Kurama sigue recordando como Naruto nunca se dio por vencido en sus múltiples batallas como contra Pain y la conversación con Nagato, Naruto el cual esta inconsciente despierta y trata de salir de la boca de Son Goku, mientras que el Hachibi ayuda en su escape, Naruto usa sus clones lo que hace que Son Goku lo vomite una vez fuera Naruto observa que la barra con la que Tobi los controla se aloja en el cuello, así se lanza con intención de liberar al Bijū. Sakura y Shizune dejan el centro médico y se marchan al campo de batalla. Naruto una vez que encuentra dicha barra intenta sacarla con todas sus fuerzas pero Tobi alega que las cadenas son más fuertes que las del Gedo Mazo y además ata y absorbe las energías de Naruto, mientras que un clon aún dentro del Bijū, usa el Modo Ermitaño y dentro del esófago de la bestia localiza la barra y la golpea desde adentro sacándola. Así Son Goku es liberado.

Itachi una vez que logra retener a Kabuto en el bucle infinito se prepara para liberar el Edo Tensei, Sasuke pregunta como hizo tal cosa a lo que la respuesta es que el Izanami utiliza los sentimientos del usuario y el oponente, pero aun así el usar tal técnica significa perder la perdida del Sharingan, Itachi confirma que hay una manera de escapar del Izanami, pero antes le revela las luchas del clan Uchiha a Sasuke y el surgiminiento de dicha técnica prohibida para contrarrestar el Izanagi el cual era usado para cambiar los resultados a los que el usuario le beneficiara mas, pero esto genero conflictos internos entre quien debería ser el líder del clan y los que deberían usar el Izanagi por lo que hubo masacres y es allí donde surge el Izanami donde para poder escapar del bucle el oponente deberá asumir su futuro según sus acciones (es decir aceptar su realidad), a lo que Sasuke aprende que esas luchas son una reflexión a aceptar el destino. Itachi le comenta a Sasuke que Kabuto se parece a él y teme fallar en sus metas por eso lanzo el Izanami a propósito, y la lucha de este con Kabuto en el bucle continua. Itachi finalmente detendrá el Edo tensei donde le abre los ojos a Kabuto para saber los sellos usando el Tsukuyomi a lo que Sasuke sabe que el también desaparecerá pero Itachi sabe que podrá acercar el fin de la guerra. La segunda noche ha caído.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

Hashirama decide obedecer a su padre y obtener información del clan Uchiha, así que cuando se encuentra con Madara al otro lado del rió deciden intercambiarse rocas como de costumbre, pero al mirarlas ambos se percatan de que todo es una trampa, en ese momento aparecen los padres de ambos y empiezan a luchar incluidos Tobirama e Izuna, pero Hashirama y Madara logran detener la batalla pero ya sabiendo a que clan pertenecen su amistad se rompe, allí Madara logra despertar su sharingan y le alega a Hashirama que ahora son rivales puesto que en cada clan ha habido bajas por parte del otro. Pasados algunos años los enfrentamientos entre ambos clanes continúan donde Hashirama y Madara ahora son los líderes de sus respectivos clanes allí, en un enfrentamiento Izuna es herido de gravedad por Tobirama, es cuando Hashirama decide hacer un trato de paz con Madara pero este se rehúsa, pasado algún tiempo Madara decide tener otro enfrentamiento con Hashirama, ahora con los ojos de su hermano Madara que usa el Susanō lucha pero tras aun así no puede ganarle a Hshirama que usa el Mokuton y tras un día entero Madara cae agotado donde Tobirama piensa darle el golpe final, pero Hashirama lo detiene, Madara alega que la única opción de paz es que Hashirama asesine a su hermano o se suicide, por lo que Hashirama decide acabar con su vida pero en el último momento es detenido por el mismo Madara, y es allí donde Madara decide aceptar el trato de paz y fundar la aldea.

Part 2 of a special two-part extra edition! The townspeople are going about their daily business on the streets of the Leaf Village when someone suddenly appears and starts sending them flying!

