Yūkimaru se debilita al no poder contener al Biju, y Guren se dispone a luchar con el Sanbi, mientras Kabuto escapa. Guren ataca con múltiples ataques pero no tienen efecto en la bestia, Mientras tanto Naruto se acerca al lago y ve al Sanbi. Kakashi, Yamato, Shino y Kiba están sumidos en el humo, y los subordinados de Guren se disponen a atacarlos, pero Hinata advierte de esto gracias a su Byuakugan. Mientras tanto, Yūkimaru se coloca el casco y detiene al Biju, y salva a Guren.

Naruto entra en la niebla para buscar a Yūkimaru mientras Guren sigue alerta para proteger a Yūkimaru que se encuentra muy débil sin poder moverse. Cuando ambas partes de encuentran Guren termina muy confundida por las palabras de Naruto.

Hace más de diez años, durante la Tercera Gran Guerra Ninja, el futuro Cuarto Hokage, Minato Namikaze, asigna Kakashi Hatake, Obito Uchiha, y Rin, ninja médico, la misión de destruir el Puente de Kannabi. Antes de partir, Kakashi revela su nuevo Jutsu: Chidori, técnica incompleta según las observaciones de Minato. Esa noche, Minato explica a Obito el motivo del suicidio del padre de Kakashi. Al día siguiente, Minato se marcha y Rin más tarde es secuestrada. Kakashi rechaza salvarla, pero Obito no hace caso de él y se marcha solo.

Obito encuentra a Rin, pero es atacado por un Ninja de la Aldea Oculta de la Piedra. Kakashi llega y pierde su ojo izquierdo al salvar a Obito. Para ayudar a Kakashi, Obito es capaz de despertar su Sharingan. Entre ambos rescatan Rin, pero la cueva en la que se encuentran se derrumba sobre ellos y el lado derecho del cuerpo de Obito es aplastado. Obito decide donar su ojo de Sharingan izquierdo a Kakashi y le pide proteger Rin. Kakashi entonces protege Rin de los ninjas enemigos antes de perder la conciencia. Más tarde son salvados por Minato quien les ayuda a completar su misión y destruir el Puente de Kannabi.

Deidara entra en combate con Sasuke en una lucha feroz. Tras confirmar la habilidad innata de Sasuke, se dedica a realizar ataques de larga distancia desde el aire. La pelea se convierte en una lucha a la defensiva, y Sasuke, arrinconado, intenta escapar y esquivar los ataques. El resultado de la lucha a muerte con el Sharingan de Sasuke le trae terribles recuerdos a Deidara.

Deidara explota llevando consigo en la explosión a Sasuke y problabemente a Tobi, los ninjas cercanos se percatan de la explosión y quien lo habría provocado, surgiendo preocupación por el equipo de Sasuke. Suigetsu llega al lugar de la explosión pero ve que Sasuke a sobrevivido usando a Manda como "escudo" que muere maldiciendo al Uchiha. La búsqueda para encontrar a Sasuke continua; Tobi aún vivo, se revela como Uchiha Madara, ante Pain y su compañera.

Jiraiya convoca a un sapo en un pergamino y habla sobre Naruto y sobre quien habría mandado al Kyubi, quien el Sannin revela que fue Madara Uchiha, el sapo no le cree ya que el Uchiha en ese tiempo no hubiera estado vivo. Jiraiya transformado en un ninja de la lluvia, va en busca de Pain, pero es visto por Konan.Konan se da cuenta que ha llegado y empapela al ninja e intenta rematarlo pero es suprimida por un Katon de su antiguo maestro. Este le pregunta donde está Pain, recibiéndo como respuesta que no es su tema. Pain aparece utilizando invocaciones pero son esquivadas por el Sannin, también pregunta que pasó con Yahiko, recibiéndo como respuesta que murió hace mucho tiempo. Pain habla sobre el dolor y de acabar una guerra sin sentido solo lo que un dios podría hacerlo, por eso reúne los Bijus. Jiraiya invoca a un sapo para dar inicio a la pelea.

Al no tener otra opción, Jiraiya y Gamaken comienzan su batalla contra Pain. Después de ocultar a sí mismo, Pain convoca a las criaturas para derrotar a Jiraiya. Al darse cuenta de que es contra un enemigo poderoso, Jiraiya utiliza un jutsu de barrera y se prepara para entrar en el modo de Ermitaño. Cuando Jiraiya tiene su jutsu listo para usar, Gamaken sale de la batalla. Jiraiya entra en modo de ermitaño y convoca a Fukasaku y Shima. Él encuentra a Pain, que convoca a dos otros caminos para entrar en pelea.

Jiraiya pelea contra 3 Pain que tienen el Rin'negan, usa jutsus e incluso va por un modo ermitaño cambiando su apariencia, pero son repelidos y bloqueados por su enemigo. El Sannin tiene que escapar entre las tuberías con Fukasuku y Shima y ver una solución de quien es el verdadero Pain ya que todos tiene el mismo dōjutsu, este llega a la conclusión que cada Pain tiene un propósito específico. Los tres Pain corren a buscar a Jiraiya, pero este pide a los sapos que hagan un sonido para provocar un genjutsu. En un acto de poder buscar al verdadero, usa técnicas y encierra a los tres en el genjutsu, y después siendo ultimados por Jiraiya, pero uno de ellos lo sorprende y logra destrozarle el brazo izquierdo, apareciendo ante el los 6 caminos de Pain incluido los 3 que asesinó. Jiraiya, horrorizado, se sorprende ya que ve un rostro conocido entre ellos.

Jiraiya se da cuenta que uno de los Pain es Yahiko, el Sannin logra atrapar a uno en una barrera y con un Rasengan tirarlo al ácido gástrico, este le lanza un arma perforándole el lado derecho de su pecho, recuerda que al Pain que asesinó es un ninja con quien lucho en el pasado. El Sannin de nuevo a la superficie tiene que lidiar su lucha contra los 5 restantes, uno de ellos cogiendo fuertemente su garganta y siendo rematado por los 5 demás. Jiraiya agonizando recuerda entre tristezas y como Minato lo eligió como el padrino de su hijo, recordando al padre de Naruto y al mismo Naruto. En lo último de su vida escribe un mensaje en números, pero uno de los Pain se percata lanzando su mano como explosivo; en recuerdos Jiraiya se hunde más y más en el agua, pensando como se llamaría su libro.

Itachi recuerda el pasado cuando vivía en Konoha, y la noche en la cual cometió la masacre en contra de su clan; mientras Sasuke ha llegado al lugar donde se encuentra su hermano iniciándose la lucha, y las preguntas de Sasuke hacia su hermano sobre el tercer Uchiha, a quien Itachi le hace saber que es Madara Uchiha.

Itachi comenta que Madara Uchiha es el otro del clan que vive, pero este no cree las palabras de su hermano, la cual Itachi le muestra el pasado, la crueldad del clan Uchiha. Madara Uchiha y su hermano habían activado el Mangekyou Sharingan pero la desventaja era la ceguera que provocaba esta; la cual Madara extrae los ojos de su hermano para poder ver, así llegando a pelear contra el líder del clan Senju, el Primer Hokage, y ser aquel que mandó al Kyubi a Konoha hace 16 años.Itachi muestra los deseos de quitarle los ojos a Sasuke ya que este también muestra los estragos del Mangekyou Sharingan. La pelea inicia, Itachi muestra más poder que su hermano menor, propinándole golpes y patadas, dejándolo a Sasuke a merced de ser despojado de sus ojos.

Sasuke es despojado de su ojo izquierdo e Itachi pretende quitarle el ojo derecho, pero Sasuke rompe el Tsukuyomi de su hermano, Itachi dispone a realizar el Amterasu pero su hermano toma la delantera de la batalla lanzando un Kage Shuriken no Jutsu hiriendo a su hermano que sufre las consecuencias del Mangekyou Sahringan.Los hermanos combaten con Katon, siendo Sasuke el que pueda ganar la confrontación, mas Itachi activa el Amaterasu, llegando a quemar a su hermano, pero este utiliza una técnica de Sustitución, Sasuke lanza varias veces Katon Gouryuuka no Jutsu la cual intenta llegar a herir a su hermano. Sasuke tiene la posibilidad de ganar.

Pain busca a Naruto, Danzō cuenta a Homura y Koharu que Pain ha llegado, este destruye de a pocos a la aldea. Los consejeros discuten con Tsunade sobre Naruto, pero la Quinta confía en el. El sapo encargado por Tsunade para el regreso de Naruto es asesinado por Danzō, mientras Konan y los "caminos" de Pain siguen interrogando sobre el paradero de Naruto y asesinando al que no le diga, ante Iruka se le presenta uno -Tendo- para preguntarle sobre lo mismo, Pain al no conseguir respuesta decide asesinarlo, pero el intento es detenido por Kakashi, que ahora luchará contra Pain.

