro do Clã Tsuchigumo, que tem um antigo tratado com o Terceiro Hokage.

Naruto e seu time devem escoltar Hotaru, a neta de En no Gyouja, até a vila do clã Tsuchigumo. Mas Hotaru só consegue pensar em Utakata...

Ao chegar na vila, Hotaru se separa de Naruto e os outros. Mas ela é surpreendida pelo grupo que quer roubar o Jutsu Proibido de seu clã.

Yamato e Sai reconhecem seus oponentes: eles são na verdade ninjas rastreadores da Névoa que querem Utakata a todo custo.

Hotaru é levada de volta para o forte no Monte Katsuragi. Naruto descobre que o Jutsu Proibido está, na verdade, dentro de Hotaru, e fica furioso. Mas foi a própria Hotaru quem decidiu que seria assim.

Acreditando na história de Shiranami, Hotaru escreve uma carta de despedida para Utakata e foge do Monte Katsuragi. Enquanto isso, Naruto cai numa armadilha, mas consegue fugir graças a ajuda de Utakata.

Naruto e Utakata conseguem entrar na Vila Tsuchigumo graça a Sakura, Sai e Yamato. Utakata sente o Chakra preenchendo a atmosfera e, com Naruto, encontra o lugar de onde vem toda essa anomalia.

Hotaru, sob o controle do Justu de Shiranami, usa o Jutsu Proibido contra Naruto e Utakata. E enquanto Shiranami treme de alegria por ver o Jutsu Proibido em ação, Hotaru cai no mais profundo desespero.

Ao voltar para a Folha após fracassar em sua missão de capturar Itachi e localizar Sasuke, Naruto recebe notícias ainda mais dolorosas.

Abalado com a notícia que recebeu ao voltar de sua missão, Naruto vaga sem rumo pelas ruas da Folha. Como superar tamanha perda?

Naruto ajuda Shikamaru e os outros a decodificar o recado que Jiraiya deixou nas costas de Fukasaku, mas a mensagem não revela muito sobre o mistério de Pain.

No Monte Myoboku, Naruto começa seu treinamento do Justu Sábio sob os cuidados de Fukasaku. O primeiro desafio é "não se mover", e Naruto aprende que esse, além de ser o passo mais importante para se dominar o Jutsu Sábio, é também o mais difícil.

Naruto segue em seu treinamento no Monte Sábio, mas seu progresso é muito lento. Com isso, Fukasaku perde a paciência e apressa a próxima etapa.

Shikamaru e os outros esperam pelo resultado da análise do material coletado por Jiraiya, mas algo terrível abala a Vila Oculta da Folha.

A Vila da Folha está sob intenso ataque de Pain e Konan. Tsunade então decide entrar em contato com Fukasaku...

A Vila da Folha está sob ataque de Pain e Kakashi entra em uma batalha mortal contra Tendou Pain. No entanto, Tendou não é o único Pain por perto e Kakashi se vê encurralado quando Shurado se junta à luta.

A Vila da Folha continua sob o cruel ataque da Akatsuki. Porém, a despeito do perigo que a vila corre, Danzou começa a agir seguindo seus próprios interesses. Enquanto isso, Yamanaka Inoichi consegue descobrir preciosas informações sobre os ninjas da Chuva.

Konohamaru, Moegi e Udon estão chocados com o desastre que tomou conta da Vila. Cada um deles segue por um caminho para cumprir com seus deveres como Genin, mas no caminho de Konohamaru surge um dos 6 Pain.

Tsunade fica cara a cara com Tendou Pain e, mais um vez, se recusa a entregar o Jinchuuriki do Nove Caudas para a Akatsuki. No entanto, Tendou consegue descobrir a localização de Naruto usando o Jutsu de Ningendo Pain. Agora a Vila da Folha já não tem mais interesse para a Akatsuki e Tendou decide mostrar ao mundo a verdadeira dor.

Sentindo o perigo iminente, Naruto e Fukasaku correm de volta para a Vila da Folha. Mas o que eles encontram não é nada mais que ruínas em uma paisagem de intenso desespero.

