Obito le pide a Sakura destruir el Rinnegan izquierdo de Madara antes de que este lo recupere, puesto que si obtiene ambos ojos el poder de Madara se incrementara y nadie podrá detenerlo, Sakura la cual esta nerviosa apunta su kunai frente al Rinnegan y cuando está a punto de destruirlo Madara aparece e impide que lo destruya lanzando la estaca pero Obito logra regresarla a tiempo a donde están Naruto y los demás, cuando Sakura regresa rápidamente atiende a Kakashi tras perder su Sharingan, pero Naruto logra darle un ojo nuevo con sus poderes. Kakashi al ver a su equipo reunido nuevamente recuerda las metas de cada uno. En la otra dimensión Madara que tiene inmovilizado a Obito le revela que él fue quien manipulo a los shinobis de Kirigakure, y posteriormente la muerte de Rin, todo fue planeado con el fin de llevar a Obito a la oscuridad, y continuar con el legado de Madara quien además alega que Obito hizo exactamente lo que el quería y que ahora solo le falta recuperar el ojo izquierdo. Poco después Madara vuelve de la otra dimensión junto con Obito y Zetsu, Madara ahora cuenta con ambos Rinnegan y lo que es peor cuatro sombras que lo rodean, Sakura que decide ponerse a la cabeza ataca a Madara sin éxito rápidamente es salvada por Naruto y Sasuke, en ese momento Madara decide no perder más tiempo y ejecutar de una vez por todas el Mugen Tsukuyomi, para ello se eleva lo más alto posible y ejecuta el Chibaku Tensei como distracción para Naruto y Sasuke, rápidamente Sasuke usa el Susanō para destruir la mayor cantidad de meteoritos posibles al igual que Naruto, sin embargo parece ser tarde pues Madara abre un tercer ojo en su frente que se refleja en la luna anunciando que el Mugen Tsukuyomi ha comenzado.

Luego de rescatar a los niños, el equipo 10 y el equipo Jiraiya toman caminos distintos y Shikamaru se une a Kiba dejando a Shikamaru como líder, quien decide avisar al cuarto Hokage sobre la situación y reencontrarse con los otros equipo para rescatar a los sensei. Mientras en la otra dimensión, el hombre enmascarado le muestra a Naruto y Neji la última decisión de su padre Hizachi por decidir salvar la aldea y al clan, acusando a Konoha de un sistema que no va a cambiar a pesar de ir pasando de generación tras generación, y al no haber ningún cambio decide atacar a Konoha e insta a Neji acompañarlo. Por otra parte Jiraiya llega al escondite de Orochimaru.

Sasori revela a Hidan que el experimento de Hizashi de hace tres años antes perjudicó a Akatsuki, el cual no los llevó a nada. Aun así, tras el desafortunado accidente que provocó Deidara con una de sus bombas, la cual acabó con la vida de Yahiko y la destrucción de la aldea donde se encontraba el equipo Jiraiya, logró ser aprovechada para culpar al Hokage Minato, dando este suceso el nacimiento de Pain, quien planea atacar Konoha. Por otra parte, Naruto aún continúa la persecución a Sasuke, y Raíz tratando de detenerlos a como de lugar. Rock Lee y TenTen detienen a dos de ellos para que los demás logren alcanzar a Sasuke.

Hagoromo ha logrado dominar el poder sabio y se dirige donde Kaguya para discutir con ella sobre la tradición del Shinjuu. Kaguya lee la mente de Hagoromo y rehúsa detener la tradición del Shinjuu, enviando a Hamura poseído por la voluntad de ella para atacar a Hagoromo, pero agoniza por un ataque de Hagoromo, quien a su vez Hagoromo despierta el Mangekyo y el Rinnegan, aunque utiliza el poder sabio para curar a Hamura. Kaguya despierta el poder del árbol del Shinjuu en el Juubi, quien rápidamente ataca a Hagoromo quien utiliza el poder de Susano, varios meses después ambos logran sellar a Kaguya en el Chibaku Tensei, el cual termina por convertirse en la luna. Luego dividen el poder del Juubi en nueve bestias, las cuales Hagoromo criaría para que estas confíen y ayuden a las personas. Hamura recibió los pensamientos de Kaguya cuando era poseído por ella, por lo que decide estar cerca de ella viviendo en la luna. Sin embargo, Zetsu quien nació de la última voluntad de Kaguya, tuvo como único objetivo revivirla, al no poseer un poder significativo, decidió utilizar a las personas para obtener los elementos necesarios para revivir a Kaguya. Zetsu necesitaba al Shinjuu y el Tsukuyomi Infinito, el Shinjuu se había convertido en el Juubi el cual luego se dividió en las nueve bestias con colas, los cuales fueron dispersos por todo el mundo tras la muerte de Hagoromo. Para el Tsukuyomi necesitaba a un usuario del Rinnegan, y solo un Uchiha descendiente de Indra con las células de un descendiente de Ashura, ambos hijos de Hagoromo, conseguirían el poder del Rinnegan. Miles de años después, Zetsu conseguiría a un usuario del Rinnegan gracias a su manipulación a la tabla de la salvación de los Uchiha hecha por Hagoromo, la cual terminó por instar a los Uchiha a intentar despertar el Rinnegan y usar el poder del Tsukuyomi. Madara Uchiha consiguió el poder del Rinnegan luego de morder el brazo de Hashirama y usando el Izanagi cuando fue derrotado por este, implantó las células del brazo de Hashirama en sus heridas despertando el Rinnegan, invocando a la estatua demoníaca la cual es el esqueleto del Juubi sin fuerzas y a la vez soltando accidentalmente a los Zetsus blancos, creyendo Madara que eran su creación por una astucia de Zetsu negro. Zetsu llevó a crear a Akatsuki para crear la guerra shinobi, y guió a Kabuto a encontrar el cadáver de Madara para que Obito se viera obligado a colaborar con este y así llevar todos los sucesos de la cuarta guerra shinobi según lo planeado por Zetsu.