Pain se enfrenta a Kakashi, Kakashi utiliza el Raikiri pero es replegado por una extraña fuerza invisible. En la lucha aparece otro Pain -Camino de los Demonios- que muestra su verdadera apariencia ante Kakashi, Pain atrae a Kakashi hacia su otro "camimo" pero cuando ya ha sido atravesado por el arma que lleva este, se revela que era un clon de rayo. Al campo de batalla llegan Chōza y Chōji, Kakashi les pide ayuda para derrotar a Pain, que utilizando un ataque padre e hijo no pueden contra el poder de Pain, utilizando cadenas logran detener a Pain, pero este utiliza su habilidad, logrando deshacerse de los 3 ninjas. Pain decide rematar a Kakashi con un clavo y se retira. Chōji llora porque su padre ha sido derrotado para salvarlo, Kakashi despierta y le dice que vaya con la Hokage. El cuerpo del "Camino de los Demonios" que aún vive, saca de su cuerpo un misil dirigido a Chōji, pero es detenido por el Mangekyō Sharingan de Kakashi, Sin conocimiento, Kakashi recuerda que no puedo proteger a las personas cercanas a él. Katsuyu le dice a Tsunade que Kakashi ha muerto.

Kiba y Tsume Inuzuka atacan a Pain (Gakidō) en la sala de examinaciones, mientras tanto el clan Aburame se encuentra con Konan. Tanto Pain ha llegado donde Tsunade donde la Hokage lo recuerda, Pain le dice sus intenciones, la de capturar al Kyūbi. Pero Tsunade le responde que Naruto ahora es más fuerte y luchará por la aldea. Mientras Shizune y compañía analizan a Pain y que puede ser que este controle cuerpos ya muertos; una explosión se produce y aparece otro Pain (Ningendō) que tiene la habilidad de leer la mente como el clan Yamanaka, este le transfiere la información a Pain de la ubicación de Naruto. La información llega hacia Naruto. Los caminos de Pain y Konan se reúnen, Pain se levanta sobre Konoha utilizando Shinra Tensei destruyendo por completo la aldea, de pronto Naruto llega en modo ermitaño para enfrentarse a Pain.

Naruto ha lanzado el Fūton: Rasen Shuriken hacia Pain, el ataque puede expandirse llevándose consigo a uno (Ningendō). Shikamaru se pregunta sobre lo que pasa a distancia lo cual Katsuyu le responde que es Naruto. La pelea aparte de Bunta, Hiro, y Ken continua, contra las invocaciones, Chikushōdō (el "camino" femenino de las invocaciones) ataca a Naruto, Fukasaku y Shima deciden ayudar, tanto Shima utiliza Senpō: Fūton Sunabokori, la arena nubla a Chikushōdō que recibir golpes, Pain no ve donde están, Naruto utiliza el Senpō Rasenrengan a Chikushōdō; que los dos estuvieron dentro de la boca de Bunta. Naruto ha perdido el Modo ermitaño, que ahora lucha cuerpo a cuerpo contra Naruto. Mientras Fukusaku realiza una invocación para traer a un clon, este le devuelve el Modo ermitaño, de nuevo con el Fūton: Rasen Shuriken, Naruto lo lanza hacia Pain; el ataque es interceptado por otro Pain (Gakidō) que puede absorber los ataques, Naruto confundido se pregunta como puede estar allí, pero dirige su mirada hacia Gedō(lo cual puede revivir a los cuerpos). Ahora Naruto utiliza dos Rasengan y desaparece usando bombas de humo, utilizando un Rasen Shuriken de distracción ante el Pain que puede absorber los ataques, se transforma en el verdadero, apareciendo detrás de este utilizando el Senpō Rasenrengan derrotando a Gedō, Naruto se dispone a terminar con Gakidō y su clon con Pain, pero éste utiliza el Shinra Tensei, lo cual no puede concretarse los ataques. Bunta, Hiro y Ken, se unen a la lucha pero son repelidos otra vez por el Shinra Tensei de Pain.

Naruto ha derrotado a cuatro caminos de Pain, quedando solo dos, Pain utiliza el Bansho Ten'in atrayendo a Naruto, y cogido por Gakidō que puede absorber todo su chakra. Pero Naruto utiliza la fuerza natural convirtiendo a Gakidō en una estatua. Pain utiliza su Bansho Ten'in contra Fukasaku, asesinándolo. Pain le habla sobre la paz y la justicia y como es su deseo de obtenerla, es así que el formó Akatsuki para obtener los poderes de los Bijūs y encontrar la paz; el deseo de Nagato.

Hinata recuerda su niñez y su debilidad para ser ninja; Pain tiene a Naruto Los recuerdos de Hinata hace que vaya y pelee contra Pain, ante esto ella le declara su amor a Naruto y decide empezar su pelea. Hinata desea romper las varas que Pain ha puesto a Naruto, pero solo consigue romper algunos, Hinata utiliza Juho Soshiken, pero la fuerza del Akatsuki es muy superior. Hinata no puede más, con el cuerpo herido va donde Naruto; Pain preguntándose porqué lo hace usa su Shinra Tensei lanzándola al suelo; para después clavarla una de sus barras dejándola aparentemente muerta. Este acto hace que Naruto se enoje liberando el poder del Kyūbi.

Naruto ha liberado el poder del Kyūbi, mostrando ahora seis colas. Pain lo confronta inundando el lugar y enviándole ataques por doquier. Naruto desea continuar pero el collar que lleva para suprimir el poder del Kyūbi no lo deja continuar, destruyéndolo. Naruto se mueve con rapidez, sorprendiendo a Pain que usa Shinra Tensei sin efectividad, llegando a ser golpeado y tumbado por la fuerza descontrolada del Jinchūriki. Naruto reúne chakra para lanzarlo a Pain mas este usa Bansho Ten'in aplastando a Naruto, Pain alga el poder del Kyūbi, lléndose lejos con Naruto decide usar Chibaku Tensei, logrando capturar a Naruto dentro de una gran esfera. En la conciencia de Naruto el Kyūbi le habla a Naruto y hace que libere su poder; Yamato corre y ve en su mano que de seis ha cambiado a ocho. Naruto, con una apariencia muy cercana al del Kyūbi rompe una parte de la gran esfera creada por el Chibaku Tensei; mientras Naruto en su interior es seducido por el Bijū a sacar el sello, lentamente va sacando el sello, pero es impedido ante la llegada del Cuarto Hokage.

Naruto derrota al último Pain con un fuerte Rasengan y decide ir solo a buscar al verdadero Pain, Nagato. Mientras tanto, Sakura logra sanar a Hinata y Katsuyu les comunica que Naruto ha derrotado al sexto Pain. Inoichi, Shikaku y otro ninja van tras Naruto, quien los convence para que le dejen marchar solo a por el verdadero Pain. Naruto usando el modo ermitaño logra ubicar el lugar donde se encuentra Nagato; Naruto recuerda y Nagato habla; Nagato dispara una lanza impactándole a Naruto. Naruto logra soportar el ataque, quitándose la lanza, se va contra Pain recordando a su maestro, se detiene y le dice que desea escuchar su historia.

Mientras el pueblo es reconstruido, Naruto y Sakura son visitados por Tazuna y Inari, ahora carpinteros. Naruto recuerda cuando regresó al País de las Olas habiendo olvidado en la casa de Tazuna un boleto gratis para comer en Ichiraku, fue a buscarlo mientras Sasuke lo perseguia, que tiene como misión para traerlo de vuelta. Inari había encontrado el billete y fue en búsqueda de Naruto, pero es asaltado por otros niños en ellos Akane celoso de su éxito, que luego son secuestrados por la nueva organización Gato, dirigida por Zōri y que Waraji quienes quieren recuperar el control del País de las Olas. Akane y sus amigos se han vuelto como Inari en carpinteros y están aquí para ayudar a Konoha. Inari se propone a hacer un nuevo Ichiraku.

Mientras que Kiba Inuzuka y Akamaru estaba trabajando como mensajero, Sakura Haruno y Naruto Uzumaki lo estaban viendo. Sakura comentó que lo de Naruto y Sasuke era inseparable aquellos días y Naruto tuvo un flashback sobre una misión en donde el Equipo Kakashi tuvo que recuperar una estatua de oro, que fue robado por una banda de ladrones de una princesa feudal. Como Naruto y Sasuke tenían que recuperar la estatua, Sakura es tomada como rehén. Al principio, Sasuke insiste en continuar la misión, pero Naruto le dice que los que abandonan a sus amigos son peor que escoria. Cuando por fin encuentran a Sakura y a los bandidos, que era en un primer momento difícil para ellos porque sus manos estaban atadas. Sin embargo, uno a uno, a través de trabajo en equipo, los dos rápidamente derrotaron a los bandidos y a su líder, Jako. Aunque su misión fue un éxito, la estatua estaba muy dañada, pero Kakashi Hatake dijo que podría ser fundido y re-hacerlo. Cuando Naruto se quejó de su mano que fue pegada a Sasuke, Sakura dice que es natural que se descompone en dos o tres días, para la decepción de Naruto y Sasuke.

