La pelea entre Sasuke y Killer Bee comienza donde Sasuke logra quitarle la espada de Zabuza y dársela a Suigetsu, Ahora Killer Bee se prepara para pelear por lo saca sus espadas, Suegetsu advierte a Sasuke que este es un maestro con ellas así se inicia el combate donde Sasuke usa su Sasuke para leer sus movimientos pero aun así resulta herido incluso cuando usa su chidori, el resto del equipo va en su auxilio y Karin lo cura mientras Jūgo Y Suigetsu lo detienen, Killer Bee nota que la batalla ira para largo, así que intenta escapar pero Karin no detecta por lo que decide utilizar el poder de su Biju, Sasuke lo esquiva usando su Sharingan pero va a atacar al resto del equipo, Killer Bee usa su Lariat en Sasuke rompiéndole el pecho y el cuello, Jugo entonces usa su chakra para salvarlo mientras que Suigetsu distrae al Jinchūriki el cual se transforma en un pulpo con cabeza de toro, como último recurso Killer Bee usa la Bijudama con el cual destruye todo el lugar. Sasuke al ver la condición en la que se encuentra su equipo decide ir usar el Amaterasu quemado al Killer Bee y a Karin por accidente, la batalla concluye cuando Sasuke extingue las llamas negras, entonces se lleva a Killer Bee mientras que unos shinobis que la nube observan lo que ha ocurrido.

Ukataka está de acuerdo de mantenerse con El Equipo de Naruto y unos Ninjas Cazadores hasta que Hotaru esté seguro. Después de seguir un buen rato Hotaru cae. Naruto va por las plantas y más tarde descubre la causa del dolor de Hotaru dándose cuenta que es una técnica prohibida puesta por su clan.

Naruto llega donde se encuentra Shiranami, pero este es secuestrado por los bandidos, Naruto escapa por por la creación de las colas del Kyūbi, pero los bandidos usan una técnica más poderosa donde Naruto es vencido, Ukataka ha recibido el mensaje de Hotaru y se enfrenta a los bandidos. Shiranami se revela como el líder de los bandidos, y utiliza una técnica que controla a los habitantes y también a Hotaru.

Naruto sigue aún triste por la noticia la muerte de Jiraiya, el equipo de Konoha tiene un cuerpo de Pain a que le realizarán estudios en la autopsia. Iruka se encuentra con Naruto, que este le invita a comer, pero es rechazado. Naruto aún más triste camina en la noche e Iruka lo encuentra de nuevo dándole ánimos. Shikamaru que busca descifrar el código va en busca de Naruto pero este desanimado no puede pensar en nada. Shikamaru lo lleva a ver a Kureni y da a mostrar que algún día dejar un legado igual que su maestro; aún siendo más animado a descifrar el código.

Kiba y Tsume Inuzuka atacan a Pain (Gakidō) en la sala de examinaciones, mientras tanto el clan Aburame se encuentra con Konan. Tanto Pain ha llegado donde Tsunade donde la Hokage lo recuerda, Pain le dice sus intenciones, la de capturar al Kyūbi. Pero Tsunade le responde que Naruto ahora es más fuerte y luchará por la aldea. Mientras Shizune y compañía analizan a Pain y que puede ser que este controle cuerpos ya muertos; una explosión se produce y aparece otro Pain (Ningendō) que tiene la habilidad de leer la mente como el clan Yamanaka, este le transfiere la información a Pain de la ubicación de Naruto. La información llega hacia Naruto. Los caminos de Pain y Konan se reúnen, Pain se levanta sobre Konoha utilizando Shinra Tensei destruyendo por completo la aldea, de pronto Naruto llega en modo ermitaño para enfrentarse a Pain.

Hinata recuerda su niñez y su debilidad para ser ninja; Pain tiene a Naruto Los recuerdos de Hinata hace que vaya y pelee contra Pain, ante esto ella le declara su amor a Naruto y decide empezar su pelea. Hinata desea romper las varas que Pain ha puesto a Naruto, pero solo consigue romper algunos, Hinata utiliza Juho Soshiken, pero la fuerza del Akatsuki es muy superior. Hinata no puede más, con el cuerpo herido va donde Naruto; Pain preguntándose porqué lo hace usa su Shinra Tensei lanzándola al suelo; para después clavarla una de sus barras dejándola aparentemente muerta. Este acto hace que Naruto se enoje liberando el poder del Kyūbi.

Nagato aún sigue contando su pasado, y el entrenamiento que recibió de Jiraiya, la formación de una organización liderada por Yahiko que buscaba la paz, pero esta era muy difícil de encontrarla ya que las tres grandes naciones ninjas seguían en guerra (Konoha, Lluvia y Arena), Hanzō los contacta para ser intermediarios, pero era una trampa ideada por él para matar a Yahiko; Yahiko muere y Nagato libera su verdadero poder derrotando a todos los subordinados de Hanzō.

