En el grupo de los ANBU se ha unido un miembro del clan Uchiha, se trata de Itachi Uchiha el cual se convierte en el integrante más joven con solo once años. Por otra parte el tercer Hokage envía a Gui llevar un pergamino al país de los bosques y que el traiga uno por parte de ellos, pero aparte de eso envía a Kakashi e Itachi como escoltas secretos. Cuando Gui llega al punto de encuentro los shinobis del país de los bosques los traicionan con un pergamino bomba, del cual salen ilesos, allí Kakashi e Itachi intervienen, donde logran acabar con todos. Después de aquella misión, este le pregunta a Kakashi como obtuvo su Sharingan y si es miembro del Clan Uchiha, donde Kakashi afirma que no y el sharingan es un obsequio de un amigo. En una reunión secreta del clan Uchiha el padre de Itachi le pide contar que ha podido averiguar de los altos miembros de la aldea, pero Itachi observa la piedra con el grabado y se pregunta que significa.

Madara ataca a Naruto el Hachibi y Gui logrando hacerles daño, mientras que Kakashi intenta saber porque Obito coopera con Madara, donde este recuerda cuando libero a Kurama en Konoha. Naruto libera todo su poder contra Madara pero es retenido ya que el Uchiha libera un dragón de madera que lo envuelve a él y al Hachibi, por otra parte Kakashi débil es golpeado y enviado a la dimensión por el Kamui de Obito donde apenas logra regresar, Naruto al ver la situación de su sensei logra hacer un clon y salvarlo mientras que Gui realiza el Horitura contra Madara que libero a Susanō y liberarse el y el Hachibi, el clon de Naruto logra darle Chakra a Kakashi y al ser enviado por el Kamui logra golpear a Obito varias veces y volver sin problemas, en ese momento la barrera que protege al Mazō empieza a agrietarse por lo que Naruto y el Hachibi crean una Bijūdama gigantesca que logra llevarse al mazō una gran distancia y explotar, pero cuando parece que lo logran, la figura del Jūbi aparece indicando que ha resucitado.

El equipo siete se prepara para marchar al frente del ataque; mientras el Jūbi realiza una Bijūdama colosal los cuatro hokages fortalecen la barrera previamente creada y con ello contienen este ataque que finalmente ante la magnitud de la explosión una parte es desviada hacia el cielo, como resultado el Jūbi sufre leves daños. Hashirama utiliza cinco clones de madera para crear una apertura en la barrera y que los shinobis ataquen a la bestia, uno de estos clones lo destina para combatir a Madara pero el Uchiha alega que no peleará sino es contra el original. El Jūbi crea clones con tal de protegerse; mientras, Sakura recuerda anteriores misiones junto a Naruto y Sasuke así como su promesa de nunca más depender de ellos en batalla, así, luego de acumular chakra en un punto específico por tres años logra activar el Byakugo no in liberando una fuerza extraordinaria con la que consigue acabar con varios enemigos al mismo tiempo; a su vez, los otros equipos de la hoja también se unen a la batalla, Kiba utiliza un clon de sombras y junto con Akamaru se transforman en "Cerbero", Shino utiliza la invocación de insecto gigante e Hinata los 64 puños Hakke; el equipo 10 utiliza la formación E de la combinación InoShikaChou consiguiendo un ataque excepcional. A pesar de ello, los clones del Jūbi son cada vez son más grandes y poderosos, Sai, también parte del equipo 7 lo intenta por el aire, pero es derribado, la estrategia debe cambiar, por lo que Naruto, Sasuke y Sakura utilizan sus respectivos jutsus de invocación lo que da nacimiento a un nuevo bloqueo kuchiyose.