El equipo enviado por el Raikage ha llegado a una destruida Konoha, para entregar la invitación de reunión de urgencia de los 5 Kages, la cual se dan cuenta que Tsunade está en coma; haciendo su ingreso Danzō, como el sexto Hokage. Mientras tanto Naruto y compañía se enteran de la noticia, van a ver lo que sucede interfiriéndose en el camino dicho equipo de la aldea de las nubes. Mientras tanto Sasuke se aproxima a Konoha siendo interceptado por Madara que le comunica que Konoha ha sido destruida.

Naruto es golpeado por Karui por no revelar información acerca de Sasuke, lo cual desea ver al Raikage. Naruto es informado sobre la situación actual, el insiste de ver al Raikage para hablar con el y pueda perdonarlo, también informa que conoció al Cuarto Hokage y detuvo su transformación en el Kyūbi en su pelea contra Pain. Ante esto Kakashi decide que Naruto vaya.

Naruto suplica al Raikage que decline en su decisión de matar a Sasuke, la cual es rechazada. La reunión de los 5 Kages ha empezado tomando asuntos como Akatsuki y la forma de acabar con esta organización, la cual Danzō da a conocer que el líder es Madara, la petición de una alianza de la cinco naciones se da, pero la elección del líder de esta alianza parece que recaerá en Danzō.

El Raikage enterado que Sasuke ha interferido a la reunión decide ir por el, liberando una pelea entre los guardias del Raikage y el equipo Taka, la lucha se hace dura cuando Jūgo libera su sello atacando al Raikage que este no se da por vencido, ya despejado el campo para Raikage ve a su rival directo, Sasuke.

Madara explica a Naruto la verdad sobre el Clan Uchiha y cómo surgió el odio de generación en generación y que Sasuke y Naruto están destinados a pelear; mientras Sasuke lucha contra el Sasuke haciendo uso de su Mangekyō Sharingan y usando Amaterasu a la vez que se protege de los ataques del Kage con un escudo de huesos. Cuando la pelea alcanza su cénit, Gaara interviene. El Kazekage, al darse cuenta de que Sasuke ha tomado otra senda en su vida, decide atacar siendo ayudado por sus hermanos y Darui; sin efecto alguno, ya que Sasuke ha liberado Susano'o "su defensa absoluta".

Sasuke ataca con todo el poder de Susano'o, logrando salir en medio del caos en busca de Danzō, por lo que los presentes se percatan de su presencia siendo atacado por la Mizukage que tiene abatido al Uchiha, no tanto Zetsu aparece, para absorber el chakra y dárselo a Sasuke lo que continua su pelea, también entra en acción el Tsuchikage que logra encerrar en un jutsu al joven Uchiha para desintegrarlo, lo cual no es realizado ya que Madara salva a Sasuke y planea contar a todos sobre su plan: ojo de Luna (月の眼 "Tsuki no Me"?).

Los recuerdos entre los dos ninjas persisten, Naruto le hace recordar que él será su rival cuando vuelvan a enfrentarse.

Una breve reunión Naruto pide que le dejen encargarse de Sasuke, mientras que Kakashi será nombrado el nuevo Hokage, justo antes de recibir el cargo oficialmente; Tsunade despierta, siendo anulado el proceso.

Neji es designado para comandar las fronteras en la pronta guerra ninja, la cual algunos miembros del clan Hyūga deja conmocionado. Más tarde, Hinata se reúne con las demás chicas y amigos de Konoha recordando algunos pasajes del pasado.

Konohamaru se prepara para la cuarta guerra ninja y hace todo lo posible, retando a Temari, lo cual recuerda la batalla contra Pain.

Naruto llega a la isla y quiere ser entrenado por Killer Bee, pero este se niega. Con la ayuda de Motoi, El Jinchūriki de nueve colas va acompañado con Yamato hacia la 'Cascada de la Verdad' donde Naruto debe entrar en lo profundo de su mente, encontrándose con otro Naruto, quién se describe como lo más oscuro de su corazón. La pelea se inicia y los dos están igualados en fuerza.

Naruto vuelve a la 'Cascada de la Verdad' donde vuelve para enfrentarse al "Naruto Oscuro" lo cual con las pasadas vivencias de él en Konoha y de como lo odiaban, lo puede superar ya que mucha gente ahora confía en él, así y después de abrazar a su lado maligno este desaparece y así el odio que tenía. Ahora, Killer Bee decide enseñar a Naruto como dominar al Kyūbi llevándolo a un templo (en un lugar muy obvio) donde ahora debe entrenar; así los dos Jinchūrikis se preparan. Naruto entra a su conciencia y abre el sello y con eso libera al Kyūbi iniciando una batalla contra este.

Naruto continua su lucha contra el Kyubi y recibe ayuda de Killer Bee, pero el zorro parece estar ganando la batalla y cuando parece que ha triunfado aparece la figura de alguien, se trata de nadie más que su madre Kushina Uzumaki, Naruto se encuentra perplejo pero al saber que se trata de su madre se tranquiliza y esta le cuenta la historia de como llegó a Konoha entró en la academia y conoció a Minato, también como la recato de unos ninjas que la secuestraron y este logra salvarla.

Naruto, motivado por su madre, logra vencer al Kyūbi con ataques derivados del Rasengan, al vencerlo Naruto toma una forma diferente y logra sellarlo de nuevo lo cual el Bijū reconoce como el Rikudō Sennin. Después del sellado Kushina le cuenta a su hijo que ella fue la anterior Jinchūriki del Kyubi y le cuenta la historia de hace 16 años, el momento en que nació Naruto, y el hombre enmascarado que quería el control del Kyūbi.

Naruto nace y todos se ponen contentos pero entonces aparece el ninja enmascarado quien asesina ala esposa de Sarutobi y a Taji, secuestra a Naruto, el ninja dice que se aleje de Kushina, Minato logra rescatarlo mientras Kushina queda a la merced del ninja malvado quien la lleva lejos para extraerle el Kyubi, después de controlarlo se dirigen a destruir Konoha, Minato llega a tiempo para salvarla y llevarla junto a Naruto, el cuarto Hokage se prepara para pelear, mientras el ninja invoca al Kyūbi en medio de la aldea, el Bijū causa un gran caos por lo que todos los shinobis de Konoha se preparan para pelear incluido el Tercer Hokage. Minato llega para luchar contra el ninja al cual le logra quitar el control del Kyūbi.

Minato debe enfrentar ahora al Kyūbi llevándolo fuera de la aldea, donde ha quedado casi sin Chakra, la decisión de él es sellar a la enorme bestia en Naruto con el "Sellado de ocho trigramas" invocando previamente a Shiki Fūjin; Minato extrae la mitad del Chakra del Kyūbi haciendo que se reduzca en tamaño, el Kyūbi al ver que volvería a ser sellado intenta lastimar a Naruto pero Minato y Kushina se interpusieron en el ataque siendo atravesados por una de sus garras. Padre y madre se despiden de su hijo diciéndole lo mucho que lo quieren y dándole algunos consejos para su vida futura, entonces Minato logra su cometido. En el presente Kushina piensa en la "carga" que ha tenido que soportar su hijo a lo largo de su vida, lo cual este responde que está feliz de que ellos hayan sido sus padres.

Kisame es derrotado por Guy y es llevado a un interrogatorio, en el cual entran a su mente, donde se develan misterios sobre su vida y su forma de vivir, también como conoció a Madara y como este controlaba a Yagura. Ante eso, el Akatsuki no reveló más información, ya que se muerde la lengua y se suicida utilizando sus propias invocaciones. Cuando se abre el pergamino de Kisame, este resulta ser una trampa, dejándolos atrapados dentro de las prisiones de agua, mientras que un tiburón invocado toma el rollo con la información de la isla y toma gran distancia. Mientras es devorado, Kisame recuerda a Itachi y su forma de ver el mundo.

Tobi decide que es hora de ir por el Rinnegan de Nagato y parte a Amegakure. En este lugar Konan, que ha desertado de Akatsuki, nota su presencia y se adelanta a esperar su llegada. Tobi demanda que le diga dónde escondió el cuerpo de Nagato, pero ella se rehúsa diciendo que el Rinnegan es un tesoro de Amegakure pues lo despertó Nagato y, por tanto, no le pertenece. Tobi le revela que él incitó a Yahiko a formar Akatsuki y que él le dio el Rinnegan a Nagato, y que es justo que se lo devuelvan. Konan se sorprende e inicia la pelea contra Tobi, éste se confía y es afectado por la técnica de papeles explosivos de Konan, molesto se prepara para contraatacar pero Konan activa su técnica final para destruirlo.

