드디어 사스케를 찾아낸 나루토와 사쿠라, 하지만 사스케는 나루토를 죽이지 않은 이유는 자신의 변덕 때문일 뿐이라면 차갑게 말한다. 구미호는 이 때를 이용해 나루토에게 자신의 힘을 쓰라고 유혹하고 사스케는 놀랍게도 나루토 안의 구미호까지 꿰뚫어본다. 마을을 떠난지 2년 반, 나루토는 한층 달라진 모습으로 지라이야와 함께 나타나 사람들을 놀라게 하지만 장난스러운 면은 여전한다. 한편 츠나데는 마을에 돌아온 나루토에게 수행의 성과를 보여달라고 말하며 어떤 자를 맞아서 상대라고 얘기한다.

Set in an Alternate Universe from the main continuity, the OVA tells the story of Naruto and his misadventures at the high school he attends as a transfer student. From the first day, he swiftly establishes a fierce rivalry with Sasuke, picks fights with every person he can, and fends off gangsters who would seek to defeat him. The story also outlines the three girls' reactions to Naruto's antics, as well as teasing the famous NaruHina ship somewhat.

아스마의 눈물의 장례식, 시카마루는 참가하지 않고 혼자 마을을 돌아다닌다. 시카마루의 아빠는 장기를 청하여 이런저런 얘기를 나누고 다 털어놓으라고 충고한다. 눈물을 흘리던 시카마루는 장기판을 통해 작전을 세운 뒤 쵸지와 이노를 찾아가고 시카마루의 말을 기다리던 둘은 크게 기뻐하고 셋이 함께 마을을 빠져나가려 한다. 개죽음을 당할 셈이냐며 세사람을 말리는 츠나데, 하지만 시카마루는 이대로 납득하지 못 한 채 살아가는 것은 살고 싶지 않다고 한다. 츠나데는 닌자의 삶에는 늘 죽음이 따라다니는 법이라며 극복할 줄 알아야한다며 셋만으로 보낼 수 없다고 한다. 그 때 카카시가 나타나 자신이 10조를 맡아 함께 가겠다고 말하고 아이들과 함께 출발한다.

카카시의 뇌절을 맞고도 쓰러지지 않는 카쿠즈를 보고 모두 놀란다. 그리고 카쿠즈의 몸에 심장이 5개 있어서 뇌절로 죽은 것은 5개의 심장 중 하나라는 것을 알게 된다. 카쿠즈는 자신이 싸웠던 닌자들의 심장을 빼앗은 거라며 하나 줄어든 것을 너희의 심장으로 보충하겠다고 말한다. 히단은 일부러 아스마의 욕을 해서 쵸지를 자극하고 시카마루는 멋대로 뛰어나가 위험에 처한 쵸지를 구하지만 쵸지와 이노는 카쿠즈의 손에 잡혔다 겨우 풀려란다. 시카마루는 둘을 갈라놓은 뒤 히단의 발을 묶어두고 카쿠즈부터 해치워야한다며 자신이 히단을 맡겠다고 한다. 시카마루를 우습게 보던 히단은 결국 시카마루의 그림자흉내술에 걸려 다른 곳으로 이동하고 카쿠즈는 강하다며 자신의 심장이 멈추기 전 다른 이의 심장을 뺏어서 목숨을 연장해왔다는 무서운 비밀을 밝힌다. 숲으로 끌려간 히단은 그림자술의 위력이 덜해진 것을 지적하며 시카마루의 얼굴에 상처를 내어 피를 손에 넣은 뒤 저주를 시작한다.

드디어 마주한 데이다라, 사스케는 이타치의 소재를 물으며 얘기하면 살려서 보내주겠다고 한다. 사스케의 사륜안을 본 데이다라는 먼저 C1원으로 공격을 하지만 사스케는 빠른 속도로 피하고 움직이는 폭발물의 공격도 바꿔치기술로 피한다. 이에 데이다라는 C2를 사용한 공격을 시작한다. C2드래곤을 타고 공중에서 공격하며 토비에게 땅속에 지뢰설치를 맡기는 것. 사스케의 공격거리까지 파악하고 공격권을 피해 날며 공격하는 데이다라, 사스케는 주인을 발동하고 한쪽 날개까지 방어에 쓰며 고전하고 데이다라는 승리를 확신한다. 하지만 사스케는 칼을 땅에 꽂아서 발판으로 이용하여 날아올라 데이다라를 공격한다. 위기의 순간에서 가까스로 목숨을 건진 데이다라는 이타치를 처음 만났을 당시를 떠올린다. 아카츠키에 들어갈 마음에 없었던 데이다라는 이타치의 환술에 걸려 패배하고 말았던 것, 분노한 데이다라는 이타치를 처리하기 위한 비장의 카드였던 C4카루라를 쓰기로 한다.

