Naruto pierde la razón en favor de la ira y es poseído gradualmente por el espíritu del zorro de nueve colas. Arrinconado y sin poder usar su jutsu, Deidara se dispone a hacerse explotar junto a los ninjas de la Villa Oculta de la Hoja.

Yamato decide hacer un simulacro de lo que pasará y deberán hacer en el Puente del Cielo y la Tierra. Así, de esta manera, verá como pelean y conseguirá que mejoren el trabajo en equipo. Una vez acabado el simulacro; Sai, que es quien logra capturar a Yamato, consigue volver enfadar a Naruto, al haberle apresado con una técnica suya. Éste, se lo echó en cara, y como siempre, Sai se comparó con Sasuke y lo ridiculizó. A pesar de esto, Naruto, dijo que estaría dispuesto a formar equipo con él, tan solo, para poder rescatar a su amigo.

Después de que Naruto supiera que él fue que atacó a Sakura, Yamato le dice a Naruto que si quiere rescatar a Sasuke y proteger a Sakura tendría que dejar de depender del chakra del Kyūbi. Mientras, Kabuto limpia sus instrumentos de medicina y Sai se da cuenta que perdió el libro de su hermano; Sakura empieza a leer el libro de Sai y llama a Naruto y a Yamato y ven que el libro de Sai narra las victorias de dos personaje de cabello negro y otro de cabello blanco, luego Naruto se da cuenta que el personaje de pelo negro es Sai y del cabello blanco su hermano. Más tarde, Kabuto, Sai y Orochimaru entran a la guarida sin saber que un clon de madera de Yamato los siguió y con el comunicador le avisa al verdadero Yamato, Sai logra ver a Sasuke mientras este le reprocha a Orochimaru por llegar tarde.

Naruto está soñando y observa como ráfagas de viento golpean a muchas personas y de un momento a otro se observa a un joven el cual tiene una mano vendada, para después pasar al zorro de Kyūbi que esta atacándolos y luego despierta. Luego Sakura visita la biblioteca y se encuentra con Sai que este busca información de cómo relacionarse con la gente y cómo tratarlos, mientras Sakura le pregunta que lee. Después se reúnen con Naruto que se asombra que Sai esté ahí y se dirigen a visitar a Kakashi. Ellos tratan de informar a Kakashi lo ocurrido en la misión pero este les dice que Yamato le ha puesto al tanto de todo y les recalca que necesitan hacerse más fuertes para poder recuperar a Sasuke. Ellos se preguntan el cómo se pueden hacer tan fuertes en tan poco tiempo y Kakashi le dice a Naruto que tiene que realizar un entrenamiento especial y que puede llegar a convertirse en un ser más poderoso que Kakashi. Cuando este le iba a decir que tipo de entrenamiento era, entra Asuma con Shikamaru, Chōji e Ino que se admiran al ver a Sai; Ino queda encantada con él. Asuma les ordena ir a comer barbacoa porque él necesita platicar con Kakashi y hasta a Shikamaru le ordenan retirarse, este regresa para hablar con ellos. Luego en el restaurante, Sai aplicando lo que aprendió en la biblioteca elogia la belleza de Ino, causando la furia de Sakura. Al final Sai le intenta decir gordo a Chōji, lo que causa una pelea entre todos.

Asuma Sensei le reporta a Tsunade los estragos que hubo en una aldea provocados según el por el país de la lluvia, y después, el joven monje Sora conoce a Tsunade (de una manera muy peculiar) y le revela a Naruto la triste historia del pasado de su padre al que considera como héroe pero su pueblo lo considera como alguien que merecía morir, después de los problemas que tuvo Sora para adaptarse a Konoha con Akamaru y Kiba, Chōji y Rock Lee, Naruto le pide a Asuma que le muestre a Sora sus técnicas de viento y mientras Sora y Naruto entrenan para lograr dominar más sus poderes de viento, Furiido y sus secuaces atacan una aldea del clan Kohaku para el "bien" del País del Fuego.

Sora esta descontrolado, no entiende nada de lo que Naruto y los demás intentan decirle mientras pelean contra el. Mientras que Fūriido y Asuma siguen peleando, Chōji, Shikamaru, Kiba y Akamaru atacan a Sora, pero es imposible, así que deciden dejarle el trabajo a Naruto, quien al acercarse a Sora, el chakra de Kyubi, se traspasa también al cuerpo de Naruto. Cuando Sora consigue sacar las cuatro colas, Naruto se niega a sacarlas también, mientras que hay un enfrentamiento entre el y el Kyubi, por suerte consigue quitarse el chakra del Kyubi de encima, gracias a su fuerza de voluntad, mientras que Sora, esta apunto de convertirse en nada más y nada menos que el mismísimo Kyubi.

El escuadrón Asuma sigue combatiendo contra Hidan, que ha comenzado su ritual Jashin y a herido a Asuma. En el último instante, cuando Hidan estaba por asesinara al Sarutobi, Shikamaru logra atraparlo con su Jutsu y lo saca del círculo del ritual.

Continúa la batalla entre Shikamaru y Hidan. Shikamaru muestra que el escenario había sido preparado por él antes de la pelea y ataca a Hidan con cientos de sellos explosivos. Naruto finalmente muestra su nueva técnica Fūton Rasen Shuriken y se dispone a atacar a Kakuzu.