Konan utiliza el "Kami no Shisha no Jutsu" con el cual casi acaba con Tobi detonando 600 billones de Sellos Explosivos causando una inmensa explosión que duraría unos 10 minutos pero no puede derrotarlo ya que ha utilizado el Izanagi para confrontar la potente técnica, Tobi vence a Konan. Una vez acabada la pelea va en busca de Nagato y se lo lleva, mientras que la ex-Akatsuki recuerda los momentos finales con sus amigos de Amegakure y Jiraiya. Ahora que ha llegado la información de Kisame, con atavío distinto y Kabuto de aliado, Tobi se prepara para la captura del Kyūbi.

Madara pregunta por quien esta utilizando el Edo Tensei, así Kabuto se presenta ante él mediante Mū, y le comenta la situación, sin más que decir Madara se lanza contra la Cuarta División y allí este empieza a acabar con una gran cantidad de shinobis sólo con ataques físicos gracias a la ayuda de su Sharingan con el cual transmite miedo, hasta que este decide usar el Elemento Fuego: Gran Aniquilación de Fuego, pero es contrarrestado por un muro de agua que realizan varios shinobis. Así Ōnoki, Gaara y Naruto deciden actuar en equipo y tratar de detenerlo pero Madara libera su Susanoo y el Mangekyō Sharingan, Naruto usa el Elemento Viento: Rasen Shuriken hacia Madara, pero este activa el Rinnegan en el último segundo y absorbe el ataque. Madara le pregunta a Kabuto que es lo que le ha hecho a su cuerpo por lo que responde que ha logrado maximizar el poder de Madara, por lo que decide poner a prueba sus poderes, bajando un meteorito gigante al campo de batalla, los shinobis atónitos de lo que están viendo huyen del lugar, pero Ōnoki decide parar el meteorito usando el Elemento Tierra: Jutsu de Roca Ultra Ligera haciéndolo mas ligero y con ayuda de Gaara lo detienen, pero Madara desciende un segundo meteorito el cual choca con el primero y produzca un gran temblor por todos lados. En el cuartel de la alianza Tsunade decide ir a la batalla, Madara trata de invocar al Kyūbi sin éxito por lo que usa el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles, los sobrevivientes observan esto asombrados y asustados a la vez diciendo que ahora si era su fin.

Naruto choca su cabeza contra la de Tobi sin hacerle ningún daño, inmediatamente los Jinchūrikis entran en acción empezando con Rōshi y Yagura quienes usan el Elemento Lava: Corriente de Rocas Ardientes y el Elemento Agua: Jutsu del Espejo de Agua contra Killer B y Naruto los cuales tienen que alejarse, pero de repente observan unas burbujas que empiezan a caer y una de estas toca a Naruto en su hombro a lo que se percata de que se trata de Utakata, por lo que entablan una conversación en sus subconcientes y este le confiesa que el fue emboscado por Pain y los demás caminos en el bosque en rumbo a Kirigakure. Allí Utakata libera el poder de su Bijū por lo que Pain y sus caminos trabajan en conjunto y logran vencerlo, pero además agrega que él encontró un nuevo rumbo poco antes de su batalla junto con Hotaru su discípula. Naruto al escuchar lo sucedido comenta que las personas que controlan a Akatsuki también quieren dominar el mundo, Utakata le da las gracias a Naruto por haberlo escuchado.Regresando a la pelea Utakata usa su jutsu Elemento Agua: Jutsu de Burbujas y las hace explotar luego Fu usa su Jutsu Secreto: Ocultación en el Polvo de Escamas para cegar temporalmente a Naruto y B para que Yugito y Han hagan sus movimientos pero termina sin éxito. Naruto exige a Tobi por qué se hizo llamar a sí mismo Madara Uchiha a lo que este responde que el no es nadie, así Naruto responde que le arrancará la máscara, a lo que Tobi dice que deberán trabajar muy duro para averiguarlo, de repente los Jinchūrikis empiezan a materializar una cola de sus antiguas Bestias con Cola.

Una vez que Naruto logra liberar a Son Goku este no que del todo libre, pues Tobi invoca al Gedo Mazo el cual aun posee el chakra de este, pero antes de ser absorbido choca puños con Naruto el cual dándole algo de poder, así Son es tragado por la estatua. Los demás Jinchūrikis se transforman en sus Bijūs y realizan cada uno una Bijūdama. Mientras que Kurama y Naruto entran en conversación donde estos chocan puños y es liberado del sello, inmediatamente Naruto logra una nueva fase: el Modo Bijū y aún más transformarse en el mismo, donde repele el ataque de los otros Bijūs y su objetivo es quitarles las barras, pero los Bijūs ahora realizan una Bijūdama en conjunto de mucho más grande. Naruto la contrarresta con una igual las cuales explotan en el aire. Una vez que Naruto los acorrala de repente entra en un espacio donde están los bijūs con sus Jinchūrikis y entran en una conversación donde cada uno le dan las gracias por lo que ha hecho y recuerdan las palabras del Rikudō Sennin, pero además le revelan sus verdaderos nombres que son Shukaku, Matatabi, Isobu, Son Goku, Kokuō, Saiken, Chōmei, Gyūki y Kurama , así los bijūs chocan puños con Naruto y finalmente logra extraerle las barras a todos, justo después el Gedo Mazo los traga a todos.

Los cinco Kages continúan su lucha contra los clones de Madara los cuales son muy poderosos, el Raikage recibe el Gengutsu de este pero es salvado por Ōnoki el cual con sus últimas fuerzas utiliza el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu el cual acaba de una vez por todas con los clones y logran capturar a Madara en conjunto para sellarlo, el cual les da crédito por llevar el título de kages, sin embargo Madara escapa gracias a que libera a Susanō perfecto el cual tiene un aspecto de un samurai gigantesco. Los kages atónitos presencian el poder de este cuando corta una montaña entera, a lo que se preguntan como Hashirama pudo vencerlo en aquella batalla. Por otra parte Kabuto le revela los sellos para detener el Edo Tensei e Itachi le ordena hacerlos mientras que Sasuke le habla acerca de su odio a Konoha, su deseo por destruirla, una vez que se completan la liberación del Edo Tensei todos los shinobis revividos destellan en una aurora blanca incluidos los Jinchūrikis. Cuando Madara intenta darles el golpe final a los kages con Susanō este se desvanece por completo, a lo de deduce que algo pasa con la técnica, Itachi le revela la verdad a Sasuke acerca de la masacre del clan donde este decide asesinar a su gente por la protección de Sasuke y jura el cuidado por petición de sus padres y antes de desaparecer lo abraza diciendo que lo amara pos siempre.

La pelea entre Tobi contra Naruto, Kakashi Guy y Killer Bee continua, los shinobis de Konoha trabajan en equipo pero no logran hacerle daño a Tobi, y cuidándose las espaldas este tampoco los afecta, tras una deducción de Kakashi al intentar desaparecer al Gedo Mazo con el Kamui y fracasar y más adelante al lanzar un Kunai justo en el momento que Tobi usa su ninjutsu la mascara de este sufre una grieta. El Gyūki intenta golpear al Mazō pero Tobi usa el Uchiha Kaenjin. Mientras que Kakashi planea como golpearlo donde todos toman parte y Kakashi envía a otra dimensión el Rasengan de Naruto en el mismo momento que Tobi usa su ninjutsu en esta ocasión el Rasengan golpea en el hombro derecho de Tobi. Kakashi finalmente ha deducido que el ninjutsu de Tobi es el mismo que usa tanto para absorber las cosas y desmaterializarse y no dos como antes creían así, Kakashi se pregunta como obtuvo el Sharingan donde Tobi responde que fue en la última gran guerra ninja en la batalla del puente Kanabi donde Kakashi queda pasmado pensando en quien podría ser Tobi. Kurama se hace parte donde alega que Naruto no fracasará en sus sueños y entra en el modo Bijū.

Madara que ha llegado a la batalla se prepara para capturar al Gyūki y Kurama, mientras que los Kages están gravemente heridos, Tsunade la única con pocas fuerzas invoca a Katsuyu para ayudar a los demás, Naruto libera a Gyūki de las estacas y su clon se lanza contra Madara lanzándole una Bijūdama pero Madara la absorbe con su abanico y usando el Uchihagaeshi le regresa el potente ataque. Kakashi le pregunta a Obito que es lo que le ha pasado, donde este empieza a recordar los momentos de cuando conoció a Madara y le salvo la vida, Obito aun débil decide volver a la aldea junto con los demás pero Madara alega que debe devolverle el favor pero Obito insiste en marcharse aun muy débil por perder medio cuerpo. Madara le explica que el quiere crear un mundo donde exista la verdadera paz, pero Obito no presta atención ya que su meta es volver a reunirse con Kakashi y Rin.