Naruto parte para cima de Pain mostrando os resultados de seu intenso treinamento e derrotando Ningendo. Mas ainda restam 5 Pains e ninguém sabe se o Modo Sábio será o bastante.

Gamabunta e os outros sapos são derrotados e Naruto é capturado por Pain. Sua esperança é poder usar o Jutsu Sábio, mas Gakido Pain drena todo o Chakra de Naruto.

Fukasaku e Shima são derrotados e não resta mais esperanças a Naruto, que finalmente é capturado por Tendou Pain. E quando tudo parece estar perdido, Hinata com seu Byakugan surge para defender Naruto a qualquer custo.

Hinata luta bravamente, mas é derrotada de maneira cruel na frente de Naruto, que nada pode fazer. Mas sua fúria diante dessa situação é tão grande que ele perde totalmente o controle e é tomado pelo Chakra do Nove Caudas.

Totalmente fora de controle e dominado pelo Chakra do Nove Caudas, Naruto encontra dentro de si Namikaze Minato, o Quarto Hokage. Antes de morrer, Minato colocou em Naruto um pouco de seu Chakra para que ele pudesse deixar uma mensagem póstuma.

Para quebrar o ciclo de ódio, Naruto descobre onde o verdadeiro Pain está escondido e vai lá para ter uma conversa franca que só discípulos do mesmo mestre podem ter.

Há um bom tempo, antes mesmo do Exame Chunnin, Naruto treina incansavelmente quando ouve de Jiraiya sobre "O Legado do Quatro Hokage". O que é isso? Onde está escondido? O Time Sete, então, parte em busca de respostas!

Naruto e os outros partem em busca do Legado do Quarto Hokage, mas a impaciência e animação de Naruto só traz confusão e perigo ao resto do pessoal.

Naruto está cara a cara com Nagato e Konan, mas ele não quer lutar. Chega a hora em que, finalmente, Naruto vai conhecer a história do primeiro discípulo de seu querido mestre.

Cheios de sonhos, Nagato, Yahiko e Konan andam pela zona da guerra com de Jiraiya, que tomou os três como discípulos. Após completar seu treinamento, Yahiko cria com seus amigos um grupo dos sonhos, o grupo de ninjas que é feito para ajudar as pessoas: a Akatsuki.

Após conhecer o passado sofrido de Nagato, Naruto guarda silêncio. Será que a verdadeira paz realmente não existe? Que o mundo ninja será sempre amaldiçoado pela dor e pelas guerras? Chega a hora de Naruto escrever sua própria história de acordo com suas próprias crenças.

Comovido com as palavras de Naruto, Nagato toma uma decisão: ele usa suas últimas forças no Jutsu proibido mais poderoso que é capaz de fazer, a Reencarnação Rinne.

A Vila da Folha está em ruínas devido ao ataque de Pain. Enquanto ajuda no conserto da Academia Ninja, Iruka encontra intacta a grande árvore onde fez uma marca dizendo a Naruto criança que, quando ele alcançasse aquela altura, poderia se tornar Hokage.

Iruka relembra de seu passado como professor do Naruto, que passava seu tempo competindo com Sasuke. Foi uma época difícil para Iruka, que perdera seus pais durante o ataque do Nove Caudas à Vila.

Ainda relembrando seu passado como professor do Naruto na Academia ninja, Iruka sabe que tomou a decisão certa naquela época.

Ao usar todas as suas forças para proteger a Vila do ataque final de Pain, Tsunade entrou em coma e Danzou agora é um forte candidato a virar o novo Hokage da vila. Enquanto isso, Kakashi se lembra de quando o Terceiro Hokage em pessoa pediu para que ele cuidasse do Time 7.

Antigos amigos aparecem para ajudar a reconstruir a Vila, e Naruto e Sakura ficam felizes ao ver o velho Tazuna e seu neto Inari entre eles.

O Time 7 tem muitas lembranças que, mesmo com a Vila em ruínas, não foram perdidas. Em uma de suas missões, eles encontram um homem chamado Tsukado que quer vingar a morte de um parente, mas sequer sabe lutar.

