En la Villa Oculta de la Hoja, el equipo Konohamaru ha sido ascendido a Genin y participa en misiones de rango D. Entonces, una figura atraviesa las puertas de la villa. ¡Es Naruto que ha regresado de su largo entrenamiento con Jiraiya!

Kankuro sufre los efectos del veneno mortal de Sasori. Mientras tanto, de camino a Sunagakure, el equipo Kakashi recoge a Temari, la hermana mayor de Gaara.

Chiyo lamenta haber sellado a Shukaku, el espíritu de arena, en el interior de Gaara y decide cambiarlo. En ese momento, los Akatsuki completan el Jutsu de sello: Ilusión de nueve dragones y Gaara es envuelto por una luz blanca.

Sakura destruye la marioneta del tercer Kazekage gracias a un antídoto secreto que se había tomado que convierte el veneno en una proteína inofensiva durante tres minutos. Chiyo y Sakura deciden derrotar a Sasori en ese plazo de tiempo.

Los equipos Gai y Kakashi regresan a Konoha. Sakura le dice a Tsunade acerca del espía que Sasori tiene vigilando a Orochimaru y como se encontrarían; la Hokage considera que Naruto y Sakura deben ir a interceptarlo ya que es uno de su equipo quien debe ser salvado, pero debido a que Sasuke no está y a que Kakashi está débil decide llenar los huecos con 2 nuevos integrantes. Naruto se reencuentra con Shino (a quien no reconoce a primera vista), Kiba y Akamaru, Hinata (quien se desmaya luego de 2 contactos cercanos con Naruto) y Chōji . Mientras habla con Shikamaru y Chōji, son atacados por leones de tinta enviados por "Sai".

Naruto, Sakura y Yamato se dan cuenta que Sai es un traidor y que Danzō quiere destruir Konoha con ayuda de Orochimaru para después el ser Hokage. Naruto se desmaya, Yamato dice que deberían dejar a Naruto y que el regrese a Konoha por su cuenta. Yamato dice que no pueden perder la oportunidad de seguir a Orochimaru, entonces Naruto decide quedarse con ellos, pero con la advertencia de Yamato que si Naruto los retrasa tendrían que dejarlo atrás. Orochimaru y Kabuto hacen una trampa con una copia del cuerpo muerto de Sai. Naruto, Yamato y Sakura empiezan a buscar a Orochimaru, cuando el clon de Yamato encuentra la trampa de Orochimaru. Naruto, Sakura y Yamato están persiguiendo a Orochimaru cuando Sakura de repente al agarrarse a un árbol se cae a causa de la herida que le hizo Kyūbi. Naruto le pregunta a Sakura quien la había herido a lo que ella responde que fue Orochimaru, el clon de Yamato descubre la trampa pero mientras hablaba con Yamato el clon ve dos notas explosivas y se pierde la conexión de los audifonos, entonces Yamato le cuenta a Naruto que él fue quien hirió a Sakura.

Sasuke esta a punto de utilizar su nueva técnica prohibida pero Orochimaru lo detiene, luego aparece Kabuto y los tres desaparecen entre las llamas. Naruto se decepciona por no poder haber hecho que Sasuke volviera, en Konoha Jiraiya le cuenta a Kakashi lo que pasaron Naruto, Sakura, Yamato y Sai desde que salieron de Konoha. Yamato y Tsunade hablan sobre la misión de Sai. Danzō habla con Sai y lo reta por no haber cumplido con la misión.

El equipo Yamato se dirigen a un único lugar donde pueden salir los ladrondes de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirgiendose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando a el Monje solo por si hay una emergencia. Cuando Naruto y Sora los alcanzan, las tumbas desaparecen entre la tierra, Uno de los Ninjas que hizo la técnica se queda con las tumbas, y los otros tres hacen un Jutsu con el cual hace que entre montañas el equipo Yamato se disperse, y así, comienzan las peleas.

Konoha queda completamente sin luz, la villa entera se pone en estado de emergencia. Asuma, enviado por Tsunade va en busca de Naruto y Sora, finalmente, los encuentra. Asuma se da cuenta que los 4 invasores planean aniquilar la villa entera usando el poder relámpago que obtuvieron de cadáveres, reviviéndolos, Yamato se encarga de repeler los ataques, El equipo Konohamaru se encarga de llevar a toda la gente a un lugar seguro. Mientras los enemigos, que son muertos fuerzan por atacar.

