Asuma enterré, son équipe prépare sa vengeance, et Kakashi décide de les aider dans cette mission périlleuse.

Alors que le clone Naruto-Kyûbi se débarrasse du parchemin de contrôle de Kabuto et s’apprête à attaquer Dokku, Shiseru et les enfants, il est contré par Gaï et Rock Lee. D’autres ninjas de Konoha arrivent en renfort : Kakashi, Neji, Hinata, Tenten, Shino, Kiba, Shikamaru, Ino et Chôji. En ouvrant les portes célestes, Gaï et Lee parviennent à repousser Naruto-Kyûbi, mais ce dernier agrippe Naruto pour aspirer plus de chakra de Kyûbi, devenant un gigantesque démon à huit queues qui dévaste le village et peut tirer des « Orbes du démon ». Les villageois s’enfuient, aidés par les ninjas ; dans leur fuite, Dokku, Shiseru et les enfants voient Naruto évanoui qui a été lancé par le démon. Dokku tente de s’enfuir avec Naruto sur le dos, mais trébuche ; au moment où le démon s’apprête à les écraser, Kabuto invoque un serpent qui surgit sous eux et les avale.

Le démon, perdant rapidement de sa puissance, est récupéré par Kabuto qui arrête le combat et retire ses troupes ; bien qu’une partie du village soit détruite, il n’y a pas de victimes à déplorer, mais Naruto et Dokku sont prisonniers, et les enfants rescapés de Tonika sont traumatisés à nouveau. Dokku repense à sa conversation avec Shiseru ayant suivi la gifle qu’elle a donnée à Mina ; elle lui avait proposé de vivre en couple et d’adopter les enfants, mais il l’avait repoussée, se sentant toujours coupable de sa chute. Alors que Naruto, entravé par les serpents de Kabuto, se laisse envahir par Kyûbi, Dokku lui fait se rappeler pourquoi il a voulu devenir plus puissant et lui dit que ce désir de protéger ses amis est la source de sa force ; revoyant son père, Naruto repousse Kyûbi, et Dokku lui remet son bandeau protecteur qu’il a ramassé, lui disant qu’il croit en sa puissance et en sa bonté. Leo décide d’aller sauver Dokku en l’échange de la partie du trésor qui se trouve dans le manteau que Mina a conservé. Dokku et Naruto voient s’approcher Kabuto avec deux ninjas et le chef du village de Hachô. Ce dernier fait apparaître la partie du trésor qu’ils possèdent déjà.

Sasuke et Naruto mettent un point final à leur combat en opposant les « Mille oiseaux » et l’« Orbe tourbillonnant », détruisant les statues des fondateurs de Konoha. Se croyant morts, ils revivent leur passé et discutent. Sasuke se rend compte de la force de Naruto, des épreuves par lesquelles il est passé pour devenir plus fort et le reconnaît à sa juste valeur. L’affrontement finit par un match nul, Naruto ayant perdu son bras droit et Sasuke son bras gauche. Ce dernier reconnaît toutefois sa défaite.

À cause du démon à neuf queues scellées à l'intérieur de lui, Naruto est craint et détesté par tous les villageois. Il s'entraîne tout seul dans les bois mais un jour, un certain homme apparaît et entame une conversation avec Naruto. Ailleurs, dans le village de Konoha, une célébration est organisée pour marquer le troisième anniversaire de Hinata, où elle rencontre Neji pour la première fois.