Deidara riesce a colpire Gaara e a farlo svenire. Successivamente, lo rapisce e lo trasporta fuori dal villaggio. Kankuro decide di seguire Gaara per provare a liberarlo riuscendo a raggiungere Deidara e Sasori all'alba. Kankuro sfodera le sue armi migliori, ma gli attacchi con le marionette sembrano inefficaci contro Sasori.

Naruto, grazie all'intervento di Chiyo e Sakura, riesce a uscire dalla tecnica illusoria di Itachi. Nel frattempo, Gai, utilizzando la tecnica dell'Asa Kujaku (Pavone del mattino) riesce a sconfiggere Kisame. Naruto, contemporaneamente, riesce a sconfiggere Itachi con la sua personale versione migliorata del Rasengan, l'Oodama Rasengan (Rasengan Superiore); tuttavia, i due team scoprono che i membri di Alba sconfitti non sono Itachi e Kisame, ma un ninja sconosciuto e Yura, un Jonin del Villaggio della Sabbia.

Sasori contrattacca con la sabbia ferrifera, tecnica più potente della sua marionetta umana: Chiyo e Sakura sono costrette a difendersi sacrificando un braccio di Chiyo (meccanico) e le due marionette, paralizzate dalla sabbia. Successivamente, viene spiegata, tramite alcuni flashback, l'infanzia di Sasori, di come abbia perso i genitori e di come abbia deciso di creare le sue prime due marionette uguali a loro. Sakura si offre come "marionetta" al posto di quelle distrutte e, così, inizia un'altra fase del combattimento.

Mentre Naruto inizia a perdere il controllo, sopraffatto dal chakra della Volpe, Kakashi, utilizzando un sigillo ricevuto da Jiraiya, ne sopprime il chakra evitando il peggio. Grazie al Byakugan di Neji, il Team Gai trova Deidara che si era nascosto. Incapace di combattere, Deidara mangia un frammento di argilla, concentra tutto il suo chakra e fa esplodere un suo clone creando un'enorme esplosione che, però, viene fermata in tempo da Kakashi spostandola in un'altra dimensione sempre con il suo nuovo Sharingan. Sakura si accerta, successivamente, della morte di Gaara; Naruto, quindi, incolpa Chiyo accusandola di avere causato a Gaara molte sofferenze sigillandogli il demone nel suo corpo. Chiyo, quindi, sceglie di morire per far tornare in vita Gaara utilizzando la sua tecnica.

Naruto, Choji e Shikamaru cercano di catturare Sai, ma quest'ultimo riesce a fuggire. Homura Mitokado e Koharu Utatane, preoccupati che la Volpe a Nove Code di Naruto possa cadere nelle mani di Alba, contestano l'idea di Tsunade di inviare Naruto in missioni al di fuori del villaggio intimandole di limitare il suo raggio d'azione. Tsunade rifiuta la proposta e promette che proteggerà Konoha con la sua stessa vita se Naruto venisse catturato a causa sua. Tuttavia, per permettere a Naruto di uscire, è costretta a scendere a un compromesso con Danzo accettando di aggiungere Sai al Team Kakashi; Tsunade affida la conduzione del team ad un membro dell'unità ANBU, Yamato, a cui viene anche richiesto di controllare Sai. Infine, Naruto e Sakura incontrano i due nuovi membri della loro squadra.

Naruto viene scaraventato dall'altra parte del ponte, ma non riporta nessun danno. Sakura rimane spaventata alla vista di Naruto in quello stato e, ripensando a quando le promise di salvare Sasuke, gli corre incontro pregandolo di smettere, ma Naruto la colpisce. Stranamente, Kabuto cura la ferita della ragazza confessando che li considera come alleati per l'eliminazione di Alba. Yamato riesce a fermare Naruto tramite una tecnica del Primo Hokage. Nel frattempo, Sai si avvicina a Orochimaru e gli dice di non essere suo nemico e che ha un messaggio per lui da parte di Danzo, ma Orochimaru lo colpisce.

Grazie a Naruto, Sai ricorda cosa doveva disegnare nella pagina mancante. Nel momento in cui Sai finisce di disegnare, appare Orochimaru che ingaggia un breve scontro con Naruto, ma, all'arrivo di Sakura e Yamato, decide di lasciarli in vita per seguire Sai che, nel frattempo, è andato a cercare Sasuke. Il capitano Yamato trova la lista della Radice contenente i bersagli da eliminare, così capisce che l'obiettivo di Sai è quello di eliminare Sasuke.