Sora transformado golpea a Naruto, Sakura trata de ayudarlo pero Sora ataca a todos. Yamato logra protegerlos con su mokuton mientras Naruto protege a Sakura con su cuerpo, finalmente Naruto logra que Sora entre en razón, volviéndolo a la normalidad. Asuma logra matar a Furido donde hace aparición nuevamente Sai. al final del episodio aparecen Hidan y Kakuzu, dos miembros de Akatsuki, persiguiendo a una mujer llamada Yugiito Nii, el jinchūriki del bijū de dos colas.

Kakuzu ataca a Shikamaru para que Hidan pueda escapar comienza la mejor parte cuando Asuma ataca a Hidan pero Kakuzu no lo ayuda por petición de el inmortal, Hidan crea una táctica para poder hacer su Ritual Jashin al igual Shikamaru recuerda que cuando jugaban con Asuma Shougi el odiba usar tácticas de sacrificio lo cual en ese momento intenta, en una distracción Asuma es perforado por la hoz de Hidan y este comienza su ritual pero Asuma usa su explosión para evitarlo.

Hidan realiza el ritual de Jashin. Cuando creía que Shikamaru había muerto, éste se levanta y revela que la sangre que había utilizado para su ritual era de Kakuzu. Kakashi la había obtenido justo cuando destruyó uno de sus corazones. Así, Kakuzu ya ha perdido dos corazones, y cuando éste se disponía a matar a Kakashi, Ino y Choji aparecen Naruto, Sai, Sakura y Yamato a salvarlos.

Naruto muestra avances en su entrenamiento. Sin embargo, llega un mensaje a Jiraiya que hace que éste se deba ir. Mientras tanto, el grupo de Kakashi sigue las pistas que ha dejado Guren, pero uno de los subordinados se entera de la presencia de éstos. Naruto se da cuenta que tanto Gamakichi como Gamatatsu no pueden realizar técnicas Suiton.

Yūkimaru se debilita al no poder contener al Biju, y Guren se dispone a luchar con el Sanbi, mientras Kabuto escapa. Guren ataca con múltiples ataques pero no tienen efecto en la bestia, Mientras tanto Naruto se acerca al lago y ve al Sanbi. Kakashi, Yamato, Shino y Kiba están sumidos en el humo, y los subordinados de Guren se disponen a atacarlos, pero Hinata advierte de esto gracias a su Byuakugan. Mientras tanto, Yūkimaru se coloca el casco y detiene al Biju, y salva a Guren.

Se forman 3 equipos: el equipo que sellará al Sanbi, formado por Hinata, Sakura, Hino y Mitzuki, el equipo de protección: Lee, Ten Ten, y Kiba con Akamaru, y el equipo que peleará con Guren, formado por Kakashi, Naruto, Sai y Shino.

Obito encuentra a Rin, pero es atacado por un Ninja de la Aldea Oculta de la Piedra. Kakashi llega y pierde su ojo izquierdo al salvar a Obito. Para ayudar a Kakashi, Obito es capaz de despertar su Sharingan. Entre ambos rescatan Rin, pero la cueva en la que se encuentran se derrumba sobre ellos y el lado derecho del cuerpo de Obito es aplastado. Obito decide donar su ojo de Sharingan izquierdo a Kakashi y le pide proteger Rin. Kakashi entonces protege Rin de los ninjas enemigos antes de perder la conciencia. Más tarde son salvados por Minato quien les ayuda a completar su misión y destruir el Puente de Kannabi.

Itachi recuerda el pasado cuando vivía en Konoha, y la noche en la cual cometió la masacre en contra de su clan; mientras Sasuke ha llegado al lugar donde se encuentra su hermano iniciándose la lucha, y las preguntas de Sasuke hacia su hermano sobre el tercer Uchiha, a quien Itachi le hace saber que es Madara Uchiha.

La pelea entre Sasuke y Killer Bee comienza donde Sasuke logra quitarle la espada de Zabuza y dársela a Suigetsu, Ahora Killer Bee se prepara para pelear por lo saca sus espadas, Suegetsu advierte a Sasuke que este es un maestro con ellas así se inicia el combate donde Sasuke usa su Sasuke para leer sus movimientos pero aun así resulta herido incluso cuando usa su chidori, el resto del equipo va en su auxilio y Karin lo cura mientras Jūgo Y Suigetsu lo detienen, Killer Bee nota que la batalla ira para largo, así que intenta escapar pero Karin no detecta por lo que decide utilizar el poder de su Biju, Sasuke lo esquiva usando su Sharingan pero va a atacar al resto del equipo, Killer Bee usa su Lariat en Sasuke rompiéndole el pecho y el cuello, Jugo entonces usa su chakra para salvarlo mientras que Suigetsu distrae al Jinchūriki el cual se transforma en un pulpo con cabeza de toro, como último recurso Killer Bee usa la Bijudama con el cual destruye todo el lugar. Sasuke al ver la condición en la que se encuentra su equipo decide ir usar el Amaterasu quemado al Killer Bee y a Karin por accidente, la batalla concluye cuando Sasuke extingue las llamas negras, entonces se lleva a Killer Bee mientras que unos shinobis que la nube observan lo que ha ocurrido.

