Le chef du village de Hâcho se révèle être le véritable cerveau derrière l’attaque de Tonika. Ancien psychopathe spécialiste en invocations et ayant travaillé sur la « Réincarnation des âmes » avec Orochimaru, Disonas a perdu ses pouvoirs, et presque la vie, au cours d’un affrontement face à Pain ; depuis, il cherche à les récupérer en utilisant le trésor de « The Hole », et a engagé Kabuto pour l’aider dans cette tâche. Enserré par des serpents qui dévorent son chakra, Naruto parvient à s’en défaire en créant du chakra d'ermite. Mina, Léo et les autres enfants arrivent et sont appréhendés par un clone de Kabuto.

Ayant récupéré les sept fragments du trésor représentant des notes, Disonas qui en possède le mode d’emploi l’active avec une première mélodie. Alors que Dokku parvient à rejoindre les enfants et Shiseru et fuit avec eux, Kakashi et les autres ninjas de Konoha arrivent ; Kabuto fait apparaître à nouveau ses invocations. Naruto engage le combat contre son double paré du manteau de Kyûbi et le domine avec le Senjutsu, tandis que le trio Ino-Shika-Chô combat le double de Hidan. Deidara utilise toutes les autres invocations comme bombes, mais celles-ci ne se reforment pas, Kabuto ne maîtrisant pas encore totalement la technique. Les doubles formés de serpents commencent à se décomposer, leur durée de vie étant limitée, et le clone de Naruto tombe dans la source de puissance que Disonas est parvenu à activer avec une seconde mélodie. Le sol de « The Hole » commence à s’affaisser, et la zone doit être évacuée rapidement ; Disonas tente de s’exposer au rayon de puissance créé par la mélodie, mais se retrouve face à Naruto. Une chimère ressemblant à un démon renard avec sept queues se terminant par des têtes de dragons surgit du rayon de puissance.

Les ninjas de l'alliance sont de plus en plus méfiants les uns envers les autres à cause des clones blancs de Zetsu. Shikamaru explique à Ino et Chôji que le quartier général a mis au point une stratégie pour démasquer les imposteurs mais cela risque de prendre du temps. Soudain, l’alliance ninja est attaquée par le Quartet du Son, invoqué par la « Réincarnation des âmes » de Kabuto. Comme lors de la mission de récupération de Sasuke, Kiba va combattre Sakon et Ukon, Chôji se charge de Jirôbô, Neji affronte Kidômaru, et Shikamaru va à la rencontre de Tayuya. Malgré l’amélioration du sceau maudit de leurs adversaires, et bien que semblant dominés au début du combat, les quatre ninjas de Konoha montrent à leurs adversaires qu'ils ont beaucoup évolué depuis leur dernier affrontement : Shikamaru bat Tayuya grâce à son « Étreinte mortelle de l’ombre », Chôji élimine Jirôbô avec son « Décuplement partiel » de la main, Neji se débarrasse de Kidômaru avec la « Paume du Hakke », et Kiba gagne contre Sakon et Ukon en perforant leur défense avec la « Grande Morsure du Loup ». En route vers le champ de bataille, Naruto ressent soudainement l’aura de haine et de vengeance émise par les quatre ninjas d’Oto ; ces derniers activent une technique dans laquelle Chôji, Neji, Kiba et Shikamaru se trouvent pris…

Naruto invoque deux clones et ils font une partie de cartes pour savoir qui mangera les Nouilles Premium. L'équipe de Gai finit une mission et Tenten demande s'ils veulent l'accompagner aux bains publics mais Lee et Gai veulent s'entraîner. Lee va voir Sakura pour lui transmettre un message puis il va voir Naruto et demande à tout le monde s'ils veulent aller aux bains publics, mais Lee tombe dans les vestiaires des filles et Naruto se retrouve avec le soutien-george de Sakura accroché à sa serviette. Sakura se met en colère et tape Naruto. Lee et tous les autres garçons rendent visite à Naruto et jouent aux cartes mais finissent par partir et le lendemain Naruto pense à ses parents.

Grand-mère Chiyo se souvient du jour où Sasori a appris que ses parents étaient morts. Sasori demande à Chiyo des ingrédients pour son poison. Komuchi, l'ami de Sasori, s'est fait amputer le bras mais Sasori lui fabrique un bras en bois. La mère de Komuchi supplie Sasori de le soigner car il était mort elle le supplie de lui rendre son fils. Sasori avait fait la marionnette de Komuchi pour sa mère.