Como maior aliada da Folha, a Vila da Areia também se mobiliza para apoiar sua vizinha nesse momento de crise. Assim como antigamente, quando era a Folha que não poupava esforços para mostrar a Gaara o poder dos laços verdadeiros.

Mesmo com a situação da Folha e com Tsunade em coma, Naruto se mantém animado e esperançoso. Afinal, idiotas não ficam gripados. E, pensando nisso, o pessoal se lembra da vez que Naruto colocou toda a vila sob o risco de uma perigosa epidemia.

Tenten e Neji saem para coletar material para ajudar a reconstruir a vila. Isso os faz lembrar de quando saíram em missão para coletar armamento para a vila.

Condor, o avestruz ninja capturado pelo Time 7, vivia livre no distrito animal com seus filhotes. E, agora com a Vila em ruínas, ele também tem boas (ou não) lembranças da época em que Naruto e seu Time cruzou seu caminho.

Com Tsunade em coma, Gai prepara seu remédio especial, o mesmo que preparou para Lee na época que ele se recuperava dos danos sofrido no Exame Chuunin. Naquela época, o remédio tinha acabado e Naruto fez de tudo para coletar os raros ingredientes necessários para que Gai fizesse mais.

Naruto decide continuar procurando por Sasuke. Afinal, ele treinou muito com Jiraiya para poder enfrentar seu Sharingan.

Durante o treinamento contra Sharingan e seu Genjutsu, Naruto e Jiraiya acabam chegando a um vilarejo totalmente tomado por ninjas seguidores de Hanzou da Chuva. Mas o desafio veio em hora certa, pois o vilarejo está tomado por uma névoa que causa Genjutsu.

No antigo Distrito Celestial pertencente ao clã Uchiha, Vovó Gata também está preocupada com a Folha. Ela se lembra de quando Sasuke a procurou com o objetivo de completar a Enciclopédia de Patas que Itachi lhe deixara.

Mesmo com a Vila em ruínas, todos estão contentes que Naruto tenha conseguido vencer Pain. Incluindo o "Eterno Genin", o já idoso Kosuke, que uma vez no passado saiu em missão com o Naruto criança, uma missão que deveria ser fácil, mas se revelou um grande desafio.

Uma linda cigana aparece para alegrar o pessoal que está reconstruindo a Vila. O que poucos sabem é que, no passado, ela era a ninja espiã que invadiu a vila para roubar informações e teria conseguido se Kakashi não tivesse interferido.

Konohamaru e seus amigos querem escrever sobre os feitos de Naruto e convocam Neji para ajudar contando uma história do passado. E, de fato, Neji tem uma história preciosa de quando Naruto mudou sua vida, no dia em que Orochimaru atacou a Folha durante o Exame Chuunin.

Concentra-se no Time 7 depois do encontro com Zabuza e Haku.

A Vila está em ruínas e Shikamaru está ajudando a Divisão de Decodificação da Folha. Ao ver as fotos antigas que Shikamaru está arrumando, Naruto se lembra de algo importante, de um fantasma que um dia o assombrou.

Ao ver como Kiba e Akamaru são inseparáveis, Sakura lembra como Naruto e Sasuke também eram assim. Principalmente naquele dia, em que eles ficaram presos no meio de uma importante missão envolvendo o Senhor Feudal.

O Time 10 trabalha em conjunto para ajudar a reconstruir a Folha, mas essa não é a única vez que seu trabalho em equipe ajudou a Vila.

Cada vez mais Sasuke inveja Naruto, que está cada vez mais forte. Percebendo isso, Tsunade manda os dois para missões diferentes. Mas o caminho deles, tanto antigamente quanto agora, é destinado a se cruzar.

O Time Samui da Vila Oculta da Nuvem chega à Vila da Folha. Impressionados por encontrar o lugar em ruínas, eles procuram a Hokage para entregar a carta do Raikage, mas quem a recebe é Danzou, que se autodeclara o novo Hokage.

Gai chega para ajudar Naruto com seu treinamento. Mas acaba encontrando Kisame, que se infiltrou na ilha para achar Naruto e Killer Bee.