La alianza se arma de valor después de los recuerdos de Hashirama y Naruto, así todos se preparan para cortar al Shinju, por otra parte Naruto y Sasuke pelean contra Obito, pero este los esquiva fácilmente, Shikamaru quien es atendido por Sakura recibe nuevamente el chakra de Kurama y tras recordar el pasado de Naruto logra ponerse de pie. Los cinco kages que se dispersan por toda la zona dan la orden de atacar y cortar el árbol, es así como toda la alianza se vuelve una, El tercer hokage que observa a Orochimaru le pregunta si también va a colaborar, el sannin alega que lo hará ya que no permitirá que Obito Se salga con la suya, la alianza logra cortar algunas ramas del Shinju, Naruto y Sasuke empiezan a entender los movimientos de Obito y tras coordinar sus ataques parecen lograr darle, pero en el último momento Obito se protege y logra agarrar a Naruto y Sasuke donde los impacta contra el suelo, Obito nuevamente le pregunta a Naruto porque sigue luchando ya que la gente de la aldea lo miraba con desprecio, sin embargo Naruto al ponerse de pie responde que ese es su camino ninja, Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear.

Obito quien se encuentra sin fuerzas, finalmente entiende la razón por la que Nagato lo traicionó, tras meditar en las palabras de Naruto y en como el nunca retrocede en sus palabras y recordar su pasado, Obito decide realizar el Gedō Rinne Tensei y revivir a los shinobis muertos durante la guerra, mientras que Madara finalmente es inmovilizado por Hashirama, resta sellarlo por lo que Sai se apresura y terminar con Madara, pero este le da las gracias a Naruto por haberle quitado los Bijūs a Obito. Cuando Obito intenta realizar la técnica, Zetsu negro aparece y toma control de su cuerpo y es Madara el que logra hacer el cambio, inmediatamente las marcas del Edo Tensei desaparecen en el y el Rinnegan se desvanece, mostrando que ahora posee un cuerpo real, en ese momento Sasuke lanza el Amaterasu en Madara sin hacerle ningún daño, y tras quitarse la armadura Madara inmoviliza a Hashirama y le roba el Senjutsu, el cual aparece en el pecho de Madara, aun sin poder ver, Madara logra atacar a Naruto y Sai en incluso esquivar los ataques de Sasuke, ahora Madara quien tiene sus poderes del pasado se prepara para capturar a los Bijūs.

La segunda prueba del examen Chunnin comienza, los equipos tienen tres días para obtener el pergamino que les hace falta, el equipo de Shira observa desde lejos al equipo de Neji y los ponen en un Genjutsu, Lee tras descubrir que están corriendo en círculos rápidamente se percatan y se liberan, poco después el equipo de Lee alcanza a Shira y sus compañeros, pero tras no conocer el terreno Neji y su equipo caen en arenas movedizas y son arrastrados hacia una cascada de arena, pero Lee usa la segunda puerta para liberarse de la arena para quedar atrapados en el fondo del valle, Shira y su equipo se reúnen con los demás shinobis de la arena quienes traicionan a Shira ya que no lo soportan como alguien que está siendo el líder en muchas cosas, Shira es herido al igual que sus compañeros pero en el último momento, tras estar a mano ambos equipos Lee descubre que Shira es como el ya que solo puede usar Taijutsu.

Tenten y Ajisai buscan una manera de salir de las galerías donde cayeron, pero en el camino se topan con hormigas gigantes las cuales causan algunos problemas, en la superficie ambos equipos también siguen en la búsqueda de sus compañeras, en las galerías Tenten conoce un poco mejor a Ajisai y sobre la aldea de la lluvia. Ajisai propone capturar a la hormigas para usarlas como invocación, por que llegan a la guarida pero al ver que son muchas deciden buscar la salida rápidamente, el equipo de Neji y Ajisai encuentran la entrada a las galerías pero al intentar entrar las hormigas aparecen por lo que Lee decide enfrentarlas mientras los demás entran. La salida está bloqueada por escombros por lo que Ajisai decide usan su técnica de absorber cosas pero rápidamente queda agotada por lo que Tenten deberá hacerse cargo de la situación ya que están rodeadas por las hormigas, pero Tenten aun insegura de realizar su técnica especial recibe valor de Ajisai, y finalmente Tenten logra invocar una cantidad masiva de agua que las ayuda a escapar a la superficie.

Una vez que Gaara y Fū son salvados la segunda fase del examen continua, los equipos empiezan a llegar a la torre, Gaara quien entabla una conversación con Fugi y le comenta sus sentimientos acerca de lo que es Hokage y lo que lo que es ser un amigo. En otro lugar el equipo de Matsuri se encuentra con Shira y sus compañeros, Matsuri propone un enfrentamiento por el pergamino, pero Shira se niega ya que son de la misma aldea, pero Matsuri decidida a probarse a si misma logra convencer a Shira, donde finalmente deciden luchar, tras ser un encuentro parejo al final Shira logra ganar el encuentro. Una vez que todos regresan a sus aldeas, la decisión de ser aprobados o no dependerá de los kages de cada aldea, en el caso de Konoha Tsunade decidirá quienes serán Chunnin, pero en el caso de Neji por solicitud de Gaara es ascendido a Jounnin. Fū al regresar a su aldea se topa con Hidan y Kakuzu donde posiblemente la capturaron, el equipo de Amegakure vuelve con información tal como lo solicitó Konan, poco después Ajisai muere en su primera misión como Chunnin.