Naruto utilise ce qu'il lui reste de chakra en essayant de libérer les Bijû de la coupe de Madara. Alors que tout semble perdu, Kyûbi reconnaît Naruto comme son hôte et lui propose son aide ...

Kabuto a bénéficié des enseignements des Serpents Blancs ! Plus que jamais, les frères Uchiwa vont devoir laisser de côté leur rancoeur et unir leurs forces !

Retour sur l'origine des techniques maudites du clan Uchiwa : Izanagi et Izanami

Les deux à l'origine de la guerre sont réunis sur un seul front... Que sont devenus les Kages ? Et comment Obito s'est-il allié à Madara ?

Ne pouvant se résoudre à assassiner Kakashi, Kinoe regagne le Q.G. de la Racine sans le Sharingan … Comment Danzô réagira-t-il devant cette insubordination ?

Sasuke hésite encore sur le parti à prendre dans la guerre. Orochimaru rappelle d’outre-tombe les 4 anciens Hokage pour lui. Le temps des réponses est venu !

Un androïde à l’image de Naruto surgit à Konoha pour dépouiller notre héros de son Chakra. Impuissant face à ce prétendu nouveau Réceptacle de Kyûbi, Naruto n’a pas d’autre choix que de fuir...

Naruto étant parvenu à pénétrer dans sa conscience, nous voilà plongés dans le passé tourmenté d’Obito Uchiwa... A-t-il réellement abandonné la cause qu’il défendait si farouchement autrefois ?

Madara touche enfin au but. Il capture tous les Démons à Queues, mais pire en arrachant son Bijû à Naruto, il le condamne à une mort inexorable.

Gaara et Sasuke pourront-il inverser le cours des choses ?

Rock Lee et Shira, virtuoses du Taijutsu, décident de s’affronter uniquement pour confronter leurs techniques.Qui, du pupille de Gaï ou de l’autodidacte du désert, l’emportera ?

Ayant réchappé à l’attentat, Gaara va trouver le chef des conjurés pour tenter, sans esprit de revanche, d’établir un dialogue. Saura-t-il trouver les mots justes ? De leur côté, les candidats apprennent avec stupeur que la 3e épreuve est annulée !

Le légendaire Rikudô en personne apparaît à Naruto dans son for intérieur. Il va lui faire de grandes révélations et lui confier de grands pouvoirs. Mais Naruto n'est pas le seul à bénéficier de la magnanimité du vieil Ermite...

Killer Bee rêve qu’il lutte contre Akatsuki en faisant une coalition avec les autres hôtes, afin de protéger la princesse du château Rappu.

Naruto rejoint le reste de ses camarades et, ensemble, ils parviennent à repousser l'offensive de Sasori. L'homme masqué est alors témoin de leurs actes et est désormais convaincu qu'il y a un avenir avec ces jeunes ninjas. Il leurs promet de libérer les Jonin capturés et commence à expliquer la vérité sur son action...

Naruto veut ramener Sasuke au village, mais Sasuke souhaite plus que tout vaincre Naruto. Pourquoi Sasuke est-il un haineux ? Comment ses sentiments envers Naruto se sont-ils développés ? La vérité remonte à la surface pendant Sasuke engage le combat. Où cette bataille mènera-t-elle ?

Il y a des centaines d'années, Ôtsutsuki Kaguya est descendu des cieux, surprenant alors tous les habitants du Pays de So. Mais leur roi, Tenji, est fasciné par elle et la prend pour sa concubine. En cette ère de guerre sans fin, Kaguya ne souhaite rien d'autre que la paix. Mais en tant que protectrice autoproclamée de l'Arbre Divin, elle se retrouve bientôt engloutie par les marées du chaos et de la guerre.

Naruto tente de maintenir Obito en vie Mais il est trop tard, son corps commence à se désagréger. Sasuke attaque immédiatement Kaguya mais ils sont projetés dans une nouvelle dimension. Obito, à l'article de la mort, demande à Naruto de devenir Hokage et de faire de leur rêve commun une réalité. Avant de rejoindre Lin dans l'au-delà, il confie ses pouvoirs temporairement à Kakashi tandis que Naruto, mis en colère par les moqueries du Zetsu noir, sectionne le bras gauche de Kaguya où il se cache.

Le jour du mariage de Naruto approche, et un par un, chacun de ses amis prépare un cadeau. Mais le véritable but de cette mission n'a été révélé à personne : les cadeaux seront jugés pour sélectionner qui peut assister à la réception ! Voyant le soin et la réflexion qui ont été apportés à chacun des cadeaux, Kakashi commence à se demander si c'est la bonne chose à faire.