Madara pregunta por quien esta utilizando el Edo Tensei, así Kabuto se presenta ante él mediante Mū, y le comenta la situación, sin más que decir Madara se lanza contra la Cuarta División y allí este empieza a acabar con una gran cantidad de shinobis sólo con ataques físicos gracias a la ayuda de su Sharingan con el cual transmite miedo, hasta que este decide usar el Elemento Fuego: Gran Aniquilación de Fuego, pero es contrarrestado por un muro de agua que realizan varios shinobis. Así Ōnoki, Gaara y Naruto deciden actuar en equipo y tratar de detenerlo pero Madara libera su Susanoo y el Mangekyō Sharingan, Naruto usa el Elemento Viento: Rasen Shuriken hacia Madara, pero este activa el Rinnegan en el último segundo y absorbe el ataque. Madara le pregunta a Kabuto que es lo que le ha hecho a su cuerpo por lo que responde que ha logrado maximizar el poder de Madara, por lo que decide poner a prueba sus poderes, bajando un meteorito gigante al campo de batalla, los shinobis atónitos de lo que están viendo huyen del lugar, pero Ōnoki decide parar el meteorito usando el Elemento Tierra: Jutsu de Roca Ultra Ligera haciéndolo mas ligero y con ayuda de Gaara lo detienen, pero Madara desciende un segundo meteorito el cual choca con el primero y produzca un gran temblor por todos lados. En el cuartel de la alianza Tsunade decide ir a la batalla, Madara trata de invocar al Kyūbi sin éxito por lo que usa el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles, los sobrevivientes observan esto asombrados y asustados a la vez diciendo que ahora si era su fin.

Una vez que Naruto logra liberar a Son Goku este no que del todo libre, pues Tobi invoca al Gedo Mazo el cual aun posee el chakra de este, pero antes de ser absorbido choca puños con Naruto el cual dándole algo de poder, así Son es tragado por la estatua. Los demás Jinchūrikis se transforman en sus Bijūs y realizan cada uno una Bijūdama. Mientras que Kurama y Naruto entran en conversación donde estos chocan puños y es liberado del sello, inmediatamente Naruto logra una nueva fase: el Modo Bijū y aún más transformarse en el mismo, donde repele el ataque de los otros Bijūs y su objetivo es quitarles las barras, pero los Bijūs ahora realizan una Bijūdama en conjunto de mucho más grande. Naruto la contrarresta con una igual las cuales explotan en el aire. Una vez que Naruto los acorrala de repente entra en un espacio donde están los bijūs con sus Jinchūrikis y entran en una conversación donde cada uno le dan las gracias por lo que ha hecho y recuerdan las palabras del Rikudō Sennin, pero además le revelan sus verdaderos nombres que son Shukaku, Matatabi, Isobu, Son Goku, Kokuō, Saiken, Chōmei, Gyūki y Kurama , así los bijūs chocan puños con Naruto y finalmente logra extraerle las barras a todos, justo después el Gedo Mazo los traga a todos.

Los cinco Kages continúan su lucha contra los clones de Madara los cuales son muy poderosos, el Raikage recibe el Gengutsu de este pero es salvado por Ōnoki el cual con sus últimas fuerzas utiliza el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu el cual acaba de una vez por todas con los clones y logran capturar a Madara en conjunto para sellarlo, el cual les da crédito por llevar el título de kages, sin embargo Madara escapa gracias a que libera a Susanō perfecto el cual tiene un aspecto de un samurai gigantesco. Los kages atónitos presencian el poder de este cuando corta una montaña entera, a lo que se preguntan como Hashirama pudo vencerlo en aquella batalla. Por otra parte Kabuto le revela los sellos para detener el Edo Tensei e Itachi le ordena hacerlos mientras que Sasuke le habla acerca de su odio a Konoha, su deseo por destruirla, una vez que se completan la liberación del Edo Tensei todos los shinobis revividos destellan en una aurora blanca incluidos los Jinchūrikis. Cuando Madara intenta darles el golpe final a los kages con Susanō este se desvanece por completo, a lo de deduce que algo pasa con la técnica, Itachi le revela la verdad a Sasuke acerca de la masacre del clan donde este decide asesinar a su gente por la protección de Sasuke y jura el cuidado por petición de sus padres y antes de desaparecer lo abraza diciendo que lo amara pos siempre.