El lugar donde ha ido Naruto, ha sido notificado como un lugar peligroso ya que puede haber espías. Iruka encuentra a Naruto, pero éste se logra deshacer de su maestro usando una técnica. En el trayecto es interceptado por los tres espías de la aldea de la Hierba, que desean acabarlo. Iruka llega al rescate de Naruto, llegando después Kakashi, logrando vencer a sus rivales. De vuelta a la trama actual, Madara le encomienda a Kisame la misión de ir por el Hachibi.

Mientras el pueblo es reconstruido, Naruto y Sakura son visitados por Tazuna y Inari, ahora carpinteros. Naruto recuerda cuando regresó al País de las Olas habiendo olvidado en la casa de Tazuna un boleto gratis para comer en Ichiraku, fue a buscarlo mientras Sasuke lo perseguia, que tiene como misión para traerlo de vuelta. Inari había encontrado el billete y fue en búsqueda de Naruto, pero es asaltado por otros niños en ellos Akane celoso de su éxito, que luego son secuestrados por la nueva organización Gato, dirigida por Zōri y que Waraji quienes quieren recuperar el control del País de las Olas. Akane y sus amigos se han vuelto como Inari en carpinteros y están aquí para ayudar a Konoha. Inari se propone a hacer un nuevo Ichiraku.

Rock Lee va a ver la situación de la Quinta Hokage, encontrándose con Sakura; recordando como Gai quería hacer una medicina para Lee, con la ayuda de Sakura, Naruto e Ino van a en la búsqueda de la flor medicinal, Naruto para hacer la misión se puso el traje de Lee y Gai. Al arrancar una flor medicinal, una copia de Gaara aparece pero Naruto lo derrota, aparece una ninja florista que le da una carga para Gai. Al final, Gai y Lee competían para ver quien terminaba primero, Gai y sus flexiones o Lee comiendo píldoras del soldado de la flor medicinal.

Kakashi, al ver a Hanare, recuerda la ocasión en que ella se infiltró en Konoha, hace tres años atrás.

Mientras que Kiba Inuzuka y Akamaru estaba trabajando como mensajero, Sakura Haruno y Naruto Uzumaki lo estaban viendo. Sakura comentó que lo de Naruto y Sasuke era inseparable aquellos días y Naruto tuvo un flashback sobre una misión en donde el Equipo Kakashi tuvo que recuperar una estatua de oro, que fue robado por una banda de ladrones de una princesa feudal. Como Naruto y Sasuke tenían que recuperar la estatua, Sakura es tomada como rehén. Al principio, Sasuke insiste en continuar la misión, pero Naruto le dice que los que abandonan a sus amigos son peor que escoria. Cuando por fin encuentran a Sakura y a los bandidos, que era en un primer momento difícil para ellos porque sus manos estaban atadas. Sin embargo, uno a uno, a través de trabajo en equipo, los dos rápidamente derrotaron a los bandidos y a su líder, Jako. Aunque su misión fue un éxito, la estatua estaba muy dañada, pero Kakashi Hatake dijo que podría ser fundido y re-hacerlo. Cuando Naruto se quejó de su mano que fue pegada a Sasuke, Sakura dice que es natural que se descompone en dos o tres días, para la decepción de Naruto y Sasuke.

El Raikage enterado que Sasuke ha interferido a la reunión decide ir por el, liberando una pelea entre los guardias del Raikage y el equipo Taka, la lucha se hace dura cuando Jūgo libera su sello atacando al Raikage que este no se da por vencido, ya despejado el campo para Raikage ve a su rival directo, Sasuke.

Kakashi decide ir a detener Sakura, mientras tanto Naruto se desmalla ante la idea de que sus amigos puedan matar a Sasuke. La pelea entre los dos ninjas empieza con un ataque de Susano'o de Sasuke hacia Danzō, con el que se despejan las dudas de Sasuke sobre la verdad de Itachi. Los ataques del Uchiha son superiores al punto de utilizar Susano'o y Amaterasu al mismo tiempo, pero siendo anulado por Danzō, apareciendo una y otra vez, luego de aparentemente haber muerto. Utilizan ninjutsus de alto nivel, las habilidades de los dos los ponen en un punto equilibrante ante la pelea, la cual en un acto de Sasuke libera cuervos al igual que Itachi, apareciendo este detrás de Danzō.

Una breve reunión Naruto pide que le dejen encargarse de Sasuke, mientras que Kakashi será nombrado el nuevo Hokage, justo antes de recibir el cargo oficialmente; Tsunade despierta, siendo anulado el proceso.

Naruto ayuda a un joven llamado Yusuke para atrapar aún pez espada que resulta ser una invocación de la guerra pasada, que asesinó a su padre; con la ayuda de Naruto, Yusuke logra atraparlo.

Un barco se aproxima al barco donde está Naruto, en ese barco encuentra a un niño llamado Hishaku que le dice que todos han muerto causa de un cangrejo gigante. Naruto y Hishaku logran vencer al cangrejo gigante, pero él y el barco eran fantasmas.

