Kakuzu ataca a Shikamaru para que Hidan pueda escapar comienza la mejor parte cuando Asuma ataca a Hidan pero Kakuzu no lo ayuda por petición de el inmortal, Hidan crea una táctica para poder hacer su Ritual Jashin al igual Shikamaru recuerda que cuando jugaban con Asuma Shougi el odiba usar tácticas de sacrificio lo cual en ese momento intenta, en una distracción Asuma es perforado por la hoz de Hidan y este comienza su ritual pero Asuma usa su explosión para evitarlo.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Guren logra encerrar al equipo de búsqueda en una bóveda de cristal. Luego con la ayuda de unas copias ataca y logra capturar a Hinata como rehén en su técnica de cristal. Mientras tanto el equipo de refuerzo llega a la bóveda creada por Guren, sin medios para atravesarla, Naruto decide utilizar su nueva técnica con Gamatatsu.

Kabuto planea romper la barrera de sellado de Konoha desde dentro usando el Poder de Yūkimaru para así poder tener al Sanbi bajo control.

Naruto en el entrenamiento con los sapos, sube hasta unas montañas con picos filosos para ver si puede concentrar su energía, cayendo muchas, la persistencia del genin hace que llegue al modo Sennin. Un ninja de la nube quiere mandar un mensaje a la Hokage, pero Karin detecta al intruso, sus compañeros en el camino lo encuentran muerto. Naruto sigue progresando ahora enfrentándose en el entrenamiento a Fukasaku.

El lugar donde ha ido Naruto, ha sido notificado como un lugar peligroso ya que puede haber espías. Iruka encuentra a Naruto, pero éste se logra deshacer de su maestro usando una técnica. En el trayecto es interceptado por los tres espías de la aldea de la Hierba, que desean acabarlo. Iruka llega al rescate de Naruto, llegando después Kakashi, logrando vencer a sus rivales. De vuelta a la trama actual, Madara le encomienda a Kisame la misión de ir por el Hachibi.

Mientras el pueblo es reconstruido, Naruto y Sakura son visitados por Tazuna y Inari, ahora carpinteros. Naruto recuerda cuando regresó al País de las Olas habiendo olvidado en la casa de Tazuna un boleto gratis para comer en Ichiraku, fue a buscarlo mientras Sasuke lo perseguia, que tiene como misión para traerlo de vuelta. Inari había encontrado el billete y fue en búsqueda de Naruto, pero es asaltado por otros niños en ellos Akane celoso de su éxito, que luego son secuestrados por la nueva organización Gato, dirigida por Zōri y que Waraji quienes quieren recuperar el control del País de las Olas. Akane y sus amigos se han vuelto como Inari en carpinteros y están aquí para ayudar a Konoha. Inari se propone a hacer un nuevo Ichiraku.

El equipo enviado por el Raikage ha llegado a una destruida Konoha, para entregar la invitación de reunión de urgencia de los 5 Kages, la cual se dan cuenta que Tsunade está en coma; haciendo su ingreso Danzō, como el sexto Hokage. Mientras tanto Naruto y compañía se enteran de la noticia, van a ver lo que sucede interfiriéndose en el camino dicho equipo de la aldea de las nubes. Mientras tanto Sasuke se aproxima a Konoha siendo interceptado por Madara que le comunica que Konoha ha sido destruida.

Naruto recuerda toda las veces que pasó con Sasuke hace 3 años ya sea como compañeros de equipo hasta la vicisitudes, confrontaciones y encuentros, lo cual hace que vaya de nuevo en su búsqueda.

Una breve reunión Naruto pide que le dejen encargarse de Sasuke, mientras que Kakashi será nombrado el nuevo Hokage, justo antes de recibir el cargo oficialmente; Tsunade despierta, siendo anulado el proceso.

Naruto ayuda a un joven llamado Yusuke para atrapar aún pez espada que resulta ser una invocación de la guerra pasada, que asesinó a su padre; con la ayuda de Naruto, Yusuke logra atraparlo.