Obito logra convertirse en el Jinchūriki del Jūbi, ante esto Naruto confirma lo sucedido ya que sintió como Obito absorbió el chakra de los Bijūs, los kages saben que ahora se enfrentan a una nueva amenaza, Hashirama usa el Myoujinmon en Obito sin éxito, pero además de ello el Uchiha logra destruir la barrera, Hashirama advierte a la alianza que se mantengan alerta. Obito sin mas ataca a Hashirama y Tobirama donde les quita las mitad de sus cuerpos, Tobirama aun así logra pegarle algunos papeles bomba, mientras que el clon de Hashirama lo sujeta, tras lograr que los papeles se multipliquen y exploten no logra hacerle ningún daño al Uchiha, es entonces cuando Hiruzen se percata de que Obito combino las cuatro naturalezas, poniéndolo en un nuevo nivel, ya que Obito es capaz de crear unas esferas oscuras que modifica a voluntad, tras acabar con Hiruzen Obito se propone atacar a Naruto, Sasuke, y Minato, pero en el trayecto repentinamente el cuerpo de Obito se infla, donde Minato deduce que el aún no se acostumbra al Jūbi, es entonces donde el cuarto hokage se propone un contraataque, pero en el momento de atacar Obito crea una especie de Bijūdama la cual sin control explota en el mismo Obito, tras recuperar el control Obito logra atrapar a Naruto y Sasuke pero son salvados por Minato que logra teletransportarlos, Obito Nuevamente pierde el control de su cuerpo y en su mente el lucha por controlar al Jūbi, tras recordar a Rin y con toda su fuerza de voluntad Obito logra tomar el control, es así como su aspecto cambia un poco, ahora y con el control del Jūbi logra arrancarle el brazo derecho a Minato pero además logra ponerle una esfera oscura que está a punto de estallar.

Los cinco kages que se han recuperado se dirigen a la batalla observando el Shinju, mientras que los pocos shinobis que aun quedan con vida se preguntan si deben seguir luchando o más bien finalmente ceder a las palabras de Obito, Shikamaru quien le fue arrebatado todo su chakra se encuentra grave, rápidamente sus compañeros llegan a auxiliarlo. Naruto quien llora tras escuchar de Obito de caer en el Tsukuyomi infinito no sabe que hacer, es entonces donde Hashirama les aclara que deben vencer al enemigo, en ese momento Orochimaru llega y se entera de la situación. Obito que hace crecer una rama para atrapar a los shinobis es interceptado por Sasuke quien decide atacar con su Susanō, Naruto quien se le une en modo Bijū gracias al chakra de Minato. Hashirama se pregunta cuando la flor del Shinjū se abrirá a lo que Madara calcula que será dentro de quince minutos ya que no está todo el chakra del kyūbi y el hachibi, el primer hokage logra transmitir esa información a la alianza gracias a Ino, sucedido eso los recueros de Hashirama de cuando logró reunir a los primeros kages de cada aldea son revelados y de como trato de lograr un pacto entre todos los países.

Orochimaru y su equipo se dirigen hacia donde se encuentra Sasuke, Karin siente la presencia de alguien peligroso que esta cerca del Uchiha, cuando finalmente llegan descubren que se trata de Kabuto, el cual está tratando de salvar a Sasuke, Orochimaru y los demás se sorprenden al verlo pues este logró salir del Izamani de Itachi, es decir logró aceptar quien es mostrando que cambió su manera de ser, aun así Suigetsu le reprocha que él fue uno de los que inicio la guerra con Obito convencidos de que el mundo no tendría salvación. Por otra parte Guy al ver la situación de Kakashi y los demás, decide que es hora de abrir las ocho puertas internas, inmediatamente Guy libera la séptima puerta y ataca a Madara quien logra esquivar sus ataques a pesar de la velocidad y poder que despliega, cuando Gyu no puede mas cae en ese momento Madara ataca pero es rescatado por Lee y llevado con los otros. Tras pensar en lo sucedido Guy no tiene más opción que abrir la última puerta y atacar con todo a Madara aun sabiendo que eso significara la muerte, en ese momento Guy empieza a recordar su infancia en la aldea y de como al no tener talento ninja no es aceptado en la academia pero su padre lo alienta a no rendirse y a dar lo mejor de si mismo para lograr sus sueños.

Especial de Naruto Shippüden con motivo del lanzamiento de la película "Boruto: Naruto The Movie".

Yahiko presenta a sus compañeros como el equipo Jiraiya y atacan al equipo 10 llevándolos en batalla hasta una aldea cercana. Mientras, Naruto escapa del jutsu de maldición y logra reducir a Hidan, pero Kakuzu aparece con el cuerpo de Kakashi dejando escapar a Hidan del equipo 7. Shikamaru decide seguir a unos niños hasta una casa, donde también se encontraba Yahiko y mientras Shikamaru se disponía a preguntarle a los niños por los miembros de Akatsuki, Nagato desprende su ira al recordar la muerte de sus padres al ver la banda protectora de Konoha en la frente de Chouji, creando una gran explosión y provocando que los niños cayeran por un agujero creado por el poder de Nagato. Yahiko, Nagato y Konan entran por el agujero para rescatar a los niños, pero Shikamaru ordena a sus compañeros quedarse.