Konohamaru se prepara para la cuarta guerra ninja y hace todo lo posible, retando a Temari, lo cual recuerda la batalla contra Pain.

Naruto vuelve a la 'Cascada de la Verdad' donde vuelve para enfrentarse al "Naruto Oscuro" lo cual con las pasadas vivencias de él en Konoha y de como lo odiaban, lo puede superar ya que mucha gente ahora confía en él, así y después de abrazar a su lado maligno este desaparece y así el odio que tenía. Ahora, Killer Bee decide enseñar a Naruto como dominar al Kyūbi llevándolo a un templo (en un lugar muy obvio) donde ahora debe entrenar; así los dos Jinchūrikis se preparan. Naruto entra a su conciencia y abre el sello y con eso libera al Kyūbi iniciando una batalla contra este.

Naruto nace y todos se ponen contentos pero entonces aparece el ninja enmascarado quien asesina ala esposa de Sarutobi y a Taji, secuestra a Naruto, el ninja dice que se aleje de Kushina, Minato logra rescatarlo mientras Kushina queda a la merced del ninja malvado quien la lleva lejos para extraerle el Kyubi, después de controlarlo se dirigen a destruir Konoha, Minato llega a tiempo para salvarla y llevarla junto a Naruto, el cuarto Hokage se prepara para pelear, mientras el ninja invoca al Kyūbi en medio de la aldea, el Bijū causa un gran caos por lo que todos los shinobis de Konoha se preparan para pelear incluido el Tercer Hokage. Minato llega para luchar contra el ninja al cual le logra quitar el control del Kyūbi.

Narra los momentos de Naruto en la academia y los alborotos que causaba en la aldea. También la conformación con sus compañeros Sasuke y Sakura en el equipo 7 y su primera misión de rango A.

La guerra ha iniciado y La División de Ataque Sorpresa se mueve en territorio enemigo, Anko es derrotada por Kabuto. Kankurō hace recordar a su equipo que se debe sellar al enemigo para poder vencerlos. Deidara y Sasori que están cerca y dan el primer ataque siendo repelidos por los jutsu de Doton. Los rivales encaran sus poderes y también vuelven a ver rostros familiares como Kankurō a Sasori y Sai ante Shin.

El equipo Ino-Chika-cho se encuentran con Kakuzu el cual los felicita por haber derrotado a Ginkaku y Kinkaku, mientras que Darui sigue derrotando a los Zetsus entonces Asuma se encuentra con sus alumnos, lo cual la batalla será inevitable. Los jóvenes empiezan a recordar el pasado, Asuma inicia el ataque pero el problema en los jóvenes shinobis es Chōji que no desea atacarlo recordando como su sensei lo instruía para convertirse en Chunnin.

Deidara sale de su encierro en una de las marionetas de Kankurō, lo cual también es avisado que Sasuke no ha muerto. El Akatsuki muerto tiene que librar una batalla contra los nijas aliados. Deidara hace frente a ellos, explotando, pero se da cuenta que no puede morir, y que va contra su "estética" viendo a Sasuke en el río logra seguirlo pero se trataba de Kurotsushi quien le tendió una trampa y lograr encerrarlo nuevamente.

Los espadachines de la niebla atacan nuevamente siendo Akebino Jinin su oponente usuario de la espada Kabutowari, ahora Kakashi, Lee y Sai deben enfrentarlo y sellarlo, pero Sai aun no ha dominado su técnica de sellado que le enseño Danzō, pero con ayuda de Lee logra dominarla y sellar al espadachín.

Naruto se enfrenta al clon del Kyūbi ahora transformado, este con una de sus colas golpea a Disonasu matándolo, Naruto no parece tener posibilidades de ganar entonces el clon lo atrapa y de su boca dispara un rayo el cual lo atraviesa, mientras que Kakashi observa lo que pasa, el Kyūbi al ver lo que pasa decide prestarle más poder a Naruto, trasnformandose en el mismo Kyūbi bajo su control, Naruto sigue luchando mientras que Dokku y Shiseru deciden acabar con Saezeru entonces se despiden de los niños, Naruto pierde el control del poder del Kyūbi y se empieza a transformar, Yamato al ver lo que pasa aprisiona a Naruto por un poco tiempo, mientras que el clon sigue destruyendo todo, Shiseru cae por un precipicio pero Dokku la atrapa, en una charla ambos dan a conocer sus sentimientos, mientras que Miina le dice a Naruto que tome el control entonces este toma otra apariencia (igual a la que obtuvo después de vencer al Kyūbi) y salva a Shiseru mientras que Dokku pone el último "sonido", Naruto por fin vence al clon con un Rasengan, en los créditos finales se observa que Saezeru se detiene, Kabuto se marcha y Dokku y Shiseru se reencuentran.