Naruto e i suoi cloni continuano a lavorare sulla manipolazione della natura del chakra, affettando le foglie. Dopo qualche difficoltà, Naruto si avvicina ad Asuma, che è a sua volta un tipo vento, per un consiglio. Naruto è quindi in grado di tagliare una foglia a metà. Asuma e Yamato escono con le loro squadre per nuove missioni. Viene rivelato che Asuma è il figlio del Terzo Hokage e che ha una relazione con Kurenai. Nel frattempo, su una collina che domina un villaggio bruciato, quattro figure nascoste discutono del risveglio del Paese del Fuoco attraverso l'eliminazione del Villaggio della Foglia.

Danzou is brought in for questioning after being caught meeting with a young Rain ninja. Sora confronts Asuma, and Asuma admits to having killed Kazuma. He attacks Asuma, his arm once again assuming a demonic form. Afterward, Naruto gets injured while shielding Sora from the attacks of an unknown individual, presumably from Root. Furido then approaches Sora, telling him to kill both Asuma and the Hokage to avenge his father. Later on, Naruto catches Sora going after Tsunade. Sora retreats as Shizune and a few other ninja arrive, but Naruto pursues him. At that moment, a mysterious lightning storm strikes, cutting off power to the entire village.

Konoha's ninja fight off the revived zombie members of the Kohaku clan. The four Guardian Ninjas, Seito, Tōu, Nauma and Kitane, are also revived. Asuma realizes that they are planning to use Limelight, a jutsu in which the four create a lightning blast powerful enough to destroy Konoha. Asuma sends Sakura and Yamato after the other three while he remains behind to battle Kitane, but Fuen tackles Sakura and Fudo fights Yamato. Meanwhile, Naruto catches up to Sora, but Sora runs off in search of Furido. Naruto tries to pursue him, but is assailed by Fuuka. Soon after, Sora reaches Furido, who admits that he had planned to destroy Konoha.

Mentre il villaggio si sta riprendendo dall'invasione, giunge un rapporto da Jiraiya e Kakashi (partiti per spiare un eventuale spostamento di Alba ai confini del Paese) nel quale viene affermato che due ninja stanno sconfiggendo i Paesi confinanti: si tratta proprio di Hidan e Kakuzu. Questi, nel frattempo, riescono a sconfiggere Nii Yugito, trasformata in Demone Gatto, e Kakuzu, alla fine dello scontro, afferma che il loro prossimo obiettivo sarà il Paese del Fuoco.

Guren is rendered unconscious and relives her past as Naruto is caught in an illusion about Sasuke. After Kakashi finds him, Teams Kakashi and Kurenai conclude the mist around them causes Genjutsu courtesy of the Three-Tails. After Guren wakes up, Yūkimaru suffers another fever and passes out. Tsunade hears of the Three-Tails and assmbles Shizune, Ino, Tenten and Lee to go and seal it before the Akatsuki do. Naruto and Sakura talk about the home that people should return to before Naruto heads off to find Yūkimaru.

Il corpo di Orochimaru è in condizioni critiche ed è impaziente di eseguire la tecnica della resurrezione con Sasuke. Al Villaggio della Foglia, Tsunade riceve conferma che il Trecode e le sentinelle del lago sono scomparsi probabilmente per mano dell'Organizzazione Alba. Nel frattempo, Orochimaru viene attaccato da Sasuke che afferma di non avere più nulla da imparare da lui e di non apprezzare i suoi metodi. Il Ninja Leggendario mostra dunque il suo vero aspetto, un enorme serpente ricoperto di squame bianche, e si lancia contro Sasuke reclamandone il corpo. Quando Orochimaru intrappola Sasuke nella morsa di un cumulo di serpenti, il giovane rilascia la forma più evoluta del Segno maledetto liberandosi facilmente.

Nel periodo della Terza Grande Guerra tra ninja, Kakashi affronta la sua prima missione da Jonin insieme a Rin, Obito Uchiha e Minato Namikaze. Obito e Kakashi non vanno molto d'accordo perché il primo è sconclusionato e ritardatario mentre il secondo è preparato ed efficiente e molto rigoroso nel seguire le regole dei shinobi. Sulla strada verso l'obiettivo, il gruppo viene attaccato da un ninja e Kakashi sfodera la prima versione del Mille Falchi. La notte seguente, Minato racconta ad Obito che il padre di Kakashi aveva fallito una missione preferendo salvare i suoi compagni e, per via delle accuse di disonore da parte degli abitanti del villaggio, si era tolto la vita. Per questo motivo, Kakashi è ossessionato dal rispetto delle regole. Il giorno seguente, i tre si separano dal maestro e vengono attaccati da due ninja che rapiscono Rin. Obito, nonostante Kakashi gli ordini di proseguire la missione, decide di andare a salvarla.