Ukataka está de acuerdo de mantenerse con El Equipo de Naruto y unos Ninjas Cazadores hasta que Hotaru esté seguro. Después de seguir un buen rato Hotaru cae. Naruto va por las plantas y más tarde descubre la causa del dolor de Hotaru dándose cuenta que es una técnica prohibida puesta por su clan.

Naruto sigue aún triste por la noticia la muerte de Jiraiya, el equipo de Konoha tiene un cuerpo de Pain a que le realizarán estudios en la autopsia. Iruka se encuentra con Naruto, que este le invita a comer, pero es rechazado. Naruto aún más triste camina en la noche e Iruka lo encuentra de nuevo dándole ánimos. Shikamaru que busca descifrar el código va en busca de Naruto pero este desanimado no puede pensar en nada. Shikamaru lo lleva a ver a Kureni y da a mostrar que algún día dejar un legado igual que su maestro; aún siendo más animado a descifrar el código.

Tenten y Neji ven el lugar donde 3 años antes fueron a una misión junto con Naruto ya que Lee se encontraba en el hospital, la misión consistía en recolectar 1000 kunais, Tenten era la capitana. Pero había 2 ninjas que robaron 2 armas súper fuerte que derrotaron a Naruto y a Neji, pero Tenten los derrota con una arma que le dio el anciano llamado Jidanda, al final el viejo le da las herramientas ninjas a los chicos y se lleva la Jidanda para modificarla, Tenten triste por no tener esa arma, vuelven a la aldea con los chicos a entregar las herramientas ninjas, terminando de recordar Tenten ansiosa para ver la modificación de Jidanda.

Kakashi, al ver a Hanare, recuerda la ocasión en que ella se infiltró en Konoha, hace tres años atrás.

Naruto reconoce una de las fotos de personas desparecidas, lo cual recuerda a Kisuke una fantasma que estuvo al borde de la muerte ayudándole a desenmascarar al que lo selló hace tres años.

El Raikage enterado que Sasuke ha interferido a la reunión decide ir por el, liberando una pelea entre los guardias del Raikage y el equipo Taka, la lucha se hace dura cuando Jūgo libera su sello atacando al Raikage que este no se da por vencido, ya despejado el campo para Raikage ve a su rival directo, Sasuke.

Shino recuerda la misión por la cual tenía que atrapar un bandido renegado de la Aldea oculta de la Cascada, lo cual es vencido y a la vez su rival se burla ya que el Genin usaba insectos como técnicas, Shino entrena mucho para volver a la misión pero esta vez va con sus amigos de equipo, Hinata y Kiba.

Naruto se enfrenta al clon del Kyūbi ahora transformado, este con una de sus colas golpea a Disonasu matándolo, Naruto no parece tener posibilidades de ganar entonces el clon lo atrapa y de su boca dispara un rayo el cual lo atraviesa, mientras que Kakashi observa lo que pasa, el Kyūbi al ver lo que pasa decide prestarle más poder a Naruto, trasnformandose en el mismo Kyūbi bajo su control, Naruto sigue luchando mientras que Dokku y Shiseru deciden acabar con Saezeru entonces se despiden de los niños, Naruto pierde el control del poder del Kyūbi y se empieza a transformar, Yamato al ver lo que pasa aprisiona a Naruto por un poco tiempo, mientras que el clon sigue destruyendo todo, Shiseru cae por un precipicio pero Dokku la atrapa, en una charla ambos dan a conocer sus sentimientos, mientras que Miina le dice a Naruto que tome el control entonces este toma otra apariencia (igual a la que obtuvo después de vencer al Kyūbi) y salva a Shiseru mientras que Dokku pone el último "sonido", Naruto por fin vence al clon con un Rasengan, en los créditos finales se observa que Saezeru se detiene, Kabuto se marcha y Dokku y Shiseru se reencuentran.