En la costa la división de Darui se encuentran en un dilema por los Zetsuz blancos en ese momento los cuatro del sonido hacen su aparición, los shinobis se enfrentan con los ninjas resucitados pero no tienen oportunidad, entonces Shikamaru y los demás se preparan para pelear de nuevo contra ellos, Choji contra Jirobo, Neji contra Kidomaru, Kiba contra Zakon y Shikamaru contra Tayuya. Todos recuerdan aquella batalla difícil en la que los shinobis de Konoha ganaron. En su nueva batalla los cuatro del sonido vuelven a perder, y cuando parece que la victoria es de los Shikamaru y los otros, los del sonido realizan el Jiku Jusshiki no jutsu llevándose sus almas.

Este es un capítulo especial, previo a la sexta película de la segunda parte de la serie Naruto Shippuden 6: El camino ninja en el que se cuenta como los once de Konoha se disfrutan su último día de vacaciones en la que tomaran un baño para relajarse ideado por Lee pero este caerá en el baño de mujeres, Mientras que Tobi lee el corazón de Naruto y se prepara para utilizar el Gentei Tsukuyomi con los otros miembros de Akatsuki. (En la que se desarrollara la trama de la película).

Nota: Este capítulo no tiene que que ver con la historia principal como tal, pero si es adaptada de un capítulo manga creado por Masashi Kishimoto

Chiyo se enfrenta con los samurais del País del Hierro y a Mifune, Chiyo utiliza sus hilos para controlar a los samurais, llega entonces Kankuro y saca a la marioneta Sasori, Chiyo al verlo recuerda hace mucho tiempo en Sunakagure, como el pequeño al no tener padres empezó con su obsecion de crear marionetas las cuales les dieran amor, pero además de crear otras para el que le pidiera, pero Chiyo observa que Sasori está tramando algo desde que muere su único amigo. Así nace su interés de que el alma de la gente exista dentro de una marioneta. Pero devuelta en la guerra Kankuro le revela a Chiyo las dos marionetas que son padres de Sasori en las cuales yace el alma del mismo por lo que Chiyo al final queda feliz porque Sasori tuvo una familia.

Madara pregunta por quien esta utilizando el Edo Tensei, así Kabuto se presenta ante él mediante Mū, y le comenta la situación, sin más que decir Madara se lanza contra la Cuarta División y allí este empieza a acabar con una gran cantidad de shinobis sólo con ataques físicos gracias a la ayuda de su Sharingan con el cual transmite miedo, hasta que este decide usar el Elemento Fuego: Gran Aniquilación de Fuego, pero es contrarrestado por un muro de agua que realizan varios shinobis. Así Ōnoki, Gaara y Naruto deciden actuar en equipo y tratar de detenerlo pero Madara libera su Susanoo y el Mangekyō Sharingan, Naruto usa el Elemento Viento: Rasen Shuriken hacia Madara, pero este activa el Rinnegan en el último segundo y absorbe el ataque. Madara le pregunta a Kabuto que es lo que le ha hecho a su cuerpo por lo que responde que ha logrado maximizar el poder de Madara, por lo que decide poner a prueba sus poderes, bajando un meteorito gigante al campo de batalla, los shinobis atónitos de lo que están viendo huyen del lugar, pero Ōnoki decide parar el meteorito usando el Elemento Tierra: Jutsu de Roca Ultra Ligera haciéndolo mas ligero y con ayuda de Gaara lo detienen, pero Madara desciende un segundo meteorito el cual choca con el primero y produzca un gran temblor por todos lados. En el cuartel de la alianza Tsunade decide ir a la batalla, Madara trata de invocar al Kyūbi sin éxito por lo que usa el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles, los sobrevivientes observan esto asombrados y asustados a la vez diciendo que ahora si era su fin.

Kurama sigue recordando como Naruto nunca se dio por vencido en sus múltiples batallas como contra Pain y la conversación con Nagato, Naruto el cual esta inconsciente despierta y trata de salir de la boca de Son Goku, mientras que el Hachibi ayuda en su escape, Naruto usa sus clones lo que hace que Son Goku lo vomite una vez fuera Naruto observa que la barra con la que Tobi los controla se aloja en el cuello, así se lanza con intención de liberar al Bijū. Sakura y Shizune dejan el centro médico y se marchan al campo de batalla. Naruto una vez que encuentra dicha barra intenta sacarla con todas sus fuerzas pero Tobi alega que las cadenas son más fuertes que las del Gedo Mazo y además ata y absorbe las energías de Naruto, mientras que un clon aún dentro del Bijū, usa el Modo Ermitaño y dentro del esófago de la bestia localiza la barra y la golpea desde adentro sacándola. Así Son Goku es liberado.

