大戦に備え、リーの八門遁甲（はちもんとんこう）を強化する修業に付き合うテンテン。テンテンが放った金属人形を持ち上げるべく、滝つぼに飛び込むリーだが、なかなか水面に浮上してこない。「さっさと上がってきなさいよ、リー！」仲間の力を信じ、声の限りに激励するテンテン。滝つぼを見つめるテンテンの脳裏には、少女時代に描いていた夢と、努力と熱血で走り続けたこれまでの日々が蘇っていた。

――ときはさかのぼり、木ノ葉隠れの里の長が、四代目火影だった頃。四代目火影・ミナトとその妻・クシナの間には、まもなく子供が生まれようとしていた。だがこの出産は、喜びと同時に大変な危険が伴うものでもあった。出産が迫ったある日、クシナは、三代目火影・ヒルゼンの妻に案内され、里から少し離れた場所に移動させられる。そして厳戒態勢の中、夫・ミナトに付き添われ、出産へとのぞむことになるのだが……。

ときを同じくして、木ノ葉隠れの里に不吉な影が近づいていた――。

ナルトを守り抜いた土影たちだったが、ヤマトが敵の手に捕らえられてしまう。外の事が気になり始めるナルトだが、ビーの機転により、尾獣のチャクラコントロールの修業に集中し始める。

一方、マダラの居場所を突き止めた忍連合軍は先手を打つため、各部隊に召集をかけ大勢の忍たちを一つの場所に集結させる。マダラ率いる“暁”も大量の白ゼツを用意し、手だれの忍たちを穢土転生で蘇らせ戦いの準備を進めていた。

準備の整った、忍連合軍と“暁”。ついに、第四次忍界大戦の戦いの火蓋が切られようとしている…！

穢土転生部隊との戦いを繰り広げる奇襲部隊のカンクロウやサイたちの前に蘇ったサイの兄シンが立ちはだかる。傀儡使い同士カンクロウはサソリと戦い、サイは不死身のシンの体を利用したデイダラの爆弾攻撃にかつてない怒りを見せる。戦いのさなか、サイの絵を見て少年時代を思い出すシン。幼い頃から生活を共にさせ兄弟のように育ててから、最後に殺し合いをさせて感情を殺す「根」のシステムの中で生きてきたサイとシンの過去が語られる。

海沿いの戦場ではダルイ第一部隊と数百もの白ゼツたちがダルイの放った嵐遁の術を合図に一斉に戦いを始める。無数のクナイが飛び交う中、大量の白ゼツに紛れて蘇った木ノ葉の忍ダンや日向ヒザシ、アスマたちが襲いかかってくる。かつて知り合いだった者や因縁のある者同士チョウザはダンとアスマを、日向ヒアシは日向ヒザシを迎え撃ち戦場が混沌と化していく中、さらに追い討ちをかけるように最強最悪の大罪人、金角銀角兄弟が立ちはだかる！

戦場へと走るナルトとビーの前に、二人を止めるため綱手と雷影が現れる。ナルトを行かせてやってくれと雷影を説得するビー。皆が死んで自分だけ生き残っても意味がないと自分の思いをぶつけるナルト。がしかし、行かせるくらいならばお前を殺す！と繰り出す雷影の拳を、ナルトをかばってビーが受け止める。ぶつかり合う二人の拳。“拳を合わせてもオレの心が読めなくなっちまったのか？”と言うビーの言葉に雷影は、二人が出会った頃の事を思い出す。

風遁を駆使して三代目雷影と戦うテマリ。雷遁を使う三代目には風の忍術が有効なハズなのだが、いくら攻撃してもダメージを与えられない。テマリはかなりの風遁使いなのだが、雲の忍・ドダイはさらに強力な風遁使いがいなければ勝目はないと言う。その場にはテマリ以上の使い手はいないのだが…そこに突如、ナルトが駆けつけた！ナルトの得意技“螺旋手裏剣”は風遁系の中でも超強力忍術！果たしてナルトは、三代目雷影の動きを止める事ができるのか！？

ナルトたちはヨタとの思い出を完全に思い出した。しかし、それは悲しい思い出――子供の頃、ナルトやシカマルたちと仲良くなったヨタだが、敵のスパイだと疑われ里の大人たちに捕まってしまう。ナルトたちはそれを何とか助け出しヨタを安全な場所まで逃がそうとするが、激しく流れる川がそれを拒む。意を決し川に飛び込むナルトたち。しかし、激しい流れに足を取られ溺れてしまう。…その時、ヨタの命懸けの行動により逆にみんなが助けられたのだった。

ナルト・キラービーの二人と、穢土転生で蘇った人柱力六人との戦いが始まる！人柱力の六人はそれぞれ一人でも高い戦闘力を持っている上、輪廻眼で視界が繋がっている強敵。ビーは素早い動きで背後から攻撃をしかけるが、ことごとくよけられてしまう。しかし、かつて戦ったペイン六道が黒い受信機で操られていたことをナルトは思い出し、受信機を見つけて破壊する作戦を打ち立てる。果たして、ナルトとビーは人柱力たちの動きを止める事ができるのか！？

突如マダラの体を貫く黒ゼツ。マダラから現れた大筒木カグヤ（おおづつき　かぐや）。ナルトとサスケに自分の力を分け与えた六道仙人・ハゴロモの母であるカグヤのその力は絶大で、瞬時にしてナルトたちを溶岩地帯へと瞬間移動させる。六道の力を持つナルトとサスケしかカグヤを封印することはできないのだが、カグヤの強力な力の前に成す術なく、二人は黒ゼツに捕まってしまう。そして黒ゼツはカグヤの真実とこの世界の成り立ちを語り始める。果たして黒ゼツの正体とは！？