Jiraiya riesce ad infiltrarsi nel Villaggio Nascosto della Pioggia dove interroga alcuni degli abitanti circa il loro capo, Pain. Non riuscendo ad ottenere informazioni, egli cattura due ninja che gli rivelano che il misterioso Pain ha sconfitto il precedente leader della Pioggia, Hanzo, e che nonostante sia considerato una divinità nessuno ha mai visto il suo volto. Intanto, Pain cambia corpo e, essendosi accorto dell'intrusione, ordina a Konan di cercare il responsabile con il suo particolare justu. La donna obbedisce e parte alla ricerca del nemico trasformandosi in centinaia di origami a forma di farfalla.

After the peformance of the forbidden jutsu, Hotaru is horrified to see the damage the jutsu has done. Shiranami then notices the forbidden jutsu overflowing with chakra and the fact that it would destroy itself along with Hotaru. While Naruto chases the fleeing Shiranami, Utakata tries to save Hotaru using the hidden power within him. Can Utakata save Hotaru?

Rientrato al villaggio, Naruto riflette sull'incontro avvenuto con Itachi. Per difendere il villaggio da un possibile, futuro attacco di Sasuke, Itachi dona a Naruto un ignoto potere nella speranza che il giorno in cui debba utilizzarlo non si presenti mai. Naruto è certo che Sasuke non farebbe mai del male a Konoha. Dopo avere sigillato il Seicode, Tobi incontra Sasuke, di ritorno dallo scontro con Killer Bee, che rivela di voler attaccare e distruggere il Villaggio della Foglia. Il Raikage riceve la notizia della cattura del fratello mentre, al Villaggio della Foglia, Fukasaku informa Naruto della morte di Jiraiya per mano di Pain.

Il giorno prima della prova finale degli esami di selezione dei chunin, Naruto viene a sapere dell'eredità del Quarto Hokage e si mette sulle sue tracce per avere un vantaggio durante gli esami. Gai Maito gli fornisce una mappa che lo conduce ad una serie di prove, organizzate dal maestro, che il ragazzo si appresta ad affrontare assieme a Sakura ed al Team 10. Ricevuto un rotolo contenente delle istruzioni, i ragazzi superano con successo la prima prova, un ragno gigante.

Naruto, esplorando le colline nere alla ricerca di un oggetto da riportare, trova un kunai con delle informazioni e viene attaccato da tre ninja del Villaggio della Cascata. Accorre, in suo aiuto, Iruka che protegge il ragazzo sino all'arrivo di Kakashi. Di ritorno al villaggio, Iruka spiega a Naruto cos'è la volontà del Fuoco e, in quel momento, il ragazzo decide che, un giorno, diventerà il più forte Hokage mai esistito per dimostrare a tutti il suo valore. Mentre Sasuke e la Squadra Falco si apprestano a partire verso Konoha, Tobi ordina a Kisame di catturare l'Ottocode. Nel frattempo, al Villaggio della Foglia, Shikaku riceve la notizia che è stato convocato un consiglio d'emergenza.

After having discovered that the village was under the control of rebels from the Hidden Rain Village, led by Hanzo, Naruto and Jiraiya decided to take action to help save the women and children taken hostage and free the village from the Rain's tyrannical control.

È giunto il momento per ogni Kage di partire per il Summit dei Kage nella Terra del Ferro. Mentre si reca all'incontro, Danzo viene attaccato da uno shinobi del Wood Country che vuole prendergli la testa. Nel frattempo, Naruto, con Kakashi e Yamato al suo fianco, si dirige alla ricerca del Raikage per convincerlo a risparmiare Sasuke.

Naruto si risveglia e riporta alla mente vari momenti del suo passato assieme a Sasuke. Dopo la morte di Jiraiya, Naruto sente di avere compreso quanto sofferto dall'Uchiha con la scomparsa del suo clan e dei suoi genitori. Quando Yamato gli dice che Kakashi è andato a fermare Sasuke, la forza portante lo inganna utilizzando un clone d'ombra e fugge alla ricerca del suo ex-compagno. Mentre si reca alla volta di Sasuke, Naruto ricorda quanto dettogli dal suo maestro e da Gaara e pensa al comportamento da adottare quando si ricongiungerà al ninja traditore.