Sakura interrumpe a Naruto en su entrenamiento para que puedan partir. Mientras tanto, los subordinados de Guren atacan al equipo de búsqueda separándolos, en una clara ventaja, se retiran tras descubrir la técnica que preparaba Shino. Ya habiendo analizado las habilidades de los enemigos, Guren se prepara para atacar.

Hinata, Sakura y las demás, logran formar el sello, mientras un miembro de Akatsuki las espía, los insectos de Shino están listos, y ahora son invulnerables al ataque de Guren, mientras Lee, Ten Ten y Kiba con Akamaru logran vencer fácilmente a los esclavos de Orochimaru.

El Equipo de sellado se dispone a contener el tres colas otra vez, y decide a Sai tomar Yukimaru en algún sitio la caja fuerte, pero él es atacado por los hombres de Kabuto. Rinji los encuentra, pero ellos deciden no trabajar para Orochimaru más. Ellos de repente comienzan a sufrir efectos secundarios de sus poderes, y Rinji les da un antídoto después de la fabricación de ellos promete no traicionarlo. El Equipo de Sellado es atacado por los hombres de Rinji, pero es defendido por Kakashi, Yamato y Shino. Rinji hace a Yukimaru comer más píldoras para controlar al Sanbi.

Gozu rescata Guren y Yūkimaru, que ha perdido su capacidad de controlar el tres colas,. Tsunade ordena a los equipos volver a Konoha para reagruparse debido a sus heridas y porque Orochimaru no es capaz de controlar la bestia, y envía ANBUs para mantener el lago. Tobi y Deidara vuelven al lago, y después Deidara mata a los miembros de ANBU, los dos Akatsuki capturan fácilmente al Sanbi.

Hanzö en medio de la batalla nombra a los tres nijas "Los Sannin Legendarios", un nombre puesto desde esa guerra.Abatidos por la lluvia los tres ninjas se regocijan en un lugar seco llegando tres niños que piden comida, después que se les da, estos siguen a los Sannin, Orochimaru determina matar a los huérfanos pero Jiraiya pide encargarse de ellos. Viviendo juntos con Konan, Yahiko y Nagato, un día son atacados por un ninja pero Yahiko es salvado por Nagato, el Sannin ve en sus ojos el Rin'negan. Enseñándoles todas su técnicas después de tres años tiene que retirarse ante la tristeza de sus aprendices.

Itachi comenta que Madara Uchiha es el otro del clan que vive, pero este no cree las palabras de su hermano, la cual Itachi le muestra el pasado, la crueldad del clan Uchiha. Madara Uchiha y su hermano habían activado el Mangekyou Sharingan pero la desventaja era la ceguera que provocaba esta; la cual Madara extrae los ojos de su hermano para poder ver, así llegando a pelear contra el líder del clan Senju, el Primer Hokage, y ser aquel que mandó al Kyubi a Konoha hace 16 años.Itachi muestra los deseos de quitarle los ojos a Sasuke ya que este también muestra los estragos del Mangekyou Sharingan. La pelea inicia, Itachi muestra más poder que su hermano menor, propinándole golpes y patadas, dejándolo a Sasuke a merced de ser despojado de sus ojos.

Los bandidos ninjas tienen una reunión con su jefe sobre el jutsu prohibido. En otra parte del equipo 7 intentan con Hotaru para que ellos sean sus guardaespaldas, hasta que llegan a su aldea. Después de ver el pasado, Utakata despierta, se encuentra con los bandidos ninja y lucha contra ellos hasta que está acorralado. El Equipo 7 finalmente llega al pueblo de Hotaru y la dejan a su cuidado.

Shikamaru, Naruto y Shino aún siguen descifrando lo que Jiraiya escribió antes de morir, Naruto se da cuenta que el 9 es un Katakana de ta, y deciden buscar los libros cuales tenga el ta, Kakashi aparece en el momento adecuando con el Libro "Tácticas de Seducción", con la gran ayuda a Kakashi le hacen hablar a la fuerza lo que está escrito en la página 31, causándole a Kakashi una gran vergüenza, la cual llega un conclusión que el verdadero Pain no está entre ellos. Naruto ahora decide ir a entrenar con los maestros de Jiraiya, para alcanzar el Senjutsu.

Konohamaru y sus amigos ven como Konoha es destruida por una invocación, pero el confía en Naruto. Konohamaru escucha unos gritos y ve que un Pain está atacando a dos ninjas, el genin decide escapar pero se golpea con un poste, percatándose de su presencia el enemigo. Cuando se dirige hacia Konohamaru, aparece Ebisu. Ebisu no es rival para Pain (Jigokudō). Konohamaru no sabe que hacer. El cuerpo de Pain agarra a Ebisu y pregunta el paradero de Naruto, pero este recuerda que es un gran ninja de Konoha. Konohamaru al escuchar las palabras de su maestro decide luchar contra Pain-Jigokudō- que también derrota a Konohamaru, cuando está por acabar con el ninja, se da cuenta que es un clon, Konohamaru aparece y ataca con un Rasengan.