Cada Kage vindo de cada uma das Cinco Grandes Nações comparece à Conferência dos Kage. E com cada qual possuindo um temperamento único, a Conferência promete ser tudo, menos pacífica.

Naruto está disposto a qualquer coisa para acabar com o ciclo de ódio que envolve o mundo. Ele então parte para o País do Ferro para fazer pessoalmente um pedido ao Raikage.

Mifune apoia a ideia de Danzou de criar uma Aliança Ninja para conter a Akatsuki. Enquanto isso, Sai revela Sakura tudo que Naruto fez por Sasuke.

O homem mascarado que diz ser Madara aparece diante de Naruto e revela toda a verdade por trás das ações de Itachi. Nos limites do País do Ferro, Sasuke e seu grupo partem para a Conferência dos Cinco Kage.

Naruto, Kakashi e Yamato ficam estarrecidos com a verdade sobre Itachi. Madara então revela ainda mais: ele conta a história do ciclo de ódio eterno que se iniciou com os filhos do Sábio do Seis Caminhos, as duas pessoas que originaram o clã Senju e o clã Uchiha.

A Conferência dos Cinco Kage está sob ataque do grupo de Sasuke! Mas eles não são oponentes comuns, eles são os líderes das Cinco Grande Nações, são os poderosos Kage!

Sakura vai ao País do Ferro determinada a fazer Naruto recuar. Enquanto isso, na Conferência dos Kage, a luta entre Sasuke e os Kage é interrompida por Madara, que tem um importante pronunciamento a fazer.

Os Cinco Kage recebem a declaração de guerra de Madara e decidem formar a Aliança Ninja sob o comando do Raikage. Mas a busca de Naruto por Sasuke continua e Sakura está disposta a fazer de tudo para detê-lo.

Com a recusa dos Cinco Kage em entregar para a Akatsuki as Bestas de Caudas restantes, Madara declara guerra contra o mundo e manda Kisame capturar o Oito Caudas de Killer Bee.

Sai revela a Naruto que Sakura pretende matar Sasuke com as próprias mãos. Enquanto isso, Gaara faz seus esforços para notificar Naruto do ocorrido na Conferência e de se reafirmar como um aliado da Folha e amigo de Naruto.

Kakashi manda Yamato e Naruto de volta para a Folha e corre para deter Sakura. Enquanto isso, Sasuke confronta Danzou, que revela ter muito mais que um Sharingan escondido na manga.

O excepcional Jutsu de Danzou prevê os ataques de Sasuke, o que lhe dá uma vantagem absurda. Karin tenta analisar, mas Madara já sabe que se trata do Izanagi, um Jutsu proibido do clã Uchiha.

Danzou acredita que venceu a luta contra Sasuke. Mal sabe ele que já está preso em um Genjutsu do jovem Uchiha.

Com a ajuda de Kiba e dos outros, Sakura localiza Sasuke. No entanto, parte de seu plano é enganar seus amigos, colocando-os para dormir, para assim poder ir matar Sasuke com as próprias mãos.

As lembranças da infância enchem a mente de Naruto. Ele está pronto para lutar contra Sasuke, mas não está pronto para cortar seus laços.

Sakura diz a Sasuke que quer fugir da Vila e se juntar a ele. Cético, Sasuke manda Sakura matar Karin e diz que só assim ela pode se unir a ele.

Naruto impede que Sasuke mate Sakura e o repreende por isso. Sasuke então revela que matou Danzou com as próprias mãos e que vai limpar o nome do clã Uchiha custe o que custar.

Há alguns anos, no Vale do Fim, Sasuke disse a Naruto que ninjas de alto nível são capazes de se entender apenas ao trocar golpes. Tendo se tornado um ninja de alto nível, Naruto agora é capaz de entender o coração de Sasuke.

Após derrotar Kisame, Bee volta para a Vila da Nuvem, para a alegria e alívio de seus discípulos Omoi e Karui. No entanto, era parte do plano de Kisame ser derrotado: ele na verdade está escondido na Samehada, espada que Bee tomou para si, e apenas espera o momento certo para capturar o Jinchuuriki do Oito Caudas.