Obito se sigue recuperando en el escondite de Madara, allí se acostumbra poco a poco a el brazo implantado a partir del árbol de Hashirama por Zetsu y Zetsu remolino , además forja una amistad con ambos, pasado algún tiempo Obito recupera la mayoría de sus habilidades y su cabello crece, a este no le interesa el plan de Madara sobre el Tsukuyomi infinito. En algún momento Zetsu blanco le avisa que Kakashi y Rin están en gran peligro al enfrentarse a shinobis de Kirikagure, enseguida Obito intenta salir golpeando la roca pero no puede, Zetsu remolino lo envuelve y con ayuda de clones salen en la ayuda de Kakashi y Rin. Durante el camino Obito experimenta visiones de Rin y observa explosiones, cuando llega a la batalla conmocionado descubre que Kakashi con su Chidori asesina a Rin, ante esto Obito despierta su Kamui y también Kakashi pero este cae inconsciente y en un ataque de furia acaba con todos los shinobis de la neblina, una vez que termina todo se torna de sangre con lo que Obito alega que se encuentra en el infierno.

La organización Akatsuki logra hacer un acuerdo con Hanzō para la paz en Amekagure, pero es una trampa para acabar con Yahiko el cual es el líder, los demás miembros de Akatsuki salen en su ayuda pero Obito y Zetsu aparecen y acaban con todos, tras reunirse Hanzō y Yahiko, este le pide a Nagato matar a su líder ya que Konan fue capturada, tras la muerte de su amigo, Nagato invoca al Gedō Mazō donde acaba con todos los subordinados de Hanzō, así después de ello la nueva Akatsuki nace donde Yahiko con el Rinnegan se convierte en el primer camino del dolor.

Mientras persigue a Orochimaru, Kakashi se adentra en una aldea habitada por el Clan Iburi, un grupo de personas con la habilidad única de convertirse en humo. Kakashi pronto es capturado y se entera de que todos los aldeanos sirven a Orochimaru.

Después de ser salvado por el objetivo al que le ordenaron matar, Tenzo se da cuenta de que el hombre conocido como "Kakashi el amigo asesino" es alguien que valora las vidas de sus compañeros más que nadie.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

El Jubi que ha resucitado se muestra frente a Naruto y los demás, este posee un único ojo gigante parecido a un Sharingan pero con seis aspas, Kurama alega que esta criatura no posee sentimientos ni ideas, es decir es la tierra misma por lo que no se le puede sentir ni aun en el modo sabio, Madara y Obito se conectan con el Jūbi y se preparan para realizar el Mugen Tsukuyomi. El Hachibi y Kurama realizan el Renzoku Bijūdama pero no logran nada puesto que el Jūbi realiza una técnica parecida en la que dispara un rayo muy poderoso que logra quitarle parte de las colas a los dos Bijūs pero en ese momento Kakashi con ayuda del Kamui lleva al Hachibi en frente del Jūbi con la intención de explotar una Bijūdama en su ojo pero sin éxito ya que este la repele con facilidad, Kakashi, Gui y los dos Bijūs agotados por usar tanto chakra no pueden seguir más pero Naruto demuestra su determinación al intentar crear clones, el Jūbi nuevamente realiza su técnica donde destruye algunas montañas creando una poderosa explosión la cual paso cerca de Naruto, en ese momento los shinobis de los distintos escuadrones empiezan a reunirse, en el cuartel Shikaku da instrucciones para atacar al Jūbi conjuntamente donde logran retenerlo gracias a técnicas en combinación Naruto alega que es el jutsu de la alianza Shinobi.

El Jūbi abre su boca y realiza una gigantesca Bijūdama de tamaño colosal, mientras que la alianza se resigna ya que al no tener el chakra de Kurama no son nada, pero Sakura es quien le infunde valor al decirles que todos son compañeros de Naruto. Shikamaru quien tiene un plan se comunica con Kitsuchi para que enseñe los sellos de el Jutsu muro de roca, el cual si es ejercido por toda la alianza podría desviar la técnica del Jūbi y con ayuda de Ino logran sincronizarse y levantar los muros, el hachibi también interviene al destruirse el último muro tratando de contenerla, y en el último momento la Bijūdama desaparece es entonces donde Minato hace su entrada al enviar la técnica al mar donde allí explota. Así mismo los demás kages llegan y enseguida se preparan para contener al Jūbi, Minato de repente se convierte en modo Bijū por lo que deja perplejo a los demás, Sasuke quien también llega a la batalla es mal recibido por sus antiguos compañeros, pero el alega que se convertirá en Hokage. Por otro lado los kages realizan una barrera especial Shisekiyoujin donde contienen al Jūbi, pero además Hashirama usa el Myoujinmon donde aprisiona cada cola de la bestia, Naruto que se ha recuperado se prepara junto con Sasuke para atacar pero Sakura se les une alegando que ella fue entrenada por una Sannin, es así como el equipo siete renace.

