大蛇丸を倒したサスケは水槽に捕らわれていた男――水月に自由を与える。しかし水月は、自分と一緒に来るようにとのサスケの申し出を簡単には受け付けない。しかしサスケがかつて百地再不斬を倒した小隊に属していたと知る水月は、その刀の所在に興味を持ち「自分が再不斬の大刀を手に入れられたら、サスケに付いてもいい」と条件を出すのだった。かくして再不斬の大刀入手の為、波の国を目指す二人だが――そこには思わぬ事態が待ち構えていた。

遭遇と同時に、戦闘に突入するサスケとデイダラ。二手三手かわしてサスケの能力を確認したデイダラは、十八番のひとつであるドラゴンを作り出す。ドラゴンの飛翔能力により、上空から一方的な遠距離攻撃を仕掛けてゆくデイダラ。更にトビのサポートにより、辺りはサスケにとって圧倒的不利なバトルフィールドと化してしまう。追い詰められるサスケは空に逃れてデイダラの攻撃をやりすごそうとするが…。裏の裏を読みあう壮絶な戦いの果てに、睨み合う両者。その時、サスケの写輪眼を見たデイダラの胸に忌まわしい記憶が蘇る…。

イタチによって左目を奪われたサスケだが、それはすべて万華鏡写輪眼による幻術であった。力ずくで『月読』を破ったサスケは、ダメージを受けたイタチに怒涛の反撃を開始する。サスケの成長とセンスに驚愕するゼツ。しかしイタチは更なる強力な忍術『天照』でサスケを迎えうつ。チャクラの限界を超えた凄絶な勝負に憔悴してゆく兄弟。その時、サスケの中ではある計画が進行していた。

暁と手分けして尾獣を狩る為、雷の国・雲雷峡にて八尾のキラービーと対峙する鷹の面々。雷遁に加え、七本の刀を操るキラービーとの戦闘に鷹たちは苦戦を強いられていく。更に尾獣のチャクラをまとう特殊攻撃に隙をつかれ、瀕死の重傷を負ってしまうサスケ。絶体絶命の窮地の中、明らかになる「八尾」の全貌、そしてサスケに宿った新たなる力とは――。

現れたシラナミの言葉を信じ、ウタカタ宛の別れの手紙を残して葛城山を後にするホタル。一方、シラナミを探すナルトは、策に嵌められ、マガキ衆の罠に捕らわれていた。そこに突如ウタカタが現れた事により辛くも難を逃れる。ホタルが再会を願う「シラナミ」こそが、葛城山を襲った盗賊と同一人物だと悟るナルトとウタカタは、消えたホタルの身を案じ、共に追尾を開始するが……辿り着いた土蜘蛛一族の里は、シラナミの術によって恐るべき変貌を遂げていた。

自来也を失った深い悲しみの中、木ノ葉の町をさ迷い歩くナルト。深い喪失感から立ち直れずに、自来也との懐かしい思い出を辿っていく。失意の中にいるナルトを立ち直らせたものとは…。一方、綱手もまた盟友の死に衝撃を受けていた。しかしフカサクより自来也が遺したペインの情報を託され、ペイン攻略の手がかりを掴む事を誓うのだった。

任務帰りのナルト達第七班は、暗部に引っ立てられて行く美しい女性を目撃する。名はハナレ。女芸人に扮して木ノ葉の情報を探ろうとしていたくノ一だという。ハナレの任務内容と背後にある里を調べるべく、早速情報部の面々によって、ハナレの尋問が開始されるが、強情なハナレはけして口を割ろうとしない。ならばといのいちが直接ハナレの脳内に探りを入れると、そこにはなぜか幼い頃のカカシの姿が映りこんでいた…。

雲隠れのカルイ、オモイに連れられ、サスケについての情報を渡せと迫られるナルト。二人が師匠を想う気持ちに打たれ、一度は情報を渡す事を了承したものの、やはり仲間を売ることはできないと思いとどまる。その代わり、気がすむまで殴ってくれと申し出るナルトに向かって、容赦なく拳を叩き込んでいくカルイ。無抵抗に殴られ続けるナルトを見つめる、サイの胸中にあるものとは――。一方、火影となったダンゾウは五影会談に出席する為、根の者の中から手練れの護衛を呼び出すのだった。

我愛羅、テマリ、カンクロウ、ダルイによる総攻撃を『須佐能乎』で防ぎ、フロアそのものを破壊するサスケ。感知能力を持つ香燐を引きつれダンゾウのいる会場を目指すが、襲撃の混乱の中、ダンゾウ一行は会場から姿を消してしまう。すぐさま追おうとするサスケだったが、その前に水影が立ち塞がった。水影と土影の二人を前に、サスケは新たな戦いへと突入する。

雷影に連れられ、雲隠れの里に帰還するビー。感涙するオモイとカルイと久々の対面を果たす。ビーに懐き、側を離れようとしない鮫肌だが…その行動の影には暁の思惑があった。一方その頃、香燐を連れ、眠らせた仲間達を回収して木ノ葉へ向かおうとするナルト達。しかし目覚めたサイの舌からは呪印が消失していた。ダンゾウが死んだため、術が解けたのだ。同じ理由でダンゾウの死に気付く木ノ葉の根の者達。木ノ葉に静かな動揺が広がってゆく。

大戦を前に、木ノ葉隠れの里は準備に追われていた。緊張感の高まる里の様子にいつになく気持ちがたかぶり、自分も先輩忍者たちとともに戦場で敵と戦い手柄を立てようと意気込む木ノ葉丸。だが、まだ若く、見習いの身である下忍の木ノ葉丸が戦場にかりだされるはずもない。そこで、仲間のウドンやモエギを巻き込んで、どうしたら手柄を立てられるかについてサクラやシマカルたち先輩忍者の話を聞こうとする。だが、誰ひとりとして取り合ってくれず悔しい思いをするのだった。ウドンとモエギは功を焦る木ノ葉丸のことを心配するが……。

久々の休暇に、足を伸ばして里の郊外を散策するサイ。復興が進んでいるとはいえ、まだまだ人手が足りていない状況を実感していると、壊れた建物の間で遊んでいる子供達に遭遇する。ふざけあう子供達の様子は、どこかサクラとナルトの様子を思い起こさせた。「仲間」と「友達」の違いを問いかける子供達の無邪気な質問に、苦笑するサイだが――

突如、現れた「仮面の男」に生まれたばかりの息子を人質に取られ、強引に「飛雷神（ひらいしん）の術」で別の場所へと移動させられたミナトは、安全な場所に息子・ナルトを避難させ、最愛の妻・クシナのもとへと急ぎ戻る。仮面の男のターゲットはクシナだったのだ。　瀕死のクシナを救い出し、仮面の男との戦いに突入するミナト。だが、強力な結界と厳重な警備をくぐり抜けるほどの力を持つ男との戦いは熾烈を極める。同じ頃、木ノ葉隠れの里では、封印を解かれた九尾の妖狐の襲来を受け、多くの忍たちが死闘を繰り広げていた。

里への被害を最小限に抑えるため、自らの時空間忍術を使い、九尾ごと別の場所へと移動したミナトだったが、今の状況で使えるチャクラは残り少なくなっていた。そんなミナトに、やはり残されたチャクラの少ないクシナが力を貸す。クシナは九尾を道連れにして死ぬことで、夫や息子を救おうとしていたのだ。だがミナトにはクシナの覚悟が納得できない。生まれたばかりの息子を思う気持ちと互いを思い合うがゆえの言い争いの末に、ふたりはひとつの決断を下す。

村で調査を進めるナルトたちの前にカブトが現れた。穢土転生の術でデイダラや木ノ葉の忍・ハヤテが襲ってくる中、カブトを捕まえようとナルトたちは奮闘するのだがからくも逃げられてしまう。一方、近くの町に逃げ延びていた小太りの男・ドックと子供たち。幼いミィナはいつも何故か不思議なメロディを口ずさんでいる。ナルトたちもその町を訪れてトニカ村の『ホール』の伝承と『力』について知るのだが、カブトの出現はその伝承と『力』が関係するのか？

クローン九尾に敗れ、祭壇の奥の部屋に閉じ込められてしまったナルトとドック。その二人の前にカブトと意外な人物が現れた。カブトたちの目的は古代の遺産『さえずり』と、その鍵となる『音』。全ての『音』が揃った時、『ホール』の伝承にある強大な『力』がカブトたちのものになってしまう。いくつかの『音』はまだ行方不明だったのだが、ドックを助けに子供たちだけでやってきたレオはカブトと取引をするために残りの『音』を持ってきてしまうのだった。

穢土転生の術を止めるため、兄弟であるサスケとイタチがタッグを組んでカブトに挑む！二人は強力な瞳術・須佐能乎(スサノオ)で攻撃するが、素早い動きのカブトになかなか攻撃を当てることができない。カブトはかつて、ナルトが修業した妙木山（みょうぼくざん）と並ぶ伝承の地“龍地洞(りゅうちどう)”で新たな力を手に入れていて、自然エネルギーを使うことによって感知能力が飛躍的に上がっていた。その力に対抗するためにイタチとサスケは、かつて二人で行った猪退治の任務のことを思い出す。

マダラとの死闘を続ける五影たちは、その圧倒的パワーに苦戦するも力を合わせマダラを封印へと追いつめる。しかしマダラは山ほども巨大な“完成体須佐能乎”を発動し、逆に五影たちを絶望へと追い込むのだった。一方、カブトにイザナミをかけて動きを止めることに成功したイタチは、ついに穢土転生の術を解く印を発動させる。それは同時に穢土転生体であるイタチ自身が消えることを意味し、サスケとの別れの前にイタチは真実と自分の想いを語り始める。