Obito se sigue recuperando en el escondite de Madara, allí se acostumbra poco a poco a el brazo implantado a partir del árbol de Hashirama por Zetsu y Zetsu remolino , además forja una amistad con ambos, pasado algún tiempo Obito recupera la mayoría de sus habilidades y su cabello crece, a este no le interesa el plan de Madara sobre el Tsukuyomi infinito. En algún momento Zetsu blanco le avisa que Kakashi y Rin están en gran peligro al enfrentarse a shinobis de Kirikagure, enseguida Obito intenta salir golpeando la roca pero no puede, Zetsu remolino lo envuelve y con ayuda de clones salen en la ayuda de Kakashi y Rin. Durante el camino Obito experimenta visiones de Rin y observa explosiones, cuando llega a la batalla conmocionado descubre que Kakashi con su Chidori asesina a Rin, ante esto Obito despierta su Kamui y también Kakashi pero este cae inconsciente y en un ataque de furia acaba con todos los shinobis de la neblina, una vez que termina todo se torna de sangre con lo que Obito alega que se encuentra en el infierno.

La organización Akatsuki logra hacer un acuerdo con Hanzō para la paz en Amekagure, pero es una trampa para acabar con Yahiko el cual es el líder, los demás miembros de Akatsuki salen en su ayuda pero Obito y Zetsu aparecen y acaban con todos, tras reunirse Hanzō y Yahiko, este le pide a Nagato matar a su líder ya que Konan fue capturada, tras la muerte de su amigo, Nagato invoca al Gedō Mazō donde acaba con todos los subordinados de Hanzō, así después de ello la nueva Akatsuki nace donde Yahiko con el Rinnegan se convierte en el primer camino del dolor.

Mientras persigue a Orochimaru, Kakashi se adentra en una aldea habitada por el Clan Iburi, un grupo de personas con la habilidad única de convertirse en humo. Kakashi pronto es capturado y se entera de que todos los aldeanos sirven a Orochimaru.

Después de ser salvado por el objetivo al que le ordenaron matar, Tenzo se da cuenta de que el hombre conocido como "Kakashi el amigo asesino" es alguien que valora las vidas de sus compañeros más que nadie.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

El Jubi que ha resucitado se muestra frente a Naruto y los demás, este posee un único ojo gigante parecido a un Sharingan pero con seis aspas, Kurama alega que esta criatura no posee sentimientos ni ideas, es decir es la tierra misma por lo que no se le puede sentir ni aun en el modo sabio, Madara y Obito se conectan con el Jūbi y se preparan para realizar el Mugen Tsukuyomi. El Hachibi y Kurama realizan el Renzoku Bijūdama pero no logran nada puesto que el Jūbi realiza una técnica parecida en la que dispara un rayo muy poderoso que logra quitarle parte de las colas a los dos Bijūs pero en ese momento Kakashi con ayuda del Kamui lleva al Hachibi en frente del Jūbi con la intención de explotar una Bijūdama en su ojo pero sin éxito ya que este la repele con facilidad, Kakashi, Gui y los dos Bijūs agotados por usar tanto chakra no pueden seguir más pero Naruto demuestra su determinación al intentar crear clones, el Jūbi nuevamente realiza su técnica donde destruye algunas montañas creando una poderosa explosión la cual paso cerca de Naruto, en ese momento los shinobis de los distintos escuadrones empiezan a reunirse, en el cuartel Shikaku da instrucciones para atacar al Jūbi conjuntamente donde logran retenerlo gracias a técnicas en combinación Naruto alega que es el jutsu de la alianza Shinobi.

El Jūbi que había sido retenido, alcanza su segunda etapa, donde su aspecto cambia radicalmente y logra liberarse fácilmente ya que sus colas tienen unas manos para atacar a toda la alianza, este realiza unas bijūdamas en forma de cono que tienen como objetivo destruir el cuartel (cerebro) de la alianza, tras unas intentos donde destruye pueblos enteros, el Jūbi logra su cometido donde la alianza queda conmocionada, pero Shikaku logra transmitir su último plan para acabar con el enemigo. Madara y Obito transfieren las células de Hashirama para poder controlarlo, Obito logra que el Jūbi realice el Mokuton Sashiki no Jutsu donde una lluvia de estacas de madera, acaba con algunos de los shinobis, Naruto lanza algunos Rasenshuriken pero queda expuesto al ataque del Jūbi donde Hinata se interpone por salvarlo, pero Neji en el último momento recibe el ataque salvándolos, Naruto y Hinata al verlo herido de gravedad expresan sus sentimientos donde Neji recuerda las palabras de Naruto que lo liberaron, fianlmente el Hyuga muere en los brazos de Naruto, Obito alega que le repita las palabras sobre proteger a sus compañeros. Hinata logra hacerlo entrar en razón donde Naruto se pone de pie y se toman de las manos preparados para pelear.

La batalla entre Naruto y la alianza contra Madara, Obito y el Jūbi continua, donde los Uchiha realizar sus técnicas de fuego más poderosas, pero gracias al chakra de Kurama todos quedan a salvo pero Naruto poco a poco se va debilitando mas, no contentos Madara y Obito atacan nuevamente sin éxito alguno, pero ahora es el Jūbi quien se prepara para atacar donde eleva su poder a un nivel donde hasta el mismo Kurama le advierte a Naruto que se prepare, sin mas la poderosa bestia usa el Tenpechī una técnica en la que crea toda clase de desastres naturales: tornados, relámpagos, terremotos, inundaciones. Después de que culmina dicha técnica, la alianza aun sigue sin heridas pero es Naruto el cual ha salido herido y agotado, pero aun así este está determinado a proteger a todos y no romper los lazos con sus amigos, Obito que se acerca a Naruto es detenido por Kakashi y ambos son enviados a la dimensión de Obito, donde Kakashi al intentar atacarlo duda y es allí donde Obito le hace saber la verdad acerca de la muerte de Rin, Kakashi sorprendido recuerda como fueron los hechos, donde tras rescatarla, Rin pide ser asesinada por Kakashi ya que ella es la Jinchūriki del Sanbi y para que la aldea no sea destruida se interpone en el Raikiri de Kakashi. Por otra parte el Jūbi se prepara para realizar una nueva técnica

El Jūbi abre su boca y realiza una gigantesca Bijūdama de tamaño colosal, mientras que la alianza se resigna ya que al no tener el chakra de Kurama no son nada, pero Sakura es quien le infunde valor al decirles que todos son compañeros de Naruto. Shikamaru quien tiene un plan se comunica con Kitsuchi para que enseñe los sellos de el Jutsu muro de roca, el cual si es ejercido por toda la alianza podría desviar la técnica del Jūbi y con ayuda de Ino logran sincronizarse y levantar los muros, el hachibi también interviene al destruirse el último muro tratando de contenerla, y en el último momento la Bijūdama desaparece es entonces donde Minato hace su entrada al enviar la técnica al mar donde allí explota. Así mismo los demás kages llegan y enseguida se preparan para contener al Jūbi, Minato de repente se convierte en modo Bijū por lo que deja perplejo a los demás, Sasuke quien también llega a la batalla es mal recibido por sus antiguos compañeros, pero el alega que se convertirá en Hokage. Por otro lado los kages realizan una barrera especial Shisekiyoujin donde contienen al Jūbi, pero además Hashirama usa el Myoujinmon donde aprisiona cada cola de la bestia, Naruto que se ha recuperado se prepara junto con Sasuke para atacar pero Sakura se les une alegando que ella fue entrenada por una Sannin, es así como el equipo siete renace.

El segundo Hokage logra llegar a tiempo para salvar a Minato y los demás, donde rápidamente teletransporta un clon con dicha esfera hacia Obito para estallar con él, pero tras la explosión se revela que no sufrió ningún daño, cerca de allí, en otra parte Madara usa el Susanō para atacar a Hashirama, pero rápidamente el primer hokage contraataca usando técnicas del Mokuton, es entonces donde la batalla es exactamente como en el pasado pero Madara alega que esta ocasión el ganara la pelea que es observada por los shinobis de la alianza alegan que no pueden hacer nada para ayudar, sin embargo Shikamaru logra inspirarles valor y además de que ellos deben esperar el momento adecuado para atacar al enemigo. Naruto y Sasuke son ahora los que se ahora se lanzan contra Obito, pero Minato donde logran combinar el Fūton y en Enton a la perfección creando una nueva técnica, además de ello Tobirama se pone detrás de Obito y logra distraerlo y gracias a una teletransportacion combinada entre los dos kages el ataque de Naruto y Sasuke logra impactar en Obito, pero nuevamente Obito sale ileso, el segundo Hokage deduce que el Ninjutsu no tendrá efecto en él. Minato se lamenta de no haber acabado con él en el pasado pues las cosas hubieran tomado otro rumbo, tras escuchar a su padre ser insultado Naruto con ayuda de Tobirama logra impactarlo con un Rasengan, pues Naruto descubre que el Senjutsu si logra hacerle daño, Minato queda sorprendido por lo visto y además de que una figura parecida al Kyūbi le habla.