페인을 조종하는 나가토는 힘겨운 싸움으로 많이 쇠약해진 상태지만 포기하지 않고 나루토는 지라이야는 진심으로 사람들이 서로 이해할 수 있을 거라 믿었다고 항변한다. 히나타는 어린 시절 나루토와의 추억을 떠올린다. 약하고 겁많고 재능도 부족한 자신과 달리 늘 맞서 싸웠던 나루토를 동네 소년들과의 갈등이 생겼을 때 나서서 도와준 나루토를, 그리고 중급닌자시험에서 네지와의 대결에서 힘과 용기를 주었던 나루토를. 그리고 과감히 나서서 페인과 맞서지만 페인에게는 역부족, 쇠약해진 나가토가 기침을 하는 사이 공격을 한번 성공시키지만 페인의 공격에 당해 큰 타격을 받는다. 하지만 쓰러져서도 다시 일어나서 나루토를 구하려는 히나타, 어째서 죽을 걸 알면서 그 정도 힘으로 자신에게 맞서냐는 페인의 물음에 히나타는 한번 내뱉은 말은 반드시 지키는 것이 자신의 닌자의 길이라고 대답하고 결국 페인의 일격에 쓰러지고 만다. 페인은 자신의 부모도 딱 이런 식으로 자기 눈앞에서 나뭇잎 닌자들 손에 죽임을 당했다며 말하고 분노에 휩싸인 나루토는 구미화하기 시작한다.

TV애니 방송 500회 돌파 기념으로 총 6화 오리지널 스토리 방송! 나루토 일행들에게 임무가 내려졌다. 그 임무는 “불의 나라 국경 근처의 신성지역인 토니카 마을에서 일어난 마을 사람들의 참살 사건의 범인을 찾아 응징하라!”는 것이다. 오랜만에 받은 임무에 들뜬 나루토. 하지만 그 마을에 도착해서 본 광경은 많은 집들이 무참히 파괴된 격렬한 싸움의 흔적들. 왜 이 마을은 습격 당한 것일까? 그리고 이 마을을 습격한 인물은 대체 누구인 것인가?

마을에서 조사를 시작하는 나루토 일행들 앞에 카부토가 나타났다. 예토전생으로 데이다라와 나뭇잎마을의 닌자 하야테가 공격해 오고, 카부토는 그를 붙잡으려는 나루토 일행들과 싸우다가 간신히 도망친다. 한편, 근처 마을로 피신한 뚱뚱한 남자 도쿠와 마을 아이들. 어린아이 미나는 왠지 모르지만 항상 이상한 멜로디를 흥얼거린다. 나루토 일행들도 근처 마을에 방문하여 토니카 마을의 ‘홀’의 전승과 ‘힘’에 대해 알게 된다. 카부토의 출현은 전승과 ‘힘’이 관련 있는 걸까?

나루토 몸 속에서 나타난 것은 나루토의 복제 구미! 복제 구미를 조종하는 카부토는 구미 차크라가 손에 들어와 기뻐하고, 복제 구미는 ‘힘’을 얻기 위해 공기가 진동 할만큼 거세게 포효한다! 압도적인 힘 앞에서 쓰러진 나루토. 기술이 없는 도쿠와 아이들. 막다른 처지에 몰려 있을 때, 카카시와 가이, 리, 히나타, 시카마루 등 나뭇잎 마을 사람들이 도착한다! 강력한 힘으로 마을을 파괴하려던 복제 구미를 과연 막을 수 있을 것인가?!

전승이 된 ‘천상의 창’이 나타나고, 세계를 멸망시키려는 ‘힘’을 방출 시키기 시작한다. 그 ‘힘’에 의해 복제 구미는 더욱더 흉악한 모습으로 변하여 막강한 ‘힘’으로 땅을 파내고 ‘홀’을 파괴한다. 그 ‘힘’ 앞에 아무 것도 할 수 없는 나루토는 날아오는 공격이 몸을 관통하고 죽음에 처하게 되지만, 희미한 인식 중 ‘힘’을 빌린다고 말하는 구미의 속삭임과 함께, 그 사람의 소리가 들려 온다. 과연 장렬한 싸움의 행방은? 그리고 도쿠 일행은 무사히 살아 남을 수 있을까?!

마지막 혼신의 일격을 주고받고 쓰러져 버린 나루토와 사스케. 한참 정신을 잃었다가 깨어난 둘은 옛날 추억에 잠겨 이런저런 이야기를 하고... 결국 서로의 진심을 확인하기에 이른다.