Tsunade nombra a Shikamaru Líder de la Cuarta División, lo que hace que se preocupe por si es lo bastante apto para hacerlo, así que su padre le aconseja ir con Naruto para se pruebe a si mismo. Shikamaru, junto con Tenten, llegan a una isla donde el barco de Naruto iba a tocar puerto, pero cuando tratan de salir de la isla, Shikamaru se da cuenta de que están en un Genjutsu que los hace andar en círculos por la isla; Pero gracias a la inteligencia y astucia de Shikamaru, logran derrotar a los habitantes causantes de la ilusión y Shikamaru entiende y, finalmente se siente listo para aceptar su cargo.

Shino recuerda la misión por la cual tenía que atrapar un bandido renegado de la Aldea oculta de la Cascada, lo cual es vencido y a la vez su rival se burla ya que el Genin usaba insectos como técnicas, Shino entrena mucho para volver a la misión pero esta vez va con sus amigos de equipo, Hinata y Kiba.

Sai recuerda lo que ha pasado desde que ha llegado a ser miembro del equipo Kakashi, sus enfrentamientos y algunas vicisitudes con sus compañeros.

Naruto continua su lucha contra el Kyubi y recibe ayuda de Killer Bee, pero el zorro parece estar ganando la batalla y cuando parece que ha triunfado aparece la figura de alguien, se trata de nadie más que su madre Kushina Uzumaki, Naruto se encuentra perplejo pero al saber que se trata de su madre se tranquiliza y esta le cuenta la historia de como llegó a Konoha entró en la academia y conoció a Minato, también como la recato de unos ninjas que la secuestraron y este logra salvarla.

Minato debe enfrentar ahora al Kyūbi llevándolo fuera de la aldea, donde ha quedado casi sin Chakra, la decisión de él es sellar a la enorme bestia en Naruto con el "Sellado de ocho trigramas" invocando previamente a Shiki Fūjin; Minato extrae la mitad del Chakra del Kyūbi haciendo que se reduzca en tamaño, el Kyūbi al ver que volvería a ser sellado intenta lastimar a Naruto pero Minato y Kushina se interpusieron en el ataque siendo atravesados por una de sus garras. Padre y madre se despiden de su hijo diciéndole lo mucho que lo quieren y dándole algunos consejos para su vida futura, entonces Minato logra su cometido. En el presente Kushina piensa en la "carga" que ha tenido que soportar su hijo a lo largo de su vida, lo cual este responde que está feliz de que ellos hayan sido sus padres.

Sasuke pelea contra Gaara, pero este se va transformando en el Shukaku y Sasuke queda sin energías pero Naruto entra en acción y derrota al ninja rival; su orgullo y odio se acrecienta cuando confronta a Sasuke cuando va en busca de Naruto junto con Kisame. Los cuatro del Sonido hacen su aparición y tratan de convencer a Sasuke de ir con ellos, Sasuke acepta debido a que Naruto se ha hecho más fuerte.

La guerra ha iniciado y La División de Ataque Sorpresa se mueve en territorio enemigo, Anko es derrotada por Kabuto. Kankurō hace recordar a su equipo que se debe sellar al enemigo para poder vencerlos. Deidara y Sasori que están cerca y dan el primer ataque siendo repelidos por los jutsu de Doton. Los rivales encaran sus poderes y también vuelven a ver rostros familiares como Kankurō a Sasori y Sai ante Shin.

Sunagakure celebre su victoria sobre al aldea de la Piedra y toman a Pakura como su héroe. Maki, una shinobi de la arena la alaba por su desempeño, entre tanto la aldea desea hacer una alianza con los de la Niebla y sugieren a Pakura para que resuelva el problema así que envían a Pkura para que haga las pases pero en el camino es asesinada. Ahora en la Guerra Ninja, Maki y el usuario de Shokuton se enfrentan, donde la shinobi revivida por el Edo Tensei culpa a su aldea por su muerte.

Shikamaru, Choji e Ino se encuentran con Yota un niño que según sus sentimientos hace que cambie el clima, pero también Sakura y Kiba se encuentran con el, siendo tres Yotas en total cada una con diferentes tipos de clima: lluvia nieve y relámpago. Entonces cada uno recuerda años atrás como fue que conocieron a este niño especial, pero de vuelta en la guerra saben que deben detenerlo y sellarlo pues es manipulado por el Edo Tensei.