La alianza se arma de valor después de los recuerdos de Hashirama y Naruto, así todos se preparan para cortar al Shinju, por otra parte Naruto y Sasuke pelean contra Obito, pero este los esquiva fácilmente, Shikamaru quien es atendido por Sakura recibe nuevamente el chakra de Kurama y tras recordar el pasado de Naruto logra ponerse de pie. Los cinco kages que se dispersan por toda la zona dan la orden de atacar y cortar el árbol, es así como toda la alianza se vuelve una, El tercer hokage que observa a Orochimaru le pregunta si también va a colaborar, el sannin alega que lo hará ya que no permitirá que Obito Se salga con la suya, la alianza logra cortar algunas ramas del Shinju, Naruto y Sasuke empiezan a entender los movimientos de Obito y tras coordinar sus ataques parecen lograr darle, pero en el último momento Obito se protege y logra agarrar a Naruto y Sasuke donde los impacta contra el suelo, Obito nuevamente le pregunta a Naruto porque sigue luchando ya que la gente de la aldea lo miraba con desprecio, sin embargo Naruto al ponerse de pie responde que ese es su camino ninja, Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear.

El sabio de los seis caminos sigue afirmando que el chakra y espíritu de Ashura el menor de sus dos hijos ahora fluye dentro de Naruto, ante esto Naruto se percata de que el espíritu de Indra esta en Sasuke, en ese momento Naruto recuerda la ocasión en que les pidió a sus compañeros que él se encargara de Sasuke tras haber desertado y aliado con Madara. Además de estar hablando con Naruto el sabio a la vez esta contándole la misma historia a Sasuke sobre el origen del chakra. El sabio comenta que a través del tiempo el vio a las reencarnaciones de sus hijos luchar, además de que Madara está obsesionado en obtener el chakra de Kaguya y así realizar el Mugen Tsukuyomi, es por eso que el sabio le pide tanto a Naruto como a Sasuke detener a Madara antes de que sea demasiado tarde, en ese momento surgen el Shukaku, Gyuki y Kurama quienes fueron dados por Obito, y a continuación el resto de los bijūS emergen ante Naruto el cual alega que quiere proteger a sus amigos y conocidos, a continuación el sabio confía de ahora en adelante lo que pase a ellos y en ese momento ellos extienden su mano con la del Sabio. En ese momento ellos recuperan la conciencia, pero ambos tienen una marca en la palma de la mano, Naruto en la derecha y Sasuke en la izquierda. Por otra parte la pelea entre Madara y Guy continua en donde al ver a Madara de pie Guy des pues de su último ataque este decide realizar su técnica definitiva el Yagai, Madara se percata de que este será el último ataque, en ese momento Guy despide una gran cantidad de poder el cual toma la forma de un dragón rojo, sin mas Guy se lanza contra el con una tremenda velocidad y lo impacta directamente con una patada en donde la pierna derecha de Guy se destroza al igual que las costillas y parte del lado derecho de Madara para impactar contra el Shinju, cuando el ataque acaba el cuerpo de Guy esta quemado y pierna derecha desecha, mientras que Madara herido se recupera fácilmente, cuando Madara lo intenta acabar con una Godou dama aparece Naruto quien la repele fácilmente, además logra salvar a Guy e impedir que su chakra se extinguiese, Madara al ver a Naruto nota que algo ha cambiado en él, a lo cual Naruto responde que incluso el mismo está sorprendido por el poder que ha recibido.

Itachi ya es miembro de ANBU. Danzo le nombra comandante de un cuerpo especial para la aldea que no está vinculado directamente a Raíz; Al mismo tiempo, el clan Uchiha le encomienda espiar los movimientos de Konoha convirtiéndose en un doble agente. Se investiga el suicidio de Shisui e Itachi se convierte en el principal sospechoso. Días después, Itachi es enviado junto a sus subordinados a espiar una reunión del clan Uchiha, una vez finalizada, Itachi ordena a sus subordinados esperar en las sombras mientras se reúne con su padre en el santuario Nakano, ahí le revela a Itachi que también posee el Mangekyō Sharingan pero lo mantiene oculto por temor a que el clan insista mucho más en un golpe de estado. Al mismo tiempo, usando sus habilidades oculares muestra a Itachi el golpe de estado, el cual traería una masacre a la aldea si consiguiesen extraer al Kyūbi que está dentro de Naruto, por lo que le pide que se le una y así reducir el número de bajas. Itachi comprende los riesgos del golpe de estado y lo informa a los ancianos de Konoha y al Tercer Hokage; Danzo insiste en que el clan sea aniquilado. El Uchiha decide llevar a cabo el genocidio y para ello le pide ayuda a Obito. Itachi muestra a su padre el futuro de Konoha de no llevarse a cabo el golpe de estado y comprende la importancia de Sasuke en ese futuro, por lo que le espera en casa con Mikoto para voluntariamente ser asesinados, no sin antes hacerle prometer que cuidaría de su hermano. Luego de ello, Itachi se reúne con el Tercer Hokage, quien le agradece por todo lo que hizo por la aldea y le explica que es necesario que sea tratado como un desertor y su nombre incluido en el libro Bingo. En su salida, sus subordinados ANBU tratan de asesinarle pero son víctimas del genjutsu del Uchiha. Luego, se reúne con Obito quien lo introduce con todos los miembros de Akatsuki siéndole asignado a Jūzō Biwa como compañero.

Sasuke recuerda sus encuentros con Itachi, desde el momento en que regresó a Konoha para capturar al Kyūbi hasta su vuelta a la vida por medio del Edo Tensei, encomendándole nuevamente a la aldea y recordándole lo mucho que le ama. Los efectos de Tsukuyomi Infinito desaparecen y el equipo siete se prepara para la batalla contra Madara, quien afirma que ha acabado con las guerras ninja y creado el paraíso shinobi, convirtiéndose así en el salvador. Todo parece estar a favor de Madara cuando Zetsu Negro atraviesa el corazón del Uchiha y le explica que ha estado equivocado, pues no es el salvador y tampoco ese es el fin, sino que es un simple peón encargado de cumplir la voluntad de Kaguya Ōtsutsuki; le explica el engaño del que ha sido parte al haber mal interpretado el monumento de Rikudō Sennin (modificado antes por Zetsu negro) así como la verdadera intención del Tsukuyomi Infinito, que ya había sido utilizado en una ocasión por Kaguya, el cual, lejos de ser la herramienta para soñar con la paz mundial, es la técnica para acumular una cantidad gigantesca de chakra y que eventualmente todos aquellos atrapados en él, se convertirán en soldados de Kaguya, los Zetsus blancos. Madara comprende que ha sido engañado pero ya es muy tarde. Entretanto, Naruto y Sasuke tratan en vano de detener la transformación y terminan inmovilizados por el cabello de Kaguya mientras son testigos de su renacimiento.

Zetsu les relata la historia de Kaguya a Naruto y Sasuke, este se remonta a una época en la que no existía el chakra, los clanes ni las grandes aldeas. Una noche Tenji el líder de las tierras de "So" junto con sus soldados observan una misteriosa luz que se mueve en el cielo, el ordena seguir el paradero de dicha luz, al otro día traen ante el a una mujer la cual se hace llamar Kaguya y que es la guardiana del Shinjū, Kaguya se queda en la aldea de Tenji, algunos días después los líderes de las tierras de "Ka", se reúnen con Tenji para reclamar la posesión de un lago el cual el país de Ka quiere que se lo devuelvan por lo que a Tenji le dan algunos días para pensarlo. Esa noche Tenji sostiene una conversación con Kaguya la cual siempre contempla el cielo nocturno, al preguntarle si ella deseaba algo esta responde que la paz sin guerra. Durante los siguientes días personas de Ka atacan la frontera con el propósito de causar una guerra, Tenji ordena no contraatacar pues lo último que el quiere es la guerra, una noche le informan que todo el ejército de Ka está a punto de atacar por lo que Tenji parte enseguida a evitar una guerra y ordena que lleven a Kaguya a un lugar seguro, pero alguien le informa a los líderes de Ka que Kaguya esta en un templo, por lo que van en su captura, cuando los soldados de Ka llegan al templo asesinan a los soldados que protegían a Kaguya al verse acorralada masacra a algunos de los soldados de Ka, al otro día Suzaku uno de los líderes de Ka pide la cabeza de Kaguya por la muerte de sus hombres, Tenji al no creer en que Kaguya hiciera algo así va hasta el templo y observa los cuerpos, en ese momento ordena a sus hombres que maten a Kaguya pero esta rápidamente se dirige junto con Aino a donde esta el Shinjū, en el camino Aino muere por la flechas, una vez que Kaguya llega a la base del Shinjū, come del fruto e inmediatamente aparece el tercer ojo en su frente y acto seguido realiza el Mugen Tsukuyomi atrapando a todo el mundo.