Itachi una vez que logra retener a Kabuto en el bucle infinito se prepara para liberar el Edo Tensei, Sasuke pregunta como hizo tal cosa a lo que la respuesta es que el Izanami utiliza los sentimientos del usuario y el oponente, pero aun así el usar tal técnica significa perder la perdida del Sharingan, Itachi confirma que hay una manera de escapar del Izanami, pero antes le revela las luchas del clan Uchiha a Sasuke y el surgiminiento de dicha técnica prohibida para contrarrestar el Izanagi el cual era usado para cambiar los resultados a los que el usuario le beneficiara mas, pero esto genero conflictos internos entre quien debería ser el líder del clan y los que deberían usar el Izanagi por lo que hubo masacres y es allí donde surge el Izanami donde para poder escapar del bucle el oponente deberá asumir su futuro según sus acciones (es decir aceptar su realidad), a lo que Sasuke aprende que esas luchas son una reflexión a aceptar el destino. Itachi le comenta a Sasuke que Kabuto se parece a él y teme fallar en sus metas por eso lanzo el Izanami a propósito, y la lucha de este con Kabuto en el bucle continua. Itachi finalmente detendrá el Edo tensei donde le abre los ojos a Kabuto para saber los sellos usando el Tsukuyomi a lo que Sasuke sabe que el también desaparecerá pero Itachi sabe que podrá acercar el fin de la guerra. La segunda noche ha caído.

Madara que ha llegado a la batalla se prepara para capturar al Gyūki y Kurama, mientras que los Kages están gravemente heridos, Tsunade la única con pocas fuerzas invoca a Katsuyu para ayudar a los demás, Naruto libera a Gyūki de las estacas y su clon se lanza contra Madara lanzándole una Bijūdama pero Madara la absorbe con su abanico y usando el Uchihagaeshi le regresa el potente ataque. Kakashi le pregunta a Obito que es lo que le ha pasado, donde este empieza a recordar los momentos de cuando conoció a Madara y le salvo la vida, Obito aun débil decide volver a la aldea junto con los demás pero Madara alega que debe devolverle el favor pero Obito insiste en marcharse aun muy débil por perder medio cuerpo. Madara le explica que el quiere crear un mundo donde exista la verdadera paz, pero Obito no presta atención ya que su meta es volver a reunirse con Kakashi y Rin.

Mientras persigue a Orochimaru, Kakashi se adentra en una aldea habitada por el Clan Iburi, un grupo de personas con la habilidad única de convertirse en humo. Kakashi pronto es capturado y se entera de que todos los aldeanos sirven a Orochimaru.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

El Jubi que ha resucitado se muestra frente a Naruto y los demás, este posee un único ojo gigante parecido a un Sharingan pero con seis aspas, Kurama alega que esta criatura no posee sentimientos ni ideas, es decir es la tierra misma por lo que no se le puede sentir ni aun en el modo sabio, Madara y Obito se conectan con el Jūbi y se preparan para realizar el Mugen Tsukuyomi. El Hachibi y Kurama realizan el Renzoku Bijūdama pero no logran nada puesto que el Jūbi realiza una técnica parecida en la que dispara un rayo muy poderoso que logra quitarle parte de las colas a los dos Bijūs pero en ese momento Kakashi con ayuda del Kamui lleva al Hachibi en frente del Jūbi con la intención de explotar una Bijūdama en su ojo pero sin éxito ya que este la repele con facilidad, Kakashi, Gui y los dos Bijūs agotados por usar tanto chakra no pueden seguir más pero Naruto demuestra su determinación al intentar crear clones, el Jūbi nuevamente realiza su técnica donde destruye algunas montañas creando una poderosa explosión la cual paso cerca de Naruto, en ese momento los shinobis de los distintos escuadrones empiezan a reunirse, en el cuartel Shikaku da instrucciones para atacar al Jūbi conjuntamente donde logran retenerlo gracias a técnicas en combinación Naruto alega que es el jutsu de la alianza Shinobi.

El Jūbi abre su boca y realiza una gigantesca Bijūdama de tamaño colosal, mientras que la alianza se resigna ya que al no tener el chakra de Kurama no son nada, pero Sakura es quien le infunde valor al decirles que todos son compañeros de Naruto. Shikamaru quien tiene un plan se comunica con Kitsuchi para que enseñe los sellos de el Jutsu muro de roca, el cual si es ejercido por toda la alianza podría desviar la técnica del Jūbi y con ayuda de Ino logran sincronizarse y levantar los muros, el hachibi también interviene al destruirse el último muro tratando de contenerla, y en el último momento la Bijūdama desaparece es entonces donde Minato hace su entrada al enviar la técnica al mar donde allí explota. Así mismo los demás kages llegan y enseguida se preparan para contener al Jūbi, Minato de repente se convierte en modo Bijū por lo que deja perplejo a los demás, Sasuke quien también llega a la batalla es mal recibido por sus antiguos compañeros, pero el alega que se convertirá en Hokage. Por otro lado los kages realizan una barrera especial Shisekiyoujin donde contienen al Jūbi, pero además Hashirama usa el Myoujinmon donde aprisiona cada cola de la bestia, Naruto que se ha recuperado se prepara junto con Sasuke para atacar pero Sakura se les une alegando que ella fue entrenada por una Sannin, es así como el equipo siete renace.