Guy que ja abierto las ocho puertas y libera vapor rojo se prepara para atacar con todo a Madara, tras realizar el primer movimiento Guy logra crear un poderoso golpe el cual actúa como un cañón de aire, Madara quien apenas logra contener el ataque es enviado bajo tierra por la misma técnica, Los demás quienes observan la pelea deciden apoyar a Guy puesto que el solo no será capaz de vencer a Madara, así que Minato rápidamente les dice a los demás que hacer con el fin de crearle una oportunidad a Guy para que golpee directamente a Madara. Una vez que Madara se levanta inmediatamente es golpeado por Guy, pero ahora Madara crea un escudo con el cual se protege sin embargo Guy lo golpea con una ráfaga de poderosos golpes y no le da la oportunidad de defenderse incluso así Madara se logra proteger al encerrarse con la materia de las esferas, es entonces cuando Minato y los demás entran en acción, donde gracias al trabajo en equipo Guy logra golpear a Madara en la espalda y causarle daño, pero aun así Madara logra ponerse en pie y emocionado de enfrentar a alguien así le alega a Guy que siga luchando de esa forma. Por otra parte Naruto despierta en un lugar parecido a donde lucho contra Kurama y en ese lugar aparece un anciano el cual se presenta a Naruto como el Rikudō Sennin, y a continuación este le explica el origen del Ninshu que más tarde se convirtió en Ninjutsu, los dos hijos que el sabio tuvo llamados Indra y Ashura, y como los espíritus de estos fueron reencarnando a través de los años, y como actualmente el espíritu de Ashura esta en Naruto.

El Mugen Tsukuyomi esta por iniciar, Ōnoki y los demás shinobis siguen luchando contra el usuario del Mokuton el cual les sigue causando problemas, pero repentinamente la técnica Mokuton Shin sushenju se detiene, los shinobis pronto se empiezan a dar cuenta que la luna se torna extraña, Sasuke se percata rápidamente que en contados instantes el Genjutsu iniciara por lo que rápidamente regresa donde están Naruto y los demás una vez allí los cuatro se cubren con las alas del Susanō, en ese momento la técnica de Madara inicia donde la figura de Kaguya se puede apreciar a continuación la luna empieza a brillar como si fuese el sol e ilumine a todo el mundo shinobi, Madara ahora usa el Mokuton para crear troncos gigantes que desprenden hebras que envuelven a todos los shinobis quedando como capullos, los hokages empiezan a notar que los ojos de todos se tornan como si fuesen Rinnegan tras mirar a la luna, además de quedar inmóviles, pero los kages revividos no son afectados por la técnica, el Zetsu que está controlando al usuario que puede realizar el Mokuton se marcha y revela que era a Yamato quien estaba dominando, Naruto y los demás que están protegidos gracias al Susanō esperan a que la luna deje de brillar. Yamato que está confundido por lo que está sucediendo recuerda como fue capturado por Kabuto, el tercer Hokage intenta calmarlo pero Yamato cae en el Genjutsu. En ese momento se ve a Yamato en Konoha el cual debe atrapar a Kabuto que secuestro a Kakashi, donde al final lo logran con ayuda de Naruto, Sakura, Sasuke y Sai, pero se descubre que está bajo el efecto de la técnica de Madara al igual que todos el mundo, los kages que aun no entienden lo que está pasando solo pueden observar como el Tsukuyomi infinito atrapa a todo el mundo.

El genin revela a Minato que habían mariposas, junto a Tsunade deducen que son mariposas shinobi. Naruto y los otros equipos son enviados al lugar donde desaparecieron los jounin y cuando llegan, Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma desaparecen al ser tragados por la tierra. Neji descubre que la tierra, antes de secuestrar a Gai, emanó una presencia de chakra por el suelo. En ese momento, el equipo 7 es atacado por un miembro de Akatsuki, siendo Hidan, quien atrapó a Naruto en su jutsu de maldición. Por otra parte, el equipo 10 es atacado por Yahiko, Nagato y Konan.