Madara pregunta por quien esta utilizando el Edo Tensei, así Kabuto se presenta ante él mediante Mū, y le comenta la situación, sin más que decir Madara se lanza contra la Cuarta División y allí este empieza a acabar con una gran cantidad de shinobis sólo con ataques físicos gracias a la ayuda de su Sharingan con el cual transmite miedo, hasta que este decide usar el Elemento Fuego: Gran Aniquilación de Fuego, pero es contrarrestado por un muro de agua que realizan varios shinobis. Así Ōnoki, Gaara y Naruto deciden actuar en equipo y tratar de detenerlo pero Madara libera su Susanoo y el Mangekyō Sharingan, Naruto usa el Elemento Viento: Rasen Shuriken hacia Madara, pero este activa el Rinnegan en el último segundo y absorbe el ataque. Madara le pregunta a Kabuto que es lo que le ha hecho a su cuerpo por lo que responde que ha logrado maximizar el poder de Madara, por lo que decide poner a prueba sus poderes, bajando un meteorito gigante al campo de batalla, los shinobis atónitos de lo que están viendo huyen del lugar, pero Ōnoki decide parar el meteorito usando el Elemento Tierra: Jutsu de Roca Ultra Ligera haciéndolo mas ligero y con ayuda de Gaara lo detienen, pero Madara desciende un segundo meteorito el cual choca con el primero y produzca un gran temblor por todos lados. En el cuartel de la alianza Tsunade decide ir a la batalla, Madara trata de invocar al Kyūbi sin éxito por lo que usa el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles, los sobrevivientes observan esto asombrados y asustados a la vez diciendo que ahora si era su fin.

La pelea entre Tobi contra Naruto, Kakashi Guy y Killer Bee continua, los shinobis de Konoha trabajan en equipo pero no logran hacerle daño a Tobi, y cuidándose las espaldas este tampoco los afecta, tras una deducción de Kakashi al intentar desaparecer al Gedo Mazo con el Kamui y fracasar y más adelante al lanzar un Kunai justo en el momento que Tobi usa su ninjutsu la mascara de este sufre una grieta. El Gyūki intenta golpear al Mazō pero Tobi usa el Uchiha Kaenjin. Mientras que Kakashi planea como golpearlo donde todos toman parte y Kakashi envía a otra dimensión el Rasengan de Naruto en el mismo momento que Tobi usa su ninjutsu en esta ocasión el Rasengan golpea en el hombro derecho de Tobi. Kakashi finalmente ha deducido que el ninjutsu de Tobi es el mismo que usa tanto para absorber las cosas y desmaterializarse y no dos como antes creían así, Kakashi se pregunta como obtuvo el Sharingan donde Tobi responde que fue en la última gran guerra ninja en la batalla del puente Kanabi donde Kakashi queda pasmado pensando en quien podría ser Tobi. Kurama se hace parte donde alega que Naruto no fracasará en sus sueños y entra en el modo Bijū.

Hashirama decide obedecer a su padre y obtener información del clan Uchiha, así que cuando se encuentra con Madara al otro lado del rió deciden intercambiarse rocas como de costumbre, pero al mirarlas ambos se percatan de que todo es una trampa, en ese momento aparecen los padres de ambos y empiezan a luchar incluidos Tobirama e Izuna, pero Hashirama y Madara logran detener la batalla pero ya sabiendo a que clan pertenecen su amistad se rompe, allí Madara logra despertar su sharingan y le alega a Hashirama que ahora son rivales puesto que en cada clan ha habido bajas por parte del otro. Pasados algunos años los enfrentamientos entre ambos clanes continúan donde Hashirama y Madara ahora son los líderes de sus respectivos clanes allí, en un enfrentamiento Izuna es herido de gravedad por Tobirama, es cuando Hashirama decide hacer un trato de paz con Madara pero este se rehúsa, pasado algún tiempo Madara decide tener otro enfrentamiento con Hashirama, ahora con los ojos de su hermano Madara que usa el Susanō lucha pero tras aun así no puede ganarle a Hshirama que usa el Mokuton y tras un día entero Madara cae agotado donde Tobirama piensa darle el golpe final, pero Hashirama lo detiene, Madara alega que la única opción de paz es que Hashirama asesine a su hermano o se suicide, por lo que Hashirama decide acabar con su vida pero en el último momento es detenido por el mismo Madara, y es allí donde Madara decide aceptar el trato de paz y fundar la aldea.