El Jūbi que fue impactado por el ataque de Naruto y Sasuke, logra desprender la parte afectada por lo que ambos deberán acercarse más y atacar de nuevo. Tsunade logra curar las graves heridas a los kages y ahora se preparan para participar en la batalla. Mientras que en la dimensión de Obito la pelea entre este y Kakashi continua, tras notar que no llegaran a ningún lugar usando Genjutsu, ambos pelean cuerpo a cuerpo, donde a la vez recuerdan un combate que tuvieron hace mucho tiempo, tras usar cada uno su propio estilo, ambos terminan hiriéndose pero Obito lo esta de gravedad, tras felicitar a Kakashi por haberlo vencido Obito decide volver a la batalla ya que él está dispuesto a ganar la guerra, una vez de vuelta Madara nota su presencia es así como intenta tomar el control de Obito para resucitar con el Gedō Rinne Tensei no jutsu. Hashirama que observa lo sucedido rápidamente crea algunos clones para detenerlo al igual que Tobirama. Obito el cual de su brazo derecho se sale de control empieza a poseerlo para realizar dicha técnica por orden de Madara, al ver esto el cuarto hokage que crea un clon se teletransporta e hiere a Obito al verlo, tras notar que se trata de su antiguo estudiante, Minato queda sorprendido ya que él fue el que devasto la aldea con el Kyūbi. Madara al notar que no pudo lograr el jutsu decide esperar un poco más, de repente Obito logra que el Jūbi se libere y empiece a ser absorbido por el Minato y Sasuke que logran escapar gracias a Naruto se sorprenden, tras creer que se trata de la última transformación de la bestia, Naruto alega que no se trata de eso, pues una esfera donde Obito esta se rompe y al mostrarse se descubre que él se ha convertido en el Jinchūriki del Jūbi.

La alianza se arma de valor después de los recuerdos de Hashirama y Naruto, así todos se preparan para cortar al Shinju, por otra parte Naruto y Sasuke pelean contra Obito, pero este los esquiva fácilmente, Shikamaru quien es atendido por Sakura recibe nuevamente el chakra de Kurama y tras recordar el pasado de Naruto logra ponerse de pie. Los cinco kages que se dispersan por toda la zona dan la orden de atacar y cortar el árbol, es así como toda la alianza se vuelve una, El tercer hokage que observa a Orochimaru le pregunta si también va a colaborar, el sannin alega que lo hará ya que no permitirá que Obito Se salga con la suya, la alianza logra cortar algunas ramas del Shinju, Naruto y Sasuke empiezan a entender los movimientos de Obito y tras coordinar sus ataques parecen lograr darle, pero en el último momento Obito se protege y logra agarrar a Naruto y Sasuke donde los impacta contra el suelo, Obito nuevamente le pregunta a Naruto porque sigue luchando ya que la gente de la aldea lo miraba con desprecio, sin embargo Naruto al ponerse de pie responde que ese es su camino ninja, Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear.

El Gedō Mazō arrastra a los nueve bijūs hacia su interior, mientras eso sucede Kurama le pide un favor a Gaara donde le encomienda a Naruto, finalmente la estatua se traga uno a uno a los bijūs, Naruto quien cae inconsciente es rescatado por Gaara y lo lleva rápidamente hacia donde se encuentra Tsunade y Sakura, la estatua que abre sus nueve ojos queda inmóvil. El segundo Hokage ahora se enfrenta a Madara pero el Uchiha logra clavarle varias estacas que lo inmovilizan, en otra parte Hashirama que se encuentra débil habla con Sasuke y le propone darle un jutsu que detendrá a Madara, Sasuke acepta recibir el chakra de Hashirama. Madara quien acaba con Tobirama alega que el Tsukuyomi infinito es la solución a lo que Hashirama creo desde hace tiempo, en un acto de desesperación Tobirama ataca una última vez a Madara pero este se cubre con Susanō, en ese momento Sasuke ataca a Madara pero en el último momento queda inmóvil, Madara toma la espada de Suke y tras pronunciar las palabras de Hashirama apuñala a Sasuke mientras que Tobirama observa. En otra parte el Mokuton: Shin Sujenju a menor escala es ejecutado por el Zetsu remolino que ataca a la alianza con los cinco elementos a la vez pero el tercer hokage logra contrarrestar el ataque, en ese momento Gaara llega y se lleva a Sakura para que mantenga con vida a Naruto mientras se dirigen hacia donde esta el cuarto Hokage, en el camino Sakura hace todo lo que puede por mantener a Naruto con Vida, Sasuke quien también está muy mal herido recuerda las palabras de Itachi sobre la aldea, tras intentar ponerse en pie Sasuke finalmente cae inconsciente, Sakura y Karin alegan que si no hacen algo Naruto y Sasuke morirán.

