Naruto utiliza sus clones y el Grupo de Grandes Esferas Girando en Espiral contra el ataque de Madara el cual logra controlar, pero Naruto queda sin chakra y teme desaparecer. Ōnoki le habla a Madara acerca de las guerras anteriores y del dolor y sufrimiento que han causado, pero afirmando que se dirigen a la paz verdadera ya que las naciones han madurado lentamente por lo que Madara responde que la paz se lograra bajo el Tsukuyomi Infinito. En el cuartel de la alianza Tsunade pide a Mabui preparar el Jutsu: Transferencia Celestial asumiendo los riesgos que pueda tener, el Raikage también pide ser llevado a la batalla. Shikaku le informa a la Mizukage que se reunirá con los demás Kages con el Jutsu del Dios Trueno Volador del Cuarto Hokage, así los cinco se reúnen con Gaara y Ōnoki, donde el Raikage y la Mizukage atacan juntos a Madara quien se ve obligado a usar su Susanoo, mientras que Tsunade cura al Tsuchikage, pero Madara contraataca sin éxito pues los Kages usan jutsus en cooperación para defenderse y atacar. El Raikage y Ōnoki logran golpear a Mū y destrozar el Susanoo de Madara, así Naruto pide ser incluido en la batalla pero los Kages le encargan el Segundo Madara pues ellos derrotaran al verdadero y le transmiten sus ultimas palabras: ¡Gana!. Mientras que el verdadero Naruto y Killer Bee finalmente se encuentran con Tobi y los demás Jinchūrikis.

Tsunade libera su sello donde inspira valor y persistencia a los demás Kages los cuales atacan a Madara, pues ella ha heredado el poder de Hashirama, a lo que el Uchiha responde que no lograran ganarle, mientras que Choza y dan mantienen una charla donde alega que no lograrán ganarle pues el único capaz de hacerlo fue el primer Hokage. Tsunade los golpea y Gaara utiliza el sello que uso contra el segundo Mizukage, pero este resultó ser un clon, y Tsunade es atravesada por el Susanō. Por otra parte Itachi finalmente llega a la guarida de Kabuto donde piensa detener el Edo Tensei a lo que este alega que el jutsu no tiene puntos débiles y no puede matarlo pues Kabuto es el único capaz de detener la técnica, seguidamente Sasuke hace su entrada y le pregunta a Kabuto que es lo que está pasando, a lo que este responde la razón por la que la guerra se inició, capturar al Kyubi y al Hachibi y completar el Tsukuyomi infinito. Mientras que la batalla de los Kages continúa y Tsunade logra salvarse del Susanō pero Madara crea cinco clones de madera por cada Kage, la charla entre Itachi, Kabuto y Sasuke continúa donde Itachi detendrá el Edo Tensei pues el riego del jutsu es el mismo Itachi a lo que Sasuke se le une formando un nuevo equipo pero Kabuto libera sus serpientes preparándose para luchar.

Naruto en su modo Bijū ataca con todo a Tobi, pero este sigue usando el Kamui, mientras que Kakashi distraído piensa en la posible persona que puede ser y con ayuda de Guy, Tobi lanza Shurikens gigantes pero Naruto las repele todas, como alternativa despide unas estacas para suprimir el poder de los Bijūs, pero Naruto usa los clones de sombra y Kakashi lo teletransporta, Mientras que el otro clon usa la Bijūdama, para protegerse del impacto Tobi se refugia en su otra dimensión, pero en ese lugar Naruto con su Rasengan el cual gracias a Kakashi, finalmente logra destruir la máscara de Kakashi, Después del impacto los recuerdos de Obito Uchiha son revelados de cuando se presentaron al examen Chunnin con Kakashi, Rin y otros de aquella generación, finalmente se muestra la misión de destruir el puente Kanabi donde este supuestamente había perdido la vida tras rescatar a Rin y obsequiarle su Sharingan izquierdo. De vuelta en la guerra Kakashi y Guy atónitos de lo que ven se preguntan como es que este sigue vivo. Mientras que Obito explica que su odio contra Kakashi es por la muerte de Rin y que pronto el mundo estará bajo el dominio del Tsukuyomi, sin más este lanza el Rakufū Rambu pero es repelado por las colas de Kurama, en ese momento Madara llega a la batalla donde la situación se complica aún más.

En la Fundación, Kakashi conoce a un chico que usa Wood Style, un jutsu que solo el Primer Hokage Hashirama era capaz de usar. Kakashi va a la biblioteca del Tercer Hokage Hiruzen para buscar respuestas y descubre registros sobre las células de Hashirama.

Itachi es asignado como el líder de los ANBU a la edad de trece años, mientras que el Hokage es informado de que alguien ha estado pasando la barrera que rodea la aldea, por lo que envía a Kakashi al distrito Uchiha a investigar que pasa, una vez allí con Guy se dan de cuenta de la desconfianza del clan Uchiha. Por otra parte Itachi le informa a Danzō todo lo que el clan pretende hacer, entre eso el inminente golpe de estado, Itachi logra hablar con Tobi (Obito) para que le ayude a acabar con todo el clan a cambio de que Itachi se una a Akatsuki, después de llegar al acuerdo y lograr su cometido Itachi se convierte en un ninja desertor. Pasado algunos días el Hokage le pide a Kakashi abandonar a los ANBU y entrar a ser supervisor en la academia ninja.

Part 1 of a special two-part extra edition! The townspeople are going about their daily business on the streets of the Leaf Village when someone suddenly appears and starts sending them flying!

Obito sigue recordando su pasado, en donde Minato los recomienda para realizar el examen Chunnin, tras decidir hacerlo, Obito, Kakashiy Rin deben superar la primera prueba que es el examen escrito, donde tras no saber ninguna respuesta, Obito recibe ayuda de Rin, así logra aprobar, ahora deberán luchar en grupo en el bosque de la muerte y así pasar a la siguiente ronda, Obito quien llega en el último momento se prepara para el combate donde es vencido por Guy, sin embargo Obito sigue entrenando sin cesar, hasta la tercera fase del examen donde nuevamente es vencido, tras verse frustrado observa como Rin le da ánimos a Kakashi. Tras terminar el examen Kakashi se convierte en Chunnin, Obito quien se marcha recibe ánimos de Rin puesto que ella lo está observando, es así como al siguiente año Obito logra ascender a Chunnin, pero se entera que Kakashi ahora es Jonnin, después de ello, Minato los somete a un entrenamiento muy real donde Obito es herido por una shuriken en su mano izquierda, tras fingir que esta bien, Rin le dice que no debe ocultarse puesto que ella los está observando. De vuelta en el presente, Naruto le dice que fueron esos lazos con sus amigos lo que le permitió no dejarse consumir por el Jūbi, es entonces cuando Naruto le dice que no debe seguir ocultándose.

Los candidatos al examen chunnin llegan a Konoha, donde seguidamente todos se registran para participar. Shikamaru es el sensor de la primera prueba que es escrita, donde a diferencia de los exámenes anteriores divide a los integrantes de cada equipo en salas distintas, una vez todo listo Shikamaru explica en que consiste el examen, cada miembro deberá responder una pregunta de un total de tres, donde al final el resultado tendrá ser de cien puntos exactos por equipo, tras saber esto los participantes descubren que cada aula esta completamente sellada, impidiéndoles comunicarse, por lo que todos empiezan a analizar la situación y buscar maneras de lograr comunicarse entre sus compañeros para solucionar el examen.