Primera parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar durante su niñez, la admiración de Hanabi por Hinata, el odio de las otras extensiones del clan para con la rama principal y la manera en que esta mantiene su control por medio del sello del pájaro enjaulado hasta el enfrentamiento entre Hinata y Hanabi, luego del cual su padre decide abandonar a Hinata y ofrecerla a la aldea para que ingrese a la academia ninja y se incorpore como Genin al grupo ocho bajo la dirección de Kurenai, al mismo tiempo que decide preparar a Hanabi para que en un futuro se haga cargo del clan como representante de la rama principal.

El Gedō Mazō arrastra a los nueve bijūs hacia su interior, mientras eso sucede Kurama le pide un favor a Gaara donde le encomienda a Naruto, finalmente la estatua se traga uno a uno a los bijūs, Naruto quien cae inconsciente es rescatado por Gaara y lo lleva rápidamente hacia donde se encuentra Tsunade y Sakura, la estatua que abre sus nueve ojos queda inmóvil. El segundo Hokage ahora se enfrenta a Madara pero el Uchiha logra clavarle varias estacas que lo inmovilizan, en otra parte Hashirama que se encuentra débil habla con Sasuke y le propone darle un jutsu que detendrá a Madara, Sasuke acepta recibir el chakra de Hashirama. Madara quien acaba con Tobirama alega que el Tsukuyomi infinito es la solución a lo que Hashirama creo desde hace tiempo, en un acto de desesperación Tobirama ataca una última vez a Madara pero este se cubre con Susanō, en ese momento Sasuke ataca a Madara pero en el último momento queda inmóvil, Madara toma la espada de Suke y tras pronunciar las palabras de Hashirama apuñala a Sasuke mientras que Tobirama observa. En otra parte el Mokuton: Shin Sujenju a menor escala es ejecutado por el Zetsu remolino que ataca a la alianza con los cinco elementos a la vez pero el tercer hokage logra contrarrestar el ataque, en ese momento Gaara llega y se lleva a Sakura para que mantenga con vida a Naruto mientras se dirigen hacia donde esta el cuarto Hokage, en el camino Sakura hace todo lo que puede por mantener a Naruto con Vida, Sasuke quien también está muy mal herido recuerda las palabras de Itachi sobre la aldea, tras intentar ponerse en pie Sasuke finalmente cae inconsciente, Sakura y Karin alegan que si no hacen algo Naruto y Sasuke morirán.

Madara ha llegado a donde esta Obito y los demás, Zetsu negro al verlo se desprende de Obito con el fin de entregarle el Rinnegan izquierdo, pero Obito se resiste a que Zetsu se acerque a él. Obito al ver a Madara le pregunta que fue el durante el tiempo que él se hizo pasar por Madara, tras escuchar la pregunta de Obito, Madara responde que él ha sido en parte el salvador del mundo, ya que pronto se realizara el Tsukuyomi infinito, además Madara habla del fracaso logrado por el Rikudō Sennin, y de como el chakra se convirtió en un arma para el beneficio propio del shinobi. Madara le ofrece seguir a Obito seguirlo y ambos crear el nuevo mundo a partir del Tsukuyomi infinito, Obito al parecer se reúne con Madara , antes eso Minato Kakashi y Gaara atacan a Madara pero los tres son vencidos fácilmente, pero cuando están frente a frente Obito traiciona a Madara hundiendo su mano derecha en el pecho de Madara con el fin de intentar extraerle los Bijūs, pero debido a que Obito esta débil, solo logra extraer una parte del chakra del Shukaku y del Hachibi. Kakakshi se percata de que Obito volvió a ser el de antes, además Obito le pide llevar a Naruto y Sakura a otra dimensión con el Kamui, Cuando Obito intenta ir a su dimensión Madara lo ataca, en ese momento Kakashi ayuda a Obito y en ese momento empieza a recordar su infancia en la aldea.