La segunda prueba del examen Chunnin comienza, los equipos tienen tres días para obtener el pergamino que les hace falta, el equipo de Shira observa desde lejos al equipo de Neji y los ponen en un Genjutsu, Lee tras descubrir que están corriendo en círculos rápidamente se percatan y se liberan, poco después el equipo de Lee alcanza a Shira y sus compañeros, pero tras no conocer el terreno Neji y su equipo caen en arenas movedizas y son arrastrados hacia una cascada de arena, pero Lee usa la segunda puerta para liberarse de la arena para quedar atrapados en el fondo del valle, Shira y su equipo se reúnen con los demás shinobis de la arena quienes traicionan a Shira ya que no lo soportan como alguien que está siendo el líder en muchas cosas, Shira es herido al igual que sus compañeros pero en el último momento, tras estar a mano ambos equipos Lee descubre que Shira es como el ya que solo puede usar Taijutsu.

Los traidores de Kirigakure ahora pretender acabar con Kakakshi y Rin, pero Kakashi logra acabar con uno de ellos, en ese momento Minato y Obito llegan para darse cuenta que el pergamino no contenía nada, y por lo tanto el verdadero lo tenía el shinobi que cayo del puente, es entonces que Obito decide ir a rescatarlo, pero Kakashi alega que hay que darle importancia a la misión, aún así Obito se marcha en ayuda del shinobi herido. Cuando llegan al río descubren que están rodeados por bastantes enemigos, por lo que deciden separarse y obtener el pergamino a como de costa, Kakashi logra acabar con bastantes de ellos, finalmente Minato llega y logran recuperar el pergamino y completar la misión, cuando regresan Kakashi se percata de que el como los demás fueron utilizados y sospechan que el verdadero pergamino lo tenía otro equipo. De vuelta en la batalla, Obito junto con Kakashi se preparan para usar el Kamui, pero Madara quien observa atentamente lo que ellos están planeando y decide atacarlos al tiempo, cuando eso sucede, tanto Obito como Kakashi usan el Kamui al mismo tiempo y como resultado Obito logra dirigirse a su dimensión donde se encuentra Naruto una vez allí empieza a transferirle la mitad del Kurama, mientras que Kakashi es salvado por Guy quien observa a Madara con su nuevo aspecto.

El sabio de los seis caminos sigue afirmando que el chakra y espíritu de Ashura el menor de sus dos hijos ahora fluye dentro de Naruto, ante esto Naruto se percata de que el espíritu de Indra esta en Sasuke, en ese momento Naruto recuerda la ocasión en que les pidió a sus compañeros que él se encargara de Sasuke tras haber desertado y aliado con Madara. Además de estar hablando con Naruto el sabio a la vez esta contándole la misma historia a Sasuke sobre el origen del chakra. El sabio comenta que a través del tiempo el vio a las reencarnaciones de sus hijos luchar, además de que Madara está obsesionado en obtener el chakra de Kaguya y así realizar el Mugen Tsukuyomi, es por eso que el sabio le pide tanto a Naruto como a Sasuke detener a Madara antes de que sea demasiado tarde, en ese momento surgen el Shukaku, Gyuki y Kurama quienes fueron dados por Obito, y a continuación el resto de los bijūS emergen ante Naruto el cual alega que quiere proteger a sus amigos y conocidos, a continuación el sabio confía de ahora en adelante lo que pase a ellos y en ese momento ellos extienden su mano con la del Sabio. En ese momento ellos recuperan la conciencia, pero ambos tienen una marca en la palma de la mano, Naruto en la derecha y Sasuke en la izquierda. Por otra parte la pelea entre Madara y Guy continua en donde al ver a Madara de pie Guy des pues de su último ataque este decide realizar su técnica definitiva el Yagai, Madara se percata de que este será el último ataque, en ese momento Guy despide una gran cantidad de poder el cual toma la forma de un dragón rojo, sin mas Guy se lanza contra el con una tremenda velocidad y lo impacta directamente con una patada en donde la pierna derecha de Guy se destroza al igual que las costillas y parte del lado derecho de Madara para impactar contra el Shinju, cuando el ataque acaba el cuerpo de Guy esta quemado y pierna derecha desecha, mientras que Madara herido se recupera fácilmente, cuando Madara lo intenta acabar con una Godou dama aparece Naruto quien la repele fácilmente, además logra salvar a Guy e impedir que su chakra se extinguiese, Madara al ver a Naruto nota que algo ha cambiado en él, a lo cual Naruto responde que incluso el mismo está sorprendido por el poder que ha recibido.