Zetsu continúa su relato a Naruto y Sasuke, en donde principalmente les cuenta sobre los hijos que tuvo Kaguya con Tenji. Una vez adultos los hijos de Kaguya, Hagoromo y Hamura terminan por convertirse en intermediarios de su madre con el pueblo de las tierras de So, mientras que Gamamura un pequeño sapo, observa a Kaguya quien a su vez, observa continuamente al cielo. Unos hombres discuten por que uno de ellos recibe toda el agua de un río importante, ya que su campo se encuentra cercano al principio del río, y el flujo del agua se ha reducido repentinamente. Hagoromo decide ver que sucede río arriba y parte junto con Hamura, al lugar se encuentran con una roca gigante en donde Gamamura revela que ha sido el quien ha puesto la roca. Como en el lugar habitan osos salvajes, Gamamura aprovecha para demostrar que ha sido él quien ha puesto la roca derribando fácilmente a un oso, diciendo que sus intenciones eran provocar toda esa situación anterior para poder conversar con ellos. Gamamura le revela a Hagoromo y a Hamura que el gran árbol del Shinjuu está absorbiendo la fuerza y recursos naturales del planeta, así como la energía vital de las personas que lo habitan, para que ellos mismos corroboren su versión, Gamamura les aconseja que ellos mismos vayan a investigar el gran árbol del Shinjuu. Hagoromo nota que una mujer a quien aprecia, llamada Haori, se dirige al gran árbol del Shinjuu junto a otras personas para realizar la tradición del Shinjuu. Molesto, le pide a su madre Kaguya que elimine la tradición del shinjuu ya que nadie vuelve luego de la tradición, pero Kaguya lo reprende justificándolo por la llegada de alguien desde los cielos y vuelve a ausentarse. Hagoromo decide investigar el gran árbol del Shinjuu junto a Hamura, y en el lugar encuentran a un centenar de personas incluida Haori quien se encuentra sin vida en un capullo del Tsukuyomi, y al verla en ese estado Hagoromo despierta un Sharingan con tres aspas. Hagoromo decide visitar junto a Hamura a Gamamura, quien los lleva al país de los sapos, en donde les explica que se puede entrenar en dicho lugar para poder usar la energía natural llamada poder sabio. También, les cuenta toda la historia pasada de Kaguya desde una esfera de cristal, por lo que Hagoromo decide hablar con su madre pero antes le pide a Gamamura que le enseñe a usar el poder del sabio. Tiempo después, Kaguya le pregunta a Hamura sobre Hagoromo, pero este le miente causando la ira de Kaguya con este.

Hagoromo ha logrado dominar el poder sabio y se dirige donde Kaguya para discutir con ella sobre la tradición del Shinjuu. Kaguya lee la mente de Hagoromo y rehúsa detener la tradición del Shinjuu, enviando a Hamura poseído por la voluntad de ella para atacar a Hagoromo, pero agoniza por un ataque de Hagoromo, quien a su vez Hagoromo despierta el Mangekyo y el Rinnegan, aunque utiliza el poder sabio para curar a Hamura. Kaguya despierta el poder del árbol del Shinjuu en el Juubi, quien rápidamente ataca a Hagoromo quien utiliza el poder de Susano, varios meses después ambos logran sellar a Kaguya en el Chibaku Tensei, el cual termina por convertirse en la luna. Luego dividen el poder del Juubi en nueve bestias, las cuales Hagoromo criaría para que estas confíen y ayuden a las personas. Hamura recibió los pensamientos de Kaguya cuando era poseído por ella, por lo que decide estar cerca de ella viviendo en la luna. Sin embargo, Zetsu quien nació de la última voluntad de Kaguya, tuvo como único objetivo revivirla, al no poseer un poder significativo, decidió utilizar a las personas para obtener los elementos necesarios para revivir a Kaguya. Zetsu necesitaba al Shinjuu y el Tsukuyomi Infinito, el Shinjuu se había convertido en el Juubi el cual luego se dividió en las nueve bestias con colas, los cuales fueron dispersos por todo el mundo tras la muerte de Hagoromo. Para el Tsukuyomi necesitaba a un usuario del Rinnegan, y solo un Uchiha descendiente de Indra con las células de un descendiente de Ashura, ambos hijos de Hagoromo, conseguirían el poder del Rinnegan. Miles de años después, Zetsu conseguiría a un usuario del Rinnegan gracias a su manipulación a la tabla de la salvación de los Uchiha hecha por Hagoromo, la cual terminó por instar a los Uchiha a intentar despertar el Rinnegan y usar el poder del Tsukuyomi. Madara Uchiha consiguió el poder del Rinnegan luego de morder el brazo de Hashirama y usando el Izanagi cuando fue derrotado por este, implantó las células del brazo de Hashirama en sus heridas despertando el Rinnegan, invocando a la estatua demoníaca la cual es el esqueleto del Juubi sin fuerzas y a la vez soltando accidentalmente a los Zetsus blancos, creyendo Madara que eran su creación por una astucia de Zetsu negro. Zetsu llevó a crear a Akatsuki para crear la guerra shinobi, y guió a Kabuto a encontrar el cadáver de Madara para que Obito se viera obligado a colaborar con este y así llevar todos los sucesos de la cuarta guerra shinobi según lo planeado por Zetsu.

Hagoromo le cuenta a los Hokage del inicio del Ninshu, contándoles su historia desde que sello a su madre Kaguya. Seguido de este suceso, Hagoromo se encuentra con Gamamura, a quien le informa que recorrerá el mundo pagando sus pecados, ayudando a las personas, y enseñado su poder para el beneficio de la humanidad. Antes de partir, Gamamura le revela uno de sus sueños premonitorios, en el que un niño de ojos azules dominaría al Kyubi y lo llamaría por su nombre. Hagoromo parte en su viaje donde se encuentra con un puente roto, producido aparentemente por la batalla entre el y su madre, por lo que decide repararlo sin el uso de sus poderes. A un costado del puente, habita un ladrón que vive de el para robar a las personas que no lo pueden cruzar. Hagoromo comienza a repararlo usando su ingenio, pero es reprendido por el ladrón ya que según el, arruina su fuente ingresos. Hagoromo demuestra su poder al ladrón, quien le teme y decide ayudarle a reparar el puente con la intención de destruirlo una vez que Hagoromo se haya ido. Muchas personas al ver la buena obra del ladrón, comienzan a ayudarlos a reparar el puente, y una vez terminado, el ladrón rehúsa a destruirlo ya que el agrado de ver tantas personas contentas con algo bueno que el hizo, causó en su interior el gozo de volverlo a hacer. Hagoromo continúa en su viaje, y el ladrón le sigue al no tener más que hacer. Al llegar a otro puente roto, se encuentran con otro ladrón, repitiendo el proceso anterior. Luego de repetir la misma labor en varios lugares, teniendo varias personas siguiéndolo, Hagoromo haría de estos sus discípulos, a quienes les enseñaría el Ninshu. A la vez, Hagoromo distribuyó a las bestias con cola por todo el mundo. Luego, Hagoromo tendría dos hijos, Indra y Ashura, pero un ser maligno estaría por encender el odio en uno de ellos.

Indra y Ashura crecieron con un poder oculto dentro de ellos, e Indra comenzaría de temprano a sacar a relucir dicho poder. Hagoromo era capaz de crear jutsus sin la necesidad de realizar sellos con sus manos, siendo el único en poder lograrlo. Indra comenzaría a investigar junto a su hermano los libros escritos por su padre Hagoromo, en el cual relata los secretos del Ninshu. Más tarde, Indra lograría inventar el sello de manos para crear jutsus, quien a diferencia de Ashura, no lograría leer la cantidad de su hermano al no comprender los libros escritos por su padre. Luego, Ashura saldría con sus amigos para cazar un jabalí, mientras que Indra se iría solo a entrenar el Ninshu. Mientras estaba solo, Indra fue seguido por Zetsu negro, quien le revela que está al tanto de su poder, y que para sacar al máximo su potencial, uno de sus seres queridos debiese morir. Indra comprende que Ashura está en peligro, apresurándose para encontrarlo sano, mientras que Ashura es atacado por un jabalí anormal con excesos de poder. El jabalí logra matar al perro de Indra y Ashura, quien al ver la muerte de su perro, asesina al jabalí con un jutsu de elemento rayo. Ashura le trae el cuerpo de su perro muerto a Indra, quien despierta el Sharingan con dos aspas. Al pasar el tiempo, Indra sería persuadido por Zetsu, quien comenzaría a alabar su poder por sobre los demás, naciendo cierta soberbia dentro de Indra, mientras que Ashura escucha los comentarios de los discípulos de su padre hablando del inmenso poder de Indra, en comparación al fracaso de sus poderes. Ashura intenta convencer a Indra de ser más flexible con los discípulos, pero Indra rechaza serlo, quienes son vigilados de cerca por Zetsu.