Sasuke siente que su padre no lo reconoce y pelea con Naruto, Minato los separa pero Sasuke nota que Naruto es más fuerte. Sasuke abandona la escuela shinobi y se une a la policía militar, mientras que Naruto acompaña a Jiraiya en donde entrenará para entrar en el modo ermitaño, mientras siguen los pasos de Orochimaru quien se revela como artífice de lo ocurrido con Hizashi junto a su cómplice Danzo, y Sakura quien es entrenada por Tsunade quien le enseña el Byakugou no Jutsu. Luego de tres años, Sasuke es enviado de vuelta a Konoha y es nombrado vice capitán de la policía militar, jurando reparar la humillación de Naruto con derrotarlo.

Itachi ya es un genin y como tal, pertenece a un equipo al que se le asignan misiones de rango D; en esta ocasión se les encomienda recuperar a un gato ninja, quien causó dificultades a sus camaradas e incluso su jefe de equipo, sin embargo, usando sus depurada técnica con los kunais, Itachi captura al felino para devolverlo a su dueña; durante el enfrentamiento el gato pierde parte de sus bigotes, estos son de mucha ayuda para el padre de Tenma, su camarada, pues los necesita para preparar la medicina que le ayude a recuperarse; en el afán por hacerse con ellos, Tenma no se fija y está por caer a un precipicio, afortunadamente es salvado por Itachi. Posteriormente el Uchiha, en compañía de su hermano menor, reflexiona acerca de las relaciones entre los miembros de los diversos clanes y aquello que les une para convertirse en una aldea, concluye en que además de que una vida nace y muere, esta puede salvarse; esto sucede mientras recuerda cómo Tenma perdió la vida al defenderle en una emboscada ideada por Obito Uchiha mientras llevaban a cabo una misión, es en este dolor, que su sharingan despierta ante el asombro de Sasuke.

Naruto logra liberarse del poder de Kaguya pudiendo ayudar a Sasuke, quienes luego idean un plan de ataque. Sasuke ataca a Kaguya con el Amaterasu para que Naruto utilice su Gyaku Harem no Jutsu, logrando distraerla y asestarle el primer golpe. Ante la distracción, Sasuke y Naruto intentan sellarla, pero antes de lograrlo Kaguya los traslada a todos a otra dimensión, siendo una dimensión ambientada en rocas de hielo y montañas de nieve, quienes quedan atrapados en una de dichas rocas. Sasuke logra romper la roca con el Amaterasu y el Kagutsuchi, y para evitar ser sellada, Kaguya traslada solamente a Sasuke a una dimensión ambientada en un desierto de arena. Obito despierta de su inconsciencia gracias a un clon de Naruto, a quien lo ponen al tanto de la situación, mientras que Naruto continúa batallando solo con Kaguya. Obito al ver la forma en que Kaguya se mueve a otra dimensión, comprende que debe usarla así como usa la suya para poder traer devuelta a Sasuke. Sabiendo el gasto de chakra en un jutsu ajeno el cual sería inmenso, le pide al clon de Naruto y a Sakura que lo acompañen. Mientras que los cuatro Hokages que se encuentran en la dimensión paralela, investigan una parte del cuerpo de Madara, ya que falta la parte de arriba de su cuerpo. Como no pueden ubicar la parte de arriba del cuerpo, no pueden usar la Invocación: Resurrección del Mundo Impuro en el cuerpo de Madara para sacarle información. En ese momento, Rikudo Sennin aparece para explicarles sobre el inicio del ninshu, para que puedan saber sobre la situación y así salvar a Naruto y Sasuke.

