Grâce à une illusion du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », Sasuke piège Danzô en lui faisant croire qu’Izanagi est toujours active et le transperce une fraction de seconde après la fin de la technique. Karin soigne Sasuke ; Danzô, refusant la défaite, prend Karin en otage, mais Sasuke les transperce tous les deux. À l’article de la mort, Danzô voit défiler le moment où son rival Hiruzen Sarutobi est devenu Hokage et où il a décidé de fonder la Racine pour protéger Konoha dans le secret. Dans un dernier geste pour protéger Konoha, il active sa dernière technique pour tenter de sceller Sasuke et Madara.

Alors qu’ils naviguent dans le brouillard, Yamato raconte des histoires de fantômes pour effrayer Naruto ; il parle de la légende des vaisseaux fantômes. À ce moment, ils aperçoivent un navire de piètre allure avec des feux de Saint-Elme et des corbeaux sur le gréement. Ils l’abordent et Aoba accompagné de Yamato partent en reconnaissance ; Naruto les suit mais perd leur trace ; il rencontre un jeune mousse, Hishaku qui passe la serpillière sur le pont du bateau. Souhaitant connaître son histoire, Naruto utilise le « Multi-clonage » pour l’aider à terminer ses tâches ménagères. Alors qu’ils sont rejoints par Yamato et Aoba, Hishaku raconte que tout l’équipage a été tué par un crabe géant ; celui-ci surgit et capture Yamato avec des tentacules qu’il possède sur sa carapace. Hishaku demande à Naruto de venger l’équipage ; ce dernier tente un « Orbe tourbillonnant », mais la technique n’a aucun effet sur la carapace du crabe. Hishaku prend les commandes du navire et amène celui-ci contre un rocher ; Naruto récupère Yamato qui utilise sa technique « Mokuton » pour bloquer la créature. Grâce au balai-brosse de Hishaku, Naruto coince la bouche du monstre et envoie son clone avec un « Orbe tourbillonnant » à l’intérieur ; le crabe est ainsi vaincu. Hishaku remercie Naruto et disparaît retrouver ses compagnons fantômes. Ils disent tous au revoir à Naruto et disparaissent avec le navire, laissant le jeune ninja éberlué.

Ayant réchappé à l’attentat, Gaara va trouver le chef des conjurés pour tenter, sans esprit de revanche, d’établir un dialogue. Saura-t-il trouver les mots justes ? De leur côté, les candidats apprennent avec stupeur que la 3e épreuve est annulée !

Usant de toute sa verve, Madara tente de rallier Obito à sa cause une nouvelle fois. L'ancien camarade de Kakashi replonge alors dans les méandres de ses années de jeunesse passées à Konoha...

Naruto rejoint le reste de ses camarades et, ensemble, ils parviennent à repousser l'offensive de Sasori. L'homme masqué est alors témoin de leurs actes et est désormais convaincu qu'il y a un avenir avec ces jeunes ninjas. Il leurs promet de libérer les Jonin capturés et commence à expliquer la vérité sur son action...

Les ninjas sous l'effet des « Arcanes lunaires infinis » de Madara continuent de dormir et de faire des rêves agréables. Pendant ce temps-là, Naruto et les autres ont échappé au Genjutsu, grâce au Susanô de Sasuke. Alors que Sasuke commence à se souvenir de la mort d'Itachi, son Sharingan commence à résonner et à lui montrer la vérité dont Itachi ne lui a jamais dit.

Le Zetsu noir ayant terminé ses explications, le combat reprend. Kaguya est mise en difficulté grâce à une stratégie de Naruto. Mais avant qu'ils ne puissent la sceller, elle les plonge dans une dimension glacée, puis emmène Sasuke dans une autre dimension désertique pour le séparer de Naruto. Obito, soigné par un clone de celui-ci, se réveille, et décide d’aider Sakura à aller chercher Sasuke grâce à son Kamui. Le Sage des Six Chemins apparaît aux Hokage et leur révèle son plan pour ramener l'équipe 7 hors de la dimension de Kaguya.

Tandis que le combat entre Naruto et Kaguya continue, Obito et Sakura cherchent Sasuke, tandis que Naruto et Kakashi font diversion pour tenir Kaguya à l'écart. Arriveront-ils à leurs fins ?

"Mon plus grand rêve, c'est de surpasser les Hokage ! Comme ça, le village entier sera bien obligé de reconnaître mon existence !" Fidèle à sa parole, Naruto a suivi son propre chemin jusqu'à obtenir la reconnaissance de tous. Il n'est pas devenu seulement un grand Ninja mais aussi le héros qui a sauvé le monde. Mais quel chemin prendra Naruto maintenant ?