El Jūbi que fue impactado por el ataque de Naruto y Sasuke, logra desprender la parte afectada por lo que ambos deberán acercarse más y atacar de nuevo. Tsunade logra curar las graves heridas a los kages y ahora se preparan para participar en la batalla. Mientras que en la dimensión de Obito la pelea entre este y Kakashi continua, tras notar que no llegaran a ningún lugar usando Genjutsu, ambos pelean cuerpo a cuerpo, donde a la vez recuerdan un combate que tuvieron hace mucho tiempo, tras usar cada uno su propio estilo, ambos terminan hiriéndose pero Obito lo esta de gravedad, tras felicitar a Kakashi por haberlo vencido Obito decide volver a la batalla ya que él está dispuesto a ganar la guerra, una vez de vuelta Madara nota su presencia es así como intenta tomar el control de Obito para resucitar con el Gedō Rinne Tensei no jutsu. Hashirama que observa lo sucedido rápidamente crea algunos clones para detenerlo al igual que Tobirama. Obito el cual de su brazo derecho se sale de control empieza a poseerlo para realizar dicha técnica por orden de Madara, al ver esto el cuarto hokage que crea un clon se teletransporta e hiere a Obito al verlo, tras notar que se trata de su antiguo estudiante, Minato queda sorprendido ya que él fue el que devasto la aldea con el Kyūbi. Madara al notar que no pudo lograr el jutsu decide esperar un poco más, de repente Obito logra que el Jūbi se libere y empiece a ser absorbido por el Minato y Sasuke que logran escapar gracias a Naruto se sorprenden, tras creer que se trata de la última transformación de la bestia, Naruto alega que no se trata de eso, pues una esfera donde Obito esta se rompe y al mostrarse se descubre que él se ha convertido en el Jinchūriki del Jūbi.

Naruto logra liberarse del poder de Kaguya pudiendo ayudar a Sasuke, quienes luego idean un plan de ataque. Sasuke ataca a Kaguya con el Amaterasu para que Naruto utilice su Gyaku Harem no Jutsu, logrando distraerla y asestarle el primer golpe. Ante la distracción, Sasuke y Naruto intentan sellarla, pero antes de lograrlo Kaguya los traslada a todos a otra dimensión, siendo una dimensión ambientada en rocas de hielo y montañas de nieve, quienes quedan atrapados en una de dichas rocas. Sasuke logra romper la roca con el Amaterasu y el Kagutsuchi, y para evitar ser sellada, Kaguya traslada solamente a Sasuke a una dimensión ambientada en un desierto de arena. Obito despierta de su inconsciencia gracias a un clon de Naruto, a quien lo ponen al tanto de la situación, mientras que Naruto continúa batallando solo con Kaguya. Obito al ver la forma en que Kaguya se mueve a otra dimensión, comprende que debe usarla así como usa la suya para poder traer devuelta a Sasuke. Sabiendo el gasto de chakra en un jutsu ajeno el cual sería inmenso, le pide al clon de Naruto y a Sakura que lo acompañen. Mientras que los cuatro Hokages que se encuentran en la dimensión paralela, investigan una parte del cuerpo de Madara, ya que falta la parte de arriba de su cuerpo. Como no pueden ubicar la parte de arriba del cuerpo, no pueden usar la Invocación: Resurrección del Mundo Impuro en el cuerpo de Madara para sacarle información. En ese momento, Rikudo Sennin aparece para explicarles sobre el inicio del ninshu, para que puedan saber sobre la situación y así salvar a Naruto y Sasuke.

Naruto y Sasuke hacen uso de sus técnicas más poderosas a tal punto que han modificado la geografía del lugar, como consecuencia, han agotado casi todo el chakra con el que cuentan, por lo que ambos no tienen más remedio que batirse a puño limpio; la batalla se prolonga hasta el atardecer, ninguno quiere darse por vencido.