츠나데는 시노의 기괴충 분석을 통해 적의 술법이 오래 전 소문이 돌았던 정둔이라는 사실을 알고 오로치마루가 전생을 위해 손을 썼다는 것을 알게 된다. 카카시를 찾아나선 나루토일행, 나루토는 다시 유키마루와 만나고 생각해주는 사람이 있다는듯한 유키마루의 말에 꼭 붙어있으라고 말한다. 구렌은 스스로 나서서 정둔으로 카카시일행을 가둬버리고 나루토일행은 뒤늦게 도착해서 커다란 결정덩어리를 보고 놀란다. 구렌은 분신을 만들어서 각각 전투를 벌이고 결정 때문에 백안이 오히려 약점이 된 히나타는 결국 구렌의 인질이 되고 만다. 구렌은 카카시 일행에게 인질로 잡은 히나타를 보여주고 카카시 일행은 놀란다. 한편 나루토는 야마토의 목둔으로도 결정을 파괴할 수 없다는 것을 알자 가마키치와 가마타츠를 불러내서 두꺼비 철포로 거대한 결정덩어리를 공격한다.

구렌을 놓친 카카시팀은 구렌을 다시 찾기 위해 분주하고 나뭇잎의 3미 봉인술을 본 카부토는 유키마루에게 약을 먹이고 3미를 조종하게 만들려 하지만 구렌이 한번만 더 기회를 달라고 매달린다. 구렌의 카부토의 작전대로 봉인팀을 공격하고 리와 텐텐이 이를 막는다. 3미를 찾은 봉인팀은 그물을 내려 자물쇠를 채우는 데까지 성공하지만 린지가 기습공격을 하고 때마침 나타난 나루토가 이를 막는다. 유키마루를 걱정하는 구렌은 몸을 날려 봉인을 막는데 성공하고 3미는 엄청난 힘으로 또 다시 큰 파도를 일으킨다. 모두 물에 휩쓸려 쓰러진 후 3미는 구렌에게 다가가고 구렌을 걱정한 유키마루는 엄청난 힘을 발휘하여 3미를 조종하려 한다.

죽은 줄 알았던 누라리 키기리 키호는 몸이 합쳐져 거대한 괴물이 되어 공격하고 카부토는 린지를 이미 죽였으며 유키마루와 구렌을 이용했다는 사실을 밝힌다. 나루토는 구렌과 유키마루를 먼저 보내고 카부토와 대결을 벌이지만 카부토가 사혼술로 불러낸 린지가 구렌의 앞길을 막는다. 린지의 박쥐 때문에 정둔이 통하지 않자 구렌은 자신의 몸을 던져 린지와 함께 최후를 맞고 이를 본 유키마루는 엄청난 힘을 발휘하여 삼미를 폭주하게 만들고 나루토는 가마키치와 가마타츠를 불러낸다. 그리고 가마키치와 가마타츠의 도움으로 화둔에 풍둔을 더해 3미에 큰 타격을 입힌다.

츠쿠요미를 쓴 이타치는 만화경 사륜안을 가진 자신에게 사스케는 절대 이길 수 없다며 환술 속에서 사스케의 한쪽 눈을 빼앗고 다른 눈까지 빼앗으려 한다. 하지만 꼼짝도 못 할 거라고 예상했던 사스케는 다시 일어난다. 이타치의 츠쿠요미를 깨트린 것. 그리고 환상을 현실을 만들 거라는 사스케의 말에 이타치는 그 말을 되돌려주겠다고 말한다. 츠쿠요미가 깨어져 환술전을 포기하고 싸움을 벌이는 두 사람, 이타치가 사스케에게 밀리는듯하는 순간 이타치는 흑염 아마테라스로 공격한다. 눈에 보이는 모든 것을 불태워버리는 아마테라스, 결국 사스케도 쓰러지고 모든 것이 끝나고 이타치가 사스케의 눈을 빼앗으려 달아나는 순간 사스케가 사라진다. 오로치마루 식의 바꿔치기술을 써서 빠져나간 것. 이타치도 지치고 사스케는 차크라를 거의 다 써버린 상태, 하지만 자신만만하게 이타치를 죽이겠노라 선언한다.

할아버지가 돌아가시고 톤베이라는 하인과 자신의 목숨을 구해준 방랑자 우타카타와 사는 소녀 호타루, 그들의 요새에 금지된 술법을 노리고 도적단이 몰려온다. 호타루의 할아버지 츠치구모 일족의 엔노교자는 마을 하나를 날려버릴만큼 무서운 술법을 갖고 있었고 3대 호카게와 밀약을 맺어 그 술법을 금지된 술법으로 하고 어려운 일이 닥치면 도와주기로 했다. 호타루가 위험하다는 말에 나루토 야마토 사이 사쿠라는 요새로 향한다. 위험을 느낀 톤베이는 호타루와 우타카타를 츠치구모 일족의 숨은 산골마을로 도망보내고 남아서 도적단과 싸우다 쓰러지고 나루토 일행이 이를 발견한다. 치료를 위해 사쿠라는 남고 나루토 일행은 다시 호타루를 찾아 떠난다. 호타루는 우타카타에게 스승이 되어달라며 수행을 도와달라 말하지만 우타카타는 스승이라는 말에 거부반응을 보이며 단호히 거절하고 쫓아온 나루토 일행과 만나자 떠나버린다.

