Pendant que le village se reconstruit, Naruto et Sakura reçoivent la visite de Tazuna et d'Inari, devenu charpentier. Naruto se remémore alors son retour au Pays des Vagues ; ayant oublié chez Tazuna un ticket gratuit pour manger chez Ichiraku, il retourne le chercher sur un coup de tête, poursuivi par Sasuke qui a pour mission de le ramener. Inari ayant trouvé le ticket part de son côté à la recherche de Naruto mais se fait agresser par d’autres enfants dont Akane jaloux de son succès ; ils se font alors enlever par les anciens hommes de main de Gâto, menés par Zôri et Waraji qui veulent reprendre le contrôle du Pays des Vagues. Naruto et Sasuke partent à la recherche d’Inari qui parvient à s’évader poursuivi par les bandits. Inari fait diversion pour permettre à ses camarades de s’enfuir. Acculé à une falaise, il saute dans l’eau et se remémore quand son père adoptif lui a appris à nager. Naruto sort Inari de l’eau et engage le combat contre les bandits, rejoint par Sasuke, puis par les villageois qui les livrent aux autorités. Akane et ses amis sont devenus charpentiers comme Inari et sont tous venus aider à Konoha.

Naruto et Sakura voient Kiba, qui s'est porté volontaire en tant que messager du village. Voir le jeune ninja et son chien toujours ensembles rappelle à Sakura une mission de l'équipe 7 pour retrouver une statuette en or dérobée par des bandits à la sœur du seigneur féodal. Sachant que ceux-ci peuvent passer à deux endroits, Kakashi part surveiller un côté et les trois genin l’autre ; en embuscades, ils voient les voleurs passer et Naruto et Sasuke tombent dans une ravine avec le trésor tandis que Sakura est capturée par le chef des bandits qui a la faculté de faire sortir du chakra caoutchouteux de son poignet. Lorsqu’ils reprennent conscience, Naruto et Sasuke s’aperçoivent que leurs mains sont liées par du chakra solide et indestructible. Après s’être chamaillés, ils décident de faire équipe et parviennent en coopérant à vaincre leurs adversaires et à sauver Sakura.

Naruto se renferme sur lui-même, et subit, sous l’émotion, une crise d’hyperventilation. Avec Susanô, Sasuke maîtrise rapidement Danzô et lui fait avouer son implication dans le meurtre du clan Uchiwa par Itachi. Il l’écrase, le coupe, le consume avec les techniques du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », mais Danzô semble mystérieusement survivre sans que Karin puisse détecter une illusion. Peu après, Sasuke utilise un genjutsu qui fait apparaître son frère Itachi devant Danzô.

Sasuke déclare à Naruto qu’il n’a que deux choix : le tuer et devenir un héros ou se faire tuer et devenir un perdant, mais aucune de ces deux options ne convient à Naruto. Zetsu blanc et Madara interviennent et interrompent le combat. Naruto réalise enfin qu'il est le seul à devoir éliminer Sasuke, quitte à mourir avec lui, s'il veut sauver Konoha. Sasuke accepte de prendre Naruto pour cible principale. Sakura, surprise par la détermination de Naruto, se reproche d'être la même personne que trois ans auparavant, et ne peut faire qu'une seule chose : croire en ses compagnons. Sasuke part alors avec Madara et souhaite se faire greffer les yeux d'Itachi afin d'augmenter sa puissance pour « écraser » Naruto. Après le départ de Sasuke, Naruto s'évanouit soudainement à cause du kunaï empoisonné par Sakura récupéré par Sasuke puis Kakashi décide d'emmener Karin au village.

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.

Alors qu’ils naviguent dans le brouillard, Yamato raconte des histoires de fantômes pour effrayer Naruto ; il parle de la légende des vaisseaux fantômes. À ce moment, ils aperçoivent un navire de piètre allure avec des feux de Saint-Elme et des corbeaux sur le gréement. Ils l’abordent et Aoba accompagné de Yamato partent en reconnaissance ; Naruto les suit mais perd leur trace ; il rencontre un jeune mousse, Hishaku qui passe la serpillière sur le pont du bateau. Souhaitant connaître son histoire, Naruto utilise le « Multi-clonage » pour l’aider à terminer ses tâches ménagères. Alors qu’ils sont rejoints par Yamato et Aoba, Hishaku raconte que tout l’équipage a été tué par un crabe géant ; celui-ci surgit et capture Yamato avec des tentacules qu’il possède sur sa carapace. Hishaku demande à Naruto de venger l’équipage ; ce dernier tente un « Orbe tourbillonnant », mais la technique n’a aucun effet sur la carapace du crabe. Hishaku prend les commandes du navire et amène celui-ci contre un rocher ; Naruto récupère Yamato qui utilise sa technique « Mokuton » pour bloquer la créature. Grâce au balai-brosse de Hishaku, Naruto coince la bouche du monstre et envoie son clone avec un « Orbe tourbillonnant » à l’intérieur ; le crabe est ainsi vaincu. Hishaku remercie Naruto et disparaît retrouver ses compagnons fantômes. Ils disent tous au revoir à Naruto et disparaissent avec le navire, laissant le jeune ninja éberlué.