Ashura reconoce que Indra ha cambiado su forma de ser, pero antes de terminar la idea, un hombre le pide ayuda para que use el Ninshu y así derribar unos cuantos árboles para crear un camino más corto a los campos. Ashura ayuda al hombre cortando todos los árboles, aunque más tarde, Indra acusa al hombre que fue ayudado por Ashura, ya que vendió los árboles para su beneficio cuyo recurso natural es del bien de todos los aldeanos, aunque pide perdón a Ashura ya que vendió los árboles para ayudar a su madre enferma. El hombre es acusado y encarcelado en una cueva, pero Ashura no es castigado al no saber las verdaderas intenciones del hombre. Ashura va a la cueva y libera al hombre, pero Indra lo sigue y lo ataca por su desobediencia. Al día siguiente, Hagoromo debe escoger a sus sucesor, pero al ver que Indra es demasiado poderoso pero tirano, a diferencia de su hermano que es débil pero piadoso, decide ponerlos a prueba y enviarlos a dos pueblos que albergan bestias con colas, para que dirijan al pueblo y quien arroje mejores resultados será su sucesor. Ashura e Indra se dirigen a sus respectivos puntos de trabajo, al separarse, el hombre que liberó Hashura le sigue para ayudarlo. Al llegar a la aldea la cual se encuentra en medio del desierto, sienten hostilidad debido a recurrentes ladrones que saquean la ciudad, pero al curar a una mujer herida, le dejan entrar. La mujer herida le pide a Ashura que cure a su madre enferma, pero no logra curarla notando que en la aldea hay decenas de muertos a su alrededor, por lo que se dirigen junto a la mujer a un árbol en un gran monte, y al adentrarse en el encuentran rasgos del Shinju.

Ashura se da cuenta que el árbol del monte está matando a los aldeanos, ya que está reviviendo el Shinju en él, por lo que debe destruirlo. Al consultarle al líder de la aldea, este le pide que no lo haga, ya que antes de nacer ese árbol decenas de años antes, la aldea era un desierto duro sin recursos donde la gente moría constantemente. Ashura decide convencer a los aldeanos de destruir el árbol y hacerles notar el peligro de su existencia, pero todos comienzan a lanzarle piedras. Ashura recuerda que su padre no le impidió usar el Ninshu para solucionar los problemas de la aldea, pero por otra parte, Indra ya ha vuelto donde Hagoromo con resultados, pero no decidirá a un sucesor hasta que estén los dos con él. Ashura al ver que la gente dependía del Shinju para subsistir, al ver que a la vez era un cáncer para ellos, Ashura decidió cavar un pozo para sustraer agua para mantener la tierra, y así poder destruir el árbol. Los aldeanos vieron el esfuerzo de Ashura y decidieron ir en su ayuda, además le pidieron que le enseñara el Ninshu. Luego de un largo trabajo, Ashura logró sacar agua del pozo creando un gran lago y ríos que rodearon la aldea, y así pudo destruir el árbol con el permiso del líder. Luego de un año, Ashura vuelve donde Hagoromo y le cuenta los sucedido, pensando que Indra ya era el sucesor, pero Hagoromo ha tomado una decisión.

Hagoromo finalmente decide que Ashura será el sucesor del Ninshu, ante esto los presentes quedan sorprendidos, Indra exige una explicación de por qué el no fue el sucesor, Hagoromo le explica que debido a que como Indra realizó todo el trabajo solo, los aldeanos se pelearon por el agua y la aldea desapareció, mientras que Ashura decidió trabajar y aceptar la ayuda de los demás para solucionar el problema. Indra se retira junto con dos de sus seguidores los cuales quedan inconformes con la decisión de Hagoromo. Esa noche en la aldea se realiza una pequeña celebración, pero Ashura decide hablar con Hagoromo sobre su decisión, Hagoromo le explica que debido al poder del Sharingan de Indra, este ya no comprende a las personas, por lo que ya no sabe el significado del Ninshu, Hagoromo al ver que Ashura no había cambiado le confía su poder. En ese momento sucede una explosión a las afueras de la aldea, se trata de Indra el cual ha despertado el Susanō, furioso nuevamente exige saber porque no fue el sucesor del Ninshu, Hagoromo le explica que la base del Ninshu recae en el amor y de comprender los corazones de los demás mas no en el poder, sin embargo Indra cree que los débiles deben someterse ante el poder, Ashura trata de convencer a su hermano de que se detenga, pero todo es en vano ya que Indra activa el Mangekyo Sharingan y tras ello logra formar al Susanō perfecto. Ashura ataca al Susanō pero sus ataques no tienen efecto alguno, Hagoromo le pide a los aldeanos unir sus fuerzas y acatar al tiempo pero ni aun así logran hacerle daño, Indra decide acabar con todos con la espada de Susanō y en ese momento Ashura logra proteger a todos gracias a las Godou Damas, ahora Hagoromo le pide a todos ayudar a Ashura uniendo sus corazones, como resultado Ashura recibe el Chakra de todos y así realizar el Mokuton: Shin Shusenju, con el cual logra obtener la victoria. Años más tarde Hagoromo, que está a punto de morir, le confía todo a Ashura, ya que Indra no descansara hasta acabar con el Ashura y el Ninshu. Hagoromo termina su relato diciendo que las almas de sus hijos posteriormente siguieron reencarnado y luchando, el odio creció más y más. Ahora el sabio les pide a los Hokages que deben ayudar a Naruto y Sasuke.

Naruto, Sasuke y Sakura se proponen a hacer lo que sea para conocer el verdadero rostro de Kakashi, casualmente un fotógrafo llamado Sukea, el cual anteriormente fue un ANBU, les ofrece su ayuda, así les propone encontrar la ficha con que Kakashi se registró en la academia. Cuando están a punto de observar su rostro los ANBU les detienen. Luego, Sukea les propone invitarlo a comer y en momento en que Kakashi se quite la máscara, le fotografiará, casualmente, Akamaru se interpone en la secuencia de fotos. Finalmente, el equipo siete decide pedir ayuda a los demás gennin, y gracias al trabajo en equipo logran capturar a Kakashi gracias al Kagemane no Jutsu de Shikamaru; nuevamente todo se echa a perder cuando el equipo de Guy aparece y la posesión de sombras con Kakashi es anulada. Naruto y los demás deciden darse por vencidos junto con Sukea quien se despide de ellos; al final, se revela que Sukea era Kakashi el cual había cambiado su aspecto para que no lo reconociesen.

Mientras Óbito muere a causa del Tomogoroshi no Haikotsu recuerda varios de los momentos que marcaron un antes y un después en su vida. En esos instantes, Sasuke al recuperar el poder de su ojo izquierdo inicia su ataque contra Kaguya, quien inmediatamente cambia a la primera dimensión para moverse con facilidad y recuperar más rápido su chakra. Óbito insta a Naruto a mantenerse en el camino ninja que ha elegido no importando las dificultades, al mismo tiempo que le dice que esta seguro que logrará convertirse en Hokage, dicho esto, se convierte en cenizas. Zetsu negro se burla de la muerte de Óbito lo cual no agrada para nada a Naruto e incorporándose a la batalla, en un solo movimiento, corta el brazo izquierdo de Kaguya en el cual se encontraba Zetsu. Finalmente, Óbito despierta en el otro mundo y se reúne con Rin, ella le dice que le ha estado esperando mientras él se disculpa por no haber cumplido su promesa, a lo que ella responde que sabe que se esforzó mucho y que todo ese tiempo le ha estado observado.

Los Hokage se dirigen al mundo puro luego de haber sido liberados del Edo Tensei. Los Bijuu hacen planes sobre volver a sus hogares, al mismo tiempo Hagoromo comenta que lo único que resta es deshacer el Tsukuyomi Infinito. Sasuke no piensa exactamente como los demás, tiene planeado iniciar una revolución y para ello en primer lugar se encargará de los cinco Kages, al mismo tiempo, de un vistazo captura a todos los Bijuu y los sella utilizando el Chibaku Tensei.

Sasuke justifica su punto de vista acerca de lo que significa ser un Hokage y su plan para llevar a cabo la revolución ninja. Naruto contraargumenta tal posición haciéndole ver al Uchiha que se encuentra equivocado al momento de interpretar ciertas situaciones, así como los ideales por los que luchó su difunto hermano; sin embargo, al no llegar a ningún acuerdo entre si, la inminente batalla da inicio y a medida transcurre, su intensidad aumenta.

Naruto y Sasuke hacen uso de sus técnicas más poderosas a tal punto que han modificado la geografía del lugar, como consecuencia, han agotado casi todo el chakra con el que cuentan, por lo que ambos no tienen más remedio que batirse a puño limpio; la batalla se prolonga hasta el atardecer, ninguno quiere darse por vencido.