Ashura se da cuenta que el árbol del monte está matando a los aldeanos, ya que está reviviendo el Shinju en él, por lo que debe destruirlo. Al consultarle al líder de la aldea, este le pide que no lo haga, ya que antes de nacer ese árbol decenas de años antes, la aldea era un desierto duro sin recursos donde la gente moría constantemente. Ashura decide convencer a los aldeanos de destruir el árbol y hacerles notar el peligro de su existencia, pero todos comienzan a lanzarle piedras. Ashura recuerda que su padre no le impidió usar el Ninshu para solucionar los problemas de la aldea, pero por otra parte, Indra ya ha vuelto donde Hagoromo con resultados, pero no decidirá a un sucesor hasta que estén los dos con él. Ashura al ver que la gente dependía del Shinju para subsistir, al ver que a la vez era un cáncer para ellos, Ashura decidió cavar un pozo para sustraer agua para mantener la tierra, y así poder destruir el árbol. Los aldeanos vieron el esfuerzo de Ashura y decidieron ir en su ayuda, además le pidieron que le enseñara el Ninshu. Luego de un largo trabajo, Ashura logró sacar agua del pozo creando un gran lago y ríos que rodearon la aldea, y así pudo destruir el árbol con el permiso del líder. Luego de un año, Ashura vuelve donde Hagoromo y le cuenta los sucedido, pensando que Indra ya era el sucesor, pero Hagoromo ha tomado una decisión.

Naruto, Sasuke y Sakura se proponen a hacer lo que sea para conocer el verdadero rostro de Kakashi, casualmente un fotógrafo llamado Sukea, el cual anteriormente fue un ANBU, les ofrece su ayuda, así les propone encontrar la ficha con que Kakashi se registró en la academia. Cuando están a punto de observar su rostro los ANBU les detienen. Luego, Sukea les propone invitarlo a comer y en momento en que Kakashi se quite la máscara, le fotografiará, casualmente, Akamaru se interpone en la secuencia de fotos. Finalmente, el equipo siete decide pedir ayuda a los demás gennin, y gracias al trabajo en equipo logran capturar a Kakashi gracias al Kagemane no Jutsu de Shikamaru; nuevamente todo se echa a perder cuando el equipo de Guy aparece y la posesión de sombras con Kakashi es anulada. Naruto y los demás deciden darse por vencidos junto con Sukea quien se despide de ellos; al final, se revela que Sukea era Kakashi el cual había cambiado su aspecto para que no lo reconociesen.

Sasuke justifica su punto de vista acerca de lo que significa ser un Hokage y su plan para llevar a cabo la revolución ninja. Naruto contraargumenta tal posición haciéndole ver al Uchiha que se encuentra equivocado al momento de interpretar ciertas situaciones, así como los ideales por los que luchó su difunto hermano; sin embargo, al no llegar a ningún acuerdo entre si, la inminente batalla da inicio y a medida transcurre, su intensidad aumenta.

Sakura y Kakashi encuentran a Naruto y Sasuke, ella se hace cargo de sus graves heridas mientras el Uchiha le pide perdón por todo, ella llora; Kakashi se alegra de que finalmente sus pupilos finalmente hayan regresado. Tan pronto pueden moverse, Uzumaki e Uchiha colaboran para deshacer el Tsukuyomi Infinito, mientras, Sasuke reflexiona sobre lo que ha aprendido a través de la amistad y sufrimiento de Naruto

Gaara y sus hermanos llegan a Konoha para la conferencia de Kages. Gaara piensa que su regalo debe ser extravagante. Lee y Tenten llevan al Kazekage y a su hermano a Ichiraku para darles una idea de lo que le gusta a Naruto. Iruka conoce a Gaara por primera vez y le agradece por ser amigo de Naruto. Killer B dice que la Aldea Oculta de la Nube dará el mejor licor, la mejor carne y organizará una rifa y espectáculo de baile para la boda con el Raikage como artista; Kankurō dice que la Aldea Oculta de la Arena no se quedará atrás y también dará lo mejor incluyendo un baile del Kazekage, algo a lo que la sombra de arena no accede. Finalmente, Gaara se da cuenta de que su regalo a Naruto debe ser en carácter personal pues son amigos.