Los miembros de Akatsuki han aparecido: Itachi, Sasori y Deidara, cada uno de ellos tiene un combate individual con los Jinchūrikis, Durante la batalla Itachi quien oye hablar de Sasuke, deserta y deja Akatsuki, lo cual deja en desventaja a Sasori y Deidara, en ese momento Fũ aparece, y Akatsuki se marcha, Killer Bee convence a Fū de unirse al equipo, y una vez que lo logran solo falta reclutar a Yagura pero el no quiere unirse y les pide marcharse, Naruto, Gaara y Fū se adelantan y para encontrase con Yugito quien recluto a Roshi y Han, cuando los siete están reunidos se dirigen al castillo que deben proteger, en ese momento Sasori y Deidara aparecen nuevamente pero ahora invocan a la estatua Gedo Mazo para destruir todo, los siete Jinchūriki que apenas pueden defenderse esperan ayuda y en ese momento Killer Bee y Yagura aparecen una vez que los nueve se reúnen, cada uno realiza una bijudama con la que logran vencer al enemigo.

Sasuke siente que su padre no lo reconoce y pelea con Naruto, Minato los separa pero Sasuke nota que Naruto es más fuerte. Sasuke abandona la escuela shinobi y se une a la policía militar, mientras que Naruto acompaña a Jiraiya en donde entrenará para entrar en el modo ermitaño, mientras siguen los pasos de Orochimaru quien se revela como artífice de lo ocurrido con Hizashi junto a su cómplice Danzo, y Sakura quien es entrenada por Tsunade quien le enseña el Byakugou no Jutsu. Luego de tres años, Sasuke es enviado de vuelta a Konoha y es nombrado vice capitán de la policía militar, jurando reparar la humillación de Naruto con derrotarlo.

Naruto logra liberarse del poder de Kaguya pudiendo ayudar a Sasuke, quienes luego idean un plan de ataque. Sasuke ataca a Kaguya con el Amaterasu para que Naruto utilice su Gyaku Harem no Jutsu, logrando distraerla y asestarle el primer golpe. Ante la distracción, Sasuke y Naruto intentan sellarla, pero antes de lograrlo Kaguya los traslada a todos a otra dimensión, siendo una dimensión ambientada en rocas de hielo y montañas de nieve, quienes quedan atrapados en una de dichas rocas. Sasuke logra romper la roca con el Amaterasu y el Kagutsuchi, y para evitar ser sellada, Kaguya traslada solamente a Sasuke a una dimensión ambientada en un desierto de arena. Obito despierta de su inconsciencia gracias a un clon de Naruto, a quien lo ponen al tanto de la situación, mientras que Naruto continúa batallando solo con Kaguya. Obito al ver la forma en que Kaguya se mueve a otra dimensión, comprende que debe usarla así como usa la suya para poder traer devuelta a Sasuke. Sabiendo el gasto de chakra en un jutsu ajeno el cual sería inmenso, le pide al clon de Naruto y a Sakura que lo acompañen. Mientras que los cuatro Hokages que se encuentran en la dimensión paralela, investigan una parte del cuerpo de Madara, ya que falta la parte de arriba de su cuerpo. Como no pueden ubicar la parte de arriba del cuerpo, no pueden usar la Invocación: Resurrección del Mundo Impuro en el cuerpo de Madara para sacarle información. En ese momento, Rikudo Sennin aparece para explicarles sobre el inicio del ninshu, para que puedan saber sobre la situación y así salvar a Naruto y Sasuke.

Naruto y Sasuke hacen uso de sus técnicas más poderosas a tal punto que han modificado la geografía del lugar, como consecuencia, han agotado casi todo el chakra con el que cuentan, por lo que ambos no tienen más remedio que batirse a puño limpio; la batalla se prolonga hasta el atardecer, ninguno quiere darse por vencido.

Sasuke comprende que el verdadero objetivo de Chino consiste en vengarse de los Uchiha por haber confinado a su clan en el Valle Infernal. Así, da inicio la batalla entre ambos, todo parece apuntar a que la del clan Chinoike ganará el combate al haber herido a Sasuke y convertido en bomba humana, sin embargo esta visión de la pelea no es otra que el producto de las altas capacidades que el Uchiha posee al utilizar el genjutsu y comprender el uso del Kekkei Genkai de su rival, Chino pierde la batalla y luego de hablarle acerca de lo que Naruto hizo por la aldea y por él, le despoja de su rencor. En Konoha aquellos afectados por el Jutsu de Chino son curados. Chino y sus aliados son retenidos por Konoha en donde la Mizukage les ofrece hacerse cargo de ellos y así evitar los mismos errores. Mientras tanto, Sasuke regresa al Coliseo para luchar contra todos los ninjas y así obtener su libertad, una vez derrotados les transfiere bajo la protección de Kumogakure, sus antiguos propietarios son puestos en prisión. El Raikage agradece a Sasuke por su labor. Más tarde recibe una carta de agradecimiento de parte de Naruto al haber defendido bien a la aldea sin estar en ella, justo como lo hacía la policía militar. Pareciera que luego de tanto tiempo, Sasuke está listo para regresar a Konoha.