Sasuke siente que su padre no lo reconoce y pelea con Naruto, Minato los separa pero Sasuke nota que Naruto es más fuerte. Sasuke abandona la escuela shinobi y se une a la policía militar, mientras que Naruto acompaña a Jiraiya en donde entrenará para entrar en el modo ermitaño, mientras siguen los pasos de Orochimaru quien se revela como artífice de lo ocurrido con Hizashi junto a su cómplice Danzo, y Sakura quien es entrenada por Tsunade quien le enseña el Byakugou no Jutsu. Luego de tres años, Sasuke es enviado de vuelta a Konoha y es nombrado vice capitán de la policía militar, jurando reparar la humillación de Naruto con derrotarlo.

Itachi ya es un genin y como tal, pertenece a un equipo al que se le asignan misiones de rango D; en esta ocasión se les encomienda recuperar a un gato ninja, quien causó dificultades a sus camaradas e incluso su jefe de equipo, sin embargo, usando sus depurada técnica con los kunais, Itachi captura al felino para devolverlo a su dueña; durante el enfrentamiento el gato pierde parte de sus bigotes, estos son de mucha ayuda para el padre de Tenma, su camarada, pues los necesita para preparar la medicina que le ayude a recuperarse; en el afán por hacerse con ellos, Tenma no se fija y está por caer a un precipicio, afortunadamente es salvado por Itachi. Posteriormente el Uchiha, en compañía de su hermano menor, reflexiona acerca de las relaciones entre los miembros de los diversos clanes y aquello que les une para convertirse en una aldea, concluye en que además de que una vida nace y muere, esta puede salvarse; esto sucede mientras recuerda cómo Tenma perdió la vida al defenderle en una emboscada ideada por Obito Uchiha mientras llevaban a cabo una misión, es en este dolor, que su sharingan despierta ante el asombro de Sasuke.

Ashura reconoce que Indra ha cambiado su forma de ser, pero antes de terminar la idea, un hombre le pide ayuda para que use el Ninshu y así derribar unos cuantos árboles para crear un camino más corto a los campos. Ashura ayuda al hombre cortando todos los árboles, aunque más tarde, Indra acusa al hombre que fue ayudado por Ashura, ya que vendió los árboles para su beneficio cuyo recurso natural es del bien de todos los aldeanos, aunque pide perdón a Ashura ya que vendió los árboles para ayudar a su madre enferma. El hombre es acusado y encarcelado en una cueva, pero Ashura no es castigado al no saber las verdaderas intenciones del hombre. Ashura va a la cueva y libera al hombre, pero Indra lo sigue y lo ataca por su desobediencia. Al día siguiente, Hagoromo debe escoger a sus sucesor, pero al ver que Indra es demasiado poderoso pero tirano, a diferencia de su hermano que es débil pero piadoso, decide ponerlos a prueba y enviarlos a dos pueblos que albergan bestias con colas, para que dirijan al pueblo y quien arroje mejores resultados será su sucesor. Ashura e Indra se dirigen a sus respectivos puntos de trabajo, al separarse, el hombre que liberó Hashura le sigue para ayudarlo. Al llegar a la aldea la cual se encuentra en medio del desierto, sienten hostilidad debido a recurrentes ladrones que saquean la ciudad, pero al curar a una mujer herida, le dejan entrar. La mujer herida le pide a Ashura que cure a su madre enferma, pero no logra curarla notando que en la aldea hay decenas de muertos a su alrededor, por lo que se dirigen junto a la mujer a un árbol en un gran monte, y al adentrarse en el encuentran rasgos del Shinju.

Kaguya junto con Zetsu negro son finalmente sellados por medio del Rikudō Chibaku Tensei. El sabio de los seis caminos invoca desde el mundo puro a algunos kages de épocas anteriores para que junto con los primeros cuatro hokages le ayuden a utilizar el Kuchiyose no Jutsu con el objeto de transportar al equipo 7 y los nueve bijuus desde la dimensión en la que se encontraban. Óbito, antes de marcharse al lado de Rin, se despide de Kakashi, quien se alegra que puedan hacerlo como amigos. Madara, agonizando al haber dejado de ser el Jinchūriki del Juubi, conversa con Hashirama hasta el momento de su muerte, mientras, Naruto y Sasuke observan a sus predecesores solventar sus diferencias. Acto seguido, Hagoromo libera a los kages y se dispone a deshacer el Edo Tensei por lo que Naruto se apresura para llegar al lugar donde se encuentra su padre quien lo felicita por su cumpleaños además de expresarle lo orgulloso que se siente de todo lo que ha logrado, posteriormente, tras un emotivo momento, ambos se despiden.