Konohamaru souhaite participer à la guerre qui va bientôt commencer. Il part voir Sakura avec ses deux coéquipiers Moegi et Udon, mais elle leur fait ranger des boîtes de médicaments. Il décide alors d'aller voir Tsunade, qui lui fait comprendre par la colère que c'est une mauvaise idée ; elle se rappelle le jour où elle a confié son collier à son petit frère Nawaki. Ils tombent ensuite sur Shikamaru, à qui Konohamaru explique sa rancœur de ne pas pouvoir combattre en tant que ninja de Konoha à part entière. Ce dernier lui demande quel « roi » il pense protéger, et lui dit qu’il ne sera pas un ninja à part entière tant qu’il n’aura pas la réponse. Konohamaru voit arriver Temari apportant un message de Gaara a Tsunade, et décide de l’intercepter à son retour vers Suna pour la défier. Ses deux coéquipiers vont chercher Shikamaru paniqués. Dans la forêt de Konoha, Konohamaru et Temari s'affrontent, et cette dernière se moque du jeune ninja après l’avoir mis à terre. Losqu’elle dit que Naruto ne peut pas avoir d’élève valable, Konohamaru furieux décide d’utiliser l’« Orbe tourbillonnant » sur elle ; Temari se prépare à la contrer avec sa « Lame du vent », mais Shikamaru intervient et arrête le jeune ninja, dont la technique crée un grand cratère dans le sol. Lorsque Moegi lui donne une claque, Konohamaru comprend que leur tâche de protection des personnes âgées et des enfants lorsque les adultes sont au combat est très importante, surtout si l’ennemi attaque le village. Temari reprend son chemin, en reconnaissant la valeur de Konohamaru et de l’enseignement de Naruto.

Kiba rêve de son enfance, losqu’avec Shikamaru, Chôji et deux autres élèves de leur classe, ils pariaient des bonbons à la course et qu’il gagnait toujours. Pour une des courses, Naruto les rejoint et arrive bon dernier ; Kiba lui dit qu’il pourra le défier à nouveau quand il aura battu son record. Lorsque Kiba se réveille, sa mère lui rappelle qu'il doit se préparer à la guerre et lui fait comprendre qu'il ne progresse pas comparé à Naruto ; il décide donc de s'entraîner avec Akamaru. Kakashi le surprends lors de son entraînement, et Kiba le supplie de l’entraîner ; Kakashi laisse l'escouade des « crocs traqueurs » se charger de son entraînement. Kiba tente à plusieurs reprises de dérober un parchemin au chien sans succès, car il fonce tête baissé et tombe systématiquement dans les pièges de la meute de Kakashi. Kiba renonce et s’en va. Akamaru l’entraîne à l’arbre où étaient gravés ses records à la course et il remarque que Naruto y a marqué son nom ; il voit alors Hinata qui s’entraîne non loin ; elle lui explique qu’à force de persévérance et d’entraînement, Naruto a fini par réussir à battre son record. Kiba change alors d’état d’esprit et décide de retourner affronter Pakkun et sa meute, et de ne plus jamais abandonner. Il parvient finalement à lui dérober le parchemin, et établit un nouveau record de course pour montrer qu’il ne se laissera plus distancer par Naruto.

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. À Konoha, les dégâts sont considérables : Kyûbi détruit et tue, notamment les parents d’Iruka. Le 3e Hokage invoque Enma et repousse avec lui le démon hors du village. Pendant ce temps, l’homme au masque s’éclipse, non sans dire à Minato qu’il reviendra prendre Kyûbi et diriger le monde un jour. Le jeune homme retourne à Konoha et invoque Gamabunta pour coincer le démon renard au sol, le temps de se déplacer avec lui au loin. Il ramène Kushina et Naruto avec lui et la jeune femme immobilise Kyûbi avec son chakra ; alors qu’elle souhaite ramener le démon en elle et mourir en le restreignant, Minato décide de sceller en lui la moitié de Kyûbi avec le sceau de l’« Emprisonnement des morts », puis de sceller l’autre moitié dans le bébé avec ce qui leur reste de chakra pour le rencontrer et l’aider plus tard, car il pense que Naruto est l’enfant de la prophétie faite à Jiraya. Réticente, Kushina se laisse convaincre quand le démon tente de tuer le nourrisson et qu’ils doivent s’interposer, se faisant tous deux transpercer par sa griffe. Elle parle un court moment à Naruto, lui donnant des conseils pour sa vie à venir, puis Minato applique le sceau.

Retour au présent, Kushina s’excuse auprès de Naruto à cause de la vie difficile qu’il a eue et leur absence à ses côtés ; Naruto lui répond qu’il en a effectivement bavé, mais qu’il ne leur en a jamais voulu, et est heureux, car il sait maintenant qu’ils ont donné leurs vies pour lui, et qu’il est plus rempli de leur amour que par la haine de Kyûbi ; Kushina disparaît alors en lui disant merci de les avoir acceptés et d’être né pour eux.

L’unité d’embuscade de l’Alliance Ninja, dirigée par Kankurô se dirige vers le territoire ennemi sur les oiseaux d’encre de Saï. Pendant ce temps, l’évacuation des territoires à risques s’organise, et les différentes unités partent vers leur destination. Poursuivis par L’unité d'embuscade d’Akatsuki, Tokuma, Ranka et Muta finissent par tomber aux mains de l’ennemi, non sans être parvenus à envoyer les informations au quartier général. Kankurô, Omoï, Saï et leurs compagnons arrivent en territoire hostile et installent leur camp ; soudain, Muta apparaît devant eux contrôlé par Sasori qui tente de faire exploser le groupe avec une bombe insérée dans sa jarre d’insectes. Manipulés également par Sasori, Tokuma et Ranka attaquent le groupe qui a pu se protéger de la déflagration. Dans les invocations de Kabuto qui leurs sont opposés, Saï reconnaît son grand frère, Shin. Furieux de voir qu’on utilise contre eux des connaissances, Omoï passe à l’offensive et libère Tokuma et Ranka en coupant les fils de Sasori. Kankurô saisit l’occasion pour se relier à ce dernier et le faire tomber ; il dévoile alors sa nouvelle marionnette, l’ancien corps de Sasori.

Loin du champ de bataille, Naruto en plein entraînement perçoit la perturbation provoquée par la transformation de Kinkaku. Ce dernier, revêtu du manteau de Kyûbi fait des ravages, poussant le Raikage à faire envoyer à la 1re division le « pot de purification ambré », par le biais de Mabui, afin de le sceller. Darui, rejoint par Kitsuchi et leurs compagnies tentent de gagner du temps en attendant Shikamaru, Ino et Chôji, chargés de combiner leurs compétences pour forcer Kinkaku à répondre à son nom pour le sceller dans le pot. Ces derniers arrivent sur le champ de bataille, et combinent les techniques du « Boulet humain », de la « Manipulation des ombres » et de la « Transposition » pour parvenir à leurs fins. Continuant le combat, ils se retrouvent face à Kakuzu qui leur dit que Kinkaku et Ginkaku on beau avoir été vaincus, leurs propres généraux d’or et d’argent ont déjà été capturés et retournés contre eux, invoqués par Kabuto : Dan et Asuma, leur ancien sensei. Celui-ci vient à leur rencontre…

Naruto et Killer Bee continuent à se diriger vers le champ de bataille en s’éclairant grâce au chakra Kyûbi. Pendant le trajet, celui-ci prend Naruto à partie et tente de lui faire comprendre qu’il ne pourra pas tout résoudre tout seul et mettre un terme à la haine engendrée par la guerre, et lui rappelle qu’il n’a rien pu faire pour celle qui consume Sasuke. Naruto se souvient alors de son premier combat contre Sasuke, à l’académie ninja lors d’un entraînement, et où battu, il avait vu dans les yeux de son adversaire sa haine du monde, avant de refuser de faire le symbole traditionnel de la réconciliation marquant traditionnellement la fin du combat. Alors que Kyûbi fait remarquer à Naruto que la haine de Sasuke n’a fait que devenir de plus en plus vive malgré ses efforts, Naruto lui dit qu’il ne perdra jamais ses convictions, qu’il aidera Sasuke coûte que coûte, mettra fin à la guerre, et lui annonce qu’il s’occupera aussi un jour de la haine que le démon renard garde en lui. En lui-même, Naruto remercie Kyûbi d’avoir malgré tout veillé sur lui depuis son enfance comme l’auraient fait des parents, et espère qu’il continuera à veiller sur lui pour qu’il puisse continuer à suivre son nindō.

Le chef du village de Hâcho se révèle être le véritable cerveau derrière l’attaque de Tonika. Ancien psychopathe spécialiste en invocations et ayant travaillé sur la « Réincarnation des âmes » avec Orochimaru, Disonas a perdu ses pouvoirs, et presque la vie, au cours d’un affrontement face à Pain ; depuis, il cherche à les récupérer en utilisant le trésor de « The Hole », et a engagé Kabuto pour l’aider dans cette tâche. Enserré par des serpents qui dévorent son chakra, Naruto parvient à s’en défaire en créant du chakra d'ermite. Mina, Léo et les autres enfants arrivent et sont appréhendés par un clone de Kabuto.

Ayant récupéré les sept fragments du trésor représentant des notes, Disonas qui en possède le mode d’emploi l’active avec une première mélodie. Alors que Dokku parvient à rejoindre les enfants et Shiseru et fuit avec eux, Kakashi et les autres ninjas de Konoha arrivent ; Kabuto fait apparaître à nouveau ses invocations. Naruto engage le combat contre son double paré du manteau de Kyûbi et le domine avec le Senjutsu, tandis que le trio Ino-Shika-Chô combat le double de Hidan. Deidara utilise toutes les autres invocations comme bombes, mais celles-ci ne se reforment pas, Kabuto ne maîtrisant pas encore totalement la technique. Les doubles formés de serpents commencent à se décomposer, leur durée de vie étant limitée, et le clone de Naruto tombe dans la source de puissance que Disonas est parvenu à activer avec une seconde mélodie. Le sol de « The Hole » commence à s’affaisser, et la zone doit être évacuée rapidement ; Disonas tente de s’exposer au rayon de puissance créé par la mélodie, mais se retrouve face à Naruto. Une chimère ressemblant à un démon renard avec sept queues se terminant par des têtes de dragons surgit du rayon de puissance.

Les ninjas de l'alliance sont de plus en plus méfiants les uns envers les autres à cause des clones blancs de Zetsu. Shikamaru explique à Ino et Chôji que le quartier général a mis au point une stratégie pour démasquer les imposteurs mais cela risque de prendre du temps. Soudain, l’alliance ninja est attaquée par le Quartet du Son, invoqué par la « Réincarnation des âmes » de Kabuto. Comme lors de la mission de récupération de Sasuke, Kiba va combattre Sakon et Ukon, Chôji se charge de Jirôbô, Neji affronte Kidômaru, et Shikamaru va à la rencontre de Tayuya. Malgré l’amélioration du sceau maudit de leurs adversaires, et bien que semblant dominés au début du combat, les quatre ninjas de Konoha montrent à leurs adversaires qu'ils ont beaucoup évolué depuis leur dernier affrontement : Shikamaru bat Tayuya grâce à son « Étreinte mortelle de l’ombre », Chôji élimine Jirôbô avec son « Décuplement partiel » de la main, Neji se débarrasse de Kidômaru avec la « Paume du Hakke », et Kiba gagne contre Sakon et Ukon en perforant leur défense avec la « Grande Morsure du Loup ». En route vers le champ de bataille, Naruto ressent soudainement l’aura de haine et de vengeance émise par les quatre ninjas d’Oto ; ces derniers activent une technique dans laquelle Chôji, Neji, Kiba et Shikamaru se trouvent pris…

Grand-mère Chiyo se souvient du jour où Sasori a appris que ses parents étaient morts. Sasori demande à Chiyo des ingrédients pour son poison. Komuchi, l'ami de Sasori, s'est fait amputer le bras mais Sasori lui fabrique un bras en bois. La mère de Komuchi supplie Sasori de le soigner car il était mort elle le supplie de lui rendre son fils. Sasori avait fait la marionnette de Komuchi pour sa mère.

Naruto utilise ce qu'il lui reste de chakra en essayant de libérer les Bijû de la coupe de Madara. Alors que tout semble perdu, Kyûbi reconnaît Naruto comme son hôte et lui propose son aide ...

Qui connaît vraiment le passé de Kabuto Yakushi ? Dans quelles circonstances a-t-il rencontré Orochimaru ?

Lassé par des missions sans intérêt, Naruto souhaite que Kakashi donne à l'équipe 7 une mission de rang S. Ce qui est évident pas possible étant leur statut de Genin. Naruto, Sasuke et Sakura pense tout de même qu'il y aurait une mission de rang S qu'il pourrait faire : découvrir le vrai visage de leur maître, Kakashi !