나루토는 후카사쿠와 선술 수행에 열심이지만 생각처럼 쉽게 되지 않고 후카사쿠는 그런 나루토를 데리고 바위에 올라가 석판에 앉아 움직이지 않으며 자연과 조화가 되는 법을 가르친다. 어려워하던 나루토도 지라이야가 같은 수행을 했다는 말에 마음을 다잡고 수행에 집중한다. 후카사쿠도 놀랄만큼 수행에 열심인 나루토는 큰 향상을 보이고 후카사쿠에게 개구리대련까지 배운다. 한편 킬러 비를 잡고 돌아온 사스케일행, 사스케는 미수가 없이도 괜찮다며 자신있어한다. 한편 사스케일행을 뒤쫓은 제이는 위치를 확인하고 연락을 하려 하지만 들켜서 목숨을 잃고 만다. 동생의 납치 소식에 화가 난 라이카게는 상대가 나뭇잎 마을 출신이란 말에 더욱 화가 나고 다섯 카게 수뢰회담을 준비하라고 명령한다. 설상가상 제이로부터 소식이 끊어지고 라이카게는 킬러 비를 구하기 위해 쿨한 사무이에 지나치게 생각이 많고 복잡한 오모이와 단순한 카루이로 이루어진 사무이소대를 소집한다.

페인의 신라천정 때문에 마을은 폐허가 되고 만다. 츠나데가 자신의 모든 차크라를 카츠유에게 보낸 덕에 사람들은 목숨은 있지만 츠나데는 힘을 잃고 만다. 나루토와 후카사쿠는 엉망이 되어버린 마을의 모습에 놀라고 만다. 분노한 츠나데는 절대 용서할 수 없다며 페인을 향해 달려가지만 선인모드로 무장한 나루토가 나타나 자신이 처리하겠다며 마을 사람들은 가세하지 말라 이른다. 그리고 카카시의 차크라가 느껴지지 않는 것을 안 나루토는 카카시가 마을에 없냐는 말에 츠나데가 대답하지 않자 카카시의 죽음을 직감한다. 츠나데는 안전한 곳으로 몸을 피하고 나루토는 카츠유를 통해 페인의 정보를 들으며 가마분타 가마켄 등과 함께 페인과 전투를 벌인다. 나루토의 나선환에 후카사쿠와 시마의 개구리울음까지 가세해 싸움은 격렬해지고 나루토는 풍둔 나선수리검을 쓸 준비에 들어간다.

서로 먼저 통과하겠다며 티격태격대는 7조와 10조, 두 번째 관문인 동굴에서는 수면가스가 나오지만 시카마루가 ‘들국화를 바쳐라’라는 싯구절을 풀이해 무사히 통과한다. 그리고 다음 구절은 ‘극히 신속하게 의지를 보여라’ 무슨 뜻인지 알기도 전에 나루토 때문에 배를 타고 강으로 접어든 아이들, 아이들 앞에는 폭포가 기다리고 있다. 이번에도 시카마루의 기지로 위기를 모면하고 관문을 통과한다. 드디어 마지막 최종관문, 이노와 쵸지는 시카마루를 위해서 사쿠라와 나루토를 잡고 시카마루 혼자 보내려고 하지만 시카마루는 이를 허락하지 않는다. 함께 큰 신전으로 들어간 아이들 앞에는 수도 없이 많은 두루마리가 있고 어느 게 진짜일지 고민하던 중, 비마을 닌자들이 원한의 비로 나루토 일행을 공격하지만 때마침 술법의 완성도를 시험해보고자 하던 사스케가 닌자들을 쓰러트린다. 아직도 신전 안에 있는 나루토 일행, 나루토는 바보라고 놀리는 앵무새 때문에 화가 나고 시카마루는 ‘증오를 거쳐서 다가온 자에게 길은 열리지 않는다’는 마지막 구절을 풀이해 나루토가 웃으면서 앵무새에게 다가가게 하고 마침내 비밀의 방이 열린다. 그리고 다시 선인으로 변장한 가이가 나타나 비법서의 표시된 몇글자만 읽어보게 하고 그 답은 ‘닌자의 비법에 지름길은 없다’ 나루토를 제외한 아이들은 실망했다가도 관문을 통해 깨우친 것을 떠올리며 뿌듯해하고 혼자 아무 것도 모르는 나루토만 